G2217304


Basic Information

Item Value
gene id G2217304
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050570.1
NCBI id CM025857.1
chromosome length 46327593
location 26373801 ~ 26398614 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2536191
GGCACTACATCTTTGTAGTTACACTCACGCTCCTGTTGCACAGTACTATGCAGCTCTTCCTCAGAGTACTCAcagtgagagaaaagagagagaaaaaaaagaggcaTGGACAGAAACCACTTGAGACAGGGTTTAGTGTAGAAAAACAAAAAGGCATGAAGGTAGTAATAATAACAGTGCACACTGAGCCCCAGGGGTCACCAAGGACCTCCAGTCACTGTTAAATTAGGGCTTTGCAGAGTCTCTCACATGCATGTCAAGAGAAAACACTCACAGTGAAACAAACACTCACAGTGAAACACGTCcttgcatgcatgcatacacacaagtATAATATCATACACATTCAAAAAAGGAAGCAAAACAAAGAGGGTCATGATTAGCTGGGTATGGAACACTTCAGATAAAGTTTTGCGTACCAAACCCTTTCCCAACATTCCCTTTATTAAATTCAACCTCTGAAAACCACTACCTGCCTATGAGGTGGGGTGAATGTACAGTAATGAACaacaaatgaatgaatgacagCTAGTAAGGAAAGTAGAGGTGGCCAGTTAAAGGAGCCATTCATGGTAAAGGGAAGAGAAGTGGTTAAATTAAAAGAACTCTTGCCACAGTGTCTGAACCCTGACCTgtgtaggggttagaggtcagggtgtGGAAAGGGTAGAGTAGGGGACCTGGGAGGCTGGTCTGTAGCGGAAAACTATAGAGGGAGTGTGTAGTGTTTATTTGGTTTGTGGTATTCCAGTGTCTCTTTCTCAGTTAGTCAACAACCAACCCAACTCAGAGGCCATCAGATCACACCCACACTATACACAGGCTAACTACACAGATATATAGTACACAGAGATGGGATTTTTCACATTTTCCCCTTTGCCGTGCCAATCACATCCTTGCACAGACACAGAACCAATTACTTCAAACATTTATTCTCTTTTAACTTCATCTTCCCAAAGTCCTCTGAACAACTAAGGAAGCAGACCCACACCCTCTGCTTTGTGAGTTGTGGCTGGTTCATATTGAATATTATTCTGTCTTATACAATCCAGCAACAGTTATTACTGGGGCTGATATGGTTACAGCCCTCCGTACCCTGATAGAGGTCTAGTTAagagaggtttgtgtgtgtgagacagtggaGGTGACTCAAAACCACAGAAATATAAAAAGGTGGACACCTTGTTGTCTCTATATCTTTGTAAAAACAAATATTGGTCACAAAAGAGGTGAACATCTGAGCCAATGTGTTAAATAGTGTGTCGGGCAGCCAGTGGAAAAATCACACAGTATGCAACAGTACCATGGTATGTATGTACGtcagaggctggtgggaggagctataggaggatgggctctttgtaatggctggaatttaATAAATGGAATGAGTCAAATGTGGTTTCTTCGTGTTTGctaccgttccattaattccatttaATGGTGGGAGGAGCCATTATTTGACCAACTAGGCTACCttgggcggtaggtagcctagtggttagagcgttggactagtacccGAAAGGTTGAAAGatggaatccccgagctgacaaggtaaaaatctgtcgttctgcccctgaacaaggcagttaacccactgttccccggtaggccgttattgcaattaagaatttgttcttaactgacttgcctagttaaataaaaggttacatagttttttttaaccatcaagcactatgatgagactgtctcatgaggaccaccacaggaaagaaagacccagagttacctctgctgcagaggataagttcattagagttaccagcctcagaaattgcagcccaaataaatgcttcacatagttcaagtaacagacacatctcaacatcaactgttctgagactacgtgaaatcaggccttcatggtcaaattgctgcaaagaaaccactactaaaggacaccaataagaa
>TU2536192
GGCACTACATCTTTGTAGTTACACTCACGCTCCTGTTGCACAGTACTATGCAGCTCTTCCTCAGAGTACTCAcagtgagagaaaagagagagaaaaaaaagaggcaTGGACAGAAACCACTTGAGACAGGGTTTAGTGTAGAAAAACAAAAAGGCATGAAGGTAGTAATAATAACAGTGCACACTGAGCCCCAGGGGTCACCAAGGACCTCCAGTCACTGTTAAATTAGGGCTTTGCAGAGTCTCTCACATGCATGTCAAGAGAAAACACTCACAGTGAAACAAACACTCACAGTGAAACACGTCcttgcatgcatgcatacacacaagtATAATATCATACACATTCAAAAAAGGAAGCAAAACAAAGAGGGTCATGATTAGCTGGGTATGGAACACTTCAGATAAAGTTTTGCGTACCAAACCCTTTCCCAACATTCCCTTTATTAAATTCAACCTCTGAAAACCACTACCTGCCTATGAGGTGGGGTGAATGTACAGTAATGAACaacaaatgaatgaatgacagCTAGTAAGGAAAGTAGAGGTGGCCAGTTAAAGGAGCCATTCATGGTAAAGGGAAGAGAAGTGGTTAAATTAAAAGAACTCTTGCCACAGTGTCTGAACCCTGACCTgtgtaggggttagaggtcagggtgtGGAAAGGGTAGAGTAGGGGACCTGGGAGGCTGGTCTGTAGCGGAAAACTATAGAGGGAGTGTGTAGTGTTTATTTGGTTTGTGGTATTCCAGTGTCTCTTTCTCAGTTAGTCAACAACCAACCCAACTCAGAGGCCATCAGATCACACCCACACTATACACAGGCTAACTACACAGATATATAGTACACAGAGATGGGATTTTTCACATTTTCCCCTTTGCCGTGCCAATCACATCCTTGCACAGACACAGAACCAATTACTTCAAACATTTATTCTCTTTTAACTTCATCTTCCCAAAGTCCTCTGAACAACTAAGGAAGCAGACCCACACCCTCTGCTTTGTGAGTTGTGGCTGGTTCATATTGAATATTATTCTGTCTTATACAATCCAGCAACAGTTATTACTGGGGCTGATATGGTTACAGCCCTCCGTACCCTGATAGAGGTCTAGTTAagagaggtttgtgtgtgtgagacagtggaGGTGACTCAAAACCACAGAAATATAAAAAGGTGGACACCTTGTTGTCTCTATATCTTTGTAAAAACAAATATTGGTCACAAAAGAGGTGAACATCTGAGCCAATGTGTTAAATAGTGTGTCGGGCAGCCAGTGGAAAAATCACACAGTATGCAACAGTACCATGGTATGTATGTACGtcagaggctggtgggaggagctataggaggatgggctctttgtaatggctggaatttaATAAATGGAATGAGTCAAATGTGGTTTCTTCGTGTTTGctaccgttccattaattccatttaATGGTGGGAGGAGCCATTATTTGACCAACTAGGCTACCttgggcggtaggtagcctagtggttagagcgttggactagtacccGAAAGGTTGAAAGatggaatccccgagctgacaaggtaaaaatctgtcgttctgcccctgaacaaggcagttaacccactgttcctaggccgtcattgaaagtaagaatgtgttcttaattgacttgcctagttaaatcaaatatgttttttttttttgccattacAACGAgtcttcctatagctcctcccaccagcctcctctgatgtacctgtacctttatctgtgtgtatatgtgttttaaTTGAAACCATTATTATTGTCTGTACCGTGTGTGTGCCCCTGGGCTACAGTATGTGGGGTTTGCTGTGAGGCCAGGacataaatagataaataaaactGACCTCACAGAGTCCTCAATAGGACCTCAGGGGATCTGCTCTCAAAGTGAAGTTACCCCTAGACACTGTTCTAAGATCAGTATTGCATTGTTGATTCAAAATGGTGAACATGAGGAATTGGGGGAGGGAAAGCTGATCTTAGATTAGTAACTAAAGGCAACTTCTACCCACAAAGATGTGACATCTTCAGACTGAACTGTTCCCAACAACTAGAATATCACACAACACTCAGTTCTCAGCATGGCTCATAAACATCTCAATATAAAAACACAACCCAACTGACTGACTGGGTTCTGGCTGCAGAGACTACCTGCCACAATGTGCAAAAACAACCAGCCTAGAAAAAGTCCAGCAGCTAAGCCTCAAATTTGAGGAATTATAAAAACACCACATTTCACACACAGCTAGAACAAGTCCCAAGAAGtatgtttttttaatatattttttagctATAATGCCATCACAGATGTTTTGTATTACCACCCTGGCAGTATTTCCAAAATGGCCACCCACCAGCCCCATGGAGCCATATTGGACAGGAGTTACATAGCCATATCTCCATAAATATTAGGTACATAAAGCCCAATTGATGACTTAAAATGTTTGTGGGGGTCTGTAGAACACAATAGAATGGACCAAGTATACCAGTTAGATGTGATCTTTAAAATTGAATATACTTCATCCTAATTTTCCGTATTTTAACAGTACAATATCCCTTTTCTCTTAGCTggctgtgtgtttgttagtgtgtgtgtgtgtgtataaatgtcAGTGTGTACCTTGACATATTTGGCATAGAGCTGTTCGTCCAAtgggaagctctggactgtgcgCTCATCACGGGCGTGGAACGTTCCCAACTTCACCCACTTGTTGGTGGggtacctgagagagagagggagggagaggggcggTCAAAGGGGGGCGTGTCCTGAGGAAAACCGGAAAGGggctacctagtcagttgcacaactgaatgcattcaaccgaaatgggACTTTCACATTTTTCAGGGTGTGTGCATACCTGTCACTGATGGAGACCAGGAAGTCTTTTGGTGTGGAGGAGAAGAGTTCAAAGTTAGCGATGTCCAACTGTTTCACCTGGATGGGCTCACACAGCTCTATTACAAAcctagagagaggcagagagagagaaggtgggggagagagagttagaagagGCAAATTAATGTGAGAACTTTC
>TU2536193
gacaaaggctgTTTAAGCTTAGGGCTTTGGTTTAAGGGTAGGGTTACAATTCAGGTTAGAATTACAGTTAgcgtaaggggttatggtaaggattaggtttagggatatgtgttagggttatggtaaggattaggtttagggatatgtgttagggttatggtaaggattaggtttagggatatgtgttagggttatggtaaggatcagGTTTAGGGATTCCGGTTAtgtgttagggttatggtaaggatgAGGGTTGTgtgttaaggttatggtaaggattAGGGTTGTgtgttaaggttatggtaaggattAGGATTAGGGATTACGGTtgtgttagggttatggtaaggattAGGATTAGGGATTACGGTtgtgttagggttatggtaaggattAGGGTTAtgtgttagggttatggtaaggattAGGGTTAtgtgttagggttatggtaaggattagggttgtgttagggttatggtaaggattAGGGTTAtgtgttagggttatggtaaggattagggttgtgttagggttatggtaaggattAGGgttatgtgttagggttatggtaaggattagggttgtgttagggttatggtaaggattAGGGTcgtgttagggttatggtaaggattAGGGTTAtgtgttagggttatggtaaggattAGGGTTAtgtgttagggttatggtaaggattagggttgtgttagggttatggtaaggattagggttgtgttagggttatggtaaggattAGGGTTGtgtgttagggttatggtaaggattagggttgtgttagggttatggtaaggattAGGGTTAtgtgttaGGGTTATGGTAAGGATTAGGGTtgtgttagggttatggtaaggattAGGGTTGtgtgttagggttatggtaaggattagggttgtgttagggttatggtaaggattagggaaaataggattttgaatggaaataaatGTTAGAAGAacataaggtgtgtgtgtgtataaatgtcAGTGTGTACCTTGACATATTTGGCATAGAGCTGTTCGTCCAAtgggaagctctggactgtgcgCTCATCACGGGCGTGGAACGTTCCCAACTTCACCCACTTGTTGGTGGggtacctgagagagagagggagggagaggggcggTCAAAGGGGGGCGTGTCCTGAGGAAAACCGGAAAGGggctacctagtcagttgcacaactgaatgcattcaaccgaaatgggACTTTCACATTTTTCAGGGTGTGTGCATACCTGTCACTGATGGAGACCAGGAAGTCTTTTGGTGTGGAGGAGAAGAGTTCAAAGTTAGCGATGTCCAACTGTTTCACCTGGATGGGCTCACACAGCTCTATTACAAAcctagagagaggcagagagagagaaggtgggggagagagagttagaagagGCAAATTAATGTGAGAACTTTC

Function

NR:

description
PREDICTED: SUN domain-containing ossification factor-like

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2536191 False 1936 lncRNA 0.43 2 26373801 26380794
TU2536192 False 3069 lncRNA 0.43 2 26373801 26398614
TU2536193 True 1438 lncRNA 0.43 5 26396793 26398614

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110522769 LOC106613976 coding upstream 15310 26315974 ~ 26358491 (+)
LOC110521625 mettl13 coding upstream 59084 26312180 ~ 26314731 (+)
LOC110521624 myoc coding upstream 69081 26292253 ~ 26304720 (+)
LOC118945901 NA coding upstream 74776 26298973 ~ 26299025 (+)
LOC110521623 vamp4 coding upstream 91408 26257937 ~ 26282393 (+)
LOC110521629 LOC106584269 coding downstream 47833 26446447 ~ 26457719 (+)
LOC110521630 mysm1 coding downstream 59191 26457805 ~ 26478401 (+)
oma1 oma1 coding downstream 78421 26477035 ~ 26501552 (+)
LOC110521633 LOC106584207 coding downstream 297195 26695809 ~ 26795605 (+)
LOC110521632 LOC106584206 coding downstream 397588 26796202 ~ 26822332 (+)
G2217277 NA non-coding upstream 49031 26318141 ~ 26324770 (+)
G2217047 NA non-coding upstream 456101 25916976 ~ 25917700 (+)
G2217031 NA non-coding upstream 473947 25899224 ~ 25899854 (+)
LOC110521610 NA non-coding upstream 685862 25682300 ~ 25687956 (+)
G2217476 NA non-coding downstream 272889 26671503 ~ 26671724 (+)
G2217502 NA non-coding downstream 330920 26729534 ~ 26729883 (+)
G2217392 NA non-coding downstream 350927 26749541 ~ 26757367 (+)
G2217517 NA non-coding downstream 370781 26769395 ~ 26770266 (+)
G2217159 LOC106584278 other upstream 240757 26127054 ~ 26133044 (+)
LOC110521611 LOC106584283 other upstream 561495 25688091 ~ 25825503 (+)
LOC110522768 LOC106584287 other upstream 785286 25566527 ~ 25590680 (+)
G2216357 NA other upstream 1000191 25364252 ~ 25373610 (+)
G2216024 LOC106584303 other upstream 1260203 25030998 ~ 25174051 (+)
G2217442 NA other downstream 208909 26607523 ~ 26607943 (+)
G2218483 NA other downstream 826760 27225374 ~ 27226305 (+)
LOC110521646 LOC106584219 other downstream 1099263 27497328 ~ 27519290 (+)
LOC110521656 LOC106584103 other downstream 1439294 27823914 ~ 27844041 (+)

Expression


Co-expression Network