XLOC_038050


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_038050
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 39910696 ~ 39939616 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00075432
GCGTAGTTCTATAGAGGCGTGTCTTCAGCTTTTTGCCGTTGCAGCTCTGAAGAGCGTCTGAAGAGAGTAATGGCATGAGCTTTGCGTCGAGATCCTGTCAAAGCACCAAACAGCGAATTTGTCGCGCCTGAACTTTTCCACTCTTTCCTGAGgactattttacaatttaaagggGACATCTTATTACCTTTTTTTCCACTGTCACACCAGAGCAGCACTTGAAGTCACTCCACCGCAGTTGCGCTCCTGtcttaagacattttaaataaaaggaTATGGTGTTGGACATGTGAAATTCACGGGGAAACTTCAAACATGAAGCTGGCATCTTCTCTGTGTTGCCTCGGGTTTCTTCTCACTTCTGTGGCGGTCCGTCTGAGCGACTCGCAGCAAGGTGAGTAAACGACAAACCATCGTCTCGTGCGCAAAGGTGTTTATGCATCTCGTGCACGCACCTATGAGCTCTGCTTACTTTTTTTGGAGATGTTTCTTGTTGTACGTATCCTCTGGTACGAGGAACCATGTTTCTGTGCATGTAAATCTCCCTTAACAACAAAACCCTTTAAGATGCGTTATTGTGATGGTGGTGGTGAATGAATGGCACTCATTTACCATCACAATGATGCATAGATTTCATGCACAGAGTCTTTATGTGTGTTGGTGTGAAAAAGCCAGGCATACAGTCGGAGCAGTGGCACTGGTAGCGCAGAATGGCACTGTTGAAGTGGCACTGAAAGGGGCATTCAGTTTCACTGGACGTTTGTTTTGTTATTCTCAGCCCGTACACTGTCTGAGAAAGGAGTTTGAGTGGTCATTGCTTTCCGTGCATGCGAAAAGTCACTTCTATTGCCTTGAGCCGAACCTCTGGTGCGTGTGACTGCTTTATAGTTGACTTTTCGTGGGCTGAAAGATATTGGAAACTTGAAATGTCACCGCGCAGTCAAGTGCACCGTATTTGATATATCATCCTTCAGATTTTTTAGATGTCAACATGCAGAAATGGAGTTATTTGTGAGCTGTCTTCTTGTGGGAATTTATGGTCTACGAAGGTGTTTTTACAGATATAAAGTCTACGCGATTGAAATGCAAATACAATTTAGGAAAATGTGATGCGAACAAGCagatgtgatgttttattatgaCATAAGATTAACCCGAATACACAACAATGTGACTTTCTCCACATGGTGGTAGTATATGAACCGAAATAGTCTGAATCTTTCAGTTGCTCCATTTCTCTCTGTGtgctttttttattgaaattcgTATGCGTGCACATAATGCATAATTCAAATAGCTACACAACACGTGTAATCGAAAGCGATGCTGTTATAATAATAGTtgctttatataaaaataaatgcacttttgatgcattttttgatGCACTTGATTTTTAGCAAACCATACTCTCCTCTCACCCCCTCCGCACACATGCATTGATAATTTTCAAATCCTTCCAGAATGGGCAAGTTCGTCAATACGAAGCCTCAGCATTGATTGGTAGTATAAATGATGCCTTAGCCACCGATACTCCATCACACTCGCTTTGAATTGACCTCATTAAAAACATCCAAGCAAACTTTCAAACATAGCAAAAGTTTTACGCCTATTTGATGAGTTTGAAAAGCGATTCTCGTGACTTCGCATGCTGTTCGCGTTGCGCGTTTTCAATGCTTATAATCAGTAATTAGTGTATCTTATTGTTATATACTCACCTTTAACTAACAGGTAAAATTGAGCTATTTGAGTTAACTGGTTGAAAGCAGGTAAAGGGCTCGAACTAATGAGGGTTTACGGGTTGTTACTGATCTCTTCGTGACATTGGTAAAGGCAGAGGCTCCTGACGCACTCCTGCGCTGCGCTGCGCTGCACTGCCCGGAGGAGACACGATGCTGATCCAATtgttattttagattaaataaattaaaaagcctGCAAGGGAGAGCTATTTTAATGGGTATACAGGTAAAGAACAACAACACTACTGTAGGATATTCTGCAGGATACACGTCGGTTAAACAAGCTTGTTTTCAAAATGATGCTATTGATTTATTGTTGGCTCGCAACAATAGGAGACCTACTTTTGAGTTCTTAAATAACCTTAAGATTGAGAACTGTTTtaaaaaagtgcaatttaaagattaACCACAAACTAAAGCaacctttttaataaataattaatttaacaaacTCCCAAGTcaatgttttgtgtttgtctATCCAAAATGATTAGTTTGCTCATCTATATCTTTAATGCATGCATGATTTATATGGTCATCAATGCAGAAAGGTGGCATTTGTCATACTAAAGGTGCATTTTAAAGCATGTGAAggacaaaaaaagtaataaagaTTGCATATTATATACACCTTTTTCATATGTTGGCTTAAACAAAATCCTTGTTGAAAATAAAGCATCATCTTTAAGCGTTGAcatctaaatgtaataaatgaacaTGTAACAAATAAAAGTTACAAAACACACTGCTTTATTACAGtttaatagattaataaataaaatatttaacattaacatctaacatttgtttttataaaatgctaattaataattgtttttgtaaaatttttgtaatttttcttaGTTGTTATTGTGTAATATTTGTCTCTTCAGTTGTAGCCTAAATAATATGGTCAAATAAAAGTGAGTCTGAACACTGagggttaatgatgatgatgatgttgatgatgattcTGGTGATTATGATGATGAGTGATCGGACCACTGAAGTGTGCTGTTGTGTTTAGTCAGATGTATTACTCATTATAGTGATCCATATCGGTTATCGCTTCAGTCTGTCTGAAGACGCTGGTGAATTTAAATCAGTCTGTTCCGTGACATTTAGGAGCCGTGCCAGTAGCAAGACTTGTGGGGAATAGTAGGAACACAAATATCAGTTTGTTAATCGGCTTAGTTTTGGATTAAGTCCTGTCAGCGAGACTGGCTGCTGATGAAAACGAATCATTCAGCAATTTAACTTCTATTTTTCCTCTATCAGATCTTCTTCGTGGATGGATCCCGTTATTATGGAGCTGTGGAACAAGCATGAGAAGTGATACAATGTATGCTTTttgtctgtatatatttttaagattacGTGGGAGGTGATTTAAATTGTTCCaaatttaactgatttattataatagaacaaaaataaagtatcaatctgcctttttaagtactggttgctttaaaagtgagagtgtgtatatataattaatatttacttttaaattaaattgagtaaagaaaggaatgaatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTGGCCTCTGTTGCTTTTGATTGACAGCTCCCATTAGAGACCAAATGATCCCGTGAGAATCTTCTCTTCTTTTTGCATTTTACTTTCTAGTGAAATTTTATCATTAAAATTTGTCAAAGCATGTTTTAAGGTTTCTGTTTGGGGTACTTTTTAATTGCCACTGTTGCTTCATCCTCTATTTTCTTCATTTGGTTTTAATCCTTCATAACATATTACTTCATCCTTGCTTTATGATACAGTATCGCACAGATATGTTTGTAAGGCGTTGAATATTTATGTCCTCAAGTTCTCCAAGTTCACAGTTCTTCTAAATGTTTACACAGACTGGAAGCCCTATCAACAAAGAAGGGTAAAGTATCTGCTTTTATCATGGCAGTGGAAACGCAGCATCCCTCGCTCCCTTTTTATTTCGTCAAAGCTAGAGGCCACGGTGCTACAAACGCCTGCCCACACAGCAATAACCCATTGTCTCACAAAGcccatttattcactttttttcctCCATCTTGGTCCAAGAAAGGCAGGCTGACCTCTGAGCCCATGTGTCTCAATGGGAAGAAAAGCAGCCTTTGATTCTGTTAGGAGCGCCAACTCCTGCCAAGCGCAGGCGGGTTTGTGCGTATCGTGCTGCTCTCTGCTCCAGCTCTGAGTGTCTCTCTCTTTCCCACTGGAGCTGCACTGACtgactgctgctgttgctgtACATGTGCTGCCTCATCTTTTTAGACTCTAATGGCAATTTGATGATTTGTTTGTGGATTTGATCACTGTAGTTCTGCTACTACTGGCTCATATCACGTTGCTTATTTATACTTCAGTCACTTCTTACTTtctctaaatcttttttttttagatttctacACTGATTTTAACTTCTGGGTTCCTTGACTGATTTTGCGAGACAGGATAATGATATATAGATGTTAATGTTGTCTTGATAGCTCTCTCAGAAATAAGCAGTTTGTCACGTTGactttcacttgtttttttttttgttgaacagaaaaaagtCTTTGAGGTTTGAAGTGACATCAAGTAAATGATggatttttagttttgggtgaattgtGCTTTTGAAATATTCTGTTTATGAATAGTAAGGTTCTGTTTTTTATTCCAGATCTGCtggaactgaaatctgcaggcaGTCTTATTTTGCTTGTCTGTGTTAATGCATGCATGTATACTTTGTTTGTCTATCTATAAATGTATAATCTGAAATT
>TCONS_00075009
CTTCAGCTTTTTGCCGTTGCAGCTCTGAAGAGCGTCTGAAGAGAGTAATGGCATGAGCTTTGCGTCGAGATCCTGTCAAAGCACCAAACAGCGAATTTGTCGCGCCTGAACTTTTCCACTCTTTCCTGAGgactattttacaatttaaagggGACATCTTATTACCTTTTTTTCCACTGTCACACCAGAGCAGCACTTGAAGTCACTCCACCGCAGTTGCGCTCCTGtcttaagacattttaaataaaaggaTATGGTGTTGGACATGTGAAATTCACGGGGAAACTTCAAACATGAAGCTGGCATCTTCTCTGTGTTGCCTCGGGTTTCTTCTCACTTCTGTGGCGGTCCGTCTGAGCGACTCGCAGCAAGATCTTCTTCGTGGATGGATCCCGTTATTATGGAGCTGTGGAACAAGCATGAGAAGTGATACAATGTATGCTTTttgtctgtatatatttttaagattacGTGGGAGGTGATTTAAATTG
>TCONS_00075010
CAGGTTTAGACACCACTGCTTTAGGGTCTCCAAGTGGACTGCTTTTAATCAAATATGTCTATGTAAGATCATATTTTAAAGATACAttgctatttatatatatttttaaagtttaattgtttaataattatCAATTTGGGAAAACGGAAGCCTACTGTACCAACTTCTGTGTTCTAAAGAGCTGTACATGCAACATCTTAACGGGCTTTGTGCACTTGGGTGGAGAAGCAGCTTGATCTCCTGCTGGCTGTGACCTCTGTTAACCCCAGAGGTGTGGTTGTGACTCCCTCCTGTGGTAAAAGATCTTCTTCGTGGATGGATCCCGTTATTATGGAGCTGTGGAACAAGCATGAGAAGTGATACAATGTATGCTTTttgtctgtatatatttttaagattacGTGGGAGGTGATTTAAATTG

Function

GO:

id name namespace
GO:0031226 intrinsic component of plasma membrane cellular_component
GO:0044459 obsolete plasma membrane part cellular_component
GO:0005887 integral component of plasma membrane cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00075432 False 4618 lncRNA 0.37 1 39910696 39915313
TCONS_00075009 False 491 lncRNA 0.44 2 39912175 39915291
TCONS_00075010 True 421 lncRNA 0.38 3 39912175 39939616

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_038049 erbb4b coding downstream 286523 39313944 ~ 39624173 (-)
XLOC_038048 FP016012.1 coding downstream 628423 39230526 ~ 39282273 (-)
XLOC_038047 myl1 coding downstream 905379 38994232 ~ 39005317 (-)
XLOC_038046 NA coding downstream 1201475 38708463 ~ 38709221 (-)
XLOC_038045 si:dkey-101k6.5 coding downstream 1323421 38564900 ~ 38587275 (-)
XLOC_038051 ikzf2 coding upstream 20502 39960118 ~ 40073255 (-)
XLOC_038052 NA coding upstream 141274 40080890 ~ 40350169 (-)
XLOC_038053 BX936447.1 coding upstream 445514 40385130 ~ 40385247 (-)
XLOC_038054 NA coding upstream 448964 40388580 ~ 40484854 (-)
XLOC_038055 CU367848.1 coding upstream 569913 40509529 ~ 40509643 (-)
XLOC_038044 NA non-coding downstream 1350433 38558639 ~ 38560263 (-)
XLOC_038043 BX001051.1 non-coding downstream 1441130 38469446 ~ 38469566 (-)
XLOC_038040 NA non-coding downstream 1557811 38351581 ~ 38352885 (-)
XLOC_038057 NA non-coding upstream 678549 40618165 ~ 40619015 (-)

Expression


Co-expression Network