rims4 (rims4)


Basic Information

Item Value
gene id rims4
gene name rims4
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048571.1
NCBI id CM023225.2
chromosome length 90918291
location 33884249 ~ 33944568 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021609118.2
ACCAGTGAATGAACTGAGTCAAGCACAAGCTGTTGAAATCGTAAAAGCCTCTCTCCGCCGATCTTTATCACCCAGAGCAACCAGACAGATACCGACGCCATTGCAGTGCACAGGAGAACCCTACCCTGGGTGAAGCTACATCAATAGAGCATGCTACGTAGGAATATACCTTCTCTTCAACAAAACAACAGACTCCACTGAACTGAGAGTCTGTTTTTCCATTCAATTCTCCCCAGAATCTTTCTATTTTCTCATTCTAGGACAGCATTGCTCCTCTCCTCAGCGACTACCCTTGAAGCAGACACTCCCACAACACACCAGGACACCCCAGTCTGACCAAACAAAAGTTGTGGAAACCTATCAACTTTGGAGAGAAGCCTATCTTTACGGCCGGATATACGGTGGCCTTCcagtgcagagagagagtgacatttggggagagaaagaggggatttGGGGATTTTTCTCTCTTCTGGTGGGTCTGTGAAAGTCTGTCAAGACGCCGCGTGCCGTGCTCCGCGTGAAGAATGCCCAGGCGAGGATGGCCAAGCCGGCTGAGCCAGCGCCAACACCTGGGCTCTACATGGAGCGCTCGCAGAGTCGGATCAGCCTGTCGGCCTCCTTCGAGGCCCTGGCCATCTACTTCCCCTGTATGAACTCTTTTGATGAGGACGATGTCGGTAAGCAGCCTAAAGATGCTGAGGGTAGAAGGCTAAAGGGGATCCAAAGGAGCACTGAGACGGGACTGGCTGTAGAGATGCCCAGCCGCACTGTACGCCAAGCCAGCCACGAGTCCATTGAAGACAGCATGAACAGCTACGGCTCAGAGGGCAATCTAAATTACAGTGGGATGTGCCTTGCCTCTGACGCCCAATTCAGTGACTTCCTAGATGGGATGGGCCCTGCACAGTTTGTTGGGCGACAGACATTAGCCACAACATCATTGGGTGATGTTGAAATAGGCCTGCTGGAGAGAAATGGTGGTTTGGAGGTGGAGATTGTGCAGGCCAGAGGACTCACACAGAAACCTGGATCCAAAGGACCTCCAGCGGCTTACATTAAAGTGTACCTACTTGAAAAGGGGATCTGTGTTGCAAAAAAGAAGACAAAGTCGGTTAGGAAATCCCTGGACCCTCTGTATAACCAAGTGCTGGTGTTCTCGGAGAGTCCACAGGCAAAAGTCGTTCAGGTGATTGTTTGGGGAAACTATGGACGCATGGATCGTAAATGCTTCATGGGTGTCGCCCGCATCTTATTGGAGGAGCTGGATTTGACGAGCATGGTGATTGGCTGGTACAAGCTTTTCCCCACCTCGTCCATGGTGGACCCCACGATGGCACCATTGATCCGGCACTCTTCCCAACTGTCCTTGGAGAGCACCGTGGGCCCATCCTTTGAGCGCTCTTAAGAACTTTGCTAACAGGCTCTTTTTTGAACACACCCTTCCCTTTGTGTGCCCCCCAAAAGAAATGCACTACCCCTTCAGAGGGACATATATTGACCGTAGTGTACTGCTCTGAGATGGTTAGTGACACTGGCCTTGCACTGTTTTTCAGAAATAATTTATTTGAAACAGCAGAAAAAGGGGGCACCAAAGTTCTAGAAAGACTTTGAGAATAGGATTTCCTTATTCTTACTCTTGACTTGGGCTGTTTTTTTACATGGCCCCAGATAATATGTCAATGCGTGTcatgggagcaagagagaggttCTGGTGGCAGCCATTGGGTCTGAAGCTGAAGGTTGCAACACAGAGGGGAATGTGCAATATCATGGTTATAATGTAGCTGGTACAGAAGCAAATAAGCCAACACAAgttctagacatctaccaccaagGAAAGCAGATTCTCTCTACAATTAAATAAGCCAAGCTGAGAATTCAAATTTAAATTGAGCTTAAGTGTTGTTTGAATAGATTTAAGATTGTCTTTGAAGCTTGTCTAATATTTTAACAGTTTCAACTGTGCCAATTTACCAGTAAGTGTCTTGACTTTGTGGCTTGTGCCATTGTTCAAAAGGGTAATTTTGGAAAGGAAACATCTGATTACAGCTCGTGACAGGGGCACTGAAGCTTCAGTTAGAGCTGTCCTTTTTTAAATTACAATCATCATTATGACACTGTCAAAGCAGGTAGTGATTAACACAACTCCACAAGTGAAGCAGTGAGGAAAGcttgaaatatattttttcatcATCTACAAAGGTCTGAGAGGAAATATGACAGATATATAATTAAATCAAAGGAATTTACAGAAAATTGTAGAGCTGTAGGGTAATGAAAATAACATGTATTTTATTTGGCCGCTTTATTATAGATGTTTTTCTATGAATGTTAGTCTTGAGTGAGCCAAAGTGTGTTTTCTGATTTATTTGATTCATGTTCAAAGGGCAGAGACGCAGAACTTGGTAGCATAGTAAGGTTGTAGCATTAGGTGGTAGCATCTGCATGACAGAATACCGTATTAGCTTATCACAAAATAATAATAGTAAGCATGAGATATTACAAGGGGAAGTGAAACAACACAAGTTGGTTAAAACTAAATTGTAAATTGATTGAGGAGCTAAacgacaaaacacacacagtgcCAACGAACAGTTAAAAGTGGTTCAACATGTAGAATGGTTGGGAAATAAACAGAAGATTATGGCCAATGTTCTGGTCAGAGGGGACAGGCTTTTAACCATTCACTGGAACATTGTGTATTGTCCTTAACATGTAGCAGTTAAGTTCAGATTTATGAAGATTATTGCAATTCTGACTTATGTGCTACTGTTGAAAACAGAATAGCTGTATTAACTATTAAGAAAAAAGTGTATTTGGTCCGTTTAAGTACTACACAGAACACCTGGGTCTAGCTAGAATGAGCCTACATGTTGTGTATAATGTATTAAGTCAAATTTttatgaaatgtaaaaaaattataataatatggAGACAACATTTTGAAAATGCTGAATTAACTTGAAGACTAAATTCAAGTCTTAAGATGAACATTAAATTGTAGGCACAGCATCAAAGTGATAAAGATAAGAGTTCACTAGAGCAGGTAGCACTGGTACAGGAATATGATACCAAGACTTACTGTTTtgaaacatgtatttttccaACCAATATCTTCATTTTGTAAAGCAATAAGTAGCAGCACCCATCCACAACAATCCACAACAAACCTCCATGTTATGTCCCTCGAAGTGTGATGTATAAGGCTAAAACTATTATTAAGCTAATACAACCTGTAAGTAATTTATATGCAATCCAGTGTAGACAATAAGTGTGTAAAGtatgtatgtgctgtatgtatgtatgtatgcatgcatttgtgtgagtgagtgtataaGTGTATGCATGTGTTTGAACTGACAAATGCTACATCATTAGGGTGGCCCAATAGGACAAGAGGACAAAATTAAACAGAGTTGGTGATATGTTGAGAAACAGTTTCACTCATAGTCTGACCAGAAAACTCATTTACCACATTGTACCAAGTTTACAATCAAACAAGAAAACATTTGGATTGAACCTTTACTAGCCTGAACATATTATATAGAAGAGACATGAAAAGAAAGACGCCATATTATTAAAGAATATTGGAAAAACTAGTTAAGGatttaaaacatttgtaaaaaagtGCATTGTACTGTACGATTGTATTTTGTACATTTCACACATGAAAAAATGTATAGATCAAATCAATCTACTTATCTTAAATggaatgtttttgtattttttatttctttgTGCCAAAATATTTTCTTTTTATATGTAAAACAAACCTTTGGGGAAAAATCTATGTTTTCAAAAATAACTGATATTATTTAGTACCATGTCAACTGAAAGATACACATGGCATTAAATTAAATAATCTCCATTTTAAAACTGAAGTCATTTTCCAATCAAAAACTGATGGAAGGTTTTAGTTTGAGGAATAACCTTTATCAATGAAAGACAATAGCTTCCAGGCTTCTGTTCCTTATACCATTACTTTCAAAATCAATTTAAAGTAGCTATATGaaaaattaataaaataatattGACATTGCATGGTTGTCATTCACCTACTTTAGTACTTCGGTGTACCATTTTGGATTTCCAAATGGAATGGAACATGGTTTATTGTAAAATTCACCAACTGTGatataataaaaaatacatgttatgATTGAATGAAAAACATTGGTATTGTAGGAAATGTTTGAAGAATGCTCAAAATATTAACCATGTAACTACTTACAAGTGCAACCCGATTTCAAATTTAACTTGTGGTTGTCTCATATACTGTATCTCAGCCATAGAGGTATGATATCGCCTATTCAACAGTTTAATTCATGGGTCTGATGCAGTGGTGTGTGACTTTGAGTTTGTTGTAATGAGATGTTTCAATATGGTTAATTGGTGGAGAATGTCAAAAACACAAAAAATGTGCTATCATCAGAATCCTTATCCCTTTTGTTTTACTCGTATCTGTCATGCACATCTAAATTCATTACCATCAATTGTGATGCAAGTAGAGGCCTTAAAAACACAAGAATCATACCAGATGACTTAACAATCCTAAAATGTAATTCAAGGGGAAAAAAAGTGTGAAAATGTGAACAGTTTTTTTTCTCTTCGATGTCTCAACTTATTTTGAATTCAATTTTGTCCAATGCTTATTTTGTCACAGTTTCATTTGCCCCATGCGTCTCTGTTGCTTTGCGGGTTTGGGTATTTAAAAGAGGAAAGCACTGTTTTATGTTCGTAAAATACATGGGTGTGTTTCAACTAGACCCAGAGCATATCATTTTCTTGTGCAGAGGTGTGGGATGAAATGGGGAACACATCCTTTCTGATGCTGTTAAGCATGTGGATCCTTGGTTTATTCACAATCATTTATAACATGAATATTTGAAATTCTTTCAAACTAATTGTTGAGTAATGCACAATTTGGTGAATTATTATTCTATTCCAACTGTCAATAAAATAGTTTACTCCTATTTGTAACAACATGTTGTGAACATTGCTGTGTGTATCtttgacagacaacatgaaatcAACATATTATGGTAAGCAATAAAATCTATACCGATA
>XM_021609119.2
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tgacagacaacatgaaatcAACATATTATGGTAAGCAATAAAATCTATACCGATA

Function

symbol description
rims4 Predicted to enable transmembrane transporter binding activity. Predicted to be involved in calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter; modulation of chemical synaptic transmission; and regulation of membrane potential. Predicted to act upstream of or within exocytosis. Predicted to be located in membrane. Predicted to be active in cytoskeleton of presynaptic active zone and presynaptic membrane. Orthologous to human RIMS4 (regulating synaptic membrane exocytosis 4).

NR:

description
PREDICTED: regulating synaptic membrane exocytosis protein 4 isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K15299 RIMS4, RIM4; regulating synaptic membrane exocytosis protein 4

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021609118.2 False 5070 mRNA 0.39 6 33884249 33944568
XM_021609119.2 True 5055 mRNA 0.39 6 33884249 33944568

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tomm34 LOC106582656 coding upstream 76770 33801778 ~ 33807479 (+)
LOC118965285 NA coding upstream 84521 33774881 ~ 33799728 (+)
si:dkey-43k4.5 LOC106582653 coding upstream 229703 33650637 ~ 33654546 (+)
LOC110528946 LOC106582609 coding upstream 259774 33623237 ~ 33624475 (+)
LOC110528945 LOC106582597 coding upstream 266968 33616189 ~ 33617281 (+)
LOC110517647 pcdh9 coding downstream 587408 34531976 ~ 35053552 (+)
LOC118965286 NA coding downstream 781833 34726401 ~ 34728810 (+)
LOC118965354 NA coding downstream 2061843 36006411 ~ 36024368 (+)
LOC110527683 LOC106582660 coding downstream 2525748 36470316 ~ 36536037 (+)
LOC110527684 NA coding downstream 2566426 36510994 ~ 36517194 (+)
G599521 NA non-coding upstream 2032 33881960 ~ 33882217 (+)
G599506 NA non-coding upstream 23766 33860126 ~ 33860483 (+)
G599504 NA non-coding upstream 25159 33858626 ~ 33859090 (+)
G599442 LOC100136192 non-coding upstream 48201 33815706 ~ 33836048 (+)
G599474 NA non-coding upstream 95335 33788517 ~ 33788914 (+)
G599551 NA non-coding downstream 7320 33951888 ~ 33952990 (+)
G600014 NA non-coding downstream 22733 33967301 ~ 33967515 (+)
G600015 NA non-coding downstream 23328 33967896 ~ 33968108 (+)
G600032 NA non-coding downstream 35320 33979888 ~ 33980986 (+)
G600039 NA non-coding downstream 39034 33983602 ~ 33984120 (+)
G599123 NA other upstream 588721 33290526 ~ 33295528 (+)
G599004 NA other upstream 647613 33235813 ~ 33236636 (+)
LOC110531742 LOC106594194 other upstream 1874319 32007023 ~ 32013203 (+)
G596297 NA other upstream 2801959 31081721 ~ 31082290 (+)
G596168 NA other upstream 2980362 30903179 ~ 30903887 (+)
G600013 NA other downstream 21721 33966289 ~ 33966755 (+)
G600431 NA other downstream 814779 34759347 ~ 34759658 (+)
G600531 NA other downstream 1026560 34971128 ~ 34971405 (+)
LOC110527686 LOC106582662 other downstream 2629319 36573811 ~ 36582978 (+)
G602295 gli1 other downstream 3145056 37089624 ~ 37090756 (+)

Expression


Co-expression Network