XLOC_018001


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_018001
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 18190516 ~ 18195318 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036463
CGCAAATATAAACAACAATTGGcgactttttttttcagcaggtttTAATTAGAAGATAATTATATTGGACACAAAATACCATTAACAGTATTTTAAAGcgtttaaaaacacttaaaatgatTCACACAGCATTCCCACGTTTTCATTTTCAGGCCTTAAGACGGTATTAATATGATTCAAACTATCAGTTTTCATGAGTATAACAAActctataaaaataaatctttaaatgaacagaataagtggtaacactttaaaataacagtacatgaataatgatgtgttaatgtGTACACGTAACATTATGAACTAATCATGAGTTAATGTATGAGctaattatttcctttatttagccaggagatcacattgagacagtactgtctcttcttccagtgagacctggtcattaactaactttaactacaacacgAATTACATGTTGTaaacagtgttgccaactttttCCAATGAAAAGTAGCTCAAGCCTGCCCAAAAAGTAGCTAAATATTGCCAAATTACATCACACACTAATTTGCATATATGCGACATCATCACGTAGTATCTGACAAGCATAAGTCTGTCATGTCTCTACTCTCTGAGGCACcatgtattatatcatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattaaagcattacatccagatgcacaataaagaggttcttattaacatattactttgTGTGATGACGTCAATGCGTAATTGCAACTCAAAACTACATCTCTGTGtagtatacaaaataattaatgttttctcaAACTGACttagcaaaaacattatttgaaatatgtctaTTTAGATTTGTATAAAAATAGAGTTGACTATCTgtgaaagtattttttaaaacacttatttttattatttttaaatttaatactgATAATAAACAGTGAAATTCTGTAAAACAATCATAGCTTCTGAACTTActctttttaatttaaagttaacacatttgtgaaagtgacaacaattatagAACTATTGGAATGTATTGCTACCTAAATTACCAACATGTGAACAAATATCAGTAAATGaacagttatgaaaaacaatctgagttagcaatttactctactgagtgaagcctgcagaCACTGCTCTTTTGaggcactttttaaaaattgctaaaagtagccaaatcaatgttaaaaattgctaaagCTGTTGCTAcgtgctttttgaaaaaaaaaagttgctagagTAGTATGGAAAGTTGCTtaatctagcaacaaaattgctaagttggcaacactggttgTAAATAAGGGCTACCTTAGTTACATGTTaatacatgttgttaattaatgtatttattaacctTTAAGCTTAAGTTATATGTTACCCACATAAACTCATGAGCTGTTCATGTATAATTATgttatgactttacttggaggggcacatcatcattgaCTCATCCTTCaaaactcctgtgtttaaactgttcatgttgatgttgactgaACACTTTTCTGtggttattcagtgtaaacgcacAAGACGGACATGCATGAGGAGTTTATGAGtggttaagaatgggttaatgatgatgtgcccctctaagtaaagtcatgatatgaTTACACATGAATatatcatgagttcatgtgtaaataacggCCATCTTAATTacttgttgttaattaatgtacttATTAACATTCAAGTTAAAGTTAAATGTAACCAACAgaaactcatgagctgttaatgtataattatgccatgactttacttggaggtgCACACcactattaactcatccttcataactcctgtgtttaaactgttcatgttgaCTGAACACTTTTCTGTGGTTATTCAGTGCAAGCGCACTAGAaggacgtgcataaggagttcatgggTCGTTAAGAATGGGTTAACGATGATGTACCTctttaagtaaagtcatgatataattatacatgaacatgtcatgagttcatgttggttacatttagcttaaacttaaatgtcaATCAATACAtgaattaacaacatgtactaacataTAAGTAATTAAGATTActcattattcacacatgaactcttgtGACTCGTGTTATacttaaagttagttcatgactACTAACTACTAAAGTTagttattgatttaattattacattaattaacaaacaaacatactaacATGTAATTAAGGAAGTCGTTATTCCCACATGAGCTCTTGCAattcatgttgtagttaaagttagttcatgattagcgcactaattaactcatcattagttcatcataaagtaatgtttagtttatatattaacacatcattattcatgtactgttattgtaaagtttcACCGAATAAGTACTGAGAGTGTAATTTACATAACCAACCCAATATATCATTACAGCAACTAAaataagtcactttgttaaactgcacaaaaaaagagatatcaaagtcccataatgcaattgaaatgtaaataaacagcCATGAATCACGAGGGCAATGTAAAACACAGTCACACATACAGTACGTAtgcattttacactgtaaaaggaAACAAGAGTTTTAACTAGTCAACatgattttatgattttattctgGAGAGTCTTGGTCTGATCAGTTACCAGAGACAGAAAACAAACAGTCCCAGAAAAAATTTGGCGCTTCTCTATAGCATAAACAAATCTGTTCAGCGTTACTGGAATTTGACGCAGTGAGGATGTGCTGCCCTCTGCTGGTTATGATAGGCTATATATATGCACGAAGCAGAAATTATTTAaggctttaaaaaacaaatggtgACATGAGCTTTCATGTTAAAATCCTATGCTTTTTATGATTACTGGAAATACAGAACTAGAATAAAGCGTTATTATATTACACAGGAAAGTTAAAAGAGTATAATGCTTTATTGATGTCATGCTTTCGTTCTTTTTGCTTAACAGAGTACACCCCatttggaaaataaatattttttaacaatttctcagtgaatatgagtaatatatattggtgcaattgaacagatttattaaacagatatatttattaaaataatatttcagccatagaacatctttagaaatggaaagataatacatttaaattcatgcaaaatattggaaaaaaaaagtaaaataacatttcaacaaaattgtatatatgtttttgcttctcttgatttttccgctgttttaaattttttttcattaaatattgttccttaacatataaatttgggctactaatttttaaaccattattgtaagttattatcTTACAATCTAGATTTGGCTTCTATCtatatgtatatctatatctatatatgatatatctaatgtatatgcacaaatatacgATTGTAAAGCatccaatagaaaatatttatttaaatgagagattcgTGGAGGCTGTACTCAAATATGCTGAGCCCTGTAGACAGTACATAGGACATTTtgatattatacaatatatacgataatatatatttttatttttccattaataattattttttatatatatactgatGTGGGAAAAATTAATTAACTGATGCATATAAGATTTTCATAAATActggaaaattaaaaaaagaataatgccTAAATTTTATTATATCTATGATAAAATAGGACACATATATAAAACACAtaacattataaaacattgtttaatattaatacgataacataatataactcttaatattataaataaatgtaattcgcATAAtgacttaataataatacatttttattttaataaaagtaattttaattcTAAAAACAACTTTgtaatcacaatattattaactaTGTCTATTAGTTAAATGTAGTTGTATATTTAAATGTAGTTGTTAAATTTAGATGTTCATTGCtaacaatgtatttaaaaaatatgtaattgtaGTAATTgcttattgattattattaataacaaataaaatatattagatcttaattagttaattaattgttttataattgacaatataaattatataatatttggtATGCATTATTCTTTtccagattaaatttttttttatttttaatattatcatcaaataattgataataattaattcaaataggcttaactaggttaattatggcaggttagagtaattaggcaagttattgtataacgatggtttgttctgtggactattgaaaaaaaaaaagcttaaaaaggcTGATAATTTCAATAGTTtgtggatgcagcctttatgatgcaagctgagattgcaccactcagcaatgcaatctcagacacaatgcactcaatggagtgagtgatgtcactgtgacgggtaggttagaggtggggttaggtgagcgcattaaaaagcattggatgcagctaaCATTGCACTGCACTAGGTCTGCAGCCAGAAACCTCTcgataattttgatcttaaaatgatttaaaaaaataaaaactgcttttattctagccaaaataaaacaaataaagactttctccagaagaaaaaacataaacagatatactgtgaaaatttccttgctccgtcaaacatcatttgagaaatatttaaaaaaaaattaaaataaaataaaataaaagggaggcttataattcagacttaaaaactatatatatatat

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036463 True 4716 lncRNA 0.28 2 18190516 18195318

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_018000 NA coding downstream 171210 18016462 ~ 18019306 (-)
XLOC_017999 CR759908.1 coding downstream 405948 17784447 ~ 17784568 (-)
XLOC_017998 CU468139.1 coding downstream 547593 17642809 ~ 17642923 (-)
XLOC_017997 AL928808.1 coding downstream 930943 17257101 ~ 17259573 (-)
XLOC_017996 si:dkey-5n18.1 coding downstream 1149491 17038903 ~ 17041025 (-)
XLOC_018002 psma8 coding upstream 110804 18306122 ~ 18313864 (-)
XLOC_018003 gpr132b coding upstream 150200 18345518 ~ 18351510 (-)
XLOC_018004 vipas39 coding upstream 157452 18352770 ~ 18382892 (-)
XLOC_018005 NA coding upstream 192541 18387859 ~ 18388619 (-)
XLOC_018006 cdc42bpb coding upstream 196542 18391860 ~ 18536474 (-)
XLOC_017928 CU539064.1 misc downstream 8136815 10053405 ~ 10053701 (-)
XLOC_017993 CU855900.1 non-coding downstream 1306594 16883555 ~ 16883922 (-)
XLOC_017992 NA non-coding downstream 1328740 16853093 ~ 16861776 (-)
XLOC_018007 NA non-coding upstream 352972 18548290 ~ 18550782 (-)
XLOC_018008 NA non-coding upstream 370440 18565758 ~ 18569419 (-)
XLOC_018012 BX510941.1 non-coding upstream 741137 18936455 ~ 18942965 (-)
XLOC_018014 NA non-coding upstream 974614 19169932 ~ 19174123 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G296848 NA non-coding NC_048567.1 CM023221.2 74979030 ~ 74979331 (+)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G284295 NA non-coding NC_047612.1 CM018558.1 17790534 ~ 17790763 (-)