G1817380


Basic Information

Item Value
gene id G1817380
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 47683477 ~ 47712089 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2079332
tcgtgcttttcagcAAAAATGATTATATACAATTCTtaccaccaacaaaatgttgaatatttggggcataaaatcattgaagctctgcagattttattgtgaggatacagaatcaatagaccatttattttggtattgccctcaggtagcctgtttctggtctcaggttcaggaatggctgaaaatgcacagcattgatctaaaattgaccctagaaatagtactgttaggagagaccgggtcagtcaattactaatagtCTTAGTAAAAgtttatcttcaactcgcaagctgctctattcgattagatagattgaaattgtacgttaaacatcataGCATAGTTGAAAGTTATGTGTTGTGTAGAAAcacgaagtgggtggccagcagagatagatgggatgggctgagggaagctgagggttgggatgggatgggctgagggaagctgagggttgggatgggatggactgagggaagctgagggttgggatgggatggactgagggaagctgagggttgggatgggatgggctgagggaagctgagggttgggatgggatgggctgagggaagctgagggttgggatgggatggactgagggaagctgagggttgggatgggatggactgagggaagctgagggttgggatgggctgagggaagctgagggttgggatgggatgggctgagggaagctgagggatgtggaattggagacaggtgggagtggagttgctgtgtgagagatagtatgaaggtcaaaggtaaaggtacaacaacaaaaaagtctaaacaaaataaaaagtacatttgaatgacactaagagggcagtgtttttacaactaatgccagTTTTCCTGAggttgatgccgtgcaggtgtttgtacacatgcatatacacacactctcattcaaatcaacacatacaagaacacacacatacatgtaatagtgccagacatgcacacaagcatatacagttggcattgctgttatgattttagttgtccttgatgtcctttgttttaaataAAAAACTTTTGGGgtttttctgttgttgttttcttctgtcttttccttttgtCTCTTTAGttatcttggttgttggtgcattgggggggttcttgaaggtggggaatggaattaattgtatttttgtttcattcttCCTGGGGGGGGACtttgggaggggtctcgaatggttgagggacagctattggggaactgtgggggggattGAGCAGGGCATTGGCcttggatgcttctgtgtgtcgctctgaatgggaacctattggatgactggtatgatgtagttattgagcggcttcactgcaagtacagtggggcaaaaaaaaattgcaaataaattcattaaaaatcctacaatgtgattttctggatttttttgttctcatcttgtctgtcatagttgaagtgtacctatgatgaaaattacaggcctctctcatctttttaagtgggagaacttgcacaattggtggctgactaaattattttttgccccattgtatattgtatgtttcgaatattcatatatatattttttattgtaaaaacgtaaaaaaataaataataataataataaggaccGAGGaggtatggtatatggccaacataccacggctgttcttaagcacaacgCATCGCGGAGTTCCTGGatacagccattagccgtggtatattggccatataccacaaacccccaaggtgccttattgctattataaactggttaccaacgtaattagaaccaTAAAAactaatgttttgtcatacccgtggtatacggtctgatataccacgggtgtcaaccaatcagcattcagggcttgttAACAAAGAGAAACCCTCCCCCCTTAAGTTTACTGCCGTTCTGTTCTGCCAATGTATAGGAAAACCAG
>TU2079330
atatacagttggcattgctgttatgattttagttgtccttgatgtcctttgttttaaataAAAAACTTTTGGGgtttttctgttgttgttttcttctgtcttttccttttgtCTCTTTAGttatcttggttgttggtgcattgggggggttcttgaaggtggggaatggaattaattgtatttttgtttcattcttCCTGGGGGGGGACtttgggaggggtctcgaatggttgagggacagctattggggaactgtgggggggattGAGCAGGGCATTGGCcttggatgcttctgtgtgtcgctctgaatgggaacctattggatgactggtatgatgtagttattgagcggcttcactgcaagtacagtggggcaaaaaaaaattgcaaataaattcattaaaaatcctacaatgtgattttctggatttttttgttctcatcttgtctgtcatagttgaagtgtacctatgatgaaaattacaggcctctctcatctttttaagtgggagaacttgcacaattggtggctgactaaattattttttgccccattgtatattgtatgtttcgaatattcatatatatattttttattgtaaaaacgtaaaaaaataaataataataataataaggaccGAGGaggtatggtatatggccaacataccacggctgttcttaagcacaacgCATCGCGGAGTTCCTGGatacagccattagccgtggtatattggccatataccacaaacccccaaggtgccttattgctattataaactggttaccaacgtaatttgtaaaaaaataaaaaaagttttttttatacctgtggtatacggtctgatataccacggctgtcagccaatcagcatttagggGTAAAAcgaaccagtttataatatacagtatacttTATGATGGTCACTGTCAGCATAACACCAGATTAGAACTGAGACCAgtggtctcctgtctgtcctctgcCCTGAgcatcacactcactcactcactcactcactcacacacacaaacacacacactatacaatcaacacacacacacaccataaactCAACACACCACACAGCAACACTTATTTGTCATTTTTACATTGCTGCTGCTGGTGGTTTTAGCAGCAGGATCCCCTGTGCCTCTCTGCTCCTGGAGGTGTGTAGGAGGCTCTGGGACCCCCTCTGGTAGCTCCCTGTGGATCAGCGGAGATGGGCTGCTGTGTGGTGACatatcttccttctcctcctcactggGGACGTCAGGGTAGGAGGCTGAGCTGAAGGAGCGCTGGGCCATAGACCGGGGGCCGGAGATGGGGCTGGGTCGATGTGGATGGGTCTGGAGCTCCACTGGTACCATCCTCTCTGCCTGCTGCTGGAGGTGTTGCCTGGCTGTGGGTTGACTAGGGGCCGGTTGGTCTCTCTTGCTGAGCTCTCGAGACAAAGCCAACTCA
>TU2079331
atatacagttggcattgctgttatgattttagttgtccttgatgtcctttgttttaaataAAAAACTTTTGGGgtttttctgttgttgttttcttctgtcttttccttttgtCTCTTTAGttatcttggttgttggtgcattgggggggttcttgaaggtggggaatggaattaattgtatttttgtttcattcttCCTGGGGGGGGACtttgggaggggtctcgaatggttgagggacagctattggggaactgtgggggggattGAGCAGGGCATTGGCcttggatgcttctgtgtgtcgctctgaatgggaacctattggatgactggtatgatgtagttattgagcggcttcactgcaagtacagtggggcaaaaaaaaattgcaaataaattcattaaaaatcctacaatgtgattttctggatttttttgttctcatcttgtctgtcatagttgaagtgtacctatgatgaaaattacaggcctctctcatctttttaagtgggagaacttgcacaattggtggctgactaaattattttttgccccattgtatattgtatgtttcgaatattcatatatatattttttattgtaaaaacgtaaaaaaataaataataataataataaggaccGAGGaggtatggtatatggccaacataccacggctgttcttaagcacaacgCATCGCGGAGTTCCTGGatacagccattagccgtggtatattggccatataccacaaacccccaaggtgccttattgctattataaactggttaccaacgtaatttgtaaaaaaataaaaaaagttttttttatacctgtggtatacggtctgatataccacggctgtcagccaatcagcatttagggGTAAAAcgaaccagtttataatatacagtatacttTATGATGGTCACTGTCAGCATAACACCAGATTAGAACTGAGACCAgtggtctcctgtctgtcctctgcCCTGAgcatcacactcactcactatacaatcaacacacacacacaccataaactCAACACACCACACAGCAACACTTATTTGTCATTTTTACATTGCTGCTGCTGGTGGTTTTAGCAGCAGGATCCCCTGTGCCTCTCTGCTCCTGGAGGTGTGTAGGAGGCTCTGGGACCCCCTCTGGTAGCTCCCTGTGGATCAGCGGAGATGGGCTGCTGTGTGGTGACatatcttccttctcctcctcactggGGACGTCAGGGTAGGAGGCTGAGCTGAAGGAGCGCTGGGCCATAGACCGGGGGCCGGAGATGGGGCTGGGTCGATGTGGATGGGTCTGGAGCTCCACTGGTACCATCCTCTCTGCCTGCTGCTGGAGGTGTTGCCTGGCTGTGGGTTGACTAGGGGCCGGTTGGTCTCTCTTGCTGAGCTCTCGAGACAAAGCCAACTCA
>TU2079334
atatacagttggcattgctgttatgattttagttgtccttgatgtcctttgttttaaataAAAAACTTTTGGGgtttttctgttgttgttttcttctgtcttttccttttgtCTCTTTAGttatcttggttgttggtgcattgggggggttcttgaaggtggggaatggaattaattgtatttttgtttcattcttCCTGGGGGGGGACtttgggaggggtctcgaatggttgagggacagctattggggaactgtgggggggattGAGCAGGGCATTGGCcttggatgcttctgtgtgtcgctctgaatgggaacctattggatgactggtatgatgtagttattgagcggcttcactgcaagtacagtggggcaaaaaaaaattgcaaataaattcattaaaaatcctacaatgtgattttctggatttttttgttctcatcttgtctgtcatagttgaagtgtacctatgatgaaaattacaggcctctctcatctttttaagtgggagaacttgcacaattggtggctgactaaattattttttgccccattgtatattgtatgtttcgaatattcatatatatattttttattgtaaaaacgtaaaaaaataaataataataataataaggaccGAGGaggtatggtatatggccaacataccacggctgttcttaagcacaacgCATCGCGGAGTTCCTGGatacagccattagccgtggtatattggccatataccacaaacccccaaggtgccttattgctattataaactggttaccaacgtaatttgtaaaaaaataaaaaaagttttttttatacctgtggtatacggtctgatataccacggctgtcagccaatcagcatttagggGTAAAAcgaaccagtttataatatacagtatacttTATGATGGTCACTGTCAGCATAACACCAGATTAGAACTGAGACCAgtggtctcctgtctgtcctctgcCCTGAgcatcacactcactcactcactcactcactcactcactcacacacacaaacacacacactatacaatcaacacacacacacaccataaactCAACACACCACACAGCAACACTTATTTGTCATTTTTACATTGCTGCTGCTGGTGGTTTTAGCAGCAGGATCCCCTGTGCCTCTCTGCTCCTGGAGGTGTGTAGGAGGCTCTGGGACCCCCTCTGGTAGCTCCCTGTGGATCAGCGGAGATGGGCTGCTGTGTGGTGACatatcttccttctcctcctcactggGGACGTCAGGGTAGGAGGCTGAGCTGAAGGAGCGCTGGGCCATAGACCGGGGGCCGGAGATGGGGCTGGGTCGATGTGGATGGGTCTGGAGCTCCACTGGTACCATCCTCTCTGCCTGCTGCTGGAGGTGTTGCCTGGCTGTGGGTTGACTAGGGGCCGGTTGGTCTCTCTTGCTGAGCTCTCGAGACAAAGCCAACTCA

Function

NR:

description
dnaJ homolog subfamily B member 6-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2079332 False 1926 lncRNA 0.42 2 47683477 47712089
TU2079330 False 1462 lncRNA 0.44 2 47709604 47711113
TU2079331 False 1428 lncRNA 0.44 2 47709604 47711113
TU2079334 True 1470 lncRNA 0.44 2 47709604 47711113

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110501961 LOC106582505 coding downstream 47837 47628880 ~ 47635640 (-)
cfap65 cfap65 coding downstream 129868 47476398 ~ 47553609 (-)
trpm2 LOC106582587 coding downstream 423011 47170403 ~ 47260466 (-)
LOC110501994 hnmt coding downstream 579649 47086871 ~ 47103828 (-)
LOC110501995 hnmt coding downstream 622150 47042225 ~ 47061327 (-)
ptprna LOC106582506 coding upstream 21130 47733219 ~ 47834254 (-)
tmem198a LOC106582514 coding upstream 184968 47897057 ~ 47972131 (-)
LOC110501953 ihh coding upstream 345762 48057851 ~ 48064453 (-)
LOC110501956 itgav coding upstream 427672 48139761 ~ 48220042 (-)
LOC110502188 LOC106582504 coding upstream 793356 48505445 ~ 48645921 (-)
G1817376 NA non-coding downstream 5507 47677276 ~ 47677970 (-)
G1817368 NA non-coding downstream 37698 47644370 ~ 47645779 (-)
G1817353 NA non-coding downstream 67492 47615182 ~ 47615985 (-)
G1817352 NA non-coding downstream 69058 47614216 ~ 47614419 (-)
G1817341 NA non-coding downstream 106248 47576989 ~ 47577229 (-)
G1817406 NA non-coding upstream 17268 47729357 ~ 47730208 (-)
G1817416 NA non-coding upstream 38604 47750693 ~ 47751260 (-)
G1817448 NA non-coding upstream 128602 47840691 ~ 47840910 (-)
G1817451 NA non-coding upstream 140272 47852361 ~ 47852641 (-)
G1817460 NA non-coding upstream 157931 47870020 ~ 47877837 (-)
G1817287 LOC106582526 other downstream 210093 47471294 ~ 47473384 (-)
G1816929 NA other downstream 281430 47400985 ~ 47402047 (-)
G1816841 NA other downstream 456831 47225551 ~ 47226646 (-)
G1815615 LOC106582489 other downstream 1842495 45838750 ~ 45840982 (-)
G1814480 NA other downstream 3009589 44673447 ~ 44673888 (-)
G1817668 NA other upstream 556698 48268787 ~ 48291496 (-)
G1817836 NA other upstream 746937 48459026 ~ 48460040 (-)
G1817968 NA other upstream 757509 48469598 ~ 48470035 (-)
G1818059 NA other upstream 915275 48627364 ~ 48627846 (-)

Expression


Co-expression Network