XLOC_012960


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012960
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 37048505 ~ 37053102 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00027139
tacactctaaaaaacgctgggttggttttttaacccaaatgctgggttgagactgctgggtaacaaaattgggttgattcaacccaatttgggttgaaaaTCGATCTTTATCTATAACCCAGCAGTGCTGGGTTGGGAACGCGGACGTGAAAGAGAGCACGCACGTCACGTCAACATGCAGGGACATCAACGTGAGAAACCGCCATTTTCTTTGCGCTGTCTTTGAGGGGAAGCGAGTGAAATTCTGTGTGAGACGTAAGTTATTTAgtgtgtatttaacaattttcataagaaataacacacttagtttacttagtataatatacacgcgcttttttttctgtttctccgcCTGATGGCCGACTTGTTGCTCCGCCTCACGCTGACCTGTGCTCGCCTTATGGCTGAACTGTTGCTCCGAGTCCGCCTGACGAGCCACCTGTTTCTCCGGatctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccggacccgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacgcCCGAGCTGTTGCTCCACCTAACGCCTGACCTGTGCTCGCCTCACGCCCGACCTGTTGCTCCGCCTCACGGGCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGGTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGgtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcaatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagcacagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatggggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCACCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtactttggattgtgggggaaaaggagcacccagagaaaacccacacgaacacggggaaaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagctgaggcttaaaccaccgaccttgttgctgtgaggcaatcgtacttcccactgtgccaccatgacacccatttctaaagaatagttttaataactcatttctaataactgatttcttttctctttgctatgatgacagcacataataatggactagatattttttaagacactctacactgcagttacattgcaactaatgtttcttacagactcttttatatctcaggattgatgtttgcacatgattgttcgagtaaaagttaaaaaaagttttcctatttcaaatttgttttaaaatgcttccatcctcaggtttcattttaacttttatatctgttttttcttcaaaactgcatttacattgaacttgatcatccttactgatgattgctttatagctcatatattgatgtttgcacataattgttaaagggaaagttataaaatgttttcttattttttcttaatataaaatttgtattctcttagtttttattgtttgttttgttttttcaagctgtttgatgccttttcatgattactttcacatatttttttctgcattgcagtcgatgatttatatgagaatatgttgatgtttgtgctcaaattactttctgacttcagtcatttaaatgcattttcattattacttccttatactattgtttttctctactctgcaataacattgcaattgccttactgatgattcctgatttataaatgatgcaaatgtttttgaatgtatttcaaatatgcattttcttaaggtaatttgtctgatttcagtctgatgcattgttactgaactttagtcagtgtttctgtgatacagtttgataaattttcacagaaatcgtcttaacccttt
>TCONS_00026920
tacactctaaaaaacgctgggttggttttttaacccaaatgctgggttgagactgctgggtaacaaaattgggttgattcaacccaatttgggttgaaaaTCGATCTTTATCTATAACCCAGCAGTGCTGGGTTGGGAACGCGGACGTGAAAGAGAGCACGCACGTCACGTCAACATGCAGGGACATCAACGTGAGAAACCGCCATTTTCTTTGCGCTGTCTTTGAGGGGAAGCGAGTGAAATTCTGTGTGAGACGTAAGTTATTTAgtgtgtatttaacaattttcataagaaataacacacttagtttacttagtataatatacacgcgcttttttttctgtttctccgcCTGATGGCCGACTTGTTGCTCCGCCTCACGCTGACCTGTGCTCGCCTTATGGCTGAACTGTTGCTCCGAGTCCGCCTGACGAGCCACCTGTTTCTCCGGatctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccggacccgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacgcCCGAGCTGTTGCTCCACCTAACGCCTGACCTGTGCTCGCCTCACGCCCGACCTGTTGCTCCGCCTCACGGGCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGGTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGgtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcaatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatggggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCACCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtactttggattgtgggggaaaaggagcacccagagaaaacccacacgaacacggggaaaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagctgaggcttaaaccaccgaccttgttgctgtgaggcaatcgtacttcccactgtgccaccatgacacccatttctaaagaatagttttaataactcatttctaataactgatttcttttctctttgctatgatgacagcacataataatggactagatattttttaagacactctacactgcagttacattgcaactaatgtttcttacagactcttttatatctcaggattgatgtttgcacatgattgttcgagtaaaagttaaaaaaagttttcctatttcaaatttgttttaaaatgcttccatcctcaggtttcattttaacttttatatctgttttttcttcaaaactgcatttacattgaacttgatcatccttactgatgattgctttatagctcatatattgatgtttgcacataattgttaaagggaaagttataaaatgttttcttattttttcttaatataaaatttgtattctcttagtttttattgtttgttttgttttttcaagctgtttgatgccttttcatgattactttcacatatttttttctgcattgcagtcgatgatttatatgagaatatgttgatgtttgtgctcaaattactttctgacttcagtcatttaaatgcattttcattattacttccttatactattgtttttctctactctgcaataacattgcaattgccttactgatgattcctgatttataaatgatgcaaatgtttttgaatgtatttcaaatatgcattttcttaaggtaatttgtctgatttcagtctgatgcattgttactgaactttagtcagtgtttctgtgatacagtttgataaattttcacagaaatcgtcttaacccttt
>TCONS_00026921
AAGTTATTTAgtgtgtatttaacaattttcataagaaataacacacttagtttacttagtataatatacacgcgcttttttttctgtttctccgcCTGATGGCCGACTTGTTGCTCCGCCTCACGCTGACCTGTGCTCGCCTTATGGCTGAACTGTTGCTCCGAGTCCGCCTGACGAGCCACCTGTTTCTCCGGatctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccggacccgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacgcCCGAGCTGTTGCTCCACCTAACGCCTGACCTGTGCTCGCCTCACGCCCGACCTGTTGCTCCGCCTCACGGGCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGGTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGgtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcagtaagtagtatttttactcttgtatttcttaagtttgttcatggatttttgtgacaatactttgatgcataagtgttgaattcagcttctaacaatgttttttttttaatcaaaatatatacaataattgtcctgctctgcatgt
>TCONS_00026922
TAGGATAATTTAGgagctttttattgtaataaaatgtctTTTGAATGACACAGATGTTTATGTTGGCTaggtgatgacaatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagcacagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatggggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCACCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtactttggattgtgggggaaaaggagcacccagagaaaacccacacgaacacggggaaaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagctgaggcttaaaccaccgaccttgttgctgtgaggcaatcgtacttcccactgtgccaccatgacacccatttctaaagaatagttttaataactcatttctaataactgatttcttttctctttgctatgatgacagcacataataatggactagatattttttaagacactctacactgcagttacattgcaactaatgtttcttacagactcttttatatctcaggattgatgtttgcacatgattgttcgagtaaaagttaaaaaaagttttcctatttcaaatttgttttaaaatgcttccatcctcaggtttcattttaacttttatatctgttttttcttcaaaactgcatttacattgaacttgatcatccttactgatgattgctttatagctcatatattgatgtttgcacataattgttaaagggaaagttataaaatgttttcttattttttcttaatataaaatttgtattctcttagtttttattgtttgttttgttttttcaagctgtttgatgccttttcatgattactttcacatatttttttctgcattgcagtcgatgatttatatgagaatatgttgatgtttgtgctcaaattactttctgacttcagtcatttaaatgcattttcattattacttccttatactattgtttttctctactctgcaataacattgcaattgccttactgatgattcctgatttataaatgatgcaaatgtttttgaatgtatttcaaatatgcattttcttaaggtaatttgtctgatttcagtctgatgcattgttactgaactttagtcagtgtttctgtgatacagtttgataaattttcacagaaatcgtcttaacccttt

Function

GO:

id name namespace
GO:0001704 formation of primary germ layer biological_process
GO:0031016 pancreas development biological_process
GO:0031018 endocrine pancreas development biological_process
GO:0002068 glandular epithelial cell development biological_process
GO:0003309 type B pancreatic cell differentiation biological_process
GO:0030073 insulin secretion biological_process
GO:0003323 type B pancreatic cell development biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00027139 False 2321 lncRNA 0.41 6 37048505 37053102
TCONS_00026920 False 2316 lncRNA 0.41 6 37048505 37053102
TCONS_00026921 False 644 lncRNA 0.46 2 37048762 37049532
TCONS_00026922 True 1644 lncRNA 0.36 5 37049256 37053102

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012958 NA coding upstream 104088 36943191 ~ 36944417 (+)
XLOC_012957 si:ch211-238g23.1 coding upstream 128052 36914221 ~ 36920453 (+)
XLOC_012956 NA coding upstream 163688 36884617 ~ 36884817 (+)
XLOC_012955 ttc9b coding upstream 183119 36806545 ~ 36865386 (+)
XLOC_012954 C18H19orf47 coding upstream 248464 36782930 ~ 36800041 (+)
XLOC_012961 qpctla coding downstream 166038 37219140 ~ 37234696 (+)
XLOC_012962 tbcb coding downstream 206698 37259800 ~ 37270740 (+)
XLOC_012963 NA coding downstream 219413 37272515 ~ 37281166 (+)
XLOC_012964 NA coding downstream 305794 37358896 ~ 37363028 (+)
XLOC_012965 AL627088.2 coding downstream 405344 37458446 ~ 37458562 (+)
XLOC_012949 NA non-coding upstream 639192 36141216 ~ 36409313 (+)
XLOC_012945 CR377223.2 non-coding upstream 1228942 35819449 ~ 35819563 (+)
XLOC_012944 CR377223.1 non-coding upstream 1241539 35806848 ~ 35806966 (+)
XLOC_012966 CR381582.1 non-coding downstream 909676 37962778 ~ 37962897 (+)
XLOC_012967 CR381582.2 non-coding downstream 964799 38017901 ~ 38018018 (+)

Expression


Co-expression Network