XLOC_032892


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032892
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 28124381 ~ 28130130 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00065163
TGTACGTTTATTAAATTCACTTCAGTGTATTTACAACCTGAATTTACTTGAGAGATACAGAACAATAAATGAACTAAGCATGATGACAAAACAATACATGTATAAAAACTGATTacaattcaaaatataaataagggtgcatatcatatttatttgaacACTTGATAACAAAAGCAATATTTCATGgcattataacattgtaattacagcATCTGCCAACATTATTAGAGCACTTCGCATATTTAGAAGGTTTTGTTGAAGTAGCCATTACAATACtcaatggaaaaataaaaaatcatcctTCAGAAGGCTCTATAAATCATAGAACAGAGCAATCATAAGGAGATTTGggtcattttccttaaaaaaaattataataaaacaacaacaaaatcaagTTAGACCTATTTCAAAGGAAATTGAGAATATTAGTGTTCTGCAAGTTTTCAAGAAATACTTGCTGCGTCTCAGTTCAAATACttatactacaccctaaaagtatgtccttttttagtgaaggaaaaatatatacttttgagtatATGCATACAGAAGAGTATACAAGCTTTGGGTCATACTTCCTCATTAACAGATTGTTGTGTTGCTTAATTATGAGCCCTGTCAGTCATCCCCACATCATCcatatttctgtcatatttaatttcctaccttattggagaagcagcagcaggttaattcTCTATttacgagtctttcatgcagaagaatctcctcaggtctttgtataattatgcattcagatgttaatgtccaaacacgtctttatagaagttcagtattgttgttccTGATGATATATAACACAGAAAATGCGATTTAAACATATTTCCAGTTTTTACCTAAGCCTCATGCTTGACGGTTTGTCTCGCGCATCCGCCATGTttgagtttatttacacttttcacctgggtttgtagttctaattgaaTTAATGTCAAACGCCCACTGTGGGCAgcgtttagagcaggggtgctcaatcctgttcctggagatctaccttcctgcagatttcaattgctacccatatcaaacacacctgcctgtaattatcacgcggtgttcaggtcctaattaattggttcaggtgtgtttgatatgggtagcaactgaaatctgcaggaaggtagatctccaggaacaggattgagcacccctagtttagagtatggacggttctacacttaatttttaaaaaataatattaggcCATGCGGCAACCTTTGGGATACTCAACATACTCCATTTCGTGacgtattaattttattttcaaatacttTTTAGGACGGATAATAggcgaattgggatgcagcatgcCAGCAAATGTGCTGCTGTCATTTCTGTAAATGTGGACATAAGTATTACAGTTAAAAGTGTATAAAGCTTTATAAAACATTATGAAACTgtaatttttgaaaacaaaaaagggTGAATGTtttcagatatatatttttattgtatatacatagaacaataaaaaaaacattaagattaTTAGCTGGTTATATAGTGTCTTAATATCAAGTGTAGCCTTCAAGGAATGTAAAAAGTAGTGTTCATTTTGACCCGCACATTCTTATCCACAGCCTGAGAATGCTATAATCAGAAAATCCCCTTGTGGACCATTACAAAATGATTATATGCATAGGTTGGACAAGTGGTATGAAATTCATTAGTCATATATTTACACTGAACTCAATAAGAATGTGTAGTAAGGAAGTGCTCACTGTTCACAAGTACAAGTCAACGCATATCAATAGCAAAAAAGGCAATATGCTAATAAAAACATTGATGTATAAAAGACATCAAGCATAAGAGTTTATGTATGTCATGCCTTCTTAAACCTCAATGGATTCCTCAATATTTTGGCAGCTTACTCAGTAGTCACTAATTATTTGAAGTTAAGCCCCAAATCACTTTCACATCCAAGTTACATACTTGGCGATGCGTAAAGGCCAATTCCTACTGCACCAACAGACGCTGATTATAAGATGTCACTTTTCAGATATTCCACTCTGATTTATGTGTTGTGTTCTTGCTTCGCAATAAATTAAAGGCAATTTTTCAGCTTGAAAAATAATCAATGACACTAAATACCAAATTGAATGTtccactcttaaaaataaaagttctagAATAAAGTTTTCACAGTGATTCTTAGAAGGACCGTTTTGGTTCCccaaataacctttttttttatcttaaaattttatcttttattttttaatatataaatatttagtgtattttagtgtaaagaatgtttgaaaatttgcaacacgtATGTAATGCTGATGTCCCTACAATAACAGACTTGTATGTAAAACTCTTTAAAGAACTTTGACATCCGAGACTGACACAACTACAAGTTAAACTAGACTGGTTCATGACAGATTGAAGGGAAATCTGGCATCAATGTTTCTCATTCATGAGAAGAATTTTCTTGACAGTGCAGTAAGTGGTTTTAAAATTAAGTTGTAATAAAATGATAATTTGACAAAATTGACTTTGCTCACAGTGGTATTTCTAAGCATGACATGCAAATATATACACAGGAAAAAAAGTTTATGATCTTTAATTAGGGGCAGCGATGGCCTAATTGTTTGAAAGTCAGACCCAAAGGTTGCAGATTCAGGTCTATCCAGGATTGATGGTGGGGGGAGTGAATAACCAGTGCTCTCTTCTAAAGCTAATATCATAGctaaaggttgatttatacttctgcgtcaagtgcacgcaTATGGTACGGTGCAGTTTTCGCACCgtatagccctcgccgtggctgacgCCAACACTGAcaagcacctctcaaaaaaaactACATGTCCCAATGGCGTGTAGCGCAATCTTAGTGATTGGTTGACTTGGTAGTTGTGCAgagtgtgggtggtgctgagagccgcAAGCCCGATGGAGCAAGTGTTTAGAAGTGTTGAGTCTCATGAATGAGCTccaaatgttttgtgtttaccttatgattaaagttgttcccgtctctgaatgagcgagtttgaactaCTTATACATTagagttcagaaaaaacaaaacaccggcgaagaaactcgacaaagAGGGATATAAAAACCTACTGCTGGCTAGCGTAGCCATCAgtagtgttattgcagagcaacacaaaaagcacgcagaagtataaatgcacaaggCAGGTGCTAAAGGTTATGCTGATCactcaacacagaagtataaaacaGGTGGATTTTCAAAGCCTCAGCGCAGCCTTTGCATGATTGCATAGCTCtttgcatagccctcgccgtggctgacaCTGACACCGATCTCACAAAAAATGTGACCACATGTCTCAACAACAtgtagcgcaagctttgtgattggtcagcttggtagcgatgacaagtgtgggcgggaccaagaACCACACGAACCCGTTGGAGCAAGtttttacaagtgttgagtcccgtgaaggagctccaaatggaaacttttgttttgtttttaccttatGATAAAGCATTTGGAAAAAACACAACAGCGAAGAAACAGGAACATGAAATCCTACTACCAgatagcatttcggaagtgttaatgcagggCAATAGCACACAGAAACATAAATCCATGGAACGTGCAaggcatgcgccatgggtcactacgatcactcgacacagaagtataaaacaGTATGAATACTACTACTACATTATAAGACCCTTGAGCAAAACCCCCAACTGCTCCTTGGGCCCTACAACTAAAGAATTCATTCACATAGTGTTTATCTGCACACTCCTGTGTGTGTGCACTGGACTTCCTAAATTCAGAGTACAAATTCCAAATATGGTTCACCCTATTTGGCAAAATgtcattttactttcattttgatCGTTAGGCAGAATATCTTCCATTAGTCTGCTGTGAGCGAGAGATAGAGAACGGTGAGCTCTAAAATAAACTCTGTCATCTATTCATTATTCTATAATGCAGAATAATTCTATATCTTCCAGACATTCATAAAACAGTTTGCTAAATGAAAACTGTGTGTAGTGAGGCTTGCagtataattttaaaacatgGCTTAACCGATCAGAATCAAGTATCGCAACTATGTTTTTTACAAGTATCTTTTGAACATGTTAAATCACTGAGGTGCCTAGCAATGCCAAACAGGGCTAATACATAAATCTGATCTTTGAGGCAGCATCTGTCAGTGCAGCGTGAATTGATCTTGGGCCTGGACTTTGTATTGACCATACATGATCAGGAAGTGTTGGCCGACATAACTTAATTTGATGAAAAATGTTCATACCCTCTGTATTTGCTTATTCAGAACTCAGACTTTGCACTCAGAGAACTCTCATGTGTCCCTTTTAGCTCCCCGCTAGTAGCGCCAGACCCTCCTGACTTGTCTCGGCAAAAAATCCTGCGAACGCTTCCCCTGAACTTCTCTGCTGCAAACAGGTAAACCAGAGGATCCAGACCCCCATTCAGGCAGGTCAGCGAGGAGGTAAGACGGTTAGCCAGAGCTAGTCCTCTTTTGATTTGGCAGGACAGGTCTGGGTGTCCGTAGCCCAGGATAAAAGTTGCACGACTTAAGTGATAAGGCAAAAAGCACACTACATAGATAAACATGACCAGACCGATGGTACGGAGAGCCCGGAGTTTCAGGGCTGGCTCCAGCCTTGAACCCTTGCGCAGACTGTTAACTATCAGCAGATAGCAGGAAAGTGTAGCAATGAAGGGTGGTGTGAAAGCTACAACAAGAGAGACTAGTGCACGCCACGAGGCCTTTTCTCTGTACAGTTGCAAACATACGGTTGagccattgacttctacagtCTGCTTGGTGATCAGCAGGGGTGCCATAGACACAATCACCAAAATCCAAAGTGCAAAACTGGCTATGTGAGCGTAATGAGGACGTCTGACCTTGAGGGAGCGTACAGCATGCACCACAGCAAGGTATCTGTCACCTGCAACACAGGCCAGAAAGTACAAACTGGCATAC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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00065163 True 5350 lncRNA 0.39 2 28124381 28130130

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032891 si:ch73-194h10.3 coding downstream 6386 28115383 ~ 28117995 (-)
XLOC_032890 NA coding downstream 169780 27938489 ~ 27954601 (-)
XLOC_032889 im:7152348 coding downstream 232420 27884372 ~ 27891961 (-)
XLOC_032888 AL935299.1 coding downstream 396984 27696323 ~ 27727397 (-)
XLOC_032887 NA coding downstream 500860 27620675 ~ 27623521 (-)
XLOC_032893 bcl6aa coding upstream 86357 28216487 ~ 28222592 (-)
XLOC_032894 si:busm1-105l16.2 coding upstream 209532 28339662 ~ 28345002 (-)
XLOC_032895 tbc1d23 coding upstream 784103 28914233 ~ 28943056 (-)
XLOC_032896 tomm70a coding upstream 815911 28946041 ~ 28961660 (-)
XLOC_032897 glmnb coding upstream 840383 28970513 ~ 28980829 (-)
XLOC_032886 NA non-coding downstream 632634 27490737 ~ 27491747 (-)
XLOC_032881 NA non-coding downstream 1086010 27035652 ~ 27038371 (-)
XLOC_032879 NA non-coding downstream 1298457 26824950 ~ 26825924 (-)
XLOC_032898 NA non-coding upstream 853887 28984017 ~ 28986397 (-)
XLOC_032908 NA non-coding upstream 1280096 29410226 ~ 29411285 (-)
XLOC_032910 NA non-coding upstream 1527771 29657901 ~ 29659956 (-)
XLOC_032911 NA non-coding upstream 1620830 29750960 ~ 29752357 (-)
XLOC_032912 NA non-coding upstream 1641237 29771367 ~ 29790125 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000340_02905987_02907006 GPR17 coding CI01000340 null 2905128 ~ 2907074 (+)