XLOC_000100


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000100
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 8587230 ~ 8590636 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00000192
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>TCONS_00003027
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>TCONS_00003028
AAGACATCTACCTAACTATATATTGGGAGAAGACCAGGTGTATGCGCACTACGGCATTGCAGAATGATGGACCAGAGGAAGAACATCTCTACTACGGAGGTATTCTGAAACAAGAGAAGACCAGGGCGTTTGGCATTGCACACCACGGCATTGCAGGATGACGGACCAGAGGATATACAGTCTGTGCATGCCAGATCCAGAGGCCAGATGGTGGAAGGCGGTTTCCTGcaacatttagataatttacatagtttaaaaatgttattagcttatacatttaaaaaatgttgttatgtTACGTGCCACGCCCAAGGAAGATGGGTACTCCCTTGCTGAGTCTGGTCTTTCCAAGGTTTCTCTCCAAACTTTTTGGAGTTTTTTTCCTTGCCACAGTCGCCAATGGCTTGCTCACAGGGGGTGTTGTGCCAAGTCCTGTCTTCCCCTCGGGTCCTTTATCTTCAAACTTAGATTCCATTTAATAAGATATATAGTAATTTAaccataaaaatgttaataaaaaggagcttaaaagtaatttaaaacaagtaaaaataggCTTAAGAGTACAAATAAAGCTTAGTCAATCATATCATCACAATTTAGGATATTTGTATGCAGTTTAGGTTTGAATATGTTTGCTTGTAATAAATACTAATGAGTAAAATATTTGCACCATAAACTATTAAGTGTTATAAATCaatagtttaacttttttttttctcagattagAGCTGCAAATTATTTGCAGAAAGGGACAGTAGGTCAGGTAAAAATTGATTATCACATATGGccaaagtacatttttacttttaacaacgtaaaaaaaagaataaaacccATTAGCATTTAGATGTTTCTTAGGgcacattaatatattaattaattaataataacaataataaaacaattttatgttTATAGCTGGCATGgtctttattaaataaacattccCAGCACCAATTTATAGCAAATAatcatgtcattttattattattaattaaaccatGTTTAGCAGGGTGATTGAACTgcagaattatttataaatttaactcTGCCACTGTACACAGTTTGTGATAGTGCACTGAATgaggttttaaattaaaattaaccaTTTCAAATgcacatatttataatattatataatttattataatatataattaatataaaatattataatataacaattataataatttacaatgaaAAACAGTCATAAGATAAACTTTATTATTGCTCAATTGCTTAAATCATTATTCTAACATTTTAGTAGGTGTGACTGGGATCAAACTGGTGGGCAGGATTTAGCACAACaggcttttttaaaaattgatttaataaacaatttggtTTAATTGGCACA

Function

GO:

id name namespace
GO:0048731 system development biological_process
GO:0019219 regulation of nucleobase-containing compound metabolic process biological_process
GO:0048738 cardiac muscle tissue development biological_process
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GO:0048593 camera-type eye morphogenesis biological_process
GO:1903507 negative regulation of nucleic acid-templated transcription biological_process
GO:0048869 cellular developmental process biological_process
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GO:0032501 multicellular organismal process biological_process
GO:0045934 negative regulation of nucleobase-containing compound metabolic process biological_process
GO:0032502 developmental process biological_process
GO:0060537 muscle tissue development biological_process
GO:0014706 striated muscle tissue development biological_process
GO:0043292 contractile fiber cellular_component
GO:0044449 obsolete contractile fiber part cellular_component
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GO:0030017 sarcomere cellular_component
GO:0043565 sequence-specific DNA binding molecular_function
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity molecular_function
GO:0000977 RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding molecular_function
GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific molecular_function
GO:0140110 transcription regulator activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00000192 False 1859 lncRNA 0.35 6 8587230 8590636
TCONS_00003027 False 3292 lncRNA 0.33 1 8587345 8590636
TCONS_00003028 True 1363 lncRNA 0.31 4 8588232 8590636

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000099 AL928650.4 coding upstream 1164 8579197 ~ 8586066 (+)
XLOC_000098 AL928650.2 coding upstream 9956 8575307 ~ 8577274 (+)
XLOC_000097 NA coding upstream 12173 8573777 ~ 8575057 (+)
XLOC_000096 smcr8b coding upstream 47180 8534698 ~ 8540050 (+)
XLOC_000095 mief2 coding upstream 55221 8521323 ~ 8532009 (+)
XLOC_000101 si:ch211-160d14.15 coding downstream 2924 8593560 ~ 8597015 (+)
XLOC_000102 SLC29A4 coding downstream 11299 8601935 ~ 8610564 (+)
XLOC_000103 fscn1b coding downstream 71894 8662530 ~ 8670486 (+)
XLOC_000104 NA coding downstream 103560 8694196 ~ 8702684 (+)
XLOC_000105 NA coding downstream 360238 8950874 ~ 8965939 (+)
XLOC_000087 NA non-coding upstream 913001 7672121 ~ 7674229 (+)
XLOC_000084 NA non-coding upstream 1074468 7512529 ~ 7512762 (+)
XLOC_000082 CABZ01075319.1 non-coding upstream 1471316 7092273 ~ 7115914 (+)
XLOC_000106 NA non-coding downstream 376843 8967479 ~ 8976422 (+)
XLOC_000111 NA non-coding downstream 538750 9129386 ~ 9132490 (+)
XLOC_000116 BX323038.1 non-coding downstream 687210 9277846 ~ 9285351 (+)
XLOC_000120 NA non-coding downstream 1296319 9886955 ~ 9914630 (+)

Expression


Co-expression Network