G71815


Basic Information

Item Value
gene id G71815
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 27031317 ~ 27036462 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU85140
aaaTGTCCACAACAGAGattattctgattctgattctgttgATTATGCTGGATTTTATTGGATTTCACAAAACTGAAGCTGTAATATAAGCTataatttaatatgaataagtagaatgtaactgtaaaaacTCACCGTTGGTGGTTCCACTCATGATGGTGACTTGGTACTTAGTGTCATCAGCTTTGGTGCTGAAGTTCaaagtggtggtggtgttgaaGATACACTGAATAAGAGTCTGGTTTTTTGATACTACACCTTGATTGTTGTATACAGTGgtctgagaaaagagaaaaaagataaactTGTGTTCAGTCCCAccttttattgttaattttataCAAGATCGGGTTCATAGTTTTGAGTCTTACCACATTTGTAAGGGTCAGACTTGTGCCATTTTTAATAGCAGTTTGAAAGAAGAAATTGCCGCCAGTGGTGTCATTGCCGCAGATAAACACAACAGTagagttctaTTCATCAGTCCCAGTGCCACATATCCCGCTTTCGTGCCACTGAGCTCAAAGGAGAAATTTTGACTTTTCGTTTGAACTGAGCTGAAAAAGCAGCTGGAGTTTCCTGCAGGATTGCAACCAGATGCGTTTGAGAAACACAGCTTAGAGCTGCCACATCCGTCACGCGTGATGTTGAGCTGAagattaaaagagagaaaacaaaccaacatTAATTCAAGTATGATCAGTGTCATTAACATAACTCAATGAGACATAACTGTGTAGTTAAACAGGAGAGTTAGGAAGAGTGATGCTGATTGTGAATAATAAACTCCATTACCACTACCACTGGAATATTGCTCTTGGGATTTGCCAGGTCTAATGGTCCGGAGCTAAATATTGTAGTCAGATTTCCCAGGGCTGTTCCTGTAGGAATGGAATGGAGAATCTTTAATGAACCTCACTTTTGGTTGAACCCCTGCCACTATCTCTATAATCACtattttttgagagaaaatcATATGATAAGTATTAGAtgtatttgaattgaattgagttaaAATGCTTGATTTACAAAGATTTACAATGACTGTTGGAtgcaatacacaaaatgtaacaaaacaaCGCTCTTACCAGTCCTAGTTAGTATCAGCTAAGTAACTAGTCTGACTTGCTCTCCagattgaattgaatattcTCTGTCTCACGTATTCCCCTTGAAATCTCAGCGTGCGTCATGGCTTTTAGGCTGTTTTGCTTGTATtgccatgtgtgttttgttttggttcatgtcTTTTCTGGTTGTCTTACTAGTGTTTCATTATTACTCTCACCTATTTTCAGTTCCTCCCTTAATTAGTCTGTGTATTTAAGCCCTTGTGTCTCAACGCAAAGTCTAGAGAGAAAGCGACTTGACTTGACACAACTGCAGGAATTGAATCAAACATGCCGTGTGTTTTTtggatgaaacatttttatgtagatgctgtaactgtagagctgctaaactgagcttCGAGGCTTAAACTGAATCAAAGGAGagagctgtagcactgcagTAATGgcatgtgttctggagatttggactgaTGAAGAAAACGCTGGATGAAATACacgaaatgttttaaactagttatttatataattatctagtcATTTATCTAGTTATTTAATGTTCTCCATGCTCAGGGGATTTTGTGATTTCTAAGAGCACAagtttgtttaactttttttgttttactttcttattgctgtatttctgaccaatgaataaAAAGTTCCCCAATGGCCATGtggaattttttgtttgttagtctgtttgtttacttttttacttgTTATATGCAATGTGAATCCACACTAAATAGTAAACTAACCAATAGTATCGATTTCACACTGATTTGGACTCAATGACTGATAGGTGTAAATATAGGTGTAGCCAAATGCATATTTTTCTAGATATTTATTGATATTGGTATTAATCAAATCCAAAAAAcctgcaaatgtaaatgttaaatgtgaatgtaaatgtggtttttgttggattttacataaaaaagaaGTCATAAGAAAGGCTTTAAGGAATTGGTAAGAAGCACGAGAAATGTAAAAACTCACCATTTGTGGTTCCATTAAGGATAGTGACGTTGAAAGGCAGCTGAGTGAAAGTAGAATTGAAGGTGATGTTGAAGGTACACTGAACAAGACTCTGGTTTGCCATTACTGAACCCTGAATACTAGTTATATTTATGgtgctctaaaaaaaaagagacagacacagaaggaCAGAGATAGAATATTGGTTAGACACTCATCTCCATCAGTATTTGATGTAACATAAACTTTTGACAAATATTGTCAAAATAAATTACTATAGTGATTTGTTTGCCAAATcagtcaaaataaaatatttatttcaactCAATTTATTATGTATATTGTTCGTTTGTTACAGGGGATTGCCCCTGCTCTTTTGCCTTAGGTTAGAGtatattttggattttgttgTTTGTCTAATTGACTAGTTGAATTCAGGTTTGACTCCTGTTATTATCCAGGGGTAAATCGTACATTATTTTGATGATTTGTGtaagttttttgtcttattttgtgTTGCTGTATTTGCTTACTTGTGCATATTTTCTTGAACAAACCAACTGTAGTCTAATCCTTACATATTAGGTGGAGTGGACATGTAGATGAGGTGTTGGTGACACCGGAGGGCATGGGTGTGGTTTAATTGCAATAATTAACTTTGTTACTCACCTTTtgcagtgtgcatgtgtatgtgtgcgatCTTGGGACACGGGCATGCGTGGTATGGTAAGAGACTAGAGGTTCCCGTTGGTAAGTCCTCCCTTCCCAGCAGCCAAATTTATTTGCTCAACTTGTTATATTTTTTCCTACTTTACAATCTACTATGACACTGAGACTGCCCATTGAGGCCTAGCTTTTATGGTGAATGATAAACCTGCGTTTTCTGTCTTACTCATAGTGGGTTTAGGGTTTGTACATGACaagatcatttttaataaaattgtggaATGGTGAACTTGAAATTATTTCTCTGCTCTTGTTTTATCAATCAACCTGTGAAAGTGTACTACAAGTTCTTATGTTGTCTTGTGTAACTATCTTTTAGGTGTAGTCTGTCATATACTATCTACTTTACCCTTGCCCagattacatttataaatggttACTGTTAGCAGCTGTAAGTTTGGTTATTGTCTGTAGCATCTGCCTTCAATATGAAATTCAATGAAGTCTCTTACTGAATTGTTAGAATTAttgcaaatttattattattgagttagATTAGGTTGTTAGTATAAACAAACTCTTTCAGTGTCCATCACTCACATCTTACCGTATCAACAGAAGTCAACTGTGTGCCATTTTGAGTAGCTCTCTGGAAAAAtaaactgttgttgttgttgccgcagacaaacacagcactgactccctaaacagaaaagaaatcaataaaataGTAGCTCAGTAGAAGGGATGATTTGGACAAGGAAGTAAAATCCTTATTCGAACAGGTTTAGCAGCATATTCTCATTGTCTCATGAAGTTAAGTGAAAACAATGGGGAACAAACTTTTACTTAAATGGTTGCCCATGGTCAGAAACAAAgctgagggtgccaatactttttaaaagtgtgaaaaagtttTTGGTTTTATAAACTGCACTGAGAATGGAGATTTCAGAAAAGATCCGGGCAAACAAAAAATCTGTGGAATCGAAAGCAGTAGTTCCAGCTCATTGTCAAGGTAAGTTGTTTGACAGTTTATGACCTACTGTTGCCAACTAGGCCTAGGTTTGCTCAGGagcttttttttgtgcatgtgtgcatgcgtgcgtgtttgcatgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgagtgggtGGAGATATTTTCAAAACCTTTGTCGAGgtcaaattttttaaaacagaagaGTAAACACTGTTTCGGTGGATGATTTGAAGATAAGCACTACGATTTCATCAATGCGTATACTATACAAATAACAGTTTCTCACACAGTTTACCACTTGTCTGATTGTGGTAATTTTTAAGGAATTCAATTttgaaatgtgatttaaaaaaattaactactGAACACCTATTACAAAATCATCatacaaaatatttgaaaatttttaaatgttctgttCCTGACTTGTTTTTGACATGAAACATTGTTCCTGAATTGATTTTGATAGTGAATGGCTCAGACATTTCTATTAGATATACATcttgaaagaaataaattaaaggaaacTAAATTAGCTTGAATTAAATTAGCAACTAAAACAGTCAAAGCTGAAATGTTTGTCAATAACAAAGCAATTTTGgtcatatttgttttgttactAACATTCAGTTGTCATAAGACATTGAACCAAACCTTGAAACAGAATCAAATATACTGAAGAGCAAAGCAAAAAGACTGTACGAGTGTAGGCAGAGGATCAGAAAGTATCTGATACAAGACATTATAGACAGAATAaaggtttaattttaaaaccCAGGACTGATGTAAATACtgtgaaatatgaatatattgtaATTTAAATGtgtttgtgagtTAATAATGCTACCTGATTTAGTGGCTGGGTTAGGTTGGTAGTGGCTATGAGTCCCAGTGCCACGTATCCTGAAGTACTGCCGGAGATTTCCACAGTCAGTACTGTACTACTGAGCTGAGTAGAGCTGAAAAAACAGCTGGAGTTTCCTGAAGGATCGCAATTACCCGGAGTCGACACACACAGCTTAGAGCTGCCACAAGTGGTACGAGTGATGGTGGT
>TU85141
GTTCATTCTTTACCTGTTTCATCAGTCCCAGTGCCACATATCCCGCTTTCGTGCCACTGAGCTCAAAGGAGAAATTTTGACTTTTCGTTTGAACTGAGCTGAAAAAGCAGCTGGAGTTTCCTGCAGGATTGCAACCAGATGCGTTTGAGAAACACAGCTTAGAGCTGCCACATCCGTCACGCGTGATGTTGAGCTGAagattaaaagagagaaaacaaaccaacatTAATTCAAGTATGATCAGTGTCATTAACATAACTCAATGAGACATAACTGTGTAGTTAAACAGGAGAGTTAGGAAGAGTGATGCTGATTGTGAATAATAAACTCCATTACCACTACCACTGGAATATTGCTCTTGGGATTTGCCAGGTCTAATGGTCCGGAGCTAAATATTGTAGTCAGATTTCCCAGGGCTGTTCCTGTAGGAATGGAATGGAGAATCTTTAATGAACCTCACTTTTGGTTGAACCCCTGCCACTATCTCTATAATCACtattttttgagagaaaatcATATGATAAGTATTAGAtgtatttgaattgaattgagttaaAATGCTTGATTTACAAAGATTTACAATGACTGTTGGAtgcaatacacaaaatgtaacaaaacaaCGCTCTTACCAGTCCTAGTTAGTATCAGCTAAGTAACTAGTCTGACTTGCTCTCCagattgaattgaatattcTCTGTCTCACGTATTCCCCTTGAAATCTCAGCGTGCGTCATGGCTTTTAGGCTGTTTTGCTTGTATtgccatgtgtgttttgttttggttcatgtcTTTTCTGGTTGTCTTACTAGTGTTTCATTATTACTCTCACCTATTTTCAGTTCCTCCCTTAATTAGTCTGTGTATTTAAGCCCTTGTGTCTCAACGCAAAGTCTAGAGAGAAAGCGACTTGACTTGACACAACTGCAGGAATTGAATCAAACATGCCGTGTGTTTTTtggatgaaacatttttatgtagatgctgtaactgtagagctgctaaactgagcttCGAGGCTTAAACTGAATCAAAGGAGagagctgtagcactgcagTAATGgcatgtgttctggagatttggactgaTGAAGAAAACGCTGGATGAAATACacgaaatgttttaaactagttatttatataattatctagtcATTTATCTAGTTATTTAATGTTCTCCATGCTCAGGGGATTTTGTGATTTCTAAGAGCACAagtttgtttaactttttttgttttactttcttattgctgtatttctgaccaatgaataaAAAGTTCCCCAATGGCCATGtggaattttttgtttgttagtctgtttgtttacttttttacttgTTATATGCAATGTGAATCCACACTAAATAGTAAACTAACCAATAGTATCGATTTCACACTGATTTGGACTCAATGACTGATAGGTGTAAATATAGGTGTAGCCAAATGCATATTTTTCTAGATATTTATTGATATTGGTATTAATCAAATCCAAAAAAcctgcaaatgtaaatgttaaatgtgaatgtaaatgtggtttttgttggattttacataaaaaagaaGTCATAAGAAAGGCTTTAAGGAATTGGTAAGAAGCACGAGAAATGTAAAAACTCACCATTTGTGGTTCCATTAAGGATAGTGACGTTGAAAGGCAGCTGAGTGAAAGTAGAATTGAAGGTGATGTTGAAGGTACACTGAACAAGACTCTGGTTTGCCATTACTGAACCCTGAATACTAGTTATATTTATGgtgctctaaaaaaaaagagacagacacagaaggaCAGAGATAGAATATTGGTTAGACACTCATCTCCATCAGTATTTGATGTAACATAAACTTTTGACAAATATTGTCAAAATAAATTACTATAGTGATTTGTTTGCCAAATcagtcaaaataaaatatttatttcaactCAATTTATTATGTATATTGTTCGTTTGTTACAGGGGATTGCCCCTGCTCTTTTGCCTTAGGTTAGAGtatattttggattttgttgTTTGTCTAATTGACTAGTTGAATTCAGGTTTGACTCCTGTTATTATCCAGGGGTAAATCGTACATTATTTTGATGATTTGTGtaagttttttgtcttattttgtgTTGCTGTATTTGCTTACTTGTGCATATTTTCTTGAACAAACCAACTGTAGTCTAATCCTTACATATTAGGTGGAGTGGACATGTAGATGAGGTGTTGGTGACACCGGAGGGCATGGGTGTGGTTTAATTGCAATAATTAACTTTGTTACTCACCTTTtgcagtgtgcatgtgtatgtgtgcgatCTTGGGACACGGGCATGCGTGGTATGGTAAGAGACTAGAGGTTCCCGTTGGTAAGTCCTCCCTTCCCAGCAGCCAAATTTATTTGCTCAACTTGTTATATTTTTTCCTACTTTACAATCTACTATGACACTGAGACTGCCCATTGAGGCCTAGCTTTTATGGTGAATGATAAACCTGCGTTTTCTGTCTTACTCATAGTGGGTTTAGGGTTTGTACATGACaagatcatttttaataaaattgtggaATGGTGAACTTGAAATTATTTCTCTGCTCTTGTTTTATCAATCAACCTGTGAAAGTGTACTACAAGTTCTTATGTTGTCTTGTGTAACTATCTTTTAGGTGTAGTCTGTCATATACTATCTACTTTACCCTTGCCCagattacatttataaatggttACTGTTAGCAGCTGTAAGTTTGGTTATTGTCTGTAGCATCTGCCTTCAATATGAAATTCAATGAAGTCTCTTACTGAATTGTTAGAATTAttgcaaatttattattattgagttagATTAGGTTGTTAGTATAAACAAACTCTTTCAGTGTCCATCACTCACATCTTACCGTATCAACAGAAGTCAACTGTGTGCCATTTTGAGTAGCTCTCTGGAAAAAtaaactgttgttgttgttgccgcagacaaacacagcactgactccctaaacagaaaagaaatcaataaaataGTAGCTCAGTAGAAGGGATGATTTGGACAAGGAAGTAAAATCCTTATTCGAACAGGTTTAGCAGCATATTCTCATTGTCTCATGAAGTTAAGTGAAAACAATGGGGAACAAACTTTTACTTAAATGGTTGCCCATGGTCAGAAACAAAgctgagggtgccaatactttttaaaagtgtgaaaaagtttTTGGTTTTATAAACTGCACTGAGAATGGAGATTTCAGAAAAGATCCGGGCAAACAAAAAATCTGTGGAATCGAAAGCAGTAGTTCCAGCTCATTGTCAAGGTAAGTTGTTTGACAGTTTATGACCTACTGTTGCCAACTAGGCCTAGGTTTGCTCAGGagcttttttttgtgcatgtgtgcatgcgtgcgtgtttgcatgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgagtgggtGGAGATATTTTCAAAACCTTTGTCGAGgtcaaattttttaaaacagaagaGTAAACACTGTTTCGGTGGATGATTTGAAGATAAGCACTACGATTTCATCAATGCGTATACTATACAAATAACAGTTTCTCACACAGTTTACCACTTGTCTGATTGTGGTAATTTTTAAGGAATTCAATTttgaaatgtgatttaaaaaaattaactactGAACACCTATTACAAAATCATCatacaaaatatttgaaaatttttaaatgttctgttCCTGACTTGTTTTTGACATGAAACATTGTTCCTGAATTGATTTTGATAGTGAATGGCTCAGACATTTCTATTAGATATACATcttgaaagaaataaattaaaggaaacTAAATTAGCTTGAATTAAATTAGCAACTAAAACAGTCAAAGCTGAAATGTTTGTCAATAACAAAGCAATTTTGgtcatatttgttttgttactAACATTCAGTTGTCATAAGACATTGAACCAAACCTTGAAACAGAATCAAATATACTGAAGAGCAAAGCAAAAAGACTGTACGAGTGTAGGCAGAGGATCAGAAAGTATCTGATACAAGACATTATAGACAGAATAaaggtttaattttaaaaccCAGGACTGATGTAAATACtgtgaaatatgaatatattgtaATTTAAATGtgtttgtgagtTAATAATGCTACCTGATTTAGTGGCTGGGTTAGGTTGGTAGTGGCTATGAGTCCCAGTGCCACGTATCCTGAAGTACTGCCGGAGATTTCCACAGTCAGTACTGTACTACTGAGCTGAGTAGAGCTGAAAAAACAGCTGGAGTTTCCTGAAGGATCGCAATTACCCGGAGTCGACACACACAGCTTAGAGCTGCCACAAGTGGTACGAGTGATGGTGGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU85140 True 4763 lncRNA 0.36 4 27031317 27036462
TU85141 False 4304 lncRNA 0.36 3 27031317 27035852

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113540546 NA coding downstream 49108 26981189 ~ 26982209 (-)
prkci prkci,LOC107706387,LOC107668962,LOC107659412,LOC107738175,LOC107591345 coding downstream 97798 26917159 ~ 26933519 (-)
skila LOC108267442 coding downstream 117737 26903908 ~ 26913580 (-)
nadkb nadkb,LOC108267451,LOC107591341,LOC107738176,LOC108444346,LOC107659414,LOC107557499 coding downstream 141981 26881468 ~ 26889336 (-)
samd7 LOC108267443 coding downstream 186299 26835646 ~ 26845018 (-)
tmem125b LOC108267439 coding upstream 69032 27105494 ~ 27108411 (-)
cfap57 cfap57 coding upstream 72350 27108812 ~ 27143851 (-)
LOC113540028 NA coding upstream 117037 27153499 ~ 27158015 (-)
LOC113540236 LOC108267484 coding upstream 201482 27237944 ~ 27261901 (-)
LOC113539949 LOC108267483 coding upstream 250699 27287161 ~ 27310976 (-)
G71765 NA non-coding downstream 96120 26934990 ~ 26935197 (-)
G71764 NA non-coding downstream 135753 26894681 ~ 26895564 (-)
G71734 NA non-coding downstream 171862 26847346 ~ 26859455 (-)
G71732 LOC108267445,LOC107591334,LOC107684401 non-coding downstream 174645 26853267 ~ 26856672 (-)
G71707 NA non-coding downstream 334220 26696893 ~ 26697097 (-)
G71854 NA non-coding upstream 106644 27143106 ~ 27151314 (-)
G71892 NA non-coding upstream 137590 27174052 ~ 27174536 (-)
G71896 NA non-coding upstream 143472 27179934 ~ 27180140 (-)
G71903 NA non-coding upstream 155000 27191462 ~ 27191809 (-)
G71905 NA non-coding upstream 159028 27195490 ~ 27195813 (-)
G71596 NA other downstream 480287 26472080 ~ 26551030 (-)
ltb4r2b NA other downstream 654909 26371921 ~ 26376408 (-)
ccdc24 ccdc24 other downstream 2445269 24565741 ~ 24586048 (-)
G70255 rnf220 other downstream 2726391 24304374 ~ 24304926 (-)
LOC117597117 NA other downstream 3499301 23531238 ~ 23532016 (-)
G71832 NA other upstream 60140 27096602 ~ 27100858 (-)
G71909 LOC108267490 other upstream 167321 27203783 ~ 27204186 (-)
trnat-ugu_3 NA other upstream 358895 27395357 ~ 27395429 (-)
trnat-ugu_4 NA other upstream 359689 27396151 ~ 27396223 (-)
LOC113540508 LOC108268039 other upstream 378805 27415267 ~ 27432678 (-)

Expression


Co-expression Network