XLOC_030824


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_030824
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 8317718 ~ 8325015 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00061935
GCCCACCCTCTCCTTTATAATCCGCTGTGATTCCCCGAATCGGCATTTCTAGCACTCTTCCTCGTGAAGACTTTCCTTAAGCACCCAGGCTGCGCTGCTCTGTTCACAAACGTACCGTCAAGGCTAACGTTGCCGAACGCAGCTCAGTCATCTGATTCTGTCGTGGGTTCTTTGCTCGTTACGGAGTATTTTTTTACTGCTTTTACTAGCAGCAACTGATATAGCTAACGCGTTAAGGCGAGCTAACTGTGATTTTTGACTCACCATGTCTAAAGTCACGGTGGAGAAGGAGACCTCTTCGCGCTCCTGTTCCTCAGCGTGCGGATTTATGATCTCGGGCCGGGATTCACATCCGATGTGCATCACATGTATGGGTGTGAAGCATGCCCAGGCCTCGTTGGCAAACACCGAAAGCTGCGTGCACTGCCAGGCAATGCCGATGAAGATTTTGGAGAGAAGGCTTCGAGTGGCGGCATCTTCCAAGGACGATCCGGTTCTCTCTGCCGCTCTGTCGTCAGCTAATGACACCAAATCCTCTCTTCCGCGGGATCTTGCTTCGTGGGGGGACATCATGGAGGTGAAATCCCCCGAGTATGAGCCGCTGTTCGACCAGCAGCTACTGGCGGGTGGGGATGAGATGGAAGGGGATGAGGAGGAGTAGGATGATGAGACACTAGCCCGTCTCCTCCGAGATGAGCCGGACGATGATGAGGAGGATGTCATCCGCCCTTCTTCCCACGCATCCAGGCCGACTAGTGCGCAAAGCGGTGAGGTGGCGTCGACTGTGGTGGATTGCGACCTCACAGAGGTTTGCAAACGTGCTGCCGCCAAGCTCGGTGTGGCATGGCCTGTGACTCCTGGTCATCCAGGAGTTAAACGGGATGTGTATGACTGGAAAAGGCTCGCTCCCCGCGCTCCCCCAGCTAAACAACTACTTTCCGCTCTCCCAGATTGCATCACGGAGATGAAGCGGTCATGGGATAAACCATTTACCAACCGCGTGCCCGTCAAGGGTTACTCGTCGCTCGACGTGAGCGAGATGGAGGGGCTAGGGCTCTTTAACCCTCCAGTGGTCGAGCAGACGGTGGCTCTTCACCTGCATCCAAACAGGCGGGCTGCTTTTTCATCGGCCACACCGTCCCTCCCTGGTAAAATGGAATGCTTCACTGCTTCCATGTATCAGAAGATATATAAATCTTCGGCGCTAACAGTGAGGGCTTTGAACGTCACTACATTGCTGACAGCCTATCAAGCCGAATTATTGGAGGAGCTTGGCACGCAGCTGGACGCCGGCAATCCAAACACGGCAGTCTGGGAAGAGATCTGCAACATTACAGACCTCAATCTGCGCGCCTCACGCGGGGCGGTGCAAAGCTCCGGCCGTACCATGGCTCTCGCCGTTGCGGGCGAGCGATCGCTGTGGCTGAATCTCTCGAGTATCGGAGACTGGGAAAAATTGGATTATCTCAACACTCCCGTATACTCGAGTGGGTTATTCGGTCAGTCGAGATGCGACCTTAAAAAGAAGGACGAGGAGACTTTTGACCTCTGCTTGCCTCGTAAAAGGACATCATGTCCTCCTGTTCCTGCTACTCGGCCCACTCCTCTGACGCAGGGCAGAAAATTTGTCAGTGCGTCCAGACCGCCTAAACCCCACAGCACAGAGCAAACGGCCCGCCCCCCCGCTGCTCCAAACGCTAAGCCATGGGGAAAGCAGTCATTCGCGGCAGCGGCTGCAAAGTCCAGATCCGCTAACCTATTCGGCAAAAAGAAGAGGGACTCCTAGGACGCTATGTTTGGAGAGAAGAGACGGGCAGCACCTAGGGTTTTCTGCGATGTCTTCTCCACAGTCCGCCGCGTTTGTTTCCCCACCCGCAAAAATGCAGAGGAGGTGGAATTTGGGAGGAGAAATGGTTCAGAGTTGTGTTCAGGCCAGTTCTGCTTCCCCTCAACACACAATGTTCCGTGGATTGCCGATGGCAGATCCACAAGTTCATGTGTAGAGCATTCGGCCACCATGCGGTCTGCCGAGTTCAGGCACACGTTCGCAAGAGCGTTGTCACAAAGCACTTCATTCCCTGTGTTCATGGCAAATAAAAAATCCCCTGTCGCATCCAGGCTCAATGCCGAGGGCGcagaaagccaaaaaaaaaaaataaaaacacagagaaaagcGAAAGCTCAAAGCCGAGAGACGGGCCAGTCTCTGAGCCAAACAGATCCTGGCCAAATTTCTCTCTGGCCACAAGAGGGCGCCAGCGCTCCACCAGTGGAGCCGGTTTAGCAGCAGCCTCTGTCTCTTCACCCGGAGGCCTGGATAGAGTGTTATCCGCACCCGTGGGTCCTCGCAACTGTAACCAGGGGTTACAGGCTTCAGTTTGCTGGAAAAGCCCCTCCTTTCAACGGGGTTATAGCATCTGTGGCAAACGAGGATTTGGCTCAGGTGCTGGAGGCAGAGATATCCTCCCTCATGGAGAAGGGAGCTATAAGACGAGTTCCAGTGGAGGAAACTCAGACGGGTTTTTACTCACGATAATTTCTAATCCCAAAGAAAGATGGGAGTCTGCGCCCAATACTGGACCTGCGTGCTTTAAACAAGCACTTAAGGAAGTACAAATTCAAGATGCTCACAGTAGGGGCTCTCACTCGTTCGATCCGCCGGGGCGATTGGTTCGCCTCGATCGATCTCAAGGATGCTTACTTTCATATAAGCATCTATCAGCACACAGGAAATATCTCAGGTTTTCCTTTCAGAACGAAGTGTTCGAATTTGTTACTCTTCCATTCGGGCTCCGTCTAGCTCCGCGGGTGTTCAGCAGATGCATGGAAGCCCTCGGTCcgttattatattgtcattcctCTTTCTTTGTGTATTCCTGTTCCTGGCCAGTGAGtgcttttgtaaataaattttgATAATTCCTGTGACCCATGCTTTTGTGAGAGAGCTAACTGTGACAGTAACAAAGTGTTACCCGTGACTTCAGTTTGCCATTATACCCCTACTTTTTTTGAGTTACGGTGTAAAGCAGCATTTATGCTCTCAATTACACACTTCAAATCCTTTTAACTCTGCGCAAATTGTTGATGTATTTTTCAACCCAAATTATTTCTCTATAGCGCATTTTTGTACTAACATATTGCATATTGAAATACGCCTTTTGTTTCATAACCTAGCAAATATCACAACAAATAACCTGATTAGTGATCCCAGCATGTGAAGACTCCTCATTTTCACTGTCTGTGTTAATCTCCTTTTTCTGAAAGACAGAACATTATCAATGACACGGAGTTTAGGTTCAATCCAAACCGAGAGAACAAGAAAAACAGCTACTTACAGGACTCAGAAGGTCTGTCTGCTTCAGGTTTTTGTTGCGTGGCTCTTCAGACATGTTTTGATCACTACCTGTAAAGAGGAAAAATAATAGTTAGCCCAACAGAGGATGGtttgtctgtgtttttttttatctcatcaGTGTTATGTTTAAAATGAGTACAAATTTAGTGGTTTGATATCAGTTGATTGTTACTGAAGTTTTTTTCTAaggaaaaatatgttaaaatatgcaaTTAACTATATTCTATCCCAGCAGCAAATTTTAGTAAGATGTTAGCATTATGCTAAAACACATTAGCAACAGGCCTGCTAGCACAATACTGTcagtctgtccattcatccagcTCCCTGCCTAGTCAATTCTAGTTCAGTAGCACTGCCTGTATATACAATATATCACTCTCAGTTCTGTTGCTCCCTAGATATGCTATTATTTTTGGTGAAGGAATGATGTTAGATGGATGTACTTAGCATGTTACCATTTACTGAATTTGTTAGTTACGTATCTACTAATATAAAGTTGAGATCACATGGTAATTTGTAATATCGGTAACACTATAGTCTAGGTCATAATTCATGCCATTAACTACTGGCCTATTACCTGCCCGtttttaagatattaactgttcattagtagttatgaAGTATGATCTTATGCTGCATCTCTAATCCTATCCAAAACCCATACCCTACTTCTAccttactaaatattaataaactgatcattagtagtttattaatttagttgtgttagttaatagtttgttaataccTTGACATAAACTTAAGTGTTgtcactatgggccctatcatacacccggcgcaattattatttgctactttcagcttggcgcaagggtcattttgaggtgttgcaccACGCTTGCTGCCAGGCACAAACTGTACTCCGTAGCTACCTGGTTCtaactttaattatttaaaaacataaagcgTATTAGTTCAGTCTAATCGTGAGGAGGCTAGAAAGTGTCGCTCTCTTTGTTTCATTTCAGTCTGTCCACACCCTTTAGGAAATAGAAAGCGGGTACTTCTGATGCCACATCATAACCATTGTTGAGTCATTTGAATTTTACCCTGTGGGCGCCACTTCCTACAaagatttattttgtgtttgaagTGGTAACTGTTTTGTGTTTATGTCATCAAAAATGATAGTGGTTGTACGCTTCTTTAATTTAAAGGGATTATGTGAATTTgtaatgttgattttattttaaaaatgtatacgcCCAAAGGATCTATTTGTCTATCATTAACAGATATTAAAGTTTTTATCCAGTTCATTGTACTCTCTGTATACAGTATATTGGTCTCGGTTTAGATTACTGATTATTTTGAATCATGGATTATGTTCGATCAATAATCCCACAAGTTTGATCTCTGTTTACTTTTCACTCTGCTCTTAAATTTGATCATACTATTAGATATTATTGAACTTATCTGGTCATcacacatttttttgtaatttccaCATTTTATGAAATGGTGTATTCAATATTTTCAATCATGTTCTGCAAAATATACTTTATAGTTATTTATATGAGAAGTTAGTTTACAAGgtttaacaatatataaaatggCATGCAGAAAACGTTAAGATAAAGTTGTATGATGTAAAGCATGATTAATATTCTGAAACAgg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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00061935 True 7298 lncRNA 0.41 1 8317718 8325015

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_030823 slc1a3a coding downstream 146093 8111350 ~ 8171625 (-)
XLOC_030822 nipbla coding downstream 221486 8005911 ~ 8096232 (-)
XLOC_030821 FP016143.1 coding downstream 344839 7972759 ~ 7972879 (-)
XLOC_030820 EGFLAM coding downstream 347958 7919878 ~ 7969760 (-)
XLOC_030819 opn4xb coding downstream 420298 7853463 ~ 7897420 (-)
XLOC_030825 spef2 coding upstream 30632 8355647 ~ 8406192 (-)
XLOC_030826 NA coding upstream 84446 8409461 ~ 8416833 (-)
XLOC_030827 lifra coding upstream 92169 8417184 ~ 8483537 (-)
XLOC_030828 rictora coding upstream 208914 8533929 ~ 8614217 (-)
XLOC_030829 fyba coding upstream 291652 8616667 ~ 8636168 (-)
XLOC_030818 NA non-coding downstream 592443 7725064 ~ 7725275 (-)
XLOC_030816 CABZ01069879.1 non-coding downstream 684899 7632695 ~ 7632819 (-)
XLOC_030814 CU856253.1 non-coding downstream 886195 7431425 ~ 7431523 (-)
XLOC_030813 NA non-coding downstream 940313 7376982 ~ 7377405 (-)
XLOC_030830 BX897662.1 non-coding upstream 310253 8635268 ~ 8635392 (-)
XLOC_030831 BX897662.3 non-coding upstream 312789 8637804 ~ 8640000 (-)
XLOC_030832 NA non-coding upstream 315663 8640678 ~ 8644183 (-)
XLOC_030836 BX897662.2 non-coding upstream 397913 8722928 ~ 8723043 (-)

Expression


Co-expression Network