XLOC_018171


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_018171
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 30800868 ~ 30806474 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036867
AGTGTTTTTGAGGAGTATAAGTTGAAGGAGAGTGGACACAGACTCAAGTACATGGAATTACTTTAAAATGAACAACTAAAACGAACCAAACCCACAGGAGCCAAACAATTCCAACAAACTCATCCCATCGTCAATTAATCCTCAATCAGCCAAAGACAAAAATTTCGTCCCAAAGCAGTTGTCTCCATCAGACATACAAGTCTGTCCTGTGAAGAATAAGGGCAGCCACACAATCAGTCAATTCACTGCCATAGTAATGGACAAAAACATCCTGTCGCCGGGCAACCCGAACCCCTAAATTATGGGTCTACTACAAGGGCCTGACAGCCCAAAATTATAGGATGCGTTTAAAAAAAAGAGCGCAGGAGCAGCAGTTCCGCCAGTTTAATTAGGCTTGCATGTATCGTGTAGGTGCCAAAAGAATAAATGTACGTTTTAAATTTAGAAGCTTGTACTCTTGTTAACATCAGGAGACCTGACATTTAGGGGCTTTTTGGAGATACTTCCTGCATTGTTTCCTGCTTTGGAAAAGAGCTGGTTTTCCTGCTGTGCCTCAGCATGCGTGTCTGAATGGATATGCGCATGAGAATACATGTAAGATGTACAGGTATAACACTGAGAGAGAATTAAAGAAGACTGTTAGTAAATGAAGAAACatgtcttaaaatgtatttataagataCAAAAAGTGTCTAATGTAGAGACACTAATCATTGTGTGCAATAATAAACTTTCATTTAACTTGTGGATTAGGTATTAGgtaaaaaaagaatcaaaatgACTTTATATGgtattaaaagttttttattaaatactgGAGCCTCATATAATGTCATTTCTATGAATTGGTATTGTACTAAACGTTTAACTTTGGACACACTGGTCTTcctgattttattttttctttctttacagTGACAAAAAcgaataattaatgaataaatagattctttccaactatttttatttttacagattatatacaggaatcagagagtgaaattcaataccttttaagaccttttttaagactttttacatacattttagaccttataaccacttttcaACCAGAAATGGTGAGTTttaaacttacagtatatttactaaatattaatgtaaggaaTTAATCAAAAACTAAACATTATTCATATTAGGGTTTACCGGTACTATAGTAGTATCGCAATACCATGGCTCCAAAATATCGGcgggtgccactgtagtttgcaAATGGTAGTATCGCcattaatggtttatctacaatacataatgttgcatgtggaaaagtcactaaaatgctcacacatttgtgcaacaatagTCTGTGGAggcctttaaggttgcaaaactgtgtagaatttgtgtcttttatggtagcctattgcacgttttctATAGCACTTCAGTTCGAATGCACATCTGAATCGGTTCATCATTCCCTGTtgatatgatttagtagctacaacaaccacaacaatcttttaaaaagaacgacttaacaaatgaaattttgAATAACTTCGGGATGTAaactgataagactgaaaaaaaagataaaaaaacaaaaacaaattgcaactgaaaacattgaaacaatttttgaccacttcatatagcctaattttgttgaaaaaaatgctcttttgtaccaaatttcatttggtataatttttatctttattttaacgtatttttgttggtcagttatctacaaaataaacaaaaagaacgaATACATCTTAGGTGAAGTGAGGTGCACCTGTCagtcactttttctgcgggactcgtgaataggcagtgatctgtgtcgttataatggcgccggtaaaaaagacgcacaaacaacaggaaccagccaacagtatctgaggtgttcgcttaaatgactaagtacaagtgagtgaaagattgaagcagtcctctgactgcttggacctgctgtctcgagcgcatggctgtgtctgtgtggtcacgtgatgtgcattttcagaggtagagaggaaggagggctgctcagaaatgctacacgccactgtggatgtcaaatcgttgtcattctaaaatgccatttgaaaacaaagacagtgtaaacggcctgagtgtgtacttttcgcgagcggatttgcaacgggggcgggcggaggattgcgatgccggtgttgtcgtaatacgtacatagcagagcttgcaaaactgtgtttttttgttgacaacacgaacgttgtcaacattagtcactggaaatccaaaatgcttacacaccggtgacttcattgaaagaggagagggtttaagttctgtcgacggttCTCCTGCTTCTGCcgttcaacaagcacttcaacaagcctgtttttttcccgcttggcaagccaagctgacgtgacatgggggcgtggcagcaatgacgattttattttttgattcgataatcgaaattgagcataaatttcgaacgatttcgattaaaaatcgaaaacgtgacacccctaatacattgcataaaaaaaaattatataaaatttaataccttgcaaaatagcatttaagacttttgaaTGCTTTTTAAGGCccttggttgttgctagatcggatatggttgcagccggaagttaacaagaattatatatatattatttattcaatttcccatttattgtattttattaacgttatctattaaattacccaataaattgtatttttaaagccTAAACCTATCCCAACCGTAAACCCAACCACcacattactgtaaaaatattaattattgttatacagtgtcattaaaaaatgctgctatatatTAATGTTCATATCACACTTCCAGCCGGCTGTgtatctgatctagactttaccgccttaaatttctcttttaaatacTTTAAGACTACACGGACACCCTGTTTTATCtccacataaaataaatatatgtacacgtctactaaataaaagaaaatattttatgcaGTCTTGCATaaactttaaatgtttaaaaaataataatagcaattttaatactaaaatactgTGTAATAGAGTAGACTGCGTGACCTGTTAAGCCAATTGCTCAGTTGTTAAAAGATGAGTGTCATTTGATAGATAAAATCAGATTCATGACTACACACAAAACAATTTAGAACTTTTTTACCAATGCGCACCAGTATAAAAATGTGCCAGGCATTTGCACGGGTTACAAGTTATGTAAATCCACTTTGCCACCGAAAAAGCATCATTATGGTCATGCTGGAGCAGAAATGAATAGGCAAATCTGTTCACCAAAACATCTGATTGTCAGAAGTCAAGCTAAATAGAGCGAAACAGAGTCAGCAGTGACAGCTGAGGAAACGCAAGGTTTAACCCTACAGTAACTTTACTCTACCCTCATTGAATATTCCATTAGTTGCAGCTTAgagttacacacacaaacacacacgcacacacacacacacacaaacgcacacatgtacacacgtacacacacacacacatacacacgcacacacacacacacacacacatatatgtacacgtacacgtacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatgtacacacacacacacacacagggtggaGTTTCTGCTTTCACGCAGGAGTGGcttgatttttcatttgatttacaAAGCAAACTAAGTGCCACTGGACATTCAGACCAACACAAAGAGATATGCATAATTGAGAATGATGTGGGTCTTTCTATCTGTTAAAGCCATCAGTTTCTGCCTCACCCTAGACAATTTAAAACCTGAAAGATTTCCTTGATAAACATTTGTATGTGCAAAGACTTTATATTTTAACCTTTTGATACAGAATTACATAGATTTGTGTGTAACTGTTAgaagaaaacagaaaacaaatgtaaaaaataattaaattaataaatcaattaattaaacacAGTACAtggataatgtagatttttttgttatatttttgaaaacataataataaatattttcagttCTAAAAATGACCTATTGTTATTTATATGATCACTactttacatatatttatacatatatttttaaaaaaaaaactattttctcatacagttgaagccagaatcattagcccccctgaattattaacactgtatagtcttcactGCATTAATAATTCGGTAAATGTATTCTtccctaaagttacaaataatgcaCGTgattgtgcctgaatgctttaactCTATTGAAAAGCCTTTATAACACACTGGTACTGCACACTAACATGCTCAcagcgacccgagtttgatttcTGGCTCAaagtcctttgccgatccttcctcTCTTTTTGCTCCCAAAGCTTTTCTGCCTGAAATCTGCACTGTCctatcataataaaggtgaaaaccccctaaaacaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattaagaaagCATTTATTGACCTGCTCATTGTAGTGCACATCACATATTAGAgggtaaacacacacatatataaagttatattcTTAGCTAATACACTTGAATTCATCAAGTAATTTTGCTTACCTCAACTCAACTTTAATGTAGAGATGACTTTATTTGGCAggtaaaaataaacactaattcagtacatcaacaaaacaaaacaaacattattcagaGATTCAGTATTAAAGCGGAACAGCAGTGTCCGGAAAGACTGACTTCAGTAGGCACAAAGAGGGCATCTTTCCTCttgagttcacacacacacacccatgcacacccacacacacacatcaccaccAGTCAGTGACATCACCCATTTACGCAGACTCATCTTTAAGCTGCTTTAGCTGCTTTCTAACACTCTCTTCCTATTTTACAGGCCTCTGGTCCACCTCTACAGCCCTCACTTAATCTGTCCATGAGGAAGACGTGTTAACGATTAAAACAAAGACACAACTGCAATAAAAAAGACTGTGACCTAATTTCTGCCTCCTCGTAAACAATTCACTTTCTCACTTCCTGCAGGAGCAACAATAAAGACAATACACAGACAATAGAGGAATCCACTAGCTGTTAAACCAGACATGGAGCAACTGGATCAGTGGTTTACTGTACAGAGCAGTAGGAAAATATCTGAATTAGACATTTAAGTATATAACATTTAGCACATTTCAAAAGGGACAGTAACTTTTGTAAATTTTGCATGTGTATattttagagctgcacgatattagaaaaatctgatattgcaatgttttgttttgctgcgatatgaAAATAATTTCATCAGATGGTATGAATAGCCTTATTTGGAAAGAAATCTTTCATTTAGATTGGTTGGGTTGATTTTGTAAGGGTGTTATcatgtataaaaacaaaattgcaaaaaataattcaaataggGCAAAGAAAAGAGTAAATAAACCGTTCTTAAGGGTTTTTCGGCGAATCAAACAGTATTCAAATACAGGAATTTAGTAATGTTAAATAACACCGTATAGTCttcattgttttaataaatcagcACATTTTTCTTTAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0061028 establishment of endothelial barrier biological_process
GO:0022626 cytosolic ribosome cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036867 True 5607 lncRNA 0.36 1 30800868 30806474

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_018170 NA coding downstream 334830 30465502 ~ 30466038 (-)
XLOC_018165 rps7 coding downstream 423647 30372352 ~ 30377221 (-)
XLOC_018169 BX276180.3 coding downstream 425962 30374686 ~ 30374906 (-)
XLOC_018168 BX276180.1 coding downstream 426784 30373865 ~ 30374084 (-)
XLOC_018167 BX276180.2 coding downstream 427441 30373207 ~ 30373427 (-)
XLOC_018172 hebp2 coding upstream 87619 30894093 ~ 30901034 (-)
XLOC_018173 kif25 coding upstream 95664 30902138 ~ 30920356 (-)
XLOC_018174 acat2 coding upstream 116121 30922595 ~ 30931146 (-)
XLOC_018175 wtap coding upstream 124940 30931414 ~ 30938246 (-)
XLOC_018176 NA coding upstream 159409 30965883 ~ 30973173 (-)
XLOC_017928 CU539064.1 misc downstream 20747167 10053405 ~ 10053701 (-)
XLOC_018166 BX276180.4 non-coding downstream 427985 30372663 ~ 30372883 (-)
XLOC_018177 NA non-coding upstream 195714 31002188 ~ 31067306 (-)
XLOC_018178 AL929014.1 non-coding upstream 238601 31045075 ~ 31045205 (-)
XLOC_018183 NA non-coding upstream 751394 31557868 ~ 31744506 (-)
XLOC_018188 NA non-coding upstream 1330551 32137025 ~ 32139068 (-)

Expression


Co-expression Network