G1693289


Basic Information

Item Value
gene id G1693289
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 39576326 ~ 39579030 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1936711
tatacattatggTATATACATTATGATATATGCATTATGATATATGCATTATGATATGTGCATTATGATATGTACATTATGCTATATACATTATGCTATATGCCTTACAAGCACATTAAAACCAAATGCATTTACTTGCGAATTGAGAGGCgctacagaacacacactaacgctacagaacacacactaacgctacagaacacacactaacgctacagaacacacactaacgctacagaacacacaacacacactaacactacagaacacacactaacaatacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacGCTATAGAACACACACTAACGCTAtagaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacacactatcactacagaacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacacactatCACTACAGAACACATACACCGCTGATGTGAATCTAACAGGC
>TU1936713
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>TU1936715
tatacattatggTATATACATTATGATATATGCATTATGATATATGCATTATGATATGTGCATTATGATATGTACATTATGCTATATACATTATGCTATATGCCTTACAAGCACATTAAAACCAAATGCATTTACTTGCGAATTGAGAGGCgctacagaacacacactaacgctacagaacacacactaacgctacagaacacacactaacgctacagaacacacactaacgctacagaacacacaacacacactaacactacagaacacacactaacaatacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacGCTATAGAACACACACTAACGCTAtagaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacacactatcactacagaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacacactaacactacagaacacccactaacactacagaacacccactaacactacagaacacccactaacactacagaacacccactaacactacagaacacccactaacactacagaacacgcactatcactacagaacacgcactaacactacagaacacgcactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacgctacagaacacacactaacactacagaacacacaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacccactaacactacagaacacccactaacactacagaacacacaacacgcactatcactacagaacacacaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacccactaacactacagaacacccactaacactacagaacacacaacacgcactatcactacagaacacacactaacactacagaacacccactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacgctacagaacacacactaacgctacagaacacacactaacactacagaacacacaacacacactaacactacagaacacacactatcactacagaacacccactaacactacagaacacccactaacactacagaacacacaacacgcactatcactacagaacacacactatcactacagaacacccactaacactacagaacacccactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactatcgctacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacacacactaacactacagaacaca

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1936711 False 616 lncRNA 0.38 2 39576326 39579030
TU1936713 False 937 lncRNA 0.40 3 39576326 39578318
TU1936715 True 1793 lncRNA 0.41 3 39576326 39578318

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118942017 NA coding upstream 157375 39416869 ~ 39418951 (+)
LOC110499465 LOC106589883 coding upstream 380126 39124078 ~ 39196200 (+)
LOC118942069 NA coding upstream 425924 39143956 ~ 39150402 (+)
plaub plau coding upstream 457476 39110890 ~ 39118850 (+)
LOC110499463 LOC106589886 coding upstream 508188 39057036 ~ 39068138 (+)
LOC110499467 LOC106589877 coding downstream 92020 39671050 ~ 39678438 (+)
LOC110499468 vdac2 coding downstream 104565 39683595 ~ 39687922 (+)
mgme1 mgme1 coding downstream 860891 40439921 ~ 40443984 (+)
ephx5 LOC105009996 coding downstream 875764 40454794 ~ 40467136 (+)
LOC110499485 NA coding downstream 908926 40487956 ~ 40490785 (+)
G1693215 NA non-coding upstream 164558 39411514 ~ 39411768 (+)
G1693213 NA non-coding upstream 173170 39400167 ~ 39403156 (+)
G1693208 NA non-coding upstream 181432 39394675 ~ 39394894 (+)
G1693206 NA non-coding upstream 186248 39389845 ~ 39390078 (+)
G1693205 NA non-coding upstream 187250 39388844 ~ 39389076 (+)
G1693312 NA non-coding downstream 58851 39637881 ~ 39641609 (+)
G1693313 NA non-coding downstream 59045 39638075 ~ 39656568 (+)
G1693316 NA non-coding downstream 77806 39656836 ~ 39658192 (+)
G1693321 LOC106589878 non-coding downstream 86222 39665252 ~ 39668313 (+)
G1693340 NA non-coding downstream 149616 39728646 ~ 39746677 (+)
G1693184 NA other upstream 216691 39356345 ~ 39359635 (+)
G1692702 NA other upstream 736055 38839934 ~ 38840271 (+)
G1692568 NA other upstream 864035 38710951 ~ 38712291 (+)
G1692406 NA other upstream 1006880 38568269 ~ 38569446 (+)
G1691992 NA other upstream 1347775 38228015 ~ 38228551 (+)
G1693699 NA other downstream 302319 39881349 ~ 39881843 (+)
G1693700 NA other downstream 302928 39881958 ~ 39882625 (+)
G1693914 NA other downstream 632492 40211522 ~ 40212953 (+)
G1695272 NA other downstream 2038997 41618027 ~ 41618505 (+)
LOC110499605 LOC106590859 other downstream 2930601 42484544 ~ 42511247 (+)

Expression


Co-expression Network