G150106


Basic Information

Item Value
gene id G150106
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030141.1
NCBI id CM030141.1
chromosome length 22147039
location 13739776 ~ 13746116 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU188905
TGGCTGAGAGAGTGAATAGTGAATAAACAAGCGCAATACACTTCACTGAGCTGTGCAAGTCACTTTCCTGGCTTCCTGTGCGATAGAAGTGATAGGACGTTACCCTCCTTTAGGTCACTGACTTTAATCTCCAGTTTAACCAATTTAATTGTAAAGAAGCTTCTACATTTCAGTTTCTAAACAATTCTTCACATTTGTCCCAACATTTCCCGTAGTTTTACACGTATGGAATATGAACGATGTAATCCTTCACGCATAGCCACTGCAGACGGATTTTGTAAATGATACTCTATCTGGTGCTATCATAGGATTCAGGATAAAGCTGTTAACGATGTCTTTGTTGTAGTGTAACGTTCCTCAGTGCATGAATTACTTTAACTGTTTcttagttgttttttatatgtatttattttgtgtgtgtgtttttatttattttgtgcctGTGAGTCCCCCGCTTCCCTCATTTACCAATTTATTTCCATGACTGAATTTGtatcattataaaaatatataagtagGTTGATAAGCTGGCTCCATGCAATAAATCGCTGTGCCTTAGTAGGCCTGCATCCCTTAGTACTGTTGTTGCCACCTAAAACCCCAGAGAGACTGTAAACAGGCCTCAGTCAAGTCATGTCGTAGTTATCCTCTCCTTTCTCTGGTGTACTTGGTTACTGAACGCGCATCCCTGTGTGAGTTGGGTTGGTGTCTTGGGAGTGCTGGAGATGGATTTCTGCTTGTGGTTTTACCCTCCTGCATAAGGAAGCAGCAACCCACGTTAAAAGTGccaaaaatgaatgaacagaTGCCACATGTGTAACTGGTCCCTGTGAGCAAATTCGTGCCACTCCTGGGTTCTGCTGCAGCTACAGGTGCCGTTAATGCAACAGACATACGCATAACTATACAAACTCAGCCATTTGGGGACAGTTGATACATGTTAAGCATGATGGCTCAGCTCAGCGTTCACAAACATACGGATGCTGCTGATGGAGTTGAGACTGCTGTGAGGTCTTTGAAGTGTGTTGGTAATtcctatttttttcctttaaaaagcTGTACATGAATAGATATGAAAGGCAATTAAAAGTAGCTTTAGTATGATGTTGGTTGAGAGGGCTGGCTGAACCCCCTGGTTTTGTCATCCCCTTATCCCATCTTTCCTGAGCAGAACAGTGTACTAAAGCACACCAGAGAAAAGAAGGTAACTCCACAGATCTCAGCCCTGTTGTGAATCCCACAGAGTGGCAGGGAGGGCACCCGTGTCATATAGCTGAGGTGGCAAGTGAGGCGCAGTGAGACTTCTGTTGCAGTCAGGGTGTTTGCAGGACTAAGGGACTCTGCAGATCTACACTGGGGTCAGGGGTTAACTGCGGGAAAAATGATTCTTTATGTACTTTGGGCCATATGGAAACGGAAAATATAGAGAGTGATTATAATATTTGCATGTCAGAAAACTATAGAGAACTGCATTGCACTTACCAACTAATCTAGTGGATATTGcccatattgttttaaattgaggTCCGtagcattgttttgttttttgtttgcttttttaagaATGCAAtaagacttttttattttttatttattatgaatattatttttgaaattgtttgtgcgtgtgtttgtgtcttttgtatACCGTAATTATGTGTAGTTCCCCTTGAGCTGAGGTTTCTCTGACATTGCATtgatggaaatgtaaaacatgtaaacaatgtCAGTACAACTTTGTGAGTGTGTTGAGAGAGGCAGACACATGGCAGTGCTGGAGATGCTGTAATGAGCGctgttctttccttttcttgtctttttttgaCCACTTAGTCAAGAGAAATGATATCCTTCCGAACTCATCTGTTACTCTTCTTGTCTGTGTTTGCCTTCAGAAACCAACCACATTGTTgtgaatttctctctctctctcgctcgctctctctctggatgtatgtatgttatgtttatttatataaacataacatgcatacatatatgtgtgtgtgtatgtaatatacatatacatacacatgcagACAAGCCAGGTGATTATAAAGTTGATCCTATTTAACATGTACCTTTAAAACACAGGTATACCAAAGTTAACATCTGTCACTGGGAGCAGTTATTGATAGTTGTTTGATCTTGGCCCTGCCTTGTGCAGGTACTTGAATAATATCTCTAAGTTTGTGGCCATTTTGGAACCCAACAGCATTCTTCTCAACTGATATTGGGAATGTGAATCCACTCTTAATAaatgactgtactgtatattacagtGTTGACATTCGCCATAATTGCACCTCTCTTATAGTTACAAACTGTAAAAAGGGACCACCAATATTATAATCACCTTGGTTTTATCGGTGTACACCGTGTTGCTCGGTAGTATCGGACCTCCCTACAAAAGTTAAGctattgtttatttcaatagAGATTATTAAGAGCAAAAGATTAGTTGGATTACAATTAAAACCTTGGCTCTGGTTTGACTTCACTGCAGTAAATCTCTTCTAGATTGAATCCAAAGTGTGAAATTGAGCCATTTGCATTGACAACGCATAATAGATTTGTTTGGTAGTTAAGATAGTATTGGTGTTACTCAACACTATAAATtccatatttgaaatattaccCTCTGTTGGAATTAAGTTTAATCAAATAATACTGCAGTGTAGGTAAGGTCTCCCACACTTCTGAGCCACACTGTGTGCAGGTACGGTTACTACAGAGGCCCGGGAAGAGGGATCGGTGAATAGCAGAGATGGAATTTGTGTTAACCAACGAGTTGCCTTGAAGTAGCATTCTCAGCAAATGATCTTGGGAGTGGTACCGTGTTTTTATACAAGCTGTGTATGTAGTAGAGAGAGACTAAACTCCTGTCGGTTTACtttgtgtattgatttaattcccTACCATTTATCGGTCGTTGCTCCTTGGAAGGAGCTAAGAGACTGATCTCCTCTGCTGGATTGCAGCTGTGCAGCCAGGGGTGTGCCATGTGATTGGAGGGCAGGTCAGCCAATCTCTGTGCTGCTCCGTGCCAACACAGTGACCTGGGAGCTGTCAGGCCAGCCAAACTACCCTCCTGCTGGTTTCAGCATGCACTGAGCCCTGGGCCTCCTGATAGGGTTTTACTGCCCTTCTCAAATTTTGTCCCAGGGTAGAGGGGCAACAGTAGAACTGTGGATGGTGAAAACATGGCAAATTGTCCTTAATGTCATTTGAAACTGTGTGAAAAGAATTAAAGGACAACAACAATGCCTGTGGATttcttttgcagttttatttttaaattggtagCAAGAGCACTTAGCCATTCTAACCATGTAGTCTTGGTTTTACCCtgggataaaaaaatatataatggcaGTTGCATTTCATTAAGGAAAGTGTATTTCCAATCCCAAACTCTGTGTCCAGTTCAGTGAAGATTTGGGAAGACCTTAGTGGAGATACAGGGGATAAGCCTGCCAGCTTAAACCAGCTGCTGGTACCAGAGGAACCAGGTAACCTCTCAAGCCATTCGAATACAAGTCTTATTCAATCCAGTTATTTCAAGACTATAGTTTAGTTTGTGTTCCCACTTCTTGTTTTCTAACCTCCGCTTTGGCCCTGACCAAAACCTATACTAAGAAACCATCATTTCATGGAACTTTTGATGTCAAGAGtctaatatacatgtatataggTATTATACGATATAGTGCAATAATATTTTGTACAGGTTTTTTCTATTagccatttatttatatgtaagtGAATCAAATGCATAGACCTATTGTTGTACGTATCTGTTATGGTTTATTTGTATCTCTTGGTGATGCGTGTCGGTAGCTCGGTAGATGTTCTTCCATGTTCAATCATGATAGCTCTTCACTGGAAAGAAATACAATCTCAAACTCGTTATGACATTCAGTTCACATAAGATCAGCCTCTTTATCCccctttcattcatttattgattgtatttttggCTTTGCAAGATTCATTAATGTCAAGGGAAGCCTACCTAAATGAACATCTTCAGGCtgttattagtttgtttgtttggcctTTAGCAATAAGTGTGATGCATTTGAGGACCCTCGAGTGTTGATACTGGTGGTGAGCACACATGGTCACAGACCTGCTCTGGGGGGACCGAACTCTCCCTGCAGGGAACTGGGACAGAGGATTGTGGATGTGAAAGAAGTTGCTGTCATCAAACTTCGTATTCACTCTGTGACATCCACTTGGAATTGTACAGCAgcgtttcttatttttttgtgtttggaCAAATCTGTCGAGTTTacacaattcacatttcaaTGAGAACAGCCACACAAGTGCTGAGCTGTGTTACCACTCTGATACTACTGGACTGTGGGATGTTTGTGGGCCCCTTGAAAAGGTTTGAGGCTGTAAAATCAGTAGAGGTTAAGCGGTCTAAGGTTTATTGCTTTTATCTGGCAGATCATTGCgttgattttatttaactttttgtttccAAGATGCATGGTGGATCTGTTGCGTTAACAAATGGAAATATTCCATAAAACAATTGGGAGTGTTCATAAGCGTAGGGAAACCTTGAATTTTTTCATTGCCTGGCTTCATTCCTGCTTGCCATCATTTTCACCGAAGTGCTCGTTTCTAAAGAAGGATCGGAATGGAAGACGAGTAAGCCGCTAAGAATTGTTTTAAGTCGGATTTGTAACTTGTTCTgctctaaaaaacaaaaccaatcttTTCAAACTGATGTCATGTTAGCCAAATTTTCGTTCACCCAGTTCCTCTTGTTgagcccgtgtgtgtgtgcctgaaTCCCAGGTGTAGAACTGCGTTTTCTACCCACCCCTCATCCCCAGTACAGTGTCTCATTACTGGAATAGATGCATAACTATGGAGTGTGTATCAAtactgatatttttatttgtatttattttctatgttttttttttttttcttgtgtagtTTGGATACATACCCCTAAAGTTCTGTATGGCTGCCCAGCA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU188905 True 6341 lncRNA 0.39 1 13739776 13746116

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00000394 klhl28,LOC106581578,LOC106610877 coding upstream 154 13731513 ~ 13739622 (+)
AMCG00000395 fkbp3 coding upstream 49378 13687967 ~ 13690398 (+)
AMCG00000388 NA coding upstream 59847 13667889 ~ 13679929 (+)
AMCG00000387 NA coding upstream 113020 13618488 ~ 13626756 (+)
AMCG00000386 NA coding upstream 122151 13608753 ~ 13617625 (+)
AMCG00000396 NA coding downstream 8692 13754808 ~ 13759231 (+)
AMCG00000401 arf6,arf6a,arf6.2,ARF6,LOC105893149,LOC106608083 coding downstream 13191 13759307 ~ 13759834 (+)
AMCG00000404 msh4 coding downstream 47142 13793258 ~ 13805747 (+)
AMCG00000403 NA coding downstream 66949 13813065 ~ 13837190 (+)
AMCG00000402 peli2,LOC105026454,LOC106594164 coding downstream 110522 13856638 ~ 13870201 (+)
G150066 LOC100846954,LOC107575789 non-coding upstream 89725 13649403 ~ 13650051 (+)
G150042 NA non-coding upstream 326712 13412865 ~ 13413064 (+)
G149869 LOC105909576,LOC107704376 non-coding upstream 898103 12833539 ~ 12841673 (+)
G149747 NA non-coding upstream 1641404 12092387 ~ 12098372 (+)
G149739 NA non-coding upstream 1712333 12027227 ~ 12027443 (+)
G150303 NA non-coding downstream 718776 14464892 ~ 14465302 (+)
G150364 NA non-coding downstream 987116 14733232 ~ 14733440 (+)
G150455 NA non-coding downstream 1378594 15124710 ~ 15125951 (+)
G150457 NA non-coding downstream 1391590 15137706 ~ 15137923 (+)
G150458 NA non-coding downstream 1408519 15154635 ~ 15155084 (+)
G150069 NA other upstream 47187 13690839 ~ 13692589 (+)
AMCG00000381 NA other upstream 708923 12966877 ~ 13030853 (+)
G149859 NA other upstream 1011873 12679670 ~ 12727903 (+)
AMCG00000352 NA other upstream 1744750 11965555 ~ 11995026 (+)
G149525 LOC100846954,LOC107575789 other upstream 3204639 10534590 ~ 10535137 (+)
AMCG00000412 pgf,LOC102799665,LOC102204058,LOC106593515,LOC106611025 other downstream 387022 14133138 ~ 14153840 (+)
AMCG00000443 esrrb,LOC106611051,LOC101473368,LOC100708924 other downstream 1185662 14931778 ~ 14944400 (+)
AMCG00000514 NA other downstream 3065337 16811453 ~ 16814365 (+)
G150750 NA other downstream 3189877 16935993 ~ 16938282 (+)
G150811 NA other downstream 3799338 17545454 ~ 17548508 (+)

Expression


Co-expression Network