G1773936


Basic Information

Item Value
gene id G1773936
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 8820854 ~ 8826155 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2031517
ccgtcctcctatagctcctcccaccagcctccactggtacaaGTACTGAATGGCTTTGCcatttaaaaataaacaaaagagTAATCGTTATCTAAAACTAGGACaaactactactgctattttCCAGTACTACTACTTATGGGGTATTTCCAGGTTTGAACAGGTTTGACATTATTTTGTGATCCTTGCCAAAGCAAAGCAAAAGCCTTTCTCTCTGCGGCTGGGTTGATGTCTCGATGCTGCTCACTTCACTGGTTTTCTGTCCTTGAGGTCATGGCAGGCCGAATGGGACTTGTACCTATTTGTAGTGCTGTTTGTAGTCGTGAACCATTGGCCATCGGCAACATGGGAAGTTACTGAAATATTTATCTGAGGAACGACTAAAGGATtagagataaatatatatatacaacttATGTAAGatattcatattttatatttgaactAGTATGTTATCAAGACTGAatgtaatgttttgtcatgctTATACAAAAAAAAAcgtacaaaaaaaacatttttattaatGTCAAGACCAAAAACTTTGACCGCACCCCCTTGGTGCGTGATTTGCGGACACCTGTGCCCATTACATGTGTGGGTGTGGTCTCTTGAGTGAGAGAGGCTTGCTGTGGTGCTTCAATCGGACAGTCCCTGCTTGTACAGTTGCTAGGGGAACAAACAGACTGATGCGCCTGATCTTAATCTTTCATCTTTTTTGTCTGGTTGTTTGGTTTACTATGGATTTGAATTGATGTGCTGTTTTTAACAAtcatttgaatgtttttttttttagtacTTATGCCTTTAATTGTTTTGTATAGCATGAGAGGGCAAGATCACTGTCTTTCTAGGTTTGACAAAAGATTAACATTGACATTTATGCCTTATTGTTATTTAGAAGACAAGCATTGTAGCATATTGTTGTTTGTGCGACAGTGTATGAGAGTATTCTAGTGAGAGAGGCTACCTCCTCGTTAGTTTTTGTGTTTAGCTAGCTCACTCAGTGCATAGGTCTTTGCTGAAAATCTACAGTGTATTTTAGGCATAATTTGGGAGAGTGCTGTTCTGGCGCGGTTATGTTGCTACCTATGATTTTAGGGGTGACTCATACAGGTCGGAATACCTATAGAAAAGCTTTACTAATAACTGAACTCcagcaatggtgtgtgtgtgcgtgcttgtgtgtgtgcgcgtgtgtgtgtgcgcatgtgcatgTGTGATTGAGAGAAGGGAGTGCTGACTGCAGACCATGATGGTGCGTTTGTTTTCAGTTTACAGAAGAGAAAGATGAGATTATGATAAAATCATTCAAGGGAAGAAGGGGATGATAATATTGAATAGGTGTTTCCTCTGAGTATAAGACTTGTGAAGTTGTGGATCTCTATCTGGTTCGTCTGATGCTCTAGAAGTGGATCTGTGTTGATGCATGTGGTCTACCCCCCTGTGTGGTGGGTGTAAAGGGAAAGTGCAGAACGGCACCAGGAAGTCTGGGGTAACTAGCTGGGTTAAGGGAGCTGTTGTATACCTCATTTTTAACTCGAGACTAAGTGAAACCTGCTTTAATCTACTttagaaataaaaaaatgtaaagctgaataTTATAaaaaacataaacataaacatCAAGGTCCTGTCAGAGAAGCCTACAGATGTCCGTTTTTAGTGTCCAGTGTCAGTTGCAGCCACCGGGGGGAGACACGCACCAGTACCAGAATGTCTGcttatttttgtataatattttttttacaagagCATAACCATCAGTCTCCCTAAACACACTGGCCTCTCAGACCTCAACCTCCAATTGTCTCATAAGGCTGAAAGTATTatccacatttttatttggttttACCTCTGAAATATTTACCACTAGTATGTACTTGATTTACCCCTCCATTCTGTTTTCTATGATTTGACAATCCTGCCCTATTTTTATTCTAATTTAGATTCTGAATGtagatgttggtgtgtgtgtgtctgttcaccTGGTGGCACTCTGTCTTGCTGTactctctttctttcctgtgggAACGTTAACCAAAGACTTCTAAAGTGATTGTATATGGACTACACCATCTCTCACCCCTCTGCCTCACTATCCCATTAGACACACATTCAGCTGTGCACACCGGTAAAGTCAATACACCTATATGGCAGAGCTGTGTGTGCACCGGAAACACAACTGGTACCTGTAGCAGTGCCTGTGGATGGGGATAGATGGGGATAGATTGAGTGTGGAGGGGCAAAGTGGGCTTCTCTGATGGACAGGTCAATTAACCAATCCCGTGGTGGCTGGGTGATGTTTGTTAATACACACTGAGGGTTGATCCTGTGCACACGGTTTATGCTCAggactcactgtctctgtctgtctgtctgtctgaagaacTGTTGCTAGGACACACATGTTCAAAGACTGTCACGAAAATACACTGTTTCTGCCTCTTGGGTACAGTGTGTCTGTTTGGCTCCAAGTCAGTGCATTGTAGTTGCCAGGACACATTGTCTCTAGGATACACATTCTCTGGTTCTAGGgtactgtttctgtctctctgtctcatctccaTTTTCTTTCTTACATTCCCTCCCTCATTTCTTATTATGTTTCTCGATTCTCTCTGTTCAGCTTTGACACTATGCATCATGGTCCTTCACTCTGCATGGCCTGTGTCCGATTGGCTAAACTGTTTGGCCAATGGGGTCCCAGGGAAGCTTTGTTTGATGCTTTATTCCAAGTGGGGAGTTGTAGGATCTCACAAGCATTATCCCAATGCAAAAATATCCAAATATTTAATGTTTTACAAACGCAAATACCAAAGATAACTCTCTGTCctgtcactcgctctctctcccttcctctcaccctgcAGCTTGTGTATTAAGAGACAACCCCAGCACTGGCTTTAGTTCTAGCCTCAGTAATTCCAAAGCATAGATGTATATTTTGGTATATTTCTGAGAAACCTAAATGAAAAACTTCTCGTTTGTTTGGTGTATCGCTCTTTTTCTGTCACAGCATGGAACTAATTGCAGAACTGTCTTACACTTGGTAGGTTAAAGATATAGTATTTTTGTATGTTTTGGGTGTGTCAAATAATGTGTGTGATCATATCAGTCAACACGGCCCAAGTGACCatggttttaaaaaaatatataaaaaaacaaaataaggTAAACCTGTACATATTACTTCTGTTTGTGGATTTTTGAGAAATGCATTCTGTAAAATCAGTTTGGGCTAAACTAAAGGAATGTGTCCACTGTATCGTCCCAGGCTGTAGTCTAGAACTCTGGGAGCCACGCTGTCGTTGTGACGCGCGGTTCTACCGTTCCAGTTTGGACTAGAACACTGCTCACTATGGACACATGCCTCAGATCCGACTAcgaaacgccccccccccccccagacatggCGGGTGGTGGCATATAGAACTGAAAGATTGTGTAGAACATTTTAAAGTATGTGAATCAGGA
>TU2031519
aaccctggaatgaggaggtgtgtccaaagttttgactggtactgtatatcaattTCTAATCGTGGTTATAAGGCTTTAAAACCGAGTAATAATAAATGGCCGATATCACGGTTATCGTTGCTTTAAGGAGCAGGGTTGACCATGTGTTCTCTCCGGTCTTCTGTCTGGTAACACTGAGTTTGTTTatatgaaaaaatatattttgcctGCCACTATTTTGTAAATTGTAGTCTAGGTGTGGACCGTAGACACTGATATGAAATTACTGAAATGATAACACTTAGAGCAGGGGGTTAGCTGTATGATCCATGGAGTTCTATGCCTGAGTGTTCTCTGACTGCTATGTCGGTTGGTGTCTATGGTTTTCATGCCAACTGGATGGAGTTGGTGTGAGGTAGATGGGGTCGTTGTCTGTTTTTGCTCTGATAGATTTTTTAATGCCGCTTTATCTACTTGTGCACAGTATCTGTACCAAAAAAAACTGGATTTATGAACTGTAGTCTGCCTGTTTTAGAGAAGTTACACATTCTGTCCCAACATTCTGTCCTTTATTTCTGCAGTCTTTTGACTGGCTTACTTCAAGTTGTACCAAAAATATTTGTTGCTGTGTATTGTCAGTGTAGCTTAGCCTAGTCCAATATTTGAGTACAAGCTCTCCCTCTAGACAACAGGAGATAAAAATGCAATATTTTGATGATCACTTTCCAAAGACCAACTTATTTTTTAATTTGACTAAGGCTCTCCCTGCTCAGCTTTAAAGTGGCAGCGCAAATATCCAAATAGAAAGGGATGGGAAGAAGGAAAATCAGGGGTATTGTCCCCCTGTATAAAGTTAATATATTTGAGTGGTGTTTAGGTTTGAATGGTAGTGGTTATATGATATCAGTGGGTGCTTGCCCTCAATAATCGTTCCTGTTTCTCTACGTTTCCCCCTATGATGATACGGCGGACTGTGTTGTGATCCTTTCCAGACTGGCGTATCTGCTTTGGCAGCAGTTTGGGCTGTAGTCAGGCATTCAGTAGTCGGGTAGGGGCTGTCCGTTTTAGTTTTTCTACCAATCTTTAGCCATGAAATAAAAAGCTTGAACCAAAGTTGTTTTCTCACTAGCTGCTGTGCCTGTGTGCTCGCGCAAGTTGCTGTTCACACGATCACTATCCTACACATTACTACTGACAAGTTTTCTTCTCTTATACCCACCTATTTGAATCCTTTTGGCATCCCCCACCTCTAACCCACTTCTAAGGAACAAGGACCTGCACGTTTTCTTCTTCTAGCTTTCTAACCACATCCTGTTAGCAGCTCTCAGGTCACGTGGTTGaagccctctctccttcctctcatcGCCCAACTAACTTTACTATGGGGGCTCATCCCCTGTCAGCACCAGTAAAGATGTTAGCCCTGTGCCGCCCTTATCGAGCTGCCCCTTTCGTAAACAACAACCCCACACAACCGTAGTGTTCTTCTATCGGCCCTAACGTAACCAGATTAATGACTGCCTAGTTTGAAAAAGCAGAGACATCTCTCTACTCTAATACATTTTTATGTGCTCCTTTTCTAATCGTGAATTACTTTGACGGAATACCTCAGCATCACTTAAACATTAGGTTCACTTTAAGAAATCTCACACCCGTAGAATATTGTAGAATGTACaagtcagtggaggctggtggggggagctataggaggatgggttcattgtaatgtctggaatggaatcaatggaacggtatcaaacatataAATAATATGGAAACAGcgcgtttgactccgttccatcgaatccattccagccattacaatgaggccgtcctcctatagctcctcccaccagcctccactggtacaaGTACTGAATGGCTTTGCcatttaaaaataaacaaaagagTAATCGTTATCTAAAACTAGGACaaactactactgctattttCCAGTACTACTACTTATGGGGTATTTCCAGGTTTGAACAGGTTTGACATTATTTTGTGATCCTTGCCAAAGCAAAGCAAAAGCCTTTCTCTCTGCGGCTGGGTTGATGTCTCGATGCTGCTCACTTCACTGGTTTTCTGTCCTTGAGGTCATGGCAGGCCGAATGGGACTTGTACCTATTTGTAGTGCTGTTTGTAGTCGTGAACCATTGGCCATCGGCAACATGGGAAGTTACTGAAATATTTATCTGAGGAACGACTAAAGGATtagagataaatatatatatacaacttATGTAAGatattcatattttatatttgaactAGTATGTTATCAAGACTGAatgtaatgttttgtcatgctTATACAAAAAAAAAcgtacaaaaaaaacatttttattaatGTCAAGACCAAAAACTTTGACCGCACCCCCTTGGTGCGTGATTTGCGGACACCTGTGCCCATTACATGTGTGGGTGTGGTCTCTTGAGTGAGAGAGGCTTGCTGTGGTGCTTCAATCGGACAGTCCCTGCTTGTACAGTTGCTAGGGGAACAAACAGACTGATGCGCCTGATCTTAATCTTTCATCTTTTTTGTCTGGTTGTTTGGTTTACTATGGATTTGAATTGATGTGCTGTTTTTAACAAtcatttgaatgtttttttttttagtacTTATGCCTTTAATTGTTTTGTATAGCATGAGAGGGCAAGATCACTGTCTTTCTAGGTTTGACAAAAGATTAACATTGACATTTATGCCTTATTGTTATTTAGAAGACAAGCATTGTAGCATATTGTTGTTTGTGCGACAGTGTATGAGAGTATTCTAGTGAGAGAGGCTACCTCCTCGTTAGTTTTTGTGTTTAGCTAGCTCACTCAGTGCATAGGTCTTTGCTGAAAATCTACAGTGTATTTTAGGCATAATTTGGGAGAGTGCTGTTCTGGCGCGGTTATGTTGCTACCTATGATTTTAGGGGTGACTCATACAGGTCGGAATACCTATAGAAAAGCTTTACTAATAACTGAACTCcagcaatggtgtgtgtgtgcgtgcttgtgtgtgtgcgcgtgtgtgtgtgcgcatgtgcatgTGTGATTGAGAGAAGGGAGTGCTGACTGCAGACCATGATGGTGCGTTTGTTTTCAGTTTACAGAAGAGAAAGATGAGATTATGATAAAATCATTCAAGGGAAGAAGGGGATGATAATATTGAATAGGTGTTTCCTCTGAGTATAAGACTTGTGAAGTTGTGGATCTCTATCTGGTTCGTCTGATGCTCTAGAAGTGGATCTGTGTTGATGCATGTGGTCTACCCCCCTGTGTGGTGGGTGTAAAGGGAAAGTGCAGAACGGCACCAGGAAGTCTGGGGTAACTAGCTGGGTTAAGGGAGCTGTTGTATACCTCATTTTTAACTCGAGACTAAGTGAAACCTGCTTTAATCTACTttagaaataaaaaaatgtaaagctgaataTTATAaaaaacataaacataaacatCAAGGTCCTGTCAGAGAAGCCTACAGATGTCCGTTTTTAGTGTCCAGTGTCAGTTGCAGCCACCGGGGGGAGACACGCACCAGTACCAGAATGTCTGcttatttttgtataatattttttttacaagagCATAACCATCAGTCTCCCTAAACACACTGGCCTCTCAGACCTCAACCTCCAATTGTCTCATAAGGCTGAAAGTATTatccacatttttatttggttttACCTCTGAAATATTTACCACTAGTATGTACTTGATTTACCCCTCCATTCTGTTTTCTATGATTTGACAATCCTGCCCTATTTTTATTCTAATTTAGATTCTGAATGtagatgttggtgtgtgtgtgtctgttcaccTGGTGGCACTCTGTCTTGCTGTactctctttctttcctgtgggAACGTTAACCAAAGACTTCTAAAGTGATTGTATATGGACTACACCATCTCTCACCCCTCTGCCTCACTATCCCATTAGACACACATTCAGCTGTGCACACCGGTAAAGTCAATACACCTATATGGCAGAGCTGTGTGTGCACCGGAAACACAACTGGTACCTGTAGCAGTGCCTGTGGATGGGGATAGATGGGGATAGATTGAGTGTGGAGGGGCAAAGTGGGCTTCTCTGATGGACAGGTCAATTAACCAATCCCGTGGTGGCTGGGTGATGTTTGTTAATACACACTGAGGGTTGATCCTGTGCACACGGTTTATGCTCAggactcactgtctctgtctgtctgtctgtctgaagaacTGTTGCTAGGACACACATGTTCAAAGACTGTCACGAAAATACACTGTTTCTGCCTCTTGGGTACAGTGTGTCTGTTTGGCTCCAAGTCAGTGCATTGTAGTTGCCAGGACACATTGTCTCTAGGATACACATTCTCTGGTTCTAGGgtactgtttctgtctctctgtctcatctccaTTTTCTTTCTTACATTCCCTCCCTCATTTCTTATTATGTTTCTCGATTCTCTCTGTTCAGCTTTGACACTATGCATCATGGTCCTTCACTCTGCATGGCCTGTGTCCGATTGGCTAAACTGTTTGGCCAATGGGGTCCCAGGGAAGCTTTGTTTGATGCTTTATTCCAAGTGGGGAGTTGTAGGATCTCACAAGCATTATCCCAATGCAAAAATATCCAAATATTTAATGTTTTACAAACGCAAATACCAAAGATAACTCTCTGTCctgtcactcgctctctctcccttcctctcaccctgcAGCTTGTGTATTAAGAGACAACCCCAGCACTGGCTTTAGTTCTAGCCTCAGTAATTCCAAAGCATAGATGTATATTTTGGTATATTTCTGAGAAACCTAAATGAAAAACTTCTCGTTTGTTTGGTGTATCGCTCTTTTTCTGTCACAGCATGGAACTAATTGCAGAACTGTCTTACACTTGGTAGGTTAAAGATATAGTATTTTTGTATGTTTTGGGTGTGTCAAATAATGTGTGTGATCATATCAGTCAACACGGCCCAAGTGACCatggttttaaaaaaatatataaaaaaacaaaataaggTAAACCTGTACATATTACTTCTGTTTGTGGATTTTTGAGAAATGCATTCTGTAAAATCAGTTTGGGCTAAACTAAAGGAATGTGTCCACTGTATCGTCCCAGGCTGTAGTCTAGAACTCTGGGAGCCACGCTGTCGTTGTGACGCGCGGTTCTACCGTTCCAGTTTGGACTAGAACACTGCTCACTATGGACACATGCCTCAGATCCGACTAcgaaacgcccccccc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2031517 False 3474 lncRNA 0.41 2 8820854 8824347
TU2031519 True 5207 lncRNA 0.42 2 8820929 8826155

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110501332 LOC106581974 coding downstream 13021 8798745 ~ 8807833 (-)
LOC110501327 LOC106581971 coding downstream 37794 8770168 ~ 8783060 (-)
LOC110502107 grk1 coding downstream 53029 8763292 ~ 8768047 (-)
LOC110501325 LOC106581976 coding downstream 78515 8737175 ~ 8758540 (-)
LOC110501323 LOC106581977 coding downstream 136062 8624815 ~ 8684792 (-)
LOC110501335 pou2f1 coding upstream 1580 8827735 ~ 8851748 (-)
LOC110501339 cep97 coding upstream 114988 8936033 ~ 8953086 (-)
gpr161a gpr161 coding upstream 218790 9044945 ~ 9063520 (-)
si:ch211-218d20.15 LOC106581952 coding upstream 330764 9156919 ~ 9165305 (-)
med14 LOC106581951 coding upstream 339249 9165404 ~ 9205109 (-)
G1773966 NA non-coding downstream 15215 8805339 ~ 8805639 (-)
G1773906 NA non-coding downstream 117349 8703283 ~ 8703505 (-)
G1773886 NA non-coding downstream 141169 8679375 ~ 8679685 (-)
G1773825 NA non-coding downstream 197370 8619447 ~ 8623484 (-)
G1773857 NA non-coding downstream 204046 8616602 ~ 8616808 (-)
G1773938 NA non-coding upstream 146 8826301 ~ 8827680 (-)
G1773977 NA non-coding upstream 100778 8926933 ~ 8929426 (-)
G1774034 NA non-coding upstream 103499 8929654 ~ 8929886 (-)
G1774038 NA non-coding upstream 106212 8932367 ~ 8937720 (-)
G1774039 NA non-coding upstream 107923 8934078 ~ 8939330 (-)
G1771426 LOC106582012 other downstream 1356162 7462213 ~ 7464692 (-)
G1771092 NA other downstream 1564137 7251784 ~ 7256717 (-)
G1774133 NA other upstream 275597 9101752 ~ 9123249 (-)
rpl8 LOC106586796 other upstream 463124 9289279 ~ 9291975 (-)
fundc1 fundc1 other upstream 909087 9635535 ~ 9737896 (-)
G1777196 LOC100136012 other upstream 3014918 11841073 ~ 11843059 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
eurasian perch (Perca fluviatilis) G125825 NA non-coding NC_053123.1 CM020920.1 20958707 ~ 20959962 (+)
bowfin (Amia calva) G105890 NA unknown CM030133.1 CM030133.1 19102293 ~ 19105269 (-)
bowfin (Amia calva) G70054 NA non-coding CM030128.1 CM030128.1 13694815 ~ 13696871 (+)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G98266 NA non-coding NC_035907.1 CM008310.1 8404421 ~ 8406569 (+)