XLOC_015443


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015443
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 24484273 ~ 24497841 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033540
ACCCACCTGACAGTCTCGGCGTCCGTTTCCACAGGAAGCTCAGCTACCACAGTCTTTTGGTCTTGTCGCTTTTTGGTCTCTACAAATGTAGGACGTTTGTCAGCGTAAGCCATTATTGACAGGTAAGAAATCTTGCACTTCGTAGCCATAGTGACATAGATCATAGGCCTCGTGAAAACTTATTTACGTTTATTTTCGCGCTCTTCAGCTTCAGTGAACGCGCAGGATGATTGACAACACCTCAGAAGCCTTGTGGTTGGCTGAAGTCGCCATGATGTTAATACAAACTTAAAAAGTAATACCTGGAACACCCAAGGTCCCAACAATAGCTACTTTTGTTATGGTGAAATCTCAGTCTGTTTACTCTGTGGTCATAATGTGGTAGCTATTTTAGACATCTTTTTGGGTATTTCTCATCATTGCATACACAGAACATGCAAAAATGTACACTCCCAGCATCGGAAATATGTGCATTCACTATCGATTTACACGGATCCCTCTCTTGCAGGCTACATCATAATATTCATTTGTCCTGGACGGCTGAATAAGTGACAGTAATAGACCGAGGCCCAGAGGAAGAAGATGAAGACATGCTATCAAGAGCAGCTGTGACACGGCAGCTGGTCTGACAGTGTGTATGTGGTCTGAATACACATCTTTTCATCTAAGGTACCATTAGAAGGTCACTGATCTTGTGTATTCAAATGTATTAGCATTATCATTATTAGAGATATCAGTAACATgtcagaggttttttttctgagGTATTTGCATTGTGCTGTTTTCTGAGCAGTTTTAGGAAAATTGCTTCAATCCTGATGTATATACGTAGATCTGTACAGAGCTGGTTTAAATTTTTGTAAACAGTAAATGCTTTTTTATGTGAAAAGTTAGTTTGAAGAAATGACAGCTGCTGATTTTATTACTAGCCATACGCCCTCTAGCGGTAAGTTTCTAACAAAGCATGCTGaactaaaacaagaaaaaaatacactACCACGAAATTTAAATAATCATCAAATCTAACTGTGGTAAATCATAGTAAACAGTTTACTGCATTTGTATTCTGAATTATGTTAATTTACTGATGACATAGGCCTATACAGACTGCAAGTTATAGATTAGACATTATCTTTGAATTGTCGGATTTATTGCACATTGTGACTATAATCGCACAAAAATTACTGCCAAGTCAATCACCACCAGTTAATGATGAGAAGGTTGTGTTAAATACGTACCTGTTTACCAACCGATACAAAGCTTTACTTCTCAACAGTGTAAGAAGCATTTAGTTTCatgcagctgaagtcagaactattagcccctttaattttctttctttttttaatatttcccaaattatgtttatcagatcaaggaaattttcacagtatgtctgataatattttttcttctggagaaagtcttatttgttttatttcggcaagaataaaatcagtttaaaatttttttataaacattttagggtcagaattattagcccctttaagctatttttttccgattgtctgcagaacaaaccatcaatattcaataacttgcctaattaccctaacctgccttgtaaACCTAAATAAcattgttaagcctttaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttgaaaaatatctagtgaaataatatttactgtcatcatagcaaagataaaataaatcagttgagttattaaaactattatatttagaaatttgttgaaaaaatctgctctccgttaaacagaaattgggggaaaaataaacaggggggctaaaattATGACTTCAAATGTATGTCCCCAAAATGTATAAAGATGGGTTCATGGTACACTAAAAAATGCTTTCacttgcaaaaaaattaaatgaacacaATAATTGATTTATACTAAACTACAGTATACAATTAGTACTTATTTTTTCATTCAGTTTcacatacactaccggtcaaaagtttggggtcagtgtgatttttaaatgttttaaatatgcttctgctcaccaaggctgcatttattttatcaaaaataaagtacaaattaaattagtaaaattgtgaaatgttcttgcactataaaataacttcaaaaatagattataatttgatttattcatttattctagtGATTTAAAACATGAATTTTCAGCTTCCTTACTcaagtcttcagagtcacatgatccttcagaaatcatactaataataattatcattgttattgttattattattattattattggtaatagcaataaaagcaataatgactggagtaatcatttcatttgaaactacatacaataaaaaaaaactgttatttaaaatttaataaatatttaacatggattcattcattttctttttcggctgagtccctttattaatctggggttaccacagcggaaagaaccaccaacttatccagcatatgttttatgcagcagatgcccttccagcagcaacccaacactgggaactaaccatacacactcatttacacacatacactgccgacaatttagcctacccaattcatctgcatgtctatgtatttgtgggggaaactggagcatccggaggaagcCCACTCGaaagcggggagaacatgcaaactccacacagaaatgccaattgacccagccgaggcttgaaccagtgaccttcttgctgtgaggcgatagcactacctactgtgccaccatgtcacataaaaatttaacaatttttatttacatttaataataataattttctttaaaaaaaactggaaaaaaaaacagactccAACATTTAATCTGTCGTGTATGTCCCCAAAAATGTCTATAATGGCAGGTTTCAGTGTTGCGTTatgcttaaaataattttaaattgcaaaaacaaatgtataataataaataaataaatagatatagatTAATATAGATATTGATAAATATAGATTTTGAAAAAGACTGTAGTTTTTTCCTCTAAAAACCTTTGTTTCATTTGCAACTTTTACactttagtaaatgcattaactaccgATGAGAAATCCATTTGTTACaggatttattaatttttgttaacATGAGTCCACAAATGCTACCTGTTAGCTCAGGTCTATTACATACCATTAACAAATACATTCAATAGCAATAtatggatttaataaataatgatatgaaataaatgttaaattttaaatgCTTTAGAAGTATTTTTATTGTTAGCCTATATTGTCAAACTTGTTAGTCGGCTCCAGAGTAAATATGTCAACAAACAatatcttattgtaaagtgctataATGATGACTACACATTGTGCAACAGCAAAAAACAGCAAAAGTATTGTAGATGCAATGTTTAATAAGCGTAACTAAATGTACCACAGCTTTAGAAAATCGTCAAGGCTCTACATCTGATCTGAGTTCAGCAGTACTGAATCAGTTCATTCATGGTGCATCCAGAAGTACAGCAGACCCCTGCTGGGCCCGCATCACGCCGACTCCTGGACGACACACTGAGATCCTGCATGGTGGTGGAGTGATCCAGAGGCTCTGCTGGTGGGCTTGTGTGCTGGCGGGGGTCTGGATGCCCTCTCACGCTCTCAGGGGTGTCCCGCTCCCTCCACTGCTCATCTTCAACAGCCGGAGACCCTCTCTGGTGCACAACGAGGTCTCTATCCAGCCAGTTTTGGAGATTCCCTGAAAAATGACATGAGAGGATGAGAAAAGATGCATTAACCCTCATCTTGGGTTCTAATcagcttttattattgttttggatCAGTGGAGTAACATCTAGCACTGAAATTGTGGGTCAACTGTTATCATAATGATAACCAAAACTGTATCGCACATTCCACAATAATAAACAATGTCAAAGCA
>TCONS_00030890
CCACCTGACAGTCTCGGCGTCCGTTTCCACAGGAAGCTCAGCTACCACAGTCTTTTGGTCTTGTCGCTTTTTGGTCTCTACAAATGTAGGACGTTTGTCAGCGTAAGCCATTATTGACAGGCTACATCATAATATTCATTTGTCCTGGACGGCTGAATAAGTGACAGTAATAGACCGAGGCCCAGAGGAAGAAGATGAAGACATGCTATCAAGAGCAGCTGTGACACGGCAGCTGGTCTGACAGTGTGTATGTGGTCTGAATACACATCTTTTCATCTAAGCTTTAGAAAATCGTCAAGGCTCTACATCTGATCTGAGTTCAGCAGTACTGAATCAGTTCATTCATGGTGCATCCAGAAGTACAGCAGACCCCTGCTGGGCCCGCATCACGCCGACTCCTGGACGACACACTGAGATCCTGCATGGTGGTGGAGTGATCCAGAGGCTCTGCTGGTGGGCTTGTGTGCTGGCGGGGGTCTGGATGCCCTCTCACGCTCTCAGGGGTGTCCCGCTCCCTCCACTGCTCATCTTCAACAGCCGGAGACCCTCTCTGGTGCACAACGAGGTCTCTATCCAGCCAGTTTTGGAGATTCCCTGAAAAATGACATGAGAGGATGAGAAAAGATGCATTAACCCTCATCTTGGGTTCTAATcagcttttattattgttttggatCAGTGGAGTAACATCTAGCACTGAAATTGTGGGTCAACTGTTATCATAATGATAACCAAAACTGTATCGCACATTCCACAATAATAAACAATGTCAAAGCA
>TCONS_00030891
CGGCGTCCGTTTCCACAGGAAGCTCAGCTACCACAGTCTTTTGGTCTTGTCGCTTTTTGGTCTCTACAAATGTAGGACGTTTGTCAGCGTAAGCCATTATTGACAGGCTACATCATAATATTCATTTGTCCTGGACGGCTGAATAAGTGACAGTAATAGACCGAGGCCCAGAGGAAGAAGATGAAGACATGCTATCAAGAGCAGCTGTGACACGGCAGCTGGTCTGACAGTGTGTATGTGGTCTGAATACACATCTTTTCATCTAAGGCAGGCTGGGAACCTGGGCTCACTGTTCGAGGGGAGTGAAGGCAGAATGACCAACATGGACGGTTAGTGTTGACACTGGCCGGTGTGATGCCTGCTGTCCTCATCAGACTCCTCGGTTTGAGGCTCGAAGCAGTTGTCGAATTTCTTCCGCAGTCTTTTCTTGAGGTTCAGACCCCTCtggatgtttgtgtttgtgcactCCTGAGCCTTTAGCTTGGCGTAATAGTCAGAAAATTTGTTGAACAGGATGGAGATTGGCAttccatttaaaatgataccaaaagaAATGCAGCCAAAGGCCACCACTCGACCGGAGTAGGAAATGGGCACCACGTCTCCATATCCCACAGTGGAAATGCTCACCTGTAAAGGCATAAAAAAAgacaatgtatatttatttactgcaaaatacactctaaaaatgcaa

Function

GO:

id name namespace
GO:0005802 trans-Golgi network cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000093243

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033540 False 3882 lncRNA 0.35 1 24484273 24488154
TCONS_00030890 False 777 lncRNA 0.48 3 24484275 24488154
TCONS_00030891 True 694 processed_transcript 0.46 3 24484289 24497841

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015442 nr2f6a coding upstream 97891 24374305 ~ 24386382 (+)
XLOC_015441 pimr68 coding upstream 128949 24352497 ~ 24355324 (+)
XLOC_015440 CR384062.1 coding upstream 133233 24348589 ~ 24351040 (+)
XLOC_015439 mrpl34 coding upstream 164090 24317465 ~ 24320183 (+)
XLOC_015438 fitm1l coding upstream 175591 24304854 ~ 24308682 (+)
XLOC_015444 rps28 coding downstream 9756 24507597 ~ 24509698 (+)
XLOC_015445 angptl4 coding downstream 38921 24536762 ~ 24542518 (+)
XLOC_015446 NA coding downstream 105451 24603292 ~ 24612068 (+)
XLOC_015447 mast3a coding downstream 140526 24638367 ~ 24683365 (+)
XLOC_015448 pik3r2 coding downstream 203081 24700922 ~ 24755347 (+)
XLOC_015437 BX000358.1 non-coding upstream 222977 24261217 ~ 24261296 (+)
XLOC_015434 NA non-coding upstream 459825 24022798 ~ 24024448 (+)
XLOC_015433 CR788285.2 non-coding upstream 469330 24013250 ~ 24014943 (+)
XLOC_015432 NA non-coding upstream 543943 23936535 ~ 23940330 (+)
XLOC_015449 NA non-coding downstream 218473 24716314 ~ 24720787 (+)
XLOC_015455 NA non-coding downstream 405825 24903666 ~ 24906615 (+)
XLOC_015456 NA non-coding downstream 414452 24912293 ~ 24927754 (+)
XLOC_015461 NA non-coding downstream 632682 25130523 ~ 25137789 (+)

Expression


Co-expression Network