XLOC_018051


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_018051
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 22651976 ~ 22659422 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036827
CAGGTGAGATAAAAGGTGGAGTGACGACAGTGAAAGAGACAGGAGAAGGTCTGGGACGTTTGTGTGGACTTTTCTGCATATTTGCCCGGCAGTAGTCTGTAAGGAGCTGCAGATTTCTTTTAGTTTTGAGTTTATTGTTGACATTCGCCATTTCCCGCCTCCTTCCAGTTTGTTTGACTTCAGCTAACATCAtggcatgaggGTAATATCAACATTGTCTTTCATCACGGCACTCTGCTCTGGCTTTGGCGTGCATTTGTTTTTGAGGAGCCATGATTTTGGAAAGCTCTTAAGTTCCAGAACCACCTTTACTGCAATGGTAACGGCCGGGATGACCAATTCTTTCCTTCTGTGCATCACTTCCATTCACAGCAACCCCCTTACACACATGGGGACTTGCTGATAAGTGATTTTCACACACATTTGCTGGTTGCGGAGGTGATAACTGATGTAATGAGGGCAGGGAACACTTCCAGTCCCCTTCCCATCATCACAGAGCTGACATCCCTCAACTGACATCAAAAGATTCAGGCTCACATGTATGCAGACATGTGCTCCTGCACGTATCTCTCTCACCCACTCTGCCAAACATCCAGTCAGCCTGCAGAGTTATTACTAAACTGTGAAGAAGATAAAATTATTCTATTAGCCCGTGAACATTTATCCATGCTTTTTATAGTGTCTCTTGCTGCTCTAGGCAGCCATATAGTTGAATATGAATCATCCACTCTCAGGATCATAGTTAGGAGTCATTTCTAGCATCATtccatgatttatacatttttaatgcactttgaaattgtgtttttttttatgcataaaaAATAGGTTCTTTCATGTGGAGTACTAAAAATGCATTTTCTGTATTGATGGCCCAGGAAACATCTTGTAAAAATTTTGATGTGTGAATGttaaagtatatattttcttttcacaTGTGTTGAAAATGTTCTTCAAATATGCAGTATACGTGcaatattaatcatttattatataataatttctgTAATGATGTCTCTTGGTGCTGTAGGCAAtcctatac
>TCONS_00036466
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>TCONS_00036828
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Function

GO:

id name namespace
GO:1903371 regulation of endoplasmic reticulum tubular network organization biological_process
GO:0022402 cell cycle process biological_process
GO:1903373 positive regulation of endoplasmic reticulum tubular network organization biological_process
GO:0006335 DNA replication-dependent nucleosome assembly biological_process
GO:0034723 DNA replication-dependent nucleosome organization biological_process
GO:0140014 mitotic nuclear division biological_process
GO:0006996 organelle organization biological_process
GO:0007017 microtubule-based process biological_process
GO:0048285 organelle fission biological_process
GO:0007049 cell cycle biological_process
GO:0007051 spindle organization biological_process
GO:0051276 chromosome organization biological_process
GO:0007059 chromosome segregation biological_process
GO:0033043 regulation of organelle organization biological_process
GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization biological_process
GO:1903047 mitotic cell cycle process biological_process
GO:0006259 DNA metabolic process biological_process
GO:0010564 regulation of cell cycle process biological_process
GO:0006281 DNA repair biological_process
GO:0000278 mitotic cell cycle biological_process
GO:0000280 nuclear division biological_process
GO:0098826 endoplasmic reticulum tubular network membrane cellular_component
GO:0043226 organelle cellular_component
GO:0043229 intracellular organelle cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036827 False 1042 lncRNA 0.40 4 22651976 22659422
TCONS_00036466 False 605 lncRNA 0.43 2 22652248 22652956
TCONS_00036828 True 6561 lncRNA 0.33 1 22652821 22659381

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_018050 gsx2 coding downstream 167355 22483048 ~ 22484621 (-)
XLOC_018049 pdgfra coding downstream 175721 22435180 ~ 22476255 (-)
XLOC_018048 NA coding downstream 219480 22389116 ~ 22432496 (-)
XLOC_018047 kita coding downstream 273575 22335511 ~ 22378401 (-)
XLOC_018046 srd5a3 coding downstream 452994 22194318 ~ 22198982 (-)
XLOC_018052 fip1l1a coding upstream 80370 22739792 ~ 22798794 (-)
XLOC_018053 BX511028.2 coding upstream 210186 22869608 ~ 23041275 (-)
XLOC_018054 BX511028.1 coding upstream 250776 22910198 ~ 22910312 (-)
XLOC_018055 rasl11b coding upstream 363563 23022985 ~ 23026223 (-)
XLOC_018056 NA coding upstream 421849 23081271 ~ 23083464 (-)
XLOC_017928 CU539064.1 misc downstream 12598275 10053405 ~ 10053701 (-)
XLOC_018044 NA non-coding downstream 581800 22043510 ~ 22070176 (-)
XLOC_018043 BX296520.1 non-coding downstream 636681 21999156 ~ 22015295 (-)
XLOC_018040 BX004766.1 non-coding downstream 1319848 21332014 ~ 21332128 (-)
XLOC_018036 NA non-coding downstream 1961188 20681316 ~ 20690788 (-)
XLOC_018057 CU693368.1 non-coding upstream 422238 23081660 ~ 23081796 (-)
XLOC_018058 NA non-coding upstream 497661 23157083 ~ 23159498 (-)
XLOC_018060 NA non-coding upstream 535366 23194788 ~ 23196658 (-)

Expression


Co-expression Network