XLOC_037285


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037285
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 34286754 ~ 34296124 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00075164
CAAACTCAGGCAGGATGTCATCCAGCACACCTGTCCTACCTGGAGAAGGGAGAAGATCAGACATGAACAGCAGCAGCGAGAGGCAGGTGAAAGTCCAAAGTTTAAGGTCGTGGGTAAAAGCTCTTGTGTGTTATTAAGGAAAAGTTACTCTGTTAGTGGCTGTGAATGAATCAAAAGTAAAAGCTGCTTTAAGTTGatttataattttaaacattGGTCTTTTTGTTAAAAAGGTATTTCTGTATACGACTAACAACAACTGGTTGTATTATATGCATGCATTCGTTCAGTATTTATATCTGGCCTAAGCAGCACAGATCAGGTTCATGAACAGAGAGAGTGGGAAAGAGATAAAGTAGAGGGGCTTCAGCAGGGGGAGACAGTGGAGGAACATCAGAGATTAATTAATCACATGGCCTCATTAAACTCCCTCAAAGGGGGGCCAGGGTACGTCATCACCATGGAGACAGTGTTGGCATTGTTTGAAATTAAAAGGTGTCCCAGACAACTGTCCAATTACCTTTCAACAAAGATCTTCCCTGGGTGGGAAATGAATGGTTGGCCTTAGAGGTACAGACAATATATTTTCACAATACTGGGCACACCACCAACAATGCAGAGTGTTCTCACCATATAAACTTGCATTTGTATTTTGCACAAGACTTGAAAATGAATGTGCAAATTATATAATTCATGATGTAAAGGCTACAGGAGACAGTTAGCATGAAAAGTAAATTCACCCTGTTTTTTATATGCATGGTATTGATCTTTTTTGAACAATGTGACGTTACTATCGACACATGCCTGATTTCttgaattttttaattcatttaaactcACAACCATCGACCAATGAACAGAACCTTAATTCCTGCCTTACTGGCATTTTATTGCAACTTTACAAGTTTTTATAAAGCCGCAGGTCAATCATTTACAAATCTGCCCACTGTCATAGCAGATTTATCCCTGAGTGACaggaaatagaaaaataatatccACCTCCACCTTCTTTACTCCTCCATTAGTCATTAACCAGATGTAACCTGAGAGTAAAGGGGCACCTCACTAAGGGAGTTGAGGACGTGAAGTGCAAGACATGCAGAAGACAAGCCCCGCGTTGTTATGAGACTTAAAGGGATAGGTCAcccaaaaactaattttattacTCTGGTAATTTTATTAGTAAAGTTTCTAAAAAACTGTTTCACGGTTTCActgtatcacagtattgtgattactgctctaaaataagctctttttaaatgtctgggtaaaaaaaaataaaaactttcccaatttaacaaaatacattttattttagaaaacatttataatattttgtagcagtaaacatatcaggctaatgaattaaaataaatgattggcttctgctctcttcattagtttcaaaaacacagattactttacatttaaaaaacacattaaaaaatctTCTATATACCTCAGACTTTagaaaaccttgacttttccaaaccgcggtaaaccttgaaaccggttatcttCCCAAGCCTACTTCTATAGaatttaaaactgtatttgttATCTAAAAGTGTACTattaggtgaactatcctttaaagtCAATCCCTACAACAGTATACAGTATACTACAACCTGTTGTGTTCTGCTAAACTATTATCATGTTGGTGAAAATTTATAATAAGAAAGCAAATGTGGTTCAAATTCACAGCTAAAGGGAATAGGattcaaaataaacaaagctCAAAAACAGTCGAACAAATTGCCGTTTGCATCAGATTTTTGTAagataatttttcagatttttgaagACTTAGAGGACTAGTGTGTTTTCTTTGCTGCAGCACTttgttttaaagtgaaataagcaGACATAATTATATGTAGTcagataaaaaatgtattacaattaGATTACAATATGCTTTAAAATGATCATAATTAAATTAGTTACTTAAATATTATAAGATAACATCCACGATTCTTCCTTttctctttaaaatgtttaatatgtatacatggttttcttttaaaagtatctaaaagtaatccaagaGTAGTCCgaatacattacattacttttctaTTGACAAGAACCAATTGTAACGCCTCTGTAATTCATAAACAAAGGAAACCAAAGTGTTGCCCTCATAACTCTAAAGTGACCTGTATCGTATTTCATACAAGCGTTTCTGAGAGTTCTAcattatcaaaatgaaacaaataaaaatgtcctACTACATAAGCAAAATAATTAGCATTAGAATAATCACATTTAAATCTATTTAGTATAACAGGTTGTTTTACCCCAAATTAAAAACTATATTTCTCTTTCATACttcttttttatacaaaatatatttgggagaaTGATGTAGGGTTTTTTCTATTATGAACtaccaacattctttaaattatCCTCTTGTCTTCTAGCAGTACAAAAAAACCtttaaactattcctttaaatagtGCTGGTATTTAAATGATGATCCTAATCTTAAATTATAATGAATTATTTGGCTTTCCCGACTTCATCCACCACCAACGAGCAAGAGCTAAACTCAAAGTAAAACATGACTACTCAGCAAGTGTGATAAAATAGGGAGTGTCTAGTTCAAAGtcaaacatttacaaacataTACTCCTGATTATCCCTGCTTCATGAGCCAATTAAATCTTGATTACTTAGAGCGAACGGATGACTTCCTTTTATCATCTACATACAGTAACACCGTTGTTAATTCTGAACAGTGTGTAAGCTCTAACCCTcttgtgtttttttctcttcactgCTCAGGACTGCACTGGAGGCCCTGGCATCCTCGGGCCCCTGAAACCCCCTTTGTTGCTATGGAAACGGCTtaagaagtggcttatattgCTCATGTTGATAACGGCCAGTTATTTACTCTTTGTCTGGCATGAGGCGTCTGACTTTGCTTTGTCCAGTTGACACACAAATAACTTATTCTGTTAGAGTCTGTTCCACAGCACCAAGCATATTGTTTCTCTCCCCAGTGATCCTGTCCAGGATGTGTGAAATATGTGAGGTTGTCTTGATATGCTGGGGCACAAATGAACAATAGCGTCTCTTATTAAGGATCTGAGCCCTGTCGAGAGGCATGCGCCGTTTGCTCGTCACTATGGTAGCACTTGTAAGTGCACTGAGGAATTCAGACCGGGACTGGAATTAACAATCATTTAGACACAATAACAAAGCAAGCACATACTAAAGTAAACACTTTCTAAAGAGGAATTTCTATAAATAATCTCAGAAATGGAGTCCGGAGAGCACAGCATTCACTGACACTTTTTGAACACTTTTAGCAGTTTCAACATGCCATACACGCTTGTTTGTTTATGAGACTCACCCTGCACCAGCAGCTCAACTTGGCCTTCATTTTTTCCTTCCAGGTCATCAGAAATGATCACCTTACAGAAATACACACCGCTGTCGCCCCACTGCAGCTGTCCAATGTGCAGATCTGCTTCTGAAATGGTTAGAAAACATTATGCTATTGTATTAATCCTAAGCCTAGGGAAATTCATGTTCACTGTAAAAACTGATAAGTTAGTTTGCTTTAAACAGTGAGTTTGTgcctgttgccttaaaagcatTGAGTTGACCTAAACTCATTATTATTTGGAACTGTTAGGGtgactatatatttatttatgcacttAGTTCATTAACTTATTAATTTTAAGCCAATGGATTCACTtacattttaagtaaagtcatgtAATTCCTtgaaaagcaacaagtttactcacttttttaagtaaagacaaggtttgtttgatatgtttaattagtttacaacaaatttatttcagcttttttgCTTAATTGCTTTCAGTTTCACAAACATGacactaaaaactgaaaactttttttgtttgttttttgttctgccTATAGGAATGCTTGAGTACCATAATATGGCCAACATGTCTTCTAACCATTATGAccacatgcagttgaagtcagaattattcgcccccctgtttattttttccccagtttctgtttaatagagtgaagattttttttcagtacattttttaaacgtaatagttttaataactgatttattttatctttgccatgatcacactaaataatacttgactagatatttttcaagacactactatacagcttaaagtaacatttaaactaggcttaactaggttaattaggttaactagacaggtaagGGTAaataggcaggtcattgtataacaatggcttGTTCTACTGACAATCTAaacaatatatagcttaaaggggctattaattttgaccttaaaatggttttaaaaaaattaacaactgcttttattctagccgaaataaaataaataagactttctccagaggaaaaaatattatcagacacactgtgaaaatttccttgcattGTTAAacctaatttgggaaatatttaaaaaagaaaaaaaaaatctaaggggggctaataattctgacttcaactgtatatacttttcCATTTTGTAATGCCAGGACACACAAAGCTGACATCAAAGATCTATTGGCAAGACAGCGACAAAAACCAATAATATTGTGACCTTGAGTCGGCTGCGTCCTAGTCCTGTCTGAACCAAAAAACACACCAAATAAATGACAGCGGACTGAAACAAGAATGTGCATTCTGCGAATCTTTCCACACCCGCAGGTGGCAGTAGTATTGACTGTATTGTCATTCCACAAAGGGAAACTGGAATTCGCTGCACAAATTCAAgccataaaaaatgtttatttcgtgccgttttcacagtatttctcgCACATCCAAATATGTATgataatacatttcatttataaatatttaagaaatgccaactggcttcTTTGTGTTCCCTCTTGACTTACACCATTTGCTTATTTTGGtaactttagttttgttttttctggacAGCTAATCAGAGCACTCTCTTTCACTGACAGCCAATGACGGTTCTACATGTTAACTCAG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Function

GO:

id name namespace
GO:0051301 cell division biological_process
GO:0030289 protein phosphatase 4 complex cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00075164 True 9371 lncRNA 0.36 1 34286754 34296124

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037284 nxpe3 coding upstream 42787 34230067 ~ 34243967 (+)
XLOC_037283 mpc2 coding upstream 59282 34221997 ~ 34227472 (+)
XLOC_037282 gpr161 coding upstream 124380 34148714 ~ 34162374 (+)
XLOC_037281 f5 coding upstream 138758 34127005 ~ 34147996 (+)
XLOC_037280 ccdc80 coding upstream 173545 34089156 ~ 34113209 (+)
XLOC_037286 pou2f1b coding downstream 23209 34319333 ~ 34378674 (+)
XLOC_037287 NA coding downstream 74736 34370860 ~ 34378332 (+)
XLOC_037288 lamp1b coding downstream 84175 34380299 ~ 34389875 (+)
XLOC_037289 NA coding downstream 94327 34390451 ~ 34391153 (+)
XLOC_037290 med14 coding downstream 101392 34397516 ~ 34429575 (+)
XLOC_037279 NA non-coding upstream 278188 33997142 ~ 34008566 (+)
XLOC_037276 NA non-coding upstream 522577 33726683 ~ 33764177 (+)
XLOC_037270 BX545856.2 non-coding upstream 1040999 33244198 ~ 33245755 (+)
XLOC_037261 BX511259.1 non-coding upstream 1204573 33074680 ~ 33082181 (+)
XLOC_037257 NA non-coding upstream 1391654 32891897 ~ 32895100 (+)
XLOC_037293 BX601644.1 non-coding downstream 494626 34790750 ~ 34790887 (+)
XLOC_037294 BX601644.6 non-coding downstream 526725 34822849 ~ 34828098 (+)
XLOC_037296 CR936415.1 non-coding downstream 673326 34969450 ~ 34969567 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G515978 NA non-coding CI01000357 null 186722 ~ 191368 (+)