G1929903


Basic Information

Item Value
gene id G1929903
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048588.1
NCBI id CM023242.2
chromosome length 45930806
location 40050378 ~ 40095790 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2207259
tgtgtgtgtgtgtgttattccttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtttgtgtgttataccttgtgtgttataccttgtgtgtgtgggtgtgttttaacttgtgtgagtgtgtgtgttataccttgtgtgtgttatacaccttgtgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataacttgtgtgagtgtgtgtgttataacttgtgtgagtgtgtgtgttattacttgtgtgcgtgtgtgtgttataacttgtgtgcgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtaatataccttgtgtatgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgttatatcttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtcataacttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgcgtgtctgtgtgttataccttgtgcgtgtgtgtgtgttataccttgtgagcgtgtgtgttaaaccttgtg
>TU2207261
tgtgtgtgtgtgttataccttgcgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtattataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtg
>TU2207262
ggtgtgttttaacttgtgtgagtgtgtgtgttataccttgtgtgtgttatacaccttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataacttgtgtgagtgtgtgtgttataacttgtgtgagtgtgtgtgttattacttgtgtgcgtgtgtgtgttataacttgtgtgcgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtg
>TU2207260
tgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataacttgtgtgagtgtgtgtgttataacttgtgtgagtgtgtgtgttattacttgtgtgcgtgtgtgtgttataacttgtgtgcgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtaatataccttgtgtatgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgttatatcttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtcataacttgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttataccttgtgcgtgtctgtgtgttataccttgtgcgtgtgtgtgtgttataccttgtgagcgtgtgtgttaaaccttgtg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2207259 False 728 lncRNA 0.41 2 40050378 40092592
TU2207261 False 410 lncRNA 0.41 3 40086304 40095790
TU2207262 False 246 lncRNA 0.40 3 40086646 40095790
TU2207260 True 626 lncRNA 0.41 2 40091727 40092592

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110503199 LOC106613203 coding upstream 240630 39800737 ~ 39809748 (+)
trnat-agu-148 NA coding upstream 285646 39764659 ~ 39764732 (+)
LOC110503201 NA coding upstream 417999 39630663 ~ 39632379 (+)
LOC110503405 NA coding upstream 421167 39396023 ~ 39629211 (+)
LOC110516717 LOC106581405 coding upstream 699997 39238180 ~ 39350381 (+)
LOC110503406 LOC106581179 coding downstream 347980 40443770 ~ 40535727 (+)
LOC110503211 LOC106613213 coding downstream 714388 40810178 ~ 40837501 (+)
LOC110503202 LOC106613212 coding downstream 866652 40962442 ~ 40972379 (+)
si LOC106613210 coding downstream 916888 41012678 ~ 41125378 (+)
LOC118944044 NA coding downstream 1170977 41266767 ~ 41267279 (+)
G1929891 NA non-coding upstream 21861 40025935 ~ 40028517 (+)
G1929863 NA non-coding upstream 25257 40020748 ~ 40025121 (+)
G1929844 LOC106613240 non-coding upstream 71409 39975541 ~ 39978969 (+)
G1929861 NA non-coding upstream 99431 39950687 ~ 39950947 (+)
G1929859 NA non-coding upstream 101447 39948527 ~ 39948931 (+)
G1929916 NA non-coding downstream 8198 40089400 ~ 40105532 (+)
G1929917 NA non-coding downstream 10115 40105905 ~ 40106367 (+)
G1931481 NA non-coding downstream 31021 40126811 ~ 40127276 (+)
G1931482 NA non-coding downstream 32997 40128787 ~ 40129153 (+)
G1931490 NA non-coding downstream 36627 40132417 ~ 40132711 (+)
G1929816 NA other upstream 161223 39888327 ~ 39889155 (+)
G1929808 NA other upstream 173103 39874278 ~ 39877275 (+)
G1929664 NA other upstream 500598 39547812 ~ 39549780 (+)
spred3 spred3 other upstream 1001685 39020800 ~ 39049676 (+)
G1931869 NA other downstream 465422 40561212 ~ 40561906 (+)
G1932319 NA other downstream 1018847 41114637 ~ 41117412 (+)
G1932564 NA other downstream 1234260 41330050 ~ 41338188 (+)
LOC110503413 LOC106613251 other downstream 2199058 42140069 ~ 42335470 (+)
G1933231 LOC106581444 other downstream 2265466 42361256 ~ 42365260 (+)

Expression


Co-expression Network