XLOC_030826


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_030826
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 8409461 ~ 8416833 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00061936
caaagtatttataattaataataataattagaagtagtagttgtaataaaaATTagaagtagttgtagtaataataataataattattattagtagtaatagtagtagtaaatttattattaatttatttttaataatattaattttataattgataataaaaagtagtaataataatgctaataatatattttattattattattattattaataatttagtttagtttagtttatttataatttgacaGGGTATAGCAGCACAATTCCCTAAAATGCACCAAACACACACTTGAAACAATATTTGActgataaaaatactaataaatgacATGATAAACAACCAAAGTAAAAAACTCTGATTTTAGTGAGCGTACATATAGGGTGGCTTCCTAACGCCTTACactcacctactactcagtaggtactgcatttgaatttaaacgcacCACTCGTCTATTAGAAAaatacgttctatacagtatgaatgtgagcagtatcaATGGAACTCtttacatccaccattttgtcatgatcatgtgacctacccTTGTTggtcacttccattcatgaattctcgcACGGGGCATTataggatagcgcagcgtgcTTGGGATGCACAcctcagaatcttgccggaagtagtaggtcatccaggtattCTTGCTTACTGTTTTTTGAATTCCATGAATTCGGACATAcaacttggctcgcatactgttcGTAGCGTACTATATaatatggaagtatgtgatttcggtTGCAGCGTCAGTGTTTTAAAAGTTGAAGTCGAAATACCTTTTATCCGACAACACCACTTTTGGATTCTCTCTAACTCCTCCGAGAGACCTTTTGGTGGTCCGCCCCCGACTACCATACTCAGGAACTGGCTGTATAAAGGTCAAGAACACTTGCATTAGAACGTCACAAGAAAAGATCTTCGCAAAGGTAGCATATGTACTTAACGTGGACATCCCATGATAGATCAGAGGATATTTGCACACCCGGCAATTTAAAGGTGGAAACTCTACTATTGTtagtaatattactaataatattataataaatcaatttttgttaattacaaattattaatacatcattattattaatagtagtggtaataataataataataaattattaatacgTTATTTTAGTGGttgtacaattaaataaataaccataaaagagaaatatatatatatatatatatatattattggacAGTAAAATTGTAGTTACAAAGAAAAGTTactaagaaataaaacaaatcttgcCGTCTTATTTTCTTCACTTATAAATGTTAACATGTGGAAGACTTTTCAACATTTGCAGTTTAATTAAGCACATCACACTTTaagttttatttgtaataaatcgTGCAGCCTTATTCTCCGCAACATTTTTCCAAAGAAAGCTGTGTACTGTTGATCTAAAAAATCTACTTTGTAGGACGTTAGACTCATTTCATTTTTCCTTTCCAAATGGTCAGTAAGATAAATGAAATCCGGCATTATCTGTTAATTATGTGAAGCACCTTTTCAGTTTTATGAATAAGTCTTTTCACTCCTTGAAGTCTTTCTCAATTCAGCTTTCATACAAGCGTAGCACCTCCCAGTTTCAACTCGTGTTATTGAATATCTAATATTAGATGCATCTATCCAGGATGAGGATATTTTCATCAAGAGATTGTCATGGGGTTTCAAATGACGGCAGTGCCTCAGGAGATTAGCTAGATGTCATCAAAGCAACGACACCTTCTCTCAGAGCTGTTTTCTTGTCATTAGGATTATTGGACTCGCATGGAGAACAGGGTAAATCACTTTAACTGGCCTAACTCGCATCTGTTCCTGCTGTTCTCAAGACTTCATTGGGCCATCGTTCAGATTTAAGGCTATACTGTGAAAGCCACTGTGCATTTCGCTAGTCCTCCAAACATTTCTGCAGCAGATTCAATACGTCAGGAAAACACTGAGCCTAAATGGAGAAAGTCAGCATCAAATCAAAAGCAACCCATTTTACTTCTCTTATAAACATTCCTGGTGCTATTGTGCCTTTTTTAATCTTTACGTTTGATCTACTAAAATAAATTGAGATTTGCGAGCTGACGTTGAGTCATTCGTGTAGTTAATTAAGCAACTAAACATTAAGAAACAACTAAATGTAGCGATAAACAGCTAGCGAactgctatgcaggtaaacctcactcctctgacctcaaaaggtgctctagcgactgaCGTTTGAGGTGATTAGATGTTAATGTTAAACTAAGAGTATGTAACATAACATACAATAGTTTAGTGTGTGTGACAAGAGGATGGAGGAAGAAATGACttaaaaaccaaatatcactgcaattatttattgcccatactTCCAGTGAAACCAGTGAAcatatattatacagtgaaagaaaaatatttacaataaataaatgatgaatttCCTGGGGGAGAGGAAGTAGTTAGATGTGCTtgaatcaaagaaataaatataacaaaacccaCTAACTGTATTCAACAAACTAAActcaatatgaaaagaaaagcatgaaaagaaacatcgtCAACGTACCAAATGTCTTAACTAAGCTACTCTATAACTAAAAACCAAACATACACAAAGcagcacattctcctgaacctaaTGAACTAATACAAAGATGAGTCTCGGTGTTGTATATGTACATCACGCGACTTACTCACTCCAACACCCTCTCCGAGGGATCACTCAAACATATCAGTTAACTGGACAAGTTCACAAGCAAACGCATTGCACTTTCTGATCTCAAAACTTTAGACAAGAGCCTCCTCACAGAGATCCACAGAAAAAATAAGAGCGAGAAGGAGCGAGAGATGGAAAGAGATAGCGATCACTATTGTAGTTTGGGCTTGGCTTTTAAATGCTACGTCGACCAGCAattggtggcgcaaacccagcgtcagcggccaacgtcatcCGCACAAAATGCAGATCCTCCAATGCCAttcgtacctgtaacacatgGATGAAACAACACACCCCCATACAAACAAACGCGCGCACACATACCCAAAATACATTCTGCAAGCAAACGTAACACCGGGTTTGTTGCGGTAGGAACAGTGGGTTGcatttgggggctcgtccgggatgggagtgaaaTTTAGGTGGGGCTGAGTGTAAAGGAAGCCAGCTGGCAGAGTGGTTTGCAGATAAACCtcgctcctctgacctcaaaaggtgctccaGCGACTGACAcgagaggccatggtctttagcctccttggtagagcaaccaactttcatgcaaagaatcgccggttcgatcccagctcagaccgggtttGGTGCGGTAGGGCCAGTGGGTTCCACGTGGGGGCTCGTCTGGGATGGGGGTGAGTGTaaaggaggccagctagtgaagagcTATGCAGGtacacctcactcctctgaactcaaaaggtgctctagcaacagacgtgAGATGCCATGGTCTTTAACCTCGTTGTTAGAGTAAGCGACTTTCGTGCAAAGAATCACCAGTTCGATTCCAGGTCAGAACGAGTTGTGTGCgataggaccagtgggttacataAACATAAAATCGTATTGAGTTGTCCAAATGCACTCACTCTGTGAGTTGGAAGTCAGTAGGATATAGTAAGGTTTTGCCTGCCAAGGGGGCGTTCCCCTAATGGAGTGGCGTCAAGTTAAAAGTGTCAATGGTATCTGGTGGTTAGTCTTGAATGGTCCTTTGTcggaaattaacaaaaaaaaaaaaacatactcaaaGTACcacatttcagattcgcaaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtaaacagcgccctctagtggtattgtcatctgaaacgtgcaacgaaACGTACTGTGAGCAACGTATTTAAGGTTTTACACAATATCGGCTGATGTATGCAGTTTTAATGAGTCTGGGctgatttattcattcaaaaaTACTGTTATTTAACTATCATTATCAGAATAATCTTTCAAAATATCGAGACTTAATATGTTGTCAATATCAGGCCTTAGTCTTAAGATAAAAAGTCAAACTCTGCCATATTTTTTTCCTCACTGAATATGTTGATTGACTCATCACAGTAGGGAAGTCAAACGGGTTGCGATGCCATTTGTTGTTGACTTTGCAGAGCATCAGATTAGTGGCCATTAAACTCCTATTGTGGCTTGTGATTGAAAGGGCATTAGATGATGAACTTTATTAGCAGTGAGATTAAATAATATGAGTGTGGTCGGCGTCTATTGTTGCTTAAGCTTTAAAACACTACTGTGAACGATTTTATTATGTCGGGATGATTAGTTACTAATATGTAACCTGTGCAGTTACTGAGGCctactaatgtttatttttttatttgcttgtatgaatgtgaaatgcacagatgtattttttttgttgttggtgtttttttaagTGTTGAATGAAATGTGTTCAGAAAGCTTTAGCTGCGGATTTTGTAGCCCAGATGAACGTGTTATTAGCTGTACAAATGGAAAATGAGCTAATGTTCTATATGCAGGCTATCAAAATCATCTCAAGGTGTACATTCTCAGTGGGGAGAAAGTTAGACGAATGTAACATATACAGCTATGGGGAAAATGAAAGGACCACAGTAAAATGGTCTGTTTTTTAGCATTTACtggattattatatatatatcagtttgtgtaaaattaaaaaaattaccctaaaaaatgctgaattctgcacaattgcttcatgttgtctcaactcaAATGAATTAACTTCtttgtttatacaaatttaagtggattaaacattagACAATtaagttttcttaaaaataaaataacttaaggattgtgttgtttcaactccttTTAAATAAGTAGGTTGAACAAGCAgcgtttttgtcattttttgagtggacacttacaaaattcacacaatcaatttgtgttgggacaacttgaagg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Function

GO:

id name namespace
GO:0048731 system development biological_process
GO:0030154 cell differentiation biological_process
GO:0007275 multicellular organism development biological_process
GO:0048869 cellular developmental process biological_process
GO:0045595 regulation of cell differentiation biological_process
GO:0050767 regulation of neurogenesis biological_process
GO:0097485 neuron projection guidance biological_process
GO:0007399 nervous system development biological_process
GO:0032501 multicellular organismal process biological_process
GO:0007411 axon guidance biological_process
GO:0045664 regulation of neuron differentiation biological_process
GO:0060284 regulation of cell development biological_process
GO:0022008 neurogenesis biological_process
GO:0048699 generation of neurons biological_process
GO:0051960 regulation of nervous system development biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00061936 True 7264 lncRNA 0.35 2 8409461 8416833

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_030825 spef2 coding downstream 3269 8355647 ~ 8406192 (-)
XLOC_030824 NA coding downstream 84446 8317718 ~ 8325015 (-)
XLOC_030823 slc1a3a coding downstream 237836 8111350 ~ 8171625 (-)
XLOC_030822 nipbla coding downstream 313229 8005911 ~ 8096232 (-)
XLOC_030821 FP016143.1 coding downstream 436582 7972759 ~ 7972879 (-)
XLOC_030827 lifra coding upstream 351 8417184 ~ 8483537 (-)
XLOC_030828 rictora coding upstream 117096 8533929 ~ 8614217 (-)
XLOC_030829 fyba coding upstream 199834 8616667 ~ 8636168 (-)
XLOC_030830 BX897662.1 coding upstream 218435 8635268 ~ 8635392 (-)
XLOC_030831 BX897662.3 coding upstream 220971 8637804 ~ 8640000 (-)
XLOC_030818 NA non-coding downstream 684186 7725064 ~ 7725275 (-)
XLOC_030816 CABZ01069879.1 non-coding downstream 776642 7632695 ~ 7632819 (-)
XLOC_030814 CU856253.1 non-coding downstream 977938 7431425 ~ 7431523 (-)
XLOC_030832 NA non-coding upstream 223845 8640678 ~ 8644183 (-)
XLOC_030836 BX897662.2 non-coding upstream 306095 8722928 ~ 8723043 (-)
XLOC_030839 AL928901.1 non-coding upstream 542895 8959728 ~ 8963775 (-)

Expression


Co-expression Network