LOC110536485


Basic Information

Item Value
gene id LOC110536485
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048575.1
NCBI id CM023229.2
chromosome length 86280908
location 82252528 ~ 82257457 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005034759.1
TAACTGCTGTTTATAATCAACTGCCGTTTGTGTGCAATCAGCTCAATCAGACTTCACTACAGCAAAAGTTTTATCTTTTTCTCTCTTAAAATGTGATTATTTTATGAATAAAATTAAATTGTCACTTTGCCTTTAAAACCTTTACCTCTTATTTGAACCAACCTTATTTTATGTCAAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCATCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCATCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCATCAGTGTACCCTGTAGGTATCCATCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCATCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCATCAGTGTACCCTGTAGGTATCCATCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCATCTCAGTTTACCCTGTAGGTATTCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCATCAGTGTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTGTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCATCAGTGTACCCTGTAGGTATCCATCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTGTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCATCAGTGTACCCTGTAGGTATCCATCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCATCTCAGTGTACCCTGTAGGTATCCATCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTGTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTGTACCCTGTAGGTATCCATCAGTGTACTCTGTAGGTATCGGTCAGTTTATCCTGTAGGTATCGGTCAGTGTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTGTACCCTGTAGGTATCGGTCAGTGTACCCTGTAGGTATCGGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCGGTCAGTGTACCCTGTAGGTATCGGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTGTACCCTGTAGGTATCGGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCGGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCGGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCATCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCGGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCGGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCTCTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCGTCAGTTTACCCTGTAGGTATCCATCAGTTTACCCTGTATCTTGTCACCTAAATCCTCACACTGACCCAATGTGACACTTACAGTACCTGTGTCAGAGACTCACCTCTTTCTGCATCGTTGGAAGATAACTCTATTTGAAAACTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCGTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAAAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACAGCGTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACAGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGCATTGTACGGTACTTAATGTGTGTGCATGGTGTGAATATCGGGCTCCAATCCAATGCTCTAAACCTGATATTTGAAAACAAGACATTTTAGAAATGAATTGAAATTATTCATTTTAATGATTAAGGATAGAGTGTGTTGAAGTTTCTACTTTATCCATATTTATAACATGTTTTTTATCTCCTGAAATTCCACACCATTGATCTAACGTGTCTTGCTGTTAAAGGTGTTGAAAGATATACAGTACAGAGTAACCACATGTGATTTCCGTTTTTAGTTCTCTCTCTGAAATACAACAGAACCTGATGTCCCACCATTCATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTATGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTAGGCGACTGTAAATGTGACAAGTATGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTATGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTATGTTACTGTAAATGTGACATGCATGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTATGTTACTGTAAATGTGACATGCATGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGCATGGTAGGTTACTGTAAATGTCACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTCACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTCACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGTTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTCACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTATCTGGCAGGGTTCAAACCGTGTATTACAATACCCACAGCTCTTACATTCTGAAGCACAACTCTTGTTTCAGAACGCTGGTTGTAAATACTGTCTCGTGTTTCTGTACATTTGAATTAGGCTGACTTGATCGTCTTTCCATTGGTTTAGTGTCAATTTAAACTGTCATTTTGAATTGTATGACTGCAAGGTATGTTTAGATTGTTTTGGTGTACGTATGATCATTAACGCATATTGTCGTGCAGCACGACATACACTTGGAGAATTTGTACATTACAGGGCTATTTTAACGGCAATGGTTGAAAAATATGACATTGCTCAGAATATCGCTCTAATCTTGGGTTTTAATGCGGTTGatttaataaaataaatgatATTCTGTTGCTGTAAAAGGAACTGATCTGCTGTTGAATATCTTCTGATAATGGTGGTTAACAAAAAGCTACAACAAACTTTTGGTCAATTCAGGTTTTTCTTCTACTTTGTTCATGTTCTTTTAATGtgtacattattattattgttattattatatatatttttttgcgttTGGTTTTGATATTACATACAGACAGGAAATCCAAGTTTGCTCACTTACAtgagtggtcaaaagtagtgcactacatagggaataggatgccattttgaaCTAAATTAGAGTAGATtaatacgttgtgtgtgtgtggcaaggaACATAGTCCCTGTGGTGCagggtaggcaaccctgttcctAAAGGGCCTCAGGTACAGCAGGATATGGTTCCAACTACGCGCCACATCTGACCAACTGaactaattgatcagttcagtgattgcctaaattcaTCACACCTGGTCTTCTAGGTTGGTTAAATCCAAACATGAAGTGCCTGCGGGAGGGTTGCCTTACCCTACTGTGGTGCTATGATAAAGGCCCTATTCAGGAAGTGTCTCATAAATGGCTAATACAGTCTTGTGACCGCTGACCTGGATTCGAATCCTAGTCGGTGTCACCTTTCACACAGCACCAGGACCTGTAGTCTTAAAGCATCTcacagtaggagtgctgatctagaatcagtgcATGCTTTTACATCATAATAAGTAAGATTACAGTATATGGACAGGAtcgatctgatcctagatcagcacttatATTCTAagacgctttgtgaatatgggcccagaGTTAAATTAATAGTTTCTTGGATGtggcatttctgtaaaaaaataaataataataatcagtatTTGGGAATATTTTTGTACAAATCTGAATCGGTAATGTACACATTTTCAGTGTCATTAAAGCGTTTTCAATTGTCTAA
>TU1165629
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>TU1165631
TACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACAGCGTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACAGCCTTACGCTACTGGAGTTGAGTTGGATTAGAGCTACGGCCTTACGCTACTGGAGTTGCATTGTACGGTACTTAATGTGTGTGCATGGTGTGAATATCGGGCTCCAATCCAATGCTCTAAACCTGATATTTGAAAACAAGACATTTTAGAAATGAATTGAAATTATTCATTTTAATGATTAAGGATAGAGTGTGTTGAAGTTTCTACTTTATCCATATTTATAACATGTTTTTTATCTCCTGAAATTCCACACCATTGATCTAACGTGTCTTGCTGTTAAAGGTGTTGAAAGATATACAGTACAGAGTAACCACATGTGATTTCCGTTTTTAGTTCTCTCTCTGAAATACAACAGAACCTGATGTCCCACCATTCATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTATGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTAGGCGACTGTAAATGTGACAAGTATGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTATGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTATGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTATGTTACTGTAAATGTGACATGCATGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGCATGGTAGGTTACTGTAAATGTCACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTCACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTCACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGTTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTATGGTAGGTTACTGTAAATGTCACATGTCTGGTAGGTTACTGTAAATGTGACATGTCTGGTAGGTTACTGTATCTGGCAGGGTTCAAACCGTGTATTACAATACCCACAGCTCTTACATTCTGAAGCACAACTCTTGTTTCAGAACGCTGGTTGTAAATACTGTCTCGTGTTTCTGTACATTTGAATTAGGCTGACTTGATCGTCTTTCCATTGGTTTAGTGTCAATTTAAACTGTCATTTTGAATTGTATGACTGCAAGGTATGTTTAGATTGTTTTGGTGTACGTATGATCATTAACGCATATTGTCGTGCAGCACGACATACACTTGGAGAATTTGTACATTACAGGGCTATTTTAACGGCAATGGTTGAAAAATATGACATTGCTCAGAATATCGCTCTAATCTTGGGTTTTAATGCGGTTGatttaataaaataaatgatATTCTGTTGCTGTAAAAGGAACTGATCTGCTGTTGAATATCTTCTGATAATGGTGGTTAACAAAAAGCTACAACAAACTTTTGGTCAATTCAGGTTTTTCTTCTACTTTGTTCATGTTCTTTTAATGtgtacattattattattgttattattatatatatttttttgcgttTGGTTTTGATATTACATACAGACAGGAAATCCAAGTTTGCTCACTTACAtgagtggtcaaaagtagtgcactacatagggaataggatgccattttgaaCTAAATTAGAGTAGATtaatacgttgtgtgtgtgtggcaaggaACATAGTCCCTGTGGTGCagggtaggcaaccctgttcctAAAGGGCCTCAGGTACAGCAGGATATGGTTCCAACTACGCGCCACATCTGACCAACTGaactaattgatcagttcagtgattgcctaaattcaTCACACCTGGTCTTCTAGGTTGGTTAAATCCAAACATGAAGTGCCTGCGGGAGGGTTGCCTTACCCTACTGTGGTGCTATGATAAAGGCCCTATTCAGGAAGTGTCTCATAAATGGCTAATACAGTCTTGTGACCGCTGACCTGGATTCGAATCCTAGTCGGTGTCACCTTTCACACAGCACCAGGACCTGTAGTCTTAAAGCATCTcacagtaggagtgctgatctagaatcagtgcATGCTTTTACATCATAATAAGTAAGATTACAGTATATGGACAGGAtcgatctgatcctagatcagcacttatATTCTAagacgctttgtgaatatgggcccagaGTTAAATTAATAGTTTCTTGGATGtggcatttctgtaaaaaaataaataataataatcagtatTTGGGAATATTTTTGTACAAATCTGAATCGGTAATGTACACATTTTCAGTGTCATTAAAGCGTTTTCAATTGTCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005034759.1 False 4884 mRNA 0.42 2 82252528 82257457
TU1165629 False 2694 lncRNA 0.39 2 82252530 82255279
TU1165631 True 2666 lncRNA 0.39 2 82252530 82255279

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110535140 parp8 coding downstream 7354 82160968 ~ 82245174 (-)
LOC118937423 NA coding downstream 93285 82157654 ~ 82159243 (-)
LOC110536483 isl1 coding downstream 324314 81920366 ~ 81928214 (-)
LOC118937459 NA coding downstream 441415 81810059 ~ 81811117 (-)
LOC118937401 NA coding downstream 464988 81764643 ~ 81787540 (-)
LOC110536484 LOC106570928 coding upstream 373 82257489 ~ 82522382 (-)
LOC110536491 LOC106570936 coding upstream 272779 82530236 ~ 82563337 (-)
LOC110536490 zfr coding upstream 324259 82581716 ~ 82619626 (-)
LOC118937424 NA coding upstream 610644 82868101 ~ 82871020 (-)
LOC118937425 NA coding upstream 615265 82872722 ~ 82873724 (-)
G1024299 NA non-coding downstream 29087 82190375 ~ 82223441 (-)
G1024304 NA non-coding downstream 47166 82204284 ~ 82205362 (-)
G1024294 NA non-coding downstream 75355 82176218 ~ 82177173 (-)
G1024289 NA non-coding downstream 86490 82165635 ~ 82166038 (-)
G1024244 NA non-coding downstream 180447 82069350 ~ 82072081 (-)
G1024359 NA non-coding upstream 69229 82326686 ~ 82328866 (-)
G1024368 NA non-coding upstream 96757 82354214 ~ 82359457 (-)
G1024391 NA non-coding upstream 158404 82415861 ~ 82416430 (-)
G1024393 NA non-coding upstream 168642 82426099 ~ 82426671 (-)
G1024401 NA non-coding upstream 182890 82440347 ~ 82441209 (-)
G1023858 NA other downstream 338161 81912957 ~ 81914367 (-)
G1023618 NA other downstream 635299 81615253 ~ 81617939 (-)
G1023156 NA other downstream 1111949 81139984 ~ 81140579 (-)
G1023036 NA other downstream 1354525 80893902 ~ 80898003 (-)
G1022604 NA other downstream 1711549 80540452 ~ 80540979 (-)
G1025481 NA other upstream 1304845 83562302 ~ 83565574 (-)
G1025467 NA other upstream 1364266 83544297 ~ 83626790 (-)
G1025498 NA other upstream 1458226 83683265 ~ 83718776 (-)
ypel1 ypel1 other upstream 1616443 83873900 ~ 83903039 (-)

Expression


Co-expression Network