rnf175 (rnf175,LOC107665971,LOC107692639,LOC107714147)


Basic Information

Item Value
gene id rnf175
gene name rnf175,LOC107665971,LOC107692639,LOC107714147
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047620.1
NCBI id CM018566.1
chromosome length 19313417
location 154481 ~ 161981 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026910892.2
TATTCCAGTCCTCGTTTCCGTGATAAGTATCTGTAGATCAGCGGtatgatgatgaaggtggtgATGAGGAGCAGTGCTCAGTATAGAGTCTGATGTCTGTAGTTAGATCAGATGACCGACTATGGCTGATCTTCACGCGCAGGAAGATCTTTCAAAAATGTCCTACAGAGAAAACTGGAAAGTACAGCACGAGAAACTGCACGTGAAGCACCGAGGCCATGAGGCCATGCACGCTGAGATGGTCCTGATCCTCATCGCCACGCTGGTGGTCGCTCAGATCGTTCTGGTGCAGTGGAAACAGAGACACTGCAGATCGTACACCttaGTGACACTCCTGCAGATGTGGGTGGTGCCTCTGTATTTTACCATAAAGCTGTACTGGTGGCGGTTTTTGTCCACATGGGGCATGTTCTCCGTCATCACCAGCTACGTCATATTCAGAGCCACACGCAAACCTCTGTCCGGGAGAACGCCCAGGATGGTGTATAAATGGTTCCTGCTCATTTACAAGCTGAGCTACGCTGTAGGTGTACTCGGTTACCTCGCCATTATGTTTACGCTGTTCGGATTCAACGTTTTCTTTAGGATCAGAGCGGAGGACTCGATGGATGTGGGCGTGGTCATGCTGTTCTACGGACTGTACTATGGAGTGATGGGACGAGACTTCGCTGAAATCTGCTCTGACTACATGGCGTCCACTATCGGGtattATAACATGGGTGGAATGCCGTCTCGGAGTCTGTGCCGTGATATATGTGCCGTGTGTGGACAGAAGACTTTAGTGGACGTGGACGAGGAGGGCGCCATCGAGGACACCTACCAGCTCTCCTGCAATCACATATTTCATGAGTTCTGTATTCGTGgctggtgcattgtgggaaagaaGCAGACGTGTCCATACTGCAACGAGAAGGTCGACCTGAAAAGAATGATGAACAACCCCTGGGAGAGGACACACGTCCTGTACGGCCAGCTTTTGGATTGGCTCAGATACCTGGTTGCTTGGCAGCCGATCATCATCGGTATTGTGCACGGGATAAATTTTTCACTTGGTCTCGAGTAAAGTGTCATTAAGCGTCTTTAAAAAGTGTGCAGTTGTTTAccgaattatttatttataaattatgaCTTAATGTAGGAAATGTCTTctgtagcattttatttatttgataaacaACATGGCAGCCTCGGACTTTATCAATTATAATAATTCTCAAAAACAAGTTACAgcaactgaaacacacacacacacacacacgcctcataAGTGGCCTTTATTACTCCTGTCGAAGcttattattgtgtattgtacactcttacaccacagtgctgtcgtattctggactctgattggtcagaaggtgttgattagttctctataacagcagctctgacagtagagcaggtttatattaatgcgctcgctctcataccttatcgtttctatagtaacggctcattcacagggacgcgtACAGCGGACGCTTTGCTGATGATAAACGGAATAAAAACGTGTAATGGTCGATgtgtagttttctgtaaggagacgtttatttaacattaatgtaaggagtctccagtgtcggcactttaaaaaaagggaggctggtgaggaagcgattgtttatagctgctgtaacgtaaagaagaacaggaactgacttgtttcaaagacgttccacgacattaaacgtaactataaacagataaaaagtctcgtgttgttgattaattgttggcaagttgctgtggtataagaggaataaaacacttccagacGTGCTGTTACAGCTCTGCATCACTCCAtcgctgattaatttcctaaaaCCGCACGGCTTTAAGTCTGTTCCTTAGTTACAGGTCGTTTAGTCGTAGCACAGAATCAGGACTAGCTTTTCTTCTGGATTTTGCTAATGAAGTCTGAGAAACGCAATATTTTACTCAGCTGCTTAATTACAGACATATCAAAGTTAAAGCGTCTGTCTTTACACACGTCTTTATTTAGCAAGACAGTTTTGTTAGTTAaaatagtgtttatttaaattgtgatgtgtgtgttattatgacATCATTTACAAATTGAGATTAACGTGCCATGGGAGTGTGATCACACTTTACCTGTGTTTCATACGATCCAGGTGTTGAGTTGTTTGGCGTTAAGGTGAAGTCAGTAGCGGAGTGTCGATTGCTGATTAGATGTCGCAGATCTCCTCAGTGTGTCGTACTTTGTGTTACGTTTGTGGATTTTTGTCACATGACTGTCATTATTTCTCAGAAATCTGTTCTGTAAGTTCGGAACAGCTCACTGTGACGGGATGCTGCTAAATCTGctggtttgtttgttggtttgcaTGAAATAATTCTCGTGTGATGTGAAAGTCGATTAGCTGAAGCGATAGTGTTGCATCAgaatcttatttatttgttaaaatgatttaaatttgCACTTTAAGAACATGATGTAGGTTCATAATAAATTGTGTTTCCATGTTTAAGTTGCTGCCGTTGCACATCACAGTATTACACACGTGCACACTAATGCCACTGTTTACTGCAGTTCAGGAATGTTTGTGCTTTTCCTGCTTTTTGTGCTGCTTCATTTGCgaagtgaaaatgaatgatgtTCACTCAAAAACCTGACTAAAGGTGTCAGTTGATTTAGTTGTATGATTTTCAggtttatagattatatattagAAATCAGGCTGGTGTGAGGCGCGTGTACGTCGCATTCATTCAAACTGATTTGtattttaactttaagtttttcttGGCCCAAACTAAAGTAGCCCAAAAATAATTGgcccaaaattaaaaaataattaattgagctgccagttcccacccatcAGTCCGCTCTCCTCTAACGTACGGCAGCTAGGAAAGCGccgtctgccctcttccacatacatgagctcacagacatccACGATTGGCtcgtgtcactgtgattgacagggagagagagtatgcccctcccacccagagaccaCGCACACAGATTTtgacatgaaaaacaaatgaatgtaaTGTACACGGCAACATGGTGCAGCAATCACAGCGTGCCagataaacaataataaaaaaacaaaaacagttaaaCTGCACTGGTGTGATTCAGTGAGATTCAGATCAGAGTGACGAGTGAGCTGAATAatctcttttatttcatttatttagtttattaatttaatttgatttatttggtttattaattttatttggtttgtttgttttatttgatttattttatttatatattttatt
>XM_034300347.1
CACTCTGCACTGTAAATACCCCTGTAAATACCCCAGTAATTACCCCAGTAACCCCGGGTAGGACTCGGGAACGGGTTTATTCTGATGCATGATGGTACTGAGGTTATTTTAGCGGAAACCGGATATCCGGTTGTGTGCAGGTGTTACTCTGTGTGTACGTGGCGCTGACAGCGAAGATCTTTCAAAAATGTCCTACAGAGAAAACTGGAAAGTACAGCACGAGAAACTGCACGTGAAGCACCGAGGCCATGAGGCCATGCACGCTGAGATGGTCCTGATCCTCATCGCCACGCTGGTGGTCGCTCAGATCGTTCTGGTGCAGTGGAAACAGAGACACTGCAGATCGTACACCttaGTGACACTCCTGCAGATGTGGGTGGTGCCTCTGTATTTTACCATAAAGCTGTACTGGTGGCGGTTTTTGTCCACATGGGGCATGTTCTCCGTCATCACCAGCTACGTCATATTCAGAGCCACACGCAAACCTCTGTCCGGGAGAACGCCCAGGATGGTGTATAAATGGTTCCTGCTCATTTACAAGCTGAGCTACGCTGTAGGTGTACTCGGTTACCTCGCCATTATGTTTACGCTGTTCGGATTCAACGTTTTCTTTAGGATCAGAGCGGAGGACTCGATGGATGTGGGCGTGGTCATGCTGTTCTACGGACTGTACTATGGAGTGATGGGACGAGACTTCGCTGAAATCTGCTCTGACTACATGGCGTCCACTATCGGGtattATAACATGGGTGGAATGCCGTCTCGGAGTCTGTGCCGTGATATATGTGCCGTGTGTGGACAGAAGACTTTAGTGGACGTGGACGAGGAGGGCGCCATCGAGGACACCTACCAGCTCTCCTGCAATCACATATTTCATGAGTTCTGTATTCGTGgctggtgcattgtgggaaagaaGCAGACGTGTCCATACTGCAACGAGAAGGTCGACCTGAAAAGAATGATGAACAACCCCTGGGAGAGGACACACGTCCTGTACGGCCAGCTTTTGGATTGGCTCAGATACCTGGTTGCTTGGCAGCCGATCATCATCGGTATTGTGCACGGGATAAATTTTTCACTTGGTCTCGAGTAAAGTGTCATTAAGCGTCTTTAAAAAGTGTGCAGTTGTTTAccgaattatttatttataaattatgaCTTAATGTAGGAAATGTCTTctgtagcattttatttatttgataaacaACATGGCAGCCTCGGACTTTATCAATTATAATAATTCTCAAAAACAAGTTACAgcaactgaaacacacacacacacacacacgcctcataAGTGGCCTTTATTACTCCTGTCGAAGcttattattgtgtattgtacactcttacaccacagtgctgtcgtattctggactctgattggtcagaaggtgttgattagttctctataacagcagctctgacagtagagcaggtttatattaatgcgctcgctctcataccttatcgtttctatagtaacggctcattcacagggacgcgtACAGCGGACGCTTTGCTGATGATAAACGGAATAAAAACGTGTAATGGTCGATgtgtagttttctgtaaggagacgtttatttaacattaatgtaaggagtctccagtgtcggcactttaaaaaaagggaggctggtgaggaagcgattgtttatagctgctgtaacgtaaagaagaacaggaactgacttgtttcaaagacgttccacgacattaaacgtaactataaacagataaaaagtctcgtgttgttgattaattgttggcaagttgctgtggtataagaggaataaaacacttccagacGTGCTGTTACAGCTCTGCATCACTCCAtcgctgattaatttcctaaaaCCGCACGGCTTTAAGTCTGTTCCTTAGTTACAGGTCGTTTAGTCGTAGCACAGAATCAGGACTAGCTTTTCTTCTGGATTTTGCTAATGAAGTCTGAGAAACGCAATATTTTACTCAGCTGCTTAATTACAGACATATCAAAGTTAAAGCGTCTGTCTTTACACACGTCTTTATTTAGCAAGACAGTTTTGTTAGTTAaaatagtgtttatttaaattgtgatgtgtgtgttattatgacATCATTTACAAATTGAGATTAACGTGCCATGGGAGTGTGATCACACTTTACCTGTGTTTCATACGATCCAGGTGTTGAGTTGTTTGGCGTTAAGGTGAAGTCAGTAGCGGAGTGTCGATTGCTGATTAGATGTCGCAGATCTCCTCAGTGTGTCGTACTTTGTGTTACGTTTGTGGATTTTTGTCACATGACTGTCATTATTTCTCAGAAATCTGTTCTGTAAGTTCGGAACAGCTCACTGTGACGGGATGCTGCTAAATCTGctggtttgtttgttggtttgcaTGAAATAATTCTCGTGTGATGTGAAAGTCGATTAGCTGAAGCGATAGTGTTGCATCAgaatcttatttatttgttaaaatgatttaaatttgCACTTTAAGAACATGATGTAGGTTCATAATAAATTGTGTTTCCATGTTTAAGTTGCTGCCGTTGCACATCACAGTATTACACACGTGCACACTAATGCCACTGTTTACTGCAGTTCAGGAATGTTTGTGCTTTTCCTGCTTTTTGTGCTGCTTCATTTGCgaagtgaaaatgaatgatgtTCACTCAAAAACCTGACTAAAGGTGTCAGTTGATTTAGTTGTATGATTTTCAggtttatagattatatattagAAATCAGGCTGGTGTGAGGCGCGTGTACGTCGCATTCATTCAAACTGATTTGtattttaactttaagtttttcttGGCCCAAACTAAAGTAGCCCAAAAATAATTGgcccaaaattaaaaaataattaattgagctgccagttcccacccatcAGTCCGCTCTCCTCTAACGTACGGCAGCTAGGAAAGCGccgtctgccctcttccacatacatgagctcacagacatccACGATTGGCtcgtgtcactgtgattgacagggagagagagtatgcccctcccacccagagaccaCGCACACAGATTTtgacatgaaaaacaaatgaatgtaaTGTACACGGCAACATGGTGCAGCAATCACAGCGTGCCagataaacaataataaaaaaacaaaaacagttaaaCTGCACTGGTGTGATTCAGTGAGATTCAGATCAGAGTGACGAGTGAGCTGAATAatctcttttatttcatttatttagtttattaatttaatttgatttatttggtttattaattttatttggtttgtttgttttatttgatttattttatttatatattttatt

Function

symbol description
rnf175 Predicted to enable ubiquitin protein ligase activity. Predicted to be involved in ubiquitin-dependent ERAD pathway. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in Golgi membrane and endoplasmic reticulum membrane. Orthologous to human RNF175 (ring finger protein 175).

NR:

description
PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: RING finger protein 175-like, partial

GO:

id name namespace
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function

KEGG:

id description
K15698 RNF121_175; RING finger protein 121/175

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026910892.2 False 3267 mRNA 0.42 9 154481 161981
XM_034300347.1 True 3297 mRNA 0.42 9 154481 161828

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
fgb fgb,LOC107758871 coding downstream 24120 125530 ~ 130361 (-)
LOC113524573 lratb,LOC108258974,LOC108439370,LOC107758869,LOC107590749,LOC106608435 coding downstream 40741 92135 ~ 113740 (-)
LOC113524574 LOC108258977 coding downstream 62461 83803 ~ 92020 (-)
lratb.2 LOC108258976 coding downstream 70691 78214 ~ 83790 (-)
rbm46 rbm46 coding downstream 86164 59036 ~ 68317 (-)
pdia2 LOC108258683 coding upstream 66467 228448 ~ 234976 (-)
percc1 LOC108258685 coding upstream 72918 234899 ~ 244174 (-)
rgs11 rgs11 coding upstream 100172 262153 ~ 277683 (-)
elfn1b elfn1b,LOC108258545,LOC108439159,LOC107722936,LOC107590768,LOC107702506,LOC107714143 coding upstream 190472 352453 ~ 408289 (-)
uncx4.1 LOC108258667 coding upstream 356623 518604 ~ 525065 (-)
G368685 NA non-coding upstream 17201 179182 ~ 184646 (-)
G368689 NA non-coding upstream 23853 185834 ~ 193914 (-)
G368713 NA non-coding upstream 82196 244177 ~ 244780 (-)
G368725 NA non-coding upstream 119458 281439 ~ 281903 (-)
G368903 NA non-coding upstream 416612 578593 ~ 581860 (-)
si:dkeyp-75b4.8 NA other upstream 40673 202654 ~ 227102 (-)
pmm2 pmm2,LOC107692644,LOC101469678,LOC102299325,LOC100707130,LOC102200931,LOC107082664 other upstream 122882 284863 ~ 289908 (-)
rasd3 LOC108258668 other upstream 429155 591136 ~ 592595 (-)
prkcba prkcb other upstream 491472 653453 ~ 702345 (-)
zgc:77849 zgc:77849,LOC108258689,LOC103038624,LOC108439082,LOC107722949,LOC107692663,LOC107590708 other upstream 707778 869759 ~ 948803 (-)

Expression


Co-expression Network