XLOC_015422


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015422
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 23541727 ~ 23609276 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033262
CGAGTCGCTGCATAGACGGTTCCAAAACCTCCTTCACCGAGCTCATCACCAACTTCATATTGGCGTGAATTGATGACTGTTAAAGAGAAATCAGAGATGAGGGAATAAAATGTGACAGCACTTACTACTACTAAATCCAATTAAGAGCtactttttattttctaaagACAAATTAGCTGAATATTAGTTATCAACAACATTTAAACAATCTGTATATTGAAGTCAGTCTGAAGCACAGCCCACTAAACTGTAGGGGTCTAACTATTCGCACCTAACCATTTCAGTACAGGACTTTAAGTTCAGTCAGTGTGTACAAAATATGGACAAAAAGACATTTGAGGGGAAAAGTGACACTGCTGGATGTAAATGCTCAGTAGTGCTCTGCTGCAACACTGCACTGACAAACACATCTGTGTGCATGAATGAACAAGAGTGAGTACAACAACTTCACAAATATTCACAGTGTTCCAGAATTCAGCATTTTCTGAATACAGGTGAAAAATGTTTCATTAGAAACGTAAATGTTACTGGTGTTTTCTTCTGTCAGATAACATTTGGCagagtttttagttttatttttattcatgcagCAAAGGTTTAATAATTATTGTCCATTATTTTTAATGACTGAAAAATCCTAATATATATtctaatttatttgtatattgattTATGTAGAATTCACCTTTTGTCACGTTATTAGTCCTctaacttttacttttttaatagtaataaacGGTAAACAAAAATCACAAGCATTTTTtaagttttgcttgtttttttatttcaaactgtAATAAAATTGAACAGAACTATTTATCCTTACACCCTACTAAACTGAAGTAAACCTGTAAATGTTCACTGAATTACTGAATGAGTGTCAAGGTAGCAAACTTACCGAAAATTGTTTTCTCCTTCTCCTGAGGAACTGATGGCACTGCAGCTTGAAGGACATCATCCTCACTACAGTCGGACGTGGCACAGGCTGTAGGGACGTCGTCAACACTTTGAGCTGCAGCATGGTCTGGAGTTTGGAGGGTCAGTTCAGTGCTGGGAGATTGGAGGACATCACTGTGGTCGTCAACACGGACTGGACAACCACTGGTGCTTAGTTCCTCCGATAGCAGCTGGCATGACTGTGGCTCAGTGTCCCGAAGAACACGTGCACACAAGTTAGCTAGCAAAGGCACTGCAACTTGAAGGACATCATCCTCACTACAGTCGGGAGAATAGAGGACAACACTCTGGTCGTCAACATGGACTGGACAGCCACTGGTGCTTGGTTCCTCCGATGACAGCTGGCATGACTGTGGCTCAGTGTCCCGAAGAACACGTGCACACAAGTTAGCTAGCAAAGGCACTGCAGCTTGAAGGACATCATCCTCACTGCAGTCGGGAGAATAGAGGACAACACTGTGGTCGTCAACATGGAC
>TCONS_00033533
CGAGTCGCTGCATAGACGGTTCCAAAACCTCCTTCACCGAGCTCATCACCAACTTCATATTGGCGTGAATTGATGACTGTTAAAGAGAAATCAGAGATGAGGGAATAAAATGTGACAGCACTTACTACTACTAAATCCAATTAAGAGCtactttttattttctaaagACAAATTAGCTGAATATTAGTTATCAACAACATTTAAACAATCTGTATATTGAAGTCAGTCTGAAGCACAGCCCACTAAACTGTAGGGGTCTAACTATTCGCACCTAACCATTTCAGTACAGGACTTTAAGTTCAGTCAGTGTGTACAAAATATGGACAAAAAGACATTTGAGGGGAAAAGTGACACTGCTGGATGTAAATGCTCAGTAGTGCTCTGCTGCAACACTGCACTGACAAACACATCTGTGTGCATGAATGAACAAGAGTGAGTACAACAACTTCACAAATATTCACAGTGTTCCAGAATTCAGCATTTTCTGAATACAGGTGAAAAATGTTTCATTAGAAACGTAAATGTTACTGGTGTTTTCTTCTGTCAGATAACATTTGGCagagtttttagttttatttttattcatgcagCAAAGGTTTAATAATTATTGTCCATTATTTTTAATGACTGAAAAATCCTAATATATATtctaatttatttgtatattgattTATGTAGAATTCACCTTTTGTCACGTTATTAGTCCTctaacttttacttttttaatagtaataaacGGTAAACAAAAATCACAAGCATTTTTtaagttttgcttgtttttttatttcaaactgtAATAAAATTGAACAGAACTATTTATCCTTACACCCTACTAAACTGAAGTAAACCTGTAAATGTTCACTGAATTACTGAATGAGTGTCAAGGTAGCAAACTTACCGAAAATTGTTTTCTCCTTCTCCTGAGGAACTGATGGCACTGCAGCTTGAAGGACATCATCCTCACTACAGTCGGACGTGGCACAGGCTGTAGGGACGTCGTCAACACTTTGAGCTGCAGCATGGTCTGGAGTTTGGAGGGTCAGTTCAGTGCTGGGAGATTGGAGGACATCACTGTGGTCGTCAACACGGACTGGACAACCACTGGTGCTTAGTTCCTCCGATAGCAGCTGGCATGACTGTGGCTCAGTGTCCCGAAGAACACGTGCACACAAGTTAGCTAGCAAAGGCACTGCAACTTGAAGGACATCATCCTCACTACAGTCGGGAGAATAGAGGACAACACTCTGGTCGTCAACATGGACTGGACAGCCACTGGTGCTTGGTTCCTCCGATGACAGCTGGCATGACTGTGGCTCAGTGTCCCGAAGAACACGTGCACACAAGTTAGCTAGCAAAGGCACTGCAGCTTGAAGGACATCATCCTCACTGCAGTCGGGAGAATAGAGGACAACACTGTGGTCGTCAACATGGACTGGACAGCCACTGGTGCTTGGTTCCTCCGATGACAGTGTCCTGAAGAACACGTGCACACAAGTCAGCTAGCAAAGGCACTGCAGCTTGAAGGACATCATCCTCACTACAGTCGGACATGGCACAGGCTGTAGGGACGTCGTCAACACTTTGAGCTGCAGCATGGTCTGGAGTTTGGAGGGTCGGTGCAGTGATGGGAGAATGGAGGACATCACTGTGGTCGTCAACATGGACTGGACAACCACTGGTGCTTAGTTCCTCCGATGACAGGTGTTCAGTCCTATCATCAATTTCTCGACCTAAAAgagaaataatatgtaataactaaggattgttttgttcacattttaTAAATCAAATATCATTTAGCCATATTATTGAATGATAACAATTATGAAGTGACTATGTGAGGTGTAGTTTTGTGGATTCAACATGCATGGATGTGTTTGTCATGCTTCTTGTGTTTTGACAGCTCCtattagtaaataattaagtTGCCATGTCATTTCATCATAAATAAAACATCACCTTAAATTCAGCTTAAAGGAATGAATTTCagttttgtgtaaatgcatgaCAGTATGAACTTGTATGCTACTGTATGTAGTAAACTGTAGGATGttgagttcatttatttatttaacttgaaGTGCTGGGTAGGAAATATGGAGAATAGCTGAAGAAATATACTAAATCAACTGTATGTTACAGACTTCATAAAACtgattaataaaactaaataaatatagtttaaaacattattaataaaaaacttCAACGACATTGAGTTTAGGGCCCTATATGCAGACTTTGGTGTTCTTACAACATCTCTACATAATTTACCATCTCTGGTCATCGTGGGTGGAGAGTTCTTCTCCACGGGTTCTTCTCGATCTGAGTGGGGTTTGTTTTCTGTCCTTCCCCGCAGGACTAACGCAATTACTCCGagtaatgtaaacattttaaagagtAAATAGTTACCAATTTGAAAAGCACAAATCTACGAACAATTAACTGTCAGTAAAGACGAAGAAAGTCTTCGTATGTGTTCACACTACAGTGAATTGTGTGTAATGGCGCCTGTTCAGCAGAACGTCATCTTTAGAACGTGTTTTAGAACATCAAATGACATTCTAAATTCCAATAACACCCAGCCGAAACGTGATTGACCCgtttaaaaattcattaaaaatttaatacaaaataaaagacaatAATTTTAGTGGATCTTTCAGGAGTCACTTCAAGTCTTTGTTTTTGTATTCAC
>TCONS_00033534
ataatatgtaataactaAGGATTGTTTTATTCACattttaTAAATCAAATATCATTTAGCCATATTATTGAATGATAACAATTATGAAGTGACTATGTGAGGTGTAGTTTTGTGGATTCAACATGCATGGATGTGTTTGTCATGCTTCTTGTGTTTTGACAGCTCCtattagtaaataattaagtTGCCATGTCATTTCATCATAAATAAAACATCACCTTAAATTCAGCTTAAAGGAATGAATTTCagttttgtgtaaatgcatgaCAGTATGAACTTGTATGCTACTGTATGTAGTAAACTGTAGGATGttgagttcatttatttatttaacttgaaGTGCTGGGTAGGAAATATGGAGAATAGCTGAAGAAATATACTAAATCAACTGTATGTTACAGACTTCATAAAACtgattaataaaactaaataaatatagtttaaaacattattaataaaaaacttCAACGACATTGAGTTTAGGGCCCTATATGCAGACTTTGGTGTTCTTACAACATCTCTACATAATTTACCATCTCTGGTCATCGTGGGTGGAGAGTTCTTCTCCACGGGTTCTTCTCGATCTGAGTGGGGTTTGTTTTCTGTCCTTCCCCGCAGGACTAACGCAATTACTCCGagtaatgtaaacattttaaagagtAAATAGTTACCAATTTGAAAAGCACAAATCTACGAACAATTAACTGTCAGTAAAGACGAAGAAAGTCTTCGTATGTGTTCACACTACAGTGAATTGTGTGTAATGGCGCCTGTTCAGCAGAACGTCATCTTTAGAACGTGTTTTAGAACATCAAATGACATTCTAAATTCCAATAACACCCAGCCGAAACGTGATTGACCCgtttaaaaattcattaaaaatttaatacaaaataaaagacaatAATTTTAGTGGATCTTTCAGGAGTCACTTCAAGTCTTTGTTTTTGTATTCAC
>TCONS_00033536
GCTGGCATGACTGTGGCTCAGTGTCCCGAAGAACACGTGCACACAAGTTAGCTAGCAAAGGCACTGCAGCTTGAAGGACATCATCCTCACTGCAGTCGGGAGAATAGAGGACAACACTGTGGTCGTCAACATGGACTGGACAGCCACTGGTGCTTGGTTCCTCCGATGACAGTGTCCTGAAGAACACGTGCACACAAGTCAGCTAGCAAAGGCACTGCAGCTTGAAGGACATCATCCTCACTACAGTCGGACATGGCACAGGCTGTAGGGACGTCGTCAACACTTTGAGCTGCAGCATGGTCTGGAGTTTGGAGGGTCGGTGCAGTGATGGGAGAATGGAGGACATCACTGTGGTCGTCAACATGGACTGGACAACCACTGGTGCTTAGTTCCTCCGATGACAGGTGTTCAGTCCTATCATCAATTTCTCGACCTAAAAgagaaataatatgtaataactaaggattgttttgttcacattttaTAAATCAAATATCATTTAGCCATATTATTGAATGATAACAATTATGAAGTGACTATGTGAGGTGTAGTTTTGTGGATTCAACATGCATGGATGTGTTTGTCATGCTTCTTGTGTTTTGACAGCTCCtattagtaaataattaagtTGCCATGTCATTTCATCATAAATAAAACATCACCTTAAATTCAGCTTAAAGGAATGAATTTCagttttgtgtaaatgcatgaCAGTATGAACTTGTATGCTACTGTATGTAGTAAACTGTAGGATGttgagttcatttatttatttaacttgaaGTGCTGGGTAGGAAATATGGAGAATAGCTGAAGAAATATACTAAATCAACTGTATGTTACAGACTTCATAAAACtgattaataaaactaaataaatatagtttaaaacattattaataaaaaacttCAACGACATTGAGTTTAGGGCCCTATATGCAGACTTTGGTGTTCTTACAACATCTCTACATAATTTACCATCTCTGGTCATCGTGGGTGGAGAGTTCTTCTCCACGGGTTCTTCTCGATCTGAGTGGGGTTTGTTTTCTGTCCTTCCCCGCAGGACTAACGCAATTACTCCGagtaatgtaaacattttaaagagtAAATAGTTACCAATTTGAAAAGCACAAATCTACGAACAATTAACTGTCAGTAAAGACGAAGAAAGTCTTCGTATGTGTTCACACTACAGTGAATTGTGTGTAATGGCGCCTGTTCAGCAGAACGTCATCTTTAGAACGTGTTTTAGAACATCAAATGACATTCTAAATTCCAATAACACCCAGCCGAAACGTGATTGACCCgtttaaaaattcattaaaaatttaatacaaaataaaagacaatAATTTTAGTGGATCTTTCAGGAGTCACTTCAAGTCTTTGTTTTTGTATTCAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033262 False 1433 lncRNA 0.40 3 23541727 23545091
TCONS_00033533 False 2698 lncRNA 0.39 4 23541727 23609276
TCONS_00033534 False 957 lncRNA 0.32 2 23544273 23609276
TCONS_00033536 True 1401 lncRNA 0.39 2 23576001 23609276

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015421 BX470197.1 coding upstream 57379 23482798 ~ 23484348 (+)
XLOC_015418 NA coding upstream 62481 23406453 ~ 23479246 (+)
XLOC_015420 NA coding upstream 90326 23450772 ~ 23451401 (+)
XLOC_015419 NA coding upstream 120680 23414883 ~ 23421047 (+)
XLOC_015417 rnf2 coding upstream 179794 23351454 ~ 23361933 (+)
XLOC_015424 rpp40 coding downstream 3764 23613040 ~ 23620223 (+)
XLOC_015425 oxsr1a coding downstream 67903 23677179 ~ 23726605 (+)
XLOC_015426 BX649335.1 coding downstream 70597 23679873 ~ 23679989 (+)
XLOC_015427 slc22a13a coding downstream 121918 23731194 ~ 23745290 (+)
XLOC_015428 NA coding downstream 163642 23772918 ~ 23779429 (+)
XLOC_015416 BX548024.3 non-coding upstream 283830 23257777 ~ 23257897 (+)
XLOC_015414 NA non-coding upstream 356923 23156012 ~ 23184804 (+)
XLOC_015432 NA non-coding downstream 327259 23936535 ~ 23940330 (+)
XLOC_015433 CR788285.2 non-coding downstream 403974 24013250 ~ 24014943 (+)
XLOC_015434 NA non-coding downstream 413522 24022798 ~ 24024448 (+)

Expression


Co-expression Network