XLOC_022214 (sla2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022214
gene name sla2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 14808221 ~ 14990921 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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CAATCTGTCTGGTTGTCAGTCAGTTCTCGTGAGCTCCTCCTCCGGCAGCGCGAGGAATCAACCACAGCACCGCCGCACGCGAGAGCACAGCACACAAATCCGCCGAGCACACAGTACAGTACAGCACGCCGAACAACTCTCCTCTGCTCCTGTTCACTGCTCATCCAGCACGCTTAGATCTTCATCAACGTGACGGGCAGCTGTCAGGCTTGATGATGGATGAGTTACAGGATGTGCAGTTGACCGAGATCAAACCCCTCTTGACGGACAAGAATGGACAGAACTTCCAGGACTTTGATTGTCAGGTAAGAGTCTTTTTATATACTTCACATCACCTCTTGAAGCATTCGCTCGCAATCATTAATCTACTCTTCCTGCATTATTGCTAAATTCCCAGCATAGTGTGATGGTGAAAGATTCCTGACCCCTACTTCACTGTTGAGCAGAGAAATTCACTCTGGACTCTTTGTTTATCTGTGGGTGTGTGGGAGGCTTTGTGGGTGGTGAGTTGAGCTGAAAGAGAGCAAGGCTGtcgagattcaacaaggtgctggaaactttcctcagagattttggttcagtagatttgagctttgtgacatAATGCAATATCCTGGAGGAAGCAGCCCTCACAACGGTGGTTTCATTGCGCTCAAACAAAATGGATGTGGTCTGCAACAATACTTAAGAAGACTCGGTTGGAACTAAATCACTCAAGGTttgc

Function

symbol description
sla2 Enables protein N-terminus binding activity and signaling adaptor activity. Involved in negative regulation of T cell receptor signaling pathway; negative regulation of calcium-mediated signaling; and negative regulation of transcription by RNA polymerase II. Located in Golgi apparatus and nucleoplasm.

GO:

id name namespace
GO:0005575 cellular_component cellular_component

KEGG:

id description
ko04131 Membrane trafficking

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-080204-98 Predicted to enable receptor tyrosine kinase binding activity and signaling adaptor activity. Predicted to be involved in cell migration and signal transduction. Predicted to act upstream of or within regulation of signal transduction. Orthologous to human SLA2 (Src like adaptor 2).
ZDB-GENE-030131-5606 Is expressed in immature eye; nervous system; otic vesicle; and thymus. Orthologous to human NDRG3 (NDRG family member 3).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000010052 ENSDARG00000020788

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00043847 False 1730 mRNA 0.48 9 14808221 14830627
TCONS_00043848 False 1402 mRNA 0.49 8 14808226 14825450
TCONS_00043849 False 647 lncRNA 0.41 2 14819407 14825434
TCONS_00043850 False 5336 mRNA 0.39 15 14829468 14918276
TCONS_00043851 False 2350 mRNA 0.46 16 14832545 14937101
TCONS_00043852 False 801 lncRNA 0.47 2 14833132 14846838
TCONS_00043853 False 1143 lncRNA 0.45 4 14833132 14847345
TCONS_00044974 False 1030 lncRNA 0.49 8 14833132 14858602
TCONS_00044975 False 1052 lncRNA 0.49 7 14833132 14867136
TCONS_00043854 False 878 lncRNA 0.46 3 14833473 14847345
TCONS_00043855 False 499 processed_transcript 0.55 8 14833663 14858602
TCONS_00043856 False 600 mRNA 0.51 7 14861687 14990865
TCONS_00043858 False 632 lncRNA 0.49 4 14910108 14990921
TCONS_00043857 True 724 lncRNA 0.48 3 14910108 14990921

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022213 gss coding downstream 38698 14743087 ~ 14769523 (-)
XLOC_022212 NA coding downstream 69835 14735335 ~ 14738386 (-)
XLOC_022211 NA coding downstream 224682 14574498 ~ 14583539 (-)
XLOC_022210 CR388373.2 coding downstream 393008 14407888 ~ 14415213 (-)
XLOC_022209 nkain4 coding downstream 404282 14265122 ~ 14403939 (-)
XLOC_022215 phf20b coding upstream 1879 14992800 ~ 15036789 (-)
XLOC_022216 si:ch211-218g4.2 coding upstream 55623 15046544 ~ 15090782 (-)
XLOC_022217 BX537335.1 coding upstream 116927 15107848 ~ 15107962 (-)
XLOC_022218 sulf2b coding upstream 212901 15203822 ~ 15330230 (-)
XLOC_022219 NA coding upstream 441492 15432413 ~ 15563597 (-)
XLOC_022207 BX897727.1 non-coding downstream 818739 13989364 ~ 13989482 (-)
XLOC_022203 NA non-coding downstream 984029 13818507 ~ 13824192 (-)
XLOC_022220 NA non-coding upstream 699610 15690531 ~ 15697049 (-)
XLOC_022221 NA non-coding upstream 705606 15696527 ~ 15764318 (-)
XLOC_022224 BX511184.1 non-coding upstream 955233 15946154 ~ 15951976 (-)

Expression


Co-expression Network