XLOC_037257


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037257
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 32891897 ~ 32895100 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00075156
TTTTTAAAggccaaatttataaaaaaaacaaatattcttCTTAAGTCTTTATAAGTCCAAGCAGAAGATTAGAGAAAGTTTTACTGTAGGTGTTTATTTGGGTGATGTGATCATAATTCATATACATTATTTGATCATTATGTCTAATGTATTTGCAATCAACCAAAATCTTACACAATCAGAGGATTTCCCCAGAAATAAACACCAAAAAGCCACAAGTATTGCCaggtaaaacatttataaattaataaaaacattcccTTTCAGTGAGTGTTTGTCATTAAAGGATTTCATCATTGATTTGGTTCCACTCcattttaaatatagaaaaatattttgaTAACATTCGTAGTTTTGCATGAGTGACCACACAGTCTGGTAGATTATTGAAAAAGGAACCAGTCAATTATTGAAGTGGGCTTCCGGATTGTAAATTTACTTTGTGTTTGTCCCCAAAATGTGAACCATCTTTGCTTACTCAGAAACCAGTTTGCATAGATAACAAGCCACAAAAAGTCCTTGTCAACATTTCATTCGTATAAATGAACAGTGTTGAGGGGGAAATTGAGACAACAATTACAGATAAAACAACTGTGCAATGCAAACTGATTAAATCAACACTTTCCAATAGCAAGCATACATAATCAATGAGCTCCTGATTTCTCAAAATCATACTAAACAtgtacaaaaagaaaaacatgctTTCTGCACCACTTCAGGCATATAATTACATCCTGGAAACGATGGCTGTTTGATGTGCATTGGTATCTAATACACACATAAACTCTATTGGTCTATTTGATTTCTAACTTAGAAACTGTATTAACTGCTGTCTCCATAGAGATGACTGAACACTAACAAATATGTACCGTTACATCATTCGACCTCTTGCCCTTTATCCTTCCATGTTCATTTTTCTCACCCACACAGATATTAGAGCATGTTTTCATGGTCAACCATTATCCTAAATATTCAATTTGCATGCCAAACATTCCAGAAATCaacttaatcaaaataaaaaaagacaaccaTCACGTTAAATTTCCCACATACAGTATGGTCTGTGGACGGTTGGATAAGAGAGgaaatggatggattgacaatTCAGCAGCTAGAAAAATCATGTTTAACTGACTTTCAATACATTGTCTGcttttaaatatcaaaataattcCTTAAATGatatttgattggacaggattaTTAAAAATGGCATGAAATAAGTGGATAGTTTGCCCAACATTGAAAATTTGCTGTTGATTTGCTCGACTCCTAGCCATCATAGATGTAAGCTGATTGATTTTCTTACATTAatgaagatttttagctgaaaatgtggtctttggtgatttataaaATTGATGTATTATGAAGTGAAACgtaacattattattactacacaAACTATTATTATGTTCCATAAGACTTCAATGCATTATCAGGAGATAGatgtattcatttagtttttaactatatttttgacactaaacaaacataaaataaatcaacaagCATCACAGGTTTAgctaaaaacctttttttatgtTTCCCTTAAAAAAAGTCACCAACATTGTTGGCCTTGTTGGTGAGTAAATTCAaagcaatttttcatttttaaacaatccCTTTAAGTATCTGAGGTAATGCACATAAGGCCTGTGCATGATAAAAGAGCTCCTGGATGGATTATAtcagcttttatatatatatatatatataaaagacacATTTGGAACAAGGGGTAAAATCAATactggaaaaataataataaaacctgcTTAATTAAAAACACTCAAAATGCACATGCTTGTCATTAGCTTTCATTCCAAAAATTAAAGTGTCTAAAGTATTTTGGCAATgcacaactaaaaataaaaaataatcaatcatTATGGATGATTTCACTTAAACTCCATAACACTAGCAAAATACagaaattaactaaataaaacgCTTTGCTTCAACACTAAGATGGCTTATGATTCACAAAACTTCACTCACTCCTTAAAGGGACAGGTAATTATTAAACAAGCTTCCTTTGCTCATCCCAGTCAAAAATTTAAGACGCCTAGTTAGCACCTACAGTAGTTAGACGCCAAAAGGGATGCCAACATTCAGTACAGGAGGAGATCTTTGCGTGcagaacaaaataataattaaaatcagTGCCTTTGCAGAAAATGAAGATGATATGTAATATCATGCTGAGTGAATGTACCATTCGCATTTCCCTAAACCTCACTGCTGCAACACAACAAGTGAATAAAAACTAAAAGTCTTTCCTTGCTAAATTTGTCAGGCTTCCATTGGGATGATGGTAAGAGAAATGAACCCTCTCCTCTCTTTATGGACTAACTGTTGGGTTAATAGATGCAATCTACAAATTGGCAGAACTTGTTGGGTATTTTGACATATATTGTGTTAATTTTTCAGAGGTGTCTCATAACAGGGCAAACCCTGCTGCGATGCTTGGGATTTACTGCCCAGCATGGGATTGGTAAACAGTATCTGACATCTTGTCCTTTAAAAAAGGTCAGATGATTATTTGTGATATATTCCTACAGACCTAATTTTCTATAAAAGACAAAATAACCGTTGCTAAAAATGTAAATGGCACTTTCGCACCCGTAAAAGTTTAAAAGAACCATGTGTAGTGAATCTACTTTAGCTAGTCTCTGAAGTGACAGAGAAACACAGGGAGTGCAAGTTTACGGCCAAATTCCTCCAGCTTAAAGGATGCAAGTCTCTCTGAGTGTACAAAAGTCGTTATACACATAGATATTTTATATAGACTATATACAAGATTTATATGCACAATTTCCTAAAGCTTAATGAATAAATGGTtctgtacaataaaaaaaaaattacattatgaACATGAGACTATTAACAAGAGATGAGCTCTCTTCACCTTTCGGAGCAATTGATTTTTTTCCTGTCTCTTTGAGTGCCTCAAATCCCTAAAAAGAAAGAAATCTCAGGGATATTGTCGTCTACAGCTCTGTGCCAGGAACAGTGGATAAAGTTTAAACGAAACTTTTGGCCATGTTGTTATTCCTCTGTGCCTTGACTAGGTGGGAAAGGTAGAGCTACGGCGTGCTCCTGTGCTAGAGCTGCTAGCTCTTTGAGAAACTCAGAGAAAATGACAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00075156 True 3149 lncRNA 0.34 2 32891897 32895100

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037256 ankrd50l coding upstream 16329 32859967 ~ 32875568 (+)
XLOC_037255 rabl3 coding upstream 221371 32635546 ~ 32670526 (+)
XLOC_037254 NA coding upstream 354513 32536746 ~ 32537384 (+)
XLOC_037253 plcl1 coding upstream 434563 32358514 ~ 32457334 (+)
XLOC_037252 NA coding upstream 542872 32344883 ~ 32349025 (+)
XLOC_037258 cnga4 coding downstream 35522 32930622 ~ 32946439 (+)
XLOC_037259 nhlh2 coding downstream 83202 32978302 ~ 32981660 (+)
XLOC_037260 vangl1 coding downstream 114184 33009284 ~ 33055440 (+)
XLOC_037261 BX511259.1 coding downstream 179580 33074680 ~ 33082181 (+)
XLOC_037262 atp5po coding downstream 250422 33145522 ~ 33148873 (+)
XLOC_037249 NA non-coding upstream 653788 32223695 ~ 32238109 (+)
XLOC_037248 BX530407.4 non-coding upstream 699378 32189139 ~ 32192519 (+)
XLOC_037244 BX470263.1 non-coding upstream 898464 31993311 ~ 31993433 (+)
XLOC_037270 BX545856.2 non-coding downstream 349098 33244198 ~ 33245755 (+)
XLOC_037276 NA non-coding downstream 831583 33726683 ~ 33764177 (+)
XLOC_037279 NA non-coding downstream 1102042 33997142 ~ 34008566 (+)
XLOC_037285 NA non-coding downstream 1391654 34286754 ~ 34296124 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G51270 NA non-coding CI01000009 null 2399778 ~ 2400894 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) G39503 NA non-coding NC_056703.1 CM032072.1 25557296 ~ 25557522 (-)