XLOC_000105


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000105
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 8950874 ~ 8965939 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003029
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>TCONS_00000198
CCGGAACTCGAAGCTcgacctcttgctgtgaggtaacataaccactgatccaccgtgTCGCctgTTTAATAAGTGCAGAAAAAACACACTACACAAAGGCAGTTTTGTTAAAGGACTCCCTGATTAATGGATCTGAATGGAGAAGTGATGCCAAGGCATgcagaaataaaatacattggcCAGTGACAGCGGTTGCAGTCAACACAAAGCACTCGAACACTGGTCGGGCCTTCAGGAGCCCGATAGCTGAGCGTGAAGAAAACGTTGGCCTGCATGCTGTCCCGAATCAGGAACGTCCCAAGGGGAAGATTCGCCAGTCTCGCATGAGCTTCGTCCACATCCAAAGGGCCCCAGTAAAATCCACTGTGAGTCAAGTAAACCACAGCCTGTTTGATAAGATTGCATTCCTGCTGGTCCCGGAAAGGGTGAAAGTGTGTTGGTGGGACGGAGCAGGGTTTCGGAGGCTCTGCGGATTTGGGTGGTGCATTTGTATGGCCGTTGTCATTGTGATGGACCATTCTGAACTGAAGCCCACTCATGACATTCCTCCATGATCTTAAAGCATAGACGATTGATTCTGTGCAGACTGTGTGTAAAAAGGACAAAGAGTTTGAAACATCAGATAAAAGCTCTGATCGAAGACAGTACAGATGATTTTAAGTGTGcacaaattgtcattttttttatagCGAAAAGGTCTATTTATATTGGGATGATGATCAAAAAAggttagtattagtagtattattaatgACTAGtactattaatttattaaaataattaattaatattattactattaattcataaatgaatactaatcatttattttgtattatattacagtaaacattttttaaaaaggcaaaGAGTCTCCttttctacactgtaaataatgtctgttaattaacagtttccgtatgTTGTGATTCAagggttttctgtttatttatgattgtaaatcgctttatgggatgttgatctcttcttctcaacttttgatgttgaaaattcaactttacagtttaataaagtgacttttattttagttgtttgaaataatataaatttataaaaaatactataaaaatatactgaaataagtctgtaaagtaacagaaaatgtactgaactgaaatatacaacacaaacccagacaatatttcacttttaaaacttttaaaaatgttaataaaacttttgtttttttaacttttcaaggttaaaagtttctggaagaaagattaagatcctgtaatgcaatttaaaagcataaataaacagggaaaaattaaaacatgaatgacAAAATACGGAAACTAACGCTgtaactgctaatttacagatatttttccaGTGTATGAAGATgacactcaaaaaatgaaaaagaaaaaagattttagtattataatgattattaatacaaataacaacagcaaaaatactagaaatattacaaaaatattttttaacaaaaattacctaaaataatttgttcattcatttgccGATAACTTTCATATTTACACTCCGggtcaaaagtttggagtcagtctgaatattaaatgttttaaaataagcttctcctgctcaccaaagctgcatttatttaatcaaaaatacagtacaaattgtaaaattgtgaaatgttattgcagtataaaataactgctcaaataattacatttttttaatttatcccagtgattttaatgatgaattttcagcttcattactccagtcttcagagtcacttGATCCTTCAGAtcaatcactctaatattattattatgattattattataattattatgattatggttattatgattattatgattattattattattattaatggtaacagtaataaaatcaataatgactggagtaataatataatttgaaactacatacaataagaaatcagttatttaaaatttttataaatttttaacttttttttttttacatttattaaatgctgccttgatgaacaaaatcattttctaaaaaaaatgaaagaactgACCCAAAacctttgaccggtagtgtatattattattgttaataatattaataataatatattaatgtttatttctgcCCATGTAGTAAAAGTCAGAGTTATGGAAATCCGATCTGTCCCTGTAAAGGAAGTCAACATTTATCAAGAAAAGTAtgttaaaaattaagtttaaatgttaaaataatatcatAAAACATGTTTGAAAACACATATTATACACAGGTAAttgttataaaaatgaaaattaaattttacagatacaattttttaaaataattcaacggTGACAACTAATTACGTAGACTACTCAAAGTGAAagcattttcacactttttactaGATGCTCTTTTGCtgaactatatatttttataggaaTAAATTGGAacaaactatttataatataattttagtgaAGAAACATTAGGAAACCATGAGGTTATAAAACCTCATATAGCCTATAGCCACAAGCTACAAGTTGCTGTGGACTGATTTGTAAGTCGATttgtataaaagtgtctgctaagtGGTTGGATGTACAATGCAAATGTAAAACTCAATGTTATTTAGAATAACTTAGCACGAGTTTTACAAGCcatttttagctttaaaaaataaCAGATCATGTATTTTAAGCACATCCAACGCACAAAACTATCCTAAGTTGGTTGGCTCTAAAAATTAATTGAATGGCACTTTCTAGACAAACGCCTTGGATTAAACTGttagcagaaaaaaagtgaaGCACCGTTGCCTTCCCTCAGATATATCAGCACGTATGTTTACACGAAAACATCATGACAcacatcaaataaaatgaaatcgtTTCTCCTGTGAATCAAGCAAAACAATTTCAATATTCAATGTCTGTCACACTCTCATCTCGAAATAAGCCTTGGGGCTCCAGTGAGAAGGCTATCATAAAGCGGTGTCATACTGGAATAACGTCACGGTGAAATTAAAGGTGACAGAAACACCTCCA
>TCONS_00003030
CGACTCTATCAGACATCaaataatttatctttattaaaaaaaacaattgtgaacaaaaacattttaagtctCACTTTCTGAAATGCATATTTCTACTAAGAACATCTTAATATGTAATACATCCAATACATACAACGTAccactataaaataactgaaaagaTGATACTGATATCAACAGCAGTGCCATGTGGACAGTGGTTTACATTCAGAAAGACAGACAATACCATTCAAATGTAACCAAGTTGTTAGATCCATCATAGAATCTAAAAAGTACCAGCATGACtctattaaaaggatagttcactcaaaaatcacAATTTGGTCATTGTTAATGGCTGTTTCTCACTGCAAGTGCAAGCAGTGCAGGCGCAGTGTGTATGTAGAGCAGAAGCATTTGACTTAAAATTGAGTTTCAAACCAGCTTAACTATGACTTTCAATTGAGTTTCAAATAAGCTTAACTTTGACTTACAAACAAGTTTTAAACCGGCTTGACTTTGAGTTACAATCGGGTTTCAAACCAGCTTAACTTTGAGTTACTGTCGAGTTTCAAACCAGCATGACATTGACTTCTGCGATGTTCAGGCTTCGCGCTGATGTGCTGCTTCTGTGTGCAATATGAAAGCGCTACTCTGTTAACAAGGACACCAAAAaaacacgctctgctcacgcactGTTTGCGCTTGCAGTGTGCAACAGGCTTTACTTAAACTCAAGTAGTCTCATTTACACATACTgcataaacaacacacacattcatatgctAAAAGGGTTAGTCATTTAGTTTGACTTTGAGTTATAAATAAGTTTCAAACCTGCTTTACTTTGACTTACAATTGAGTTTCAAACCTGCTTTACTTTGACTTACAATTGAGTTTCAAACCTTCTTTACTTTGACTTACAATCGGGTTTTAAACCAGCTTGACTTTGAGTTACAATCAAGTTTTAAACCAGCTTGACTTTGAATTACAATTGAGTGTTAAACCAGCTTGACTTTGAGTTACaactgagTGTCAAACCAGCTTGACTTTGATTTACaaccgaggttcaaaccagcctGACTTTGAGTTACAATCGGGTTTTAAACCAGCTTGACTTTGAGTTACAATTGAGTGTTAAACCAGCTTGACTTTGAATTACAATTGAGTGTCAAACCAGCTTGACATTGACTTACAATTGAGTTTTAAGAATGCAGATAACCATGCTGTAACCATGGACCCTAAAAAATACTATAAACATTGACTTTGGTGGAATTTTCTTTTCTATTAAGCATGTcagggttacaggtttccagcatttttaaatatatcttaaTTTTGTTCATCAGAATAAAAAAACACAGGGTTGAATcaacttgagagtgagtaaatgacaaaatttccacttttaaatgaactatccctttaaagcaatCAAAGTCCAATTGTGCTAACCTTTCTGTGTATGTCGGATCAAACCGTTTTGTAGTGCTTTCTTGTGTTAAATCATAGAATAGTTCAAACGATCATGACGGacataaatacatgtttttagttcattgcagAATCCTATGAAATGATCAAGAGCTGCAAGTAACTTCAGGATCTTCATACTgcataaacaacacacacattcatatgctAAAAGGGTACAACCATATAAATTCCTTAAGTTTTTTGCTCACAGGCAAATGTGGAATACTATCTTTCCCAAAACTCTGCACTACAGCCCGTCTTGCAAGTTCCTGTAGGGTTTGCGGGACATCCCCTCGATACGGCCTGCTCAAACTTTTTTTCGGAGATGCGATGTAGTATCCAAGCAGTCCAAAAATGCATGAAAAAGTGTGTTTGCTACCTGCTAAACTGAAGCTTTCGTTCTTCAGCAGCACTCGAACACTGGTCGGGCCTTCAGGAGCCCGATAGCTGAGCGTGAAGAAAACGTTGGCCTGCATGCTGTCCCGAATCAGGAACGTCCCAAGGGGAAGATTCGCCAGTCTCGCATGAGCTTCGTCCACATCCAAAGGGCCCCAGTAAAATCCACTGTGAGTCAAGTAAACCACAGCCTGTTTGATAAGATTGCATTCCTGCTGGTCCCGGAAAGGGTGAAAGTGTGTTGGTGGGACGGAGCAGGGTTTCGGAGGCTCTGCGGATTTGGGTGGTGCATTTGTATGGCCGTTGTCATTGTGATGGACCATTCTGAACTGAAGCCCACTCATGACATTCCTCCATGATCTTAAAGCATAGACGATTGATTCTGTGCAGACTGTGTGTAAAAAGGACAAAGAGTTTGAAACATCAGATAAAAGCTCTGATCGAAGACAGTACAGATGATTTTAAGTGTGcacaaattgtcattttttttatagCGAAAAGGTCTATTTATATTGGGATGATGATCAAAAAAggttagtattagtagtattattaatgACTAGtactattaatttattaaaataattaattaatattattactattaattcataaatgaatactaatcatttattttgtattatattacagtaaacattttttaaaaaggcaaaGAGTCTCCttttctacactgtaaataatgtctgttaattaacagtttccgtatgTTGTGATTCAagggttttctgtttatttatgattgtaaatcgctttatgggatgttgatctcttcttctcaacttttgatgttgaaaattcaactttacagtttaataaagtgacttttattttagttgtttgaaataatataaatttataaaaaatactataaaaatatactgaaataagtctgtaaagtaacagaaaatgtactgaactgaaatatacaacacaaacccagacaatatttcacttttaaaacttttaaaaatgttaataaaacttttgtttttttaacttttcaaggttaaaagtttctggaagaaagattaagatcctgtaatgcaatttaaaagcataaataaacagggaaaaattaaaacatgaatgacAAAATACGGAAACTAACGCTgtaactgctaatttacagatatttttccaGTGTATGAAGATgacactcaaaaaatgaaaaagaaaaaagattttagtattataatgattattaatacaaataacaacagcaaaaatactagaaatattacaaaaatattttttaacaaaaattacctaaaataatttgttcattcatttgccGATAACTTTCATATTTACACTCCGggtcaaaagtttggagtcagtctgaatattaaatgttttaaaataagcttctcctgctcaccaaagctgcatttatttaatcaaaaatacagtacaaattgtaaaattgtgaaatgttattgcagtataaaataactgctcaaataattacatttttttaatttatcccagtgattttaatgatgaattttcagcttcattactccagtcttcagagtcacttGATCCTTCAGAtcaatcactctaatattattattatgattattattataattattatgattatggttattatgattattatgattattattattattattaatggtaacagtaataaaatcaataatgactggagtaataatataatttgaaactacatacaataagaaatcagttatttaaaatttttataaatttttaacttttttttttttacatttattaaatgctgccttgatgaacaaaatcattttctaaaaaaaatgaaagaactgACCCAAAacctttgaccggtagtgtatattattattgttaataatattaataataatatattaatgtttatttctgcCCATGTAGTAAAAGTCAGAGTTATGGAAATCCGATCTGTCCCTGTAAAGGAAGTCAACATTTATCAAGAAAAGTAtgttaaaaattaagtttaaatgttaaaataatatcatAAAACATGTTTGAAAACACATATTATACACAGGTAAttgttataaaaatgaaaattaaattttacagatacaattttttaaaataattcaacggTGACAACTAATTACGTAGACTACTCAAAGTGAAagcattttcacactttttactaGATGCTCTTTTGCtgaactatatatttttataggaaTAAATTGGAacaaactatttataatataattttagtgaAGAAACATTAGGAAACCATGAGGTTATAAAACCTCATATAGCCTATAGCCACAAGCTACAAGTTGCTGTGGACTGATTTGTAAGTCGATttgtataaaagtgtctgctaagtGGTTGGATGTACAATGCAAATGTAAAACTCAATGTTATTTAGAATAACTTAGCACGAGTTTTACAAGCcatttttagctttaaaaaataaCAGATCATGTATTTTAAGCACATCCAACGCACAAAACTATCCTAAGTTGGTTGGCTCTAAAAATTAATTGAATGGCACTTTCTAGACAAACGCCTTGGATTAAACTGttagcagaaaaaaagtgaaGCACCGTTGCCTTCCCTCAGATATATCAGCACGTATGTTTACACGAAAACATCATGACAcacatcaaataaaatgaaatcgtTTCTCCTGTGAATCAAGCAAAACAATTTCAATATTCAATGTCTGTCACACTCTCATCTCGAAATAAGCCTTGGGGCTCCAGTGAGAAGGCTATCATAAAGCGGTGTCATACTGGAATAACGTCACGGTGAAATTAAAGGTGACAGAAACACCTCCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003029 False 3011 lncRNA 0.31 3 8950874 8965939
TCONS_00000198 False 3008 lncRNA 0.31 3 8950874 8965939
TCONS_00003030 True 4664 lncRNA 0.32 2 8961004 8965939

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000104 NA coding upstream 248190 8694196 ~ 8702684 (+)
XLOC_000103 fscn1b coding upstream 280388 8662530 ~ 8670486 (+)
XLOC_000102 SLC29A4 coding upstream 340310 8601935 ~ 8610564 (+)
XLOC_000101 si:ch211-160d14.15 coding upstream 353859 8593560 ~ 8597015 (+)
XLOC_000100 NA coding upstream 360238 8587230 ~ 8590636 (+)
XLOC_000106 NA coding downstream 1540 8967479 ~ 8976422 (+)
XLOC_000107 tlr2 coding downstream 18129 8984068 ~ 8988504 (+)
XLOC_000108 prkcba coding downstream 38780 9004719 ~ 9064912 (+)
XLOC_000109 BX004779.3 coding downstream 105385 9071324 ~ 9074479 (+)
XLOC_000110 cacng3a coding downstream 116478 9082417 ~ 9091935 (+)
XLOC_000098 AL928650.2 non-coding upstream 373600 8575307 ~ 8577274 (+)
XLOC_000097 NA non-coding upstream 375817 8573777 ~ 8575057 (+)
XLOC_000087 NA non-coding upstream 1276645 7672121 ~ 7674229 (+)
XLOC_000084 NA non-coding upstream 1438112 7512529 ~ 7512762 (+)
XLOC_000111 NA non-coding downstream 163447 9129386 ~ 9132490 (+)
XLOC_000116 BX323038.1 non-coding downstream 311907 9277846 ~ 9285351 (+)
XLOC_000120 NA non-coding downstream 921016 9886955 ~ 9914630 (+)
XLOC_000121 NA non-coding downstream 980725 9946664 ~ 9951873 (+)

Expression


Co-expression Network