XLOC_022174


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022174
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 10628152 ~ 10631424 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00044963
TATTCCTGCACAACTGGAGTGGCTGCACTCTCAGGACCGCATCTTTAGGACCCTAGTTTTTTGTGACAGCGTCACCTGTCGGATTGGATCATGGATGCGCTAATGGACGACACGGATGACAAGGAAAGTGTAAGTACCGATTTttctattaagttttattttaaactgttaaagtatgtttattttgtaatgctgTTGTTTTATACTGTGAGTTTATGCAGAAATGCCAGATTAGCCTGCATGACTTACCCCACTTTTAAGGGTCTGGAACAAAAATGTTACGTGAcgatttttttccagaagaaaaataaaataatataataataaatatggatAATTTTACAAAGCCAGAGTGAGAGCTGCTATAACTGTTAATAATTttctagagttcgttttctagTTTGATTAAATGCTACGACGTTCGTAGCTCGTGACCATGGTTTAATAAAACATTGTTGATTTAATGGCTTGTTGACTTAACGGCTAATGTGCTTAGTGACATGCATTAAACTAAGATGGTAAAAGCACGTTTGATGTGAGAGTTTCAGATTTATCTATATTTTACTGAATTCGTGTTATTCGTTGTATTACAGTAGCACATTAAAAATTGTGCTGACCTCCTGTTTGCCCCACAATACTGTATGTGTTATTAGCCTGATGTTTTGTCATCGTTTTACAGTGATGAATGAGATTCTGAAAGTTAGGCTTATTCTGCAGGTCTTAACCATATAGAGTCTCATATCTTTAATTTATATCAGGTATGTTTTACCTGGCGAATAAGAAGTGATGGTCAATATGATTGGATTGCTTAGGCTCATTGTtggaagaaaagaaaacaaactacagGAATATTTTCCTTGAGGTTATCTCAAACTGttgagtaacactttacaacatctgcatactataaataaataaatattaagcatttaataactagttaatttatgaatattttatttgtttagcattaactctacatttaatagacattgataagcagtttataaatacagttacaaATGTTAGCTGTGTTCTTGAGTTTATAGCATATCTATGATGAAGTGCAGCTTATCTGTGGTGTTCATTTTCCAGAGGAATGTCTGGCCAAATAAGTATATAAACTGCATGCTGGGTGCTACTCATTTATTAATCCATGTAAAATGATTTGCTGTTCTGTGGTGGTATTTTAGttcatatttgaatgattttttttttcttaggccATCGTACATGCTCTGGGTGTCTTGAGGAGCTGGTCTTTGGATTATGCTGAGCAGGTCTTTCTTTCTGGTAAAGATTATCATTACAGGTCAGAATATGGTTAATTTTCGCACAATGCTCAAAGAGCCTTTTTGTTACTGGTATATATGTTAACTCAACAGTGATTGTTCTCTGTTTCAGTgaagtaaaataatttaacagaCAGATTGACAAAAAACTGACGTAAGAAGAGAGACCATTCAATAGGTGGGTATTGCTCTTATATACTTAAAAATATGGAGTTGGGAGTAAAGTTTCCTGTTTGGTTCTCCCAACAGTCCATATgcttaagccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattatagctaacactgtaaagcaaatgtttgttattatacctcttatattaaatattaatttaaatttaatttcataacaATTGGTTAACCTTTTAAGTTCATATACATTATTTTACGTattcaagaatatatatattcattcattttcttttcggcttagtccctttatttatcaggggttgccacagcagaatgaagcgccaacttatgcagcatatgttttacacagcggatgcccttccagctgcaacccagtactgggaaacacccatttacactcataaacttgaacatggggagaacatgcaaactccacacagaaatgaccactggcccagccggggcttgaaccagcaaccttcttgctgtgaggcgacggtgctaaccactgtgctgccctatgtGCTCTATGTGGGTGAGTGGGATTGACAAACCACTTGGAGGGTtgctgtcttaatgcaccagatattttgttataaataatcatgtgcgtttcatgtttattcatataACTGCTATTTTATCTCTTAGCACTACATTTTTGTCTTTATGTAAtatctcttgtttaaatacactatgaacagcagatgcgctaattattttccttgttccctatttccacctggggatattcatccagaggcctctagagatcgtgacctgtgaagagatgatgccaccatagaggacttctaaaTGTATCCATAATCCTGAAACAGACCGTAtcatgagcagatgctgtggtggtcatggagaagtggagagcatgagactgattaatGAAAGTcccccagtgacagatgagtgCCCACATTGACCCTGTGGTCTAGCCTGAAAACCagctggtgacctactcacacctgcagcttctccaggATGGAAACGCCCAGTGTtagcctccagcgcctagactgcagctctgcacgtgAAGTGtggccagaagagaaatggttgtgcccaactgagcctagtttctctcaaggtttattctttcactttcatcaattggtaaagttttgttcctccactgtcgccattggcttgcttggtttaggacttgtggaactctgcatcgatggatttgctttttttttagtgtttggactttcagcagtgaatactaaaccacactaaactgaactgaatttaataaatattaagctgctttgacacaatgtacattgtaaaagtgctttagaaataaagatgaaattaattaatattgaattgaatattcaaCACGtttccatttttctcagaaaacatatttataaaggtgctgttgacttgaaattttcaccagatgttgataacaatttgtaaagtaattagatttgttttctattcatatatttttttctttggttttcaggtcaatagcacctttagaaatatgttttctgagaaaaatgggaacttgttgaatacttatttacctatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatatatatatatatatatatacatacatacatacatacatacttgaACTTTCTTCTTCTCTCTCATTCACAGGAGCTAAAGTCTACAGCCAGTCTGAATGCAGCAACTGAATAAACAGTGGGGTCATTTTTGtggttgaattgcattaataaaaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00044963 True 3273 lncRNA 0.35 1 10628152 10631424

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022173 NA coding downstream 80 10625357 ~ 10628072 (-)
XLOC_022172 NA coding downstream 233708 10292168 ~ 10394444 (-)
XLOC_022171 krt8 coding downstream 373864 10249626 ~ 10254288 (-)
XLOC_022170 krt5 coding downstream 450694 10173196 ~ 10177458 (-)
XLOC_022169 plxnb1a coding downstream 490830 9938236 ~ 10137322 (-)
XLOC_022175 foxp1a coding upstream 3413 10634837 ~ 10723009 (-)
XLOC_022176 eif4e3 coding upstream 92618 10724042 ~ 10745319 (-)
XLOC_022177 rybpa coding upstream 131260 10762684 ~ 10786400 (-)
XLOC_022178 pdzrn3a coding upstream 197292 10828716 ~ 10914275 (-)
XLOC_022179 NA coding upstream 363365 10994789 ~ 10997256 (-)
XLOC_022167 BX324190.1 non-coding downstream 775142 9852896 ~ 9853010 (-)
XLOC_022162 dre-mir-2193 non-coding downstream 1273221 9354822 ~ 9354931 (-)
XLOC_022161 CU137717.2 non-coding downstream 1311458 9316578 ~ 9316694 (-)
XLOC_022181 NA non-coding upstream 711180 11342604 ~ 11345773 (-)
XLOC_022182 CR388030.1 non-coding upstream 900916 11532340 ~ 11532470 (-)
XLOC_022183 CR388030.2 non-coding upstream 955993 11587417 ~ 11587532 (-)
XLOC_022185 NA non-coding upstream 1385279 12016703 ~ 12020611 (-)

Expression


Co-expression Network