G72658 (pfn2,pfn2l)


Basic Information

Item Value
gene id G72658
gene name pfn2,pfn2l
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 28081544 ~ 28144866 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU86119
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>TU86122
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>TU86123
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>TU86124
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>TU86125
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>TU86126
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>TU86129
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Function

symbol description
pfn2 Enables ATP hydrolysis activity; actin monomer binding activity; and phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding activity. Involved in several processes, including negative regulation of ruffle assembly; positive regulation of ATPase activity; and regulation of actin filament organization. Located in extracellular exosome.

NR:

description
profilin-2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU86119 False 1827 lncRNA 0.37 2 28104546 28111472
TU86122 False 1714 lncRNA 0.35 2 28081544 28111472
TU86123 True 5194 lncRNA 0.39 2 28104499 28111472
TU86124 False 1716 lncRNA 0.35 2 28081544 28111472
TU86125 False 1145 lncRNA 0.41 3 28104546 28144866
TU86126 False 1713 lncRNA 0.35 2 28081544 28111472
TU86129 False 2146 lncRNA 0.38 2 28104546 28111472

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
cpdp LOC108268310,LOC108430687,LOC105899208 coding downstream 17015 28056712 ~ 28064529 (-)
dpp6b LOC108267703,LOC108430761 coding downstream 242447 27704281 ~ 27839097 (-)
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trnat-ugu_7 NA coding downstream 460416 27621056 ~ 27621128 (-)
gpr158b LOC108268005 coding downstream 462353 27585574 ~ 27619191 (-)
LOC113540126 NA coding upstream 12963 28157829 ~ 28170981 (-)
LOC113540124 NA coding upstream 28455 28173321 ~ 28196057 (-)
cdc73 cdc73 coding upstream 94030 28238896 ~ 28275315 (-)
ro60 trove2 coding upstream 131830 28276696 ~ 28286658 (-)
shha shh coding upstream 331565 28476431 ~ 28491847 (-)
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G72604 NA non-coding downstream 68740 28011684 ~ 28012804 (-)
LOC117597146 NA non-coding downstream 95688 27974470 ~ 27985856 (-)
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G72796 NA non-coding upstream 522457 28667323 ~ 28668643 (-)
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prkag2b LOC108267467,LOC108430764,LOC108434244 other downstream 39759 28016064 ~ 28041785 (-)
pcyt1aa pcyt1a,LOC108267677,LOC108430756,LOC103040438,LOC107709348,LOC107671662,LOC107559373 other downstream 525557 27547752 ~ 27555987 (-)
tsen15 tsen15 other downstream 597711 27474765 ~ 27483833 (-)
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LOC117597043 NA other upstream 53125 28197991 ~ 28225603 (-)
trnas-uga_1 NA other upstream 91320 28236186 ~ 28236267 (-)
trnas-uga_2 NA other upstream 91858 28236724 ~ 28236805 (-)
LOC113540437 fam159a other upstream 503458 28648324 ~ 28652425 (-)
LOC117597168 NA other upstream 642748 28787614 ~ 28791829 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location