XLOC_030057


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_030057
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 23901787 ~ 24084229 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00061690
ATATATCAAACTTTAGATATTCTCAAGTATATAAAACATTGATAGCTTAAAACATTAAAGGCACACCTGTATTCAAAGGCTTGAATACTGTATTAATGGCTGAAACATACAAACCAGCAgcttttactttctttattgttaTGCTTTCTTTATTgaaatttatctttggcttcaccacacaaccacatcagcgttcacattacacacatcacagaaaaaaacagGCAACAAAAATACATGTCATCACATATATCACATTAAAAAACTCAATTAAACCCTATACATACTAAGAACCCAGTATTTAAAATTCTTATGGCATTTGGCAGAAAGGACACATTTTTCTTTTACTTGAGGTTGCCGAAAACGTCTTTTTGATGGCAAGAGCTGAAATTTTCGATTTAAGGGATGGGAACAATCTTTAATTATGAcatgtgctttctgtttaattctcaTTGAATACATTTCATTTGGTTGTCTTTGTGCTTTATCTACAATTTCACTGGTAATTTTTACTACTCGACACAGTTTTTGCTTTTCCTTAATTGGCAACAGTCCATACCATGCTGTCCAGTTAAAACTCACATCACTTTCAACCTAGTTCTTGTATACCATCTCCAGAACATCTTGACTTACACCAAATTGTTTAAACCTCCTTAGATATAAtctctgcattgcttttttaaaaatgcactctgCACTTGCAGCAAATGTTAATCCACTATTAATAAATGtccctaaatatttaaaacagccaACTGTCTCTATTTCATGTCCTTCAAAGACCAGAGGTTTCAACCCTTGACTAAGGACTAGTTTATTTCTGCTAATTATCATCTCCTTAGTTTTATTAAATCAAGACTTCTGTACATTCTTTCTAAGTCTTAGGTCCTTTATTTTCAACAGAGAATAAAGTAAag
>TCONS_00061692
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Function

GO:

id name namespace
GO:0000413 protein peptidyl-prolyl isomerization biological_process
GO:0042974 retinoic acid receptor binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00061690 False 917 lncRNA 0.32 2 23901787 24079761
TCONS_00061692 True 6759 lncRNA 0.34 2 24077355 24084229

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_030056 NA coding upstream 16616 23873557 ~ 23885171 (+)
XLOC_030055 NA coding upstream 76257 23822572 ~ 23825530 (+)
XLOC_030054 si:ch211-135f11.6 coding upstream 81965 23818446 ~ 23819822 (+)
XLOC_030053 AL929305.1 coding upstream 228412 23673259 ~ 23673375 (+)
XLOC_030052 cx39.9 coding upstream 265879 23630384 ~ 23635908 (+)
XLOC_030065 tp53 coding downstream 1998 24086227 ~ 24097805 (+)
XLOC_030066 si:ch211-114c12.2 coding downstream 44679 24128908 ~ 24135569 (+)
XLOC_030067 slc25a15b coding downstream 71941 24156170 ~ 24163572 (+)
XLOC_030068 mpdu1a coding downstream 95078 24179307 ~ 24185865 (+)
XLOC_030069 NA coding downstream 116436 24200665 ~ 24228356 (+)
XLOC_030049 CR926467.1 non-coding upstream 333325 23568347 ~ 23568462 (+)
XLOC_030048 NA non-coding upstream 530879 23355568 ~ 23370908 (+)
XLOC_030071 NA non-coding downstream 177321 24261550 ~ 24278326 (+)
XLOC_030074 NA non-coding downstream 256448 24340677 ~ 24450520 (+)
XLOC_030075 NA non-coding downstream 385242 24469471 ~ 24472076 (+)
XLOC_030078 NA non-coding downstream 732096 24816325 ~ 24835317 (+)

Expression


Co-expression Network