G1936028


Basic Information

Item Value
gene id G1936028
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048588.1
NCBI id CM023242.2
chromosome length 45930806
location 45485343 ~ 45492999 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2214958
aacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacagcaGGAGACTaaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacatggatactatctcGCTATCTACTGTACCAGCAGgagactaaacaacaacatggatactatctactctctactgtaacagcaggagactaaacaacatggatactatctactaactactgtaacagcaggagactaaacaacaacatggatactatctactctctactgtaacagcaggagactaaacaacaacatggatactatctactctctactgtaacagcaggagactaaacaacatggatactatctactgtaacaacaaGAGACTAAACCGCATGGATAAAACCTATCTACAGTAACATCAGGAGACTAAAAAACATGGATACGACCTACTGAATACAGCAGGAGACTAAACATGGATACTCTCTACTACCTAGTGTAACAGCAGGAGACTGAACAACAACATTTATACTAcctactatctactgtaacagcaGGAGACTAACAAACATGGATACGACCTACTGAAAACAGCAGGAGACTGAACAACAaggatactatctactgtaacagcaggagacaaaacaacaacatggatactatctactgtaagagcaggagactaaacaacatggatactatctactaTAACAGCAGGAGACTAAACAACATGGATACAATCTACTACCTATTTTAACACATGAGACAtacaacaacatggatactaaCTACTGTAGGAGACTAAAGAACAGCGTTGATACTATCTACTGTTACAGCAGGAGACTAAACTACAACACACATGGTTTAGGTTCAGGATATAATAAAACTGTACATTCCTTTTTAAAGtacctccctctcccacc
>TU2214960
aacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacagcaGGAGACTaaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacaacaggagactaaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacaacatggatacaatctactgtaacaacaagagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacatggatactatctactataacaacaagagactaaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacatggatactatctactgtaacaacaggagactaaacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacaacatggatactat
>TU2214961
aacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacagcaGGAGACTaaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacaacatggatactatctactgt
>TU2214962
caacaacatggatactatctactgtaacaacaagagactaaacaacaacatggatactatctactgtaacagcaggagactaaacaacatggatactatctactgtaacaacaggagactaaacaacaacatggatactatctactaTAACAGCAGGAGACTAAACAACATGGATACAATCTACTACCTATTTTAACACATGAGACAtacaacaacatggatactaaCTACTGTAGGAGACTAAAGAACAGCGTTGATACTATCTACTGTTACAGCAGGAGACTAAACTACAACACACATGGTTTAGGTTCAGGATATAATAAAACTGTACATTCCTTTTTAAAGtacctccctctcccacc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2214958 False 1008 lncRNA 0.38 5 45485343 45492999
TU2214960 False 617 TUCP 0.35 4 45485343 45488875
TU2214961 False 348 TUCP 0.36 3 45485343 45487447
TU2214962 True 362 lncRNA 0.36 3 45491081 45492999

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
treh treh coding upstream 1993441 43472724 ~ 43491902 (+)
ddx6 ddx6 coding upstream 2020098 43440013 ~ 43465245 (+)
bcl9l LOC106613392 coding upstream 2064868 43299528 ~ 43420475 (+)
cdon LOC106613390 coding upstream 2272631 43066287 ~ 43212712 (+)
prdm10 prdm10 coding upstream 2700183 42723531 ~ 42785160 (+)
G1936005 NA non-coding upstream 42028 45439797 ~ 45443315 (+)
G1935979 NA non-coding upstream 84691 45400245 ~ 45400652 (+)
G1935977 NA non-coding upstream 87659 45395962 ~ 45397684 (+)
G1935971 NA non-coding upstream 97958 45387172 ~ 45387385 (+)
G1935899 NA non-coding upstream 186360 45296610 ~ 45298983 (+)
G1936075 NA non-coding downstream 9776 45502775 ~ 45503007 (+)
G1936086 NA non-coding downstream 20942 45513941 ~ 45514543 (+)
G1936089 NA non-coding downstream 23676 45516675 ~ 45516911 (+)
G1936090 NA non-coding downstream 24014 45517013 ~ 45517221 (+)
G1936098 NA non-coding downstream 29665 45522664 ~ 45522954 (+)
G1935897 NA other upstream 196208 45288510 ~ 45289135 (+)
G1935696 NA other upstream 380843 45104132 ~ 45104500 (+)
G1935694 NA other upstream 381385 45100302 ~ 45103958 (+)
G1934201 NA other upstream 2049991 43433448 ~ 43435352 (+)
G1933999 NA other upstream 2326777 43158103 ~ 43158566 (+)
G1936247 NA other downstream 272851 45765850 ~ 45767859 (+)
G1936286 NA other downstream 351705 45844704 ~ 45846538 (+)

Expression


Co-expression Network