XLOC_031948


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_031948
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 16799202 ~ 16809226 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064827
attaagaaaGATGTATacaagcatttaaatatctactgacttatttaacttttctcttttgtcagatgggttcaggtagtgcctctgtcctgctgcgcttcaggagaattcagcatcacaagcaaaatgaccaccttgtgtcatataacataTATTGATCAATCAGCacggttgtcaaggcagaatctcaagcacaaccaatcattttaaatgacatggtgaatcatttaaagaaatttaaatgttaagttcagagaacttacaatatgaattaaatgtttgttgctgcctaatgagtaagttaaacacacctttgatgccaaaacttggtatttttattaatgaaaagTTATATTATCCGCTTAGGGCCCCAAGAAAGTCTGGAGGCCcacaataaatactaataatgtaaTTTCCTGTCATATTTTGAGGGATAAGgctttaacaaatacattttaacttaaatagcatgtgtgcaattgtgtccccccacccccaatcatggatcagtccagcagtcaaatcagatgaaaatatagtttcagaaaacaaatagtttgttcattaattttagttgtgaactcattttaagcaaacaaatcttttaaaatgtagagattgtgttaagataaaaatatagaaagcaagacagagtgctataagataaagacagctaaataaataagcaaatatgaaaaGTGCTTATTACTGTAAGACTTCCGGGTCTCATGActcgaattgcttagggcccccaaatcacctaATCCAGCCCTgctcataacaaacaatcatcatgatcacggtacaaagtgtagagtaaacaatgttattaacactatgagctgtatttgttaaaataaatgttaaattattgtgtgtttcattagACAAACTGTTGAGATGATGAAAAACACGCAGTCTTATACGTTTTAGTTAAATTGTGATTCTCTGTGCTGAACATTGCCCCCCTGTGTTGTCTATGATCACTTACTGAGGAGAGAcgtgaccctgcaccacaaaagcacttttttacttcttttggtttgagcacatgctttttaaaatgattgagctgttgaaactttgacctacacatgaaaaaaacatattgtttaaataaagttattttttaaattataattgtattctaacctgaaactgaagatcgtcctaaaaagagatttattgcactatattgggataatttgtaatttgatgtgcacaaaagaagaaaaacacagtagtgtttactttaaattctcgtaagaagtttagtatttgtattttttctaacttTGAATTGAAGATTAAATCAAAAAACTATTCAGCACTCTTCAATGTTGAAAATTTTGTAGTTCaatgtccacaaaaacacaatattgttcatttcaaattctcatagaaacttttcttttttacttaaattgaagatcattcaaaataaaaaacatttgttaaatatcagcatgcgtgtatggacatttactgagtttattatcgacagatctgtgtttaagtaaaacaattcggctagtttagatttttatgttttaaattcagacatcaaattttgcaaataaagttttggtctagttagttcagcacactacagacagcatgatcatatctgactgaacagagtctcctaattcctccagtgtctgtgttcattcattcattttccttcagcttagtccctttattcatcaggggtcgccacaggggaatgaaccgccaaaatatccagcatatgttttacacagcagatgcccatccagctgcaacccagtactgagaaacatccacacactctcacatgcacaaacacactggccaatttagtttattcaattcacataaaccacatgtcattggactgtgggggaaacccatgccaacacatggagaacattcaaactccacacagaaatgtcaactggccctgctggtactcgaaccagcgaccttcttgctgtgaagttacagtgctaaccactgagtcactgtgctgcccttggtttgaacatttacattttagtgaaaccagtaaagacaaaaaaactgctgtaattgcgtataaaataactttattgtttatgatttatttaacaccTTCCCCTGTTTTTCTCTAAGTGGTCTAGAAACTGTACATTTGTCAACTGTAGActagcttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcttcagctcgtacagcttcacacagagcctcacagatgcagcagaggaagctcaggatcaggatctgttctcctcagttcctctgcccctcctgctctccttctacaaatcattgacagcgtttatctacactgaacctgacaatgcaacccaagccatgactgctggattcagataagtgtaatgtcactggccacctgtgcagtgcaaccagggatggctctcaatGTCAGCTAAACTGGGTCGATCAGCcggtgctgcactgagacaccagcgaatcagctgacggcactctgttacacacaacaccgtcttcagaaacacacaacaacacacttctgctcgctcgccaggctatctctgaatgtgtctgaatctcttacctgttgacaagctcctagggaaggtcagtctgcttctggacgtgaccctctgtgcgcctctgaatgggaaacggtcacacaggatgttgtagagcgtcactcctactgaccagactgtagctggagtcgcatggtagcgatgtctacgaaaccactcaggaggagcgtatgcaggagtgcctgagagacataagaagaccacaaacatctgctcaacatgctccagtacagacaaattccctttagtggatcagcagaagttcacaaacatcaacagaacgtttccttctgtaactcaaactcacctgcaaagtatttgtaggccgatcgcttcagcagatctccacagccgaagtccagcagcttgatgtcctgggactctgtggagatcagcaggttttctggtttgacgtcccggtgcaggacgACACGGCTCTCGCAGTGTTTAAGGGCCGcaatcagctgcaccagcactttctttgcaagacgctcatccagacagccgttctcctcacagaagctctggagatcttggcaaggatccggtcgctccaggatcaggatgtagcgcCTGGGAtggtcaaaccagtccagcagctgcaggacactggggcaggcaggagctgatgtgacacgggtcatcaatgccacctccagcggcagccgaccctgaccatcctgcaggacaaaccctccattatatccagaactcaatcaaacacagcaaacacaacagattcacatcaaaacatacaactttcagtcgctcgggggtccggtccttcgacacgtacttgatggccacctgcagacaggaaaagcagagtaaatcacacctgcctgattgtgacacatgacatttactgacagcaacatttctaaagcatgtctgaacaaaggagggaagaaaatctcttactggcagtccatcagacctgcgcatcccagcaaacacagagccgaatccacctcgtcccagcaacgggcccttctggtacaagtctgcaacacagaagagcacaagaaatgaagaaaagagagaaagagaaaacatgctgcggtctccttaatgacaaatcatttcatttctgagccataagatctagaagatgagctgtgctgacctctgcgagagcgtttggctggtctgctggacgaggtggacagtgtttgctggctgctgctctgccttttcctcttgctgttcctctggtctgtggatgcagaatcagccaaatgtgaaggcagaggagccaaaaaaccaggaagctcagtggtgccgtcccgtgtatcttctgtatatcaaaacatttttaatgaatcttttttgttaacttctgtaatccttttcatattagtcaaacatcatacagcatcatacagtgatatacaatgacaaacaaatgaaagattaaaaacactcacctcctctttcttcacccatgtgggacatggacaatctcctccaacctgcaataaaacagacaaatacagacaaatataaaaaataaatgtaaaacaaagtaaagaaaaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaaattaaaaaaaagagcaacaaaaatgtgtttaaaaaaaatattcagaaaaataactaaaataaagatgattagagaatttgtgctctttaaaataagtctttttctctcagaaatctcaggaatcgcacagaaatgctctgcaaagtcgcctcgtctctcaaccaacagattgcgatgggtttgattgtttttatatgcggTCAGAAATCATACAataacacgcgttgctatagcaactaaCATTGGCGTGACCTTGCGTGCctgagatatttttttattttcatgaatacaATTCATGCAGTTATACGATTTCCtaaatcttaattattaataataattaattaaaagctcttgttataaaattaaataactatcaTTTTAATAGGCCTATCAAGCTTGAGTAAAACTTGATAGCGTCACCACCGACATTAGCAGCAGAGAAATCTTTAACGAAAATCACACAGAAATTCaagaataaagtttttaataaacattaccaAACAAACGAGCTCTTCTATAAATGTAACTTACTATAATGAAGAAGTGGACAAAGATGAAATTGTTCTCCATTCGGGAGATCTACAGGAATCATAAACTGTTTtcagaaaaaatattgtattattttctgaGGAACACATTTCTAGGAGTTTATTTACGCTAAATTTCATGTTATTGCCGAATCACGCTGAAGCAGGGCATTACGAAAGGTCATGTGACTGACGTCCCTGACGTCACTCCTTGCGTAGTAAATGTATGGCCAACGCACAATTTaggtatattaatgaattatatttttaaataaaataaattgtataataaacaacaataatattaaattaaa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ATTAGTAAAAATACAATTCCATACA
>TCONS_00062535
aggttggaggagattgtccatgtcccacatgggtgaagaaagaggagaagatacacgggactgcaccactgagcttcctggttttttggctcctctgccttcacatttggctgattctgcatccacagaccagAGGAACGGCAAGAGGAAAAGGCAGAGCAGCAGCCAGCAAACACTGTCCCCCTCGTCCAGCAGACcagccaaacgctctcgcagagacttgtacctgaagggcccgttgctgggacgaggtggattcggctctgtgtttgctgggatgcgcaggtctgatggactgccagtggccatcaagtttgtgtcgaaggaccggacccccgagcgactgaaagttgatggtcagggtcggctgccgctggaggtggcattgatgacccgtgtcacatcagctcctgcctgccccagtgtcctgcagctgctggactggtttgaccgtcccaggcgctacatcctgatcctggagcgaccggatccttgccaagatctccagagcttctgtgaggagaacggctgtctggatgagtgtctggccaagaaagtgctggtgcagctgatcgaggccctaaaacactgcgagagccgtggcgtcctgcaccgggacgtcaaaccagaaaacctgctgatctccacagagtcccaggacatcaagctgctggacttcggctgtggagatctgctaAAGCGatcggcctacaaatactttgcaggcactcctgcatacgctcctcctga

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000115519

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064827 False 10025 lncRNA 0.39 1 16799202 16809226
TCONS_00062535 True 750 mRNA 0.57 6 16804761 16806076

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_031947 pimr12 coding upstream 61594 16736871 ~ 16737608 (+)
XLOC_031945 NA coding upstream 124518 16591985 ~ 16674684 (+)
XLOC_031946 NA coding upstream 130056 16667458 ~ 16669146 (+)
XLOC_031944 si:ch73-193c12.2 coding upstream 299603 16493755 ~ 16499599 (+)
XLOC_031943 zgc:161969 coding upstream 323323 16468776 ~ 16475879 (+)
XLOC_031949 pimr21 coding downstream 60778 16870004 ~ 16871322 (+)
XLOC_031950 pimr28 coding downstream 86459 16895685 ~ 16896994 (+)
XLOC_031951 pimr13 coding downstream 140509 16949735 ~ 16951160 (+)
XLOC_031952 pimr8 coding downstream 173387 16982613 ~ 16983924 (+)
XLOC_031953 BX511311.5 coding downstream 241813 17051039 ~ 17051135 (+)
XLOC_031941 NA non-coding upstream 401677 16394629 ~ 16397525 (+)
XLOC_031939 NA non-coding upstream 805238 15990935 ~ 15993964 (+)
XLOC_031938 CR847983.1 non-coding upstream 859097 15938621 ~ 15940105 (+)
XLOC_031955 NA non-coding downstream 248966 17058192 ~ 17274417 (+)
XLOC_031958 BX511311.8 non-coding downstream 395966 17205192 ~ 17205289 (+)
XLOC_031961 CABZ01041996.1 non-coding downstream 508331 17317557 ~ 17317653 (+)
XLOC_031962 BX470083.5 non-coding downstream 572259 17381485 ~ 17381582 (+)

Expression


Co-expression Network