XLOC_018008


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_018008
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 18565758 ~ 18569419 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036816
cagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaagggtaatgtttttgttcagaattaatcattatttaaaatcattgtattttctttgttattatgtacagattttaaaagaatgtactttcttttaataaagaactcttcacagcactgcagctaaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcagatcagtgttgaagctggaacctcatcttgtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtggtaagtcatagttttattaatttttttattttattgcaacactAAGTTGTCCATTCTGTGGCCAATATGATATAAAGGGCCTAAAATGGGACTGACGTGatcattgttttgatttctagataagtactcatggggctacacatgcagctgaagttagcttcattgagtaggacatttctttcagtatactcttaaagagattcacccaaaaatgaaaattctgtcattattgactcatccttcacttgttccaaatatgtCTGACTTGCttacttcagttaaacacaaaaaaattatattttaaagaaagatgaaaacctgcaaacattaacttccatagtatttgttttttcctactatgtatgtcaatgttttcagctttccagctttcttcaaaaaacttccttcatgttcaacacaaagtaacttggaagtttttaaaaaaggtttacaaccacttaaaggagagtaaatagttaaactgttcctttaacccaatctagttgactttactagaaaATTGTATAGAAACCCAGTGGCTTAAACCTCTTACATTTTATACAAGGTACAACTTAACTGCCgtacttgaattaaaatattactgtaagttcaagaagattgtaaaggttctaggttaatttaaagtgggctgtttagtttcaccttgtgtaaaaacataaaggATTTAAGACAACATGTTTCTATGCAGTTTTctaataaagtcaactagtttgggttaagagtgtaatgggttacagtaatagcagtgaatcatgcaggcataaaataaatgtttagccatgtaaagcaataagcttgttataatttagaaatattttagggtgaagcacagtatgctgttgtagttttcatataattgaggagtcaaacatgagatgtgttttaaattgcaagacgtgaattaacaatatgttcatcaagattcaaatcttgcatcttatattttttaaggttttggcccaataatacccatattctgctatttaaaaaatcatgctggaatttgtgtcagcattcccttcaatgaaaactacaacagtggacatcagtggtgataaaaatgtatgtgaaggataagggtgttcataatgagaagtgcagttactatcctgatctctgagtttgtagaactgacagatctgcttggaataaatggaaacatgctggaaatgtttaacctattatacagttaattcaagagtgccaggtttaatgacactttacatatataaataaatatcactgaactttctaaatgaaacctaacactcattctttgttcagtaatgatgttgtgcacttctaatactttacagtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattgctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcgccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgtttattatgatggcatttccaaaggcatcatttgaaaagattttttgcagtgcagttttacttgagcttgacataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataattgtttttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaacttataaaatatatatttttggttaaaatatatatttttgcatttttgtgtgattttttattatttatttttatttgtggcattataaataaattataaatgtttcattaaaaa
>TCONS_00035491
aaaacctgatttacgcctattatcttagttttcttattttaaaaatatgtaatttttattttgttcatgaaaagcgtctgtaaacggggtcgaaactactgtatgaataaacttcggcccacgtgacatcccttcacggtgagtataacgccgctctgctattggtcaaactgcatcagcggtgagttctcagattagttcaactgtcaacattaaatattacgttaatgctgcataatatatttttattggagattagttggtgtttataaatatgttatcatttactttatatttaatgagtgaaaatatattcggttgtccagtttagggtaactatgcctaataaaactttgattcattcatattatttattatttactttattattttactttaaaaaatattaaatttcaagtactaagtttaaaaatgttttcagctgatatttttcattttaaattatttattaaagttggggtcattgtatgtggcgatctattttttacagtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaggatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaagggtaatgtttttgttcagaattaatcattatttaaaatcattgtattttctttgttattatgtacagattttaaaagaatgtactttcttttaataaagaactcttcacagcactgcagctaaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcagatcagtgttgaagctggaacctcatcttgtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtgtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattgctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcgccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgtttattatgatggcatttccaaaggcatcatttgaaaagattttttgcagtgcagttttacttgagcttgacataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataattgtttttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaacttataaaatatatatttttggttaaaatatatatttttgcatttttgtgtgattttttattatttatttttatttgtggcattataaataaattataaatgtttcattaaaaa

Function

GO:

id name namespace
GO:0001704 formation of primary germ layer biological_process
GO:0007492 endoderm development biological_process
GO:0007498 mesoderm development biological_process
GO:0048332 mesoderm morphogenesis biological_process
GO:0048646 anatomical structure formation involved in morphogenesis biological_process
GO:0003002 regionalization biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096638

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036816 False 2234 lncRNA 0.31 1 18565758 18567991
TCONS_00035491 True 1465 lncRNA 0.30 3 18565758 18569419

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_018007 NA coding downstream 14976 18548290 ~ 18550782 (-)
XLOC_018006 cdc42bpb coding downstream 29284 18391860 ~ 18536474 (-)
XLOC_018005 NA coding downstream 177139 18387859 ~ 18388619 (-)
XLOC_018004 vipas39 coding downstream 182866 18352770 ~ 18382892 (-)
XLOC_018003 gpr132b coding downstream 214248 18345518 ~ 18351510 (-)
XLOC_018009 enpp5 coding upstream 151892 18721311 ~ 18736281 (-)
XLOC_018010 ccm2 coding upstream 204710 18774129 ~ 18794789 (-)
XLOC_018011 xkr6b coding upstream 232106 18801525 ~ 18915376 (-)
XLOC_018012 BX510941.1 coding upstream 367036 18936455 ~ 18942965 (-)
XLOC_018013 BX510941.2 coding upstream 405571 18974990 ~ 19011956 (-)
XLOC_017928 CU539064.1 misc downstream 8512057 10053405 ~ 10053701 (-)
XLOC_018001 NA non-coding downstream 370440 18190516 ~ 18195318 (-)
XLOC_018000 NA non-coding downstream 546452 18016462 ~ 18019306 (-)
XLOC_017999 CR759908.1 non-coding downstream 781190 17784447 ~ 17784568 (-)
XLOC_018014 NA non-coding upstream 600513 19169932 ~ 19174123 (-)
XLOC_018017 BX842692.1 non-coding upstream 813008 19382427 ~ 19385077 (-)
XLOC_018020 NA non-coding upstream 973724 19543143 ~ 19546588 (-)
XLOC_018021 dre-mir-206-1 non-coding upstream 975229 19544648 ~ 19544746 (-)

Expression


Co-expression Network