AMCG00001229


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00001229
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030137.1
NCBI id CM030137.1
chromosome length 27060302
location 20464363 ~ 20496368 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00001229
caggTGGGAAGATGGGCCAGGATGCAGTTCTCATAGGAGGTGTCATTGCCGCGTTGATTTTGGTCCTGATTATCCTGATTATAGTGGTGCTCCGGTATCTGTACCGACACAAGGGCACCTATCACACCAATGAAGCCAAGGGTACAGAGTTTGCAGAGAGTGCCGATGCCGCCTTGAAGAGTGACCCCTCTCTGAAGGACACTGTGGATGAAAGCAAAAAGGAATACTTCATCTGAGAGGCATTGTGAAGGCCTCTCGAGAAGGTCATGCTAACTATGAGTCAACCCACCGTGGTggagggaaacaaacaaaacaaattggagGCCTCGAACTGTCAAGAAAAACAACTCGCCATGTGGCAATTTAGTGAAAATAAATTTATGTTGTCCCGCTGACATTCAGGTGATTCTGAAAATAACCAGAATCTTGGGTTAAAAGCTGAGGTCCTGCTGCCAATAAAAGACCTCCCATAGACCTTCCGCCTTTCTTACACACAAGTGACTTTAgcatctgtatattttttctgcGGAGGGAAACACAACCCCAGTGCCTAATTTTTGCAGATATCGCATGGACTACAATATGAGAACATTGCAATCTGGGAACAAGGAAAAGGCAACTATTTGTAACATCCTGTCCATGGATACTTAGCAACCATGACTTCCTGTTGTCATTGGATTGAAAACAAGGTTCATACCCAGCATGCTCTATGGGCCTATGAAGGATTCTCTGAGATCCCTTTGACTAGAACTAGGAACAGATCTGCAATAAGCAGCCGAGAGATCTGTGAAGGTGCATTTGACAAGAGTTTTTAAGGAGAACCTGAAAATACTCATATTCAAACAGTATGTTTTACACTAAACTGACATTATcttatgtgtttatttccttttttcattatcAAAAAGCATATTAATTAGGGATTATAATAGGATATGTGGTCACCTCtttgtaatttgcataatgactaaaagaaaaatgttgatgctgacacagtttatttttattttgatgacaagtattgtttatgtatattgccaaagcaacaacaaaaccagtAAAGAGTTTTCATTAAGTAGGGAGAGAGCAGTGACCCAAAACAGGGGCTTTTTAATCAGGTTAAAGGTGGAGGTAAATTAATTATGTTGgcatactttaaattaaaaggtaGAGCTGAGCATACAATTTAACAGTCACGTAATCCACAGCTGTTAACAACATTTACCGAATGGTAAAATATGACTTGCCACTTTAATCGATTTAACcagaaaatatgttaaaatgcacaACTTGTCCACTGTAGTGCCATTTCAAAGCTctgttacaaaatatgtattcatgaaaatataatttgcaagaaaaaaacaaacaaaaggaggcTACTTTGCATACACATCAAGATAGATTAGATATTTCTCTCCAGGCATTGTTTGGATCTGAGTGTTTGGAAGCtgaatatactttaaaagcttttataaTTTGATATAATGTGTTTAGATGGCAGATCAATACtagtaaaatatattgcattggGGAATCAAACATTTCTTCCATGAGTctttatgaaataaaacattattgtttgtttgttgttaatgATAAGCATGCACCGAGtggcatgaaaacaaacacaacatttccTTTTAGTCATTATTTGAACAGGATTATTAATTACAGGAAATTAACATATTTCCAGATTAAACTTAATAGTATGCAAGGATCTCCCACACACATaagtatatacatttactgATAGTTACTATTAAAAACTGACATCAGATTCATAGGACAGCAGAAccttaaataaatctgtaattcttcctgtactttatttttatacctCACAATGGGTGACCTACACAAATTTATAAGTACAGTGGGGAGGAGATgtaggaaaaatatttttcctggATTACAACCAAGGCAGTTGAAAAATCTTGGGACCACCTTCATCAATAACAACATTGCTCAATAGGTATCTATGTATCAGGCTAATTGGTTTGTGGTTCTTAAAACAGATTTCATCTTAAGGCTCAAATGTCtcttattgtaaatgtattactattaattTGAAGCTATCCTTTGGACTTATATTGCCAATGCCGATTAGAAGTGCTGGCAAATAGTTTTGTCTTCCTGCTGATGCTTTGATTATTTGGTTGTTGGTTTCAAAGCTGATGCGCATTACACAAAACACTCCTAGGTTTCTAAAACATGTGTCATAAAAGTTACACTGCATATCACATTTGTGTCATCACAAAGACGACAACTGCCTGACAAACGTCTTTGTTCTGGTTTTATTTGGGGGGAATTACAGACATGGGTGGTGGAGTTGATCAGAGACTAACAAAGTTACTGAAATATGAACTGTCAATCATATCACGGGAAATTATATTATAAGACTGAGCCAGCCACAACAGCCTCCTGCTTGTTATTCAATTTTAAGTATGTATATTGCTAATAATATAGgaatatcatatttttatatgataAAGTTTTACAGTATCAAGTAATATTGGTCTACAGTGCATGCCACAAGCATTGCATTAATGTGCCTCAAAGTAAAGTGttcaattttattaaatgtatttatctgctttaataaataaataaataaattaattaattaataaaagataatggattttatttccattacCTTAATATTCTGAGCATTTCTTTTATTAGACTAGAGTGCACTTTAATGCCTTAGTAGACAgcatatatttaagaaaaaataattgagatGAATTGAGAATAATTGAGACACCTGATGACCAACTCTAAGTCCTGTGAAACACTCTTTAATTTCTCAATTCACTTCCAAAATCTAGATTGAAAAAATGTTATGAGACTTAAAGTCGTTAGTTTTTCTGTTCACCTCTGCAATGTGAATAATCCTGACGACATCACTTCAATATCTCATTCAATTTCAGTATTCCATTATTTCTTTAGTActtctcttttctgtttctcAGCTCATTAGCCCACTGTGTCATCTGTTACTCAAATCTCTTTCTGATTCTGAAGACgtttcaataaaatgaaaaataaaaattgtggCTGTATCATTCATACACA
>TU162668
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Function

GO:

id name namespace
GO:0019897 extrinsic component of plasma membrane cellular_component
GO:0005515 protein binding molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00001229 False 3081 mRNA 0.35 2 20492652 20496368
TU162668 True 3380 lncRNA 0.36 4 20464363 20496345

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00001227 NA coding upstream 273367 20165005 ~ 20190996 (+)
AMCG00001226 NA coding upstream 312978 20131487 ~ 20151385 (+)
AMCG00001228 NA coding upstream 352778 20106055 ~ 20111585 (+)
AMCG00001219 NA coding upstream 1220852 19231063 ~ 19243511 (+)
AMCG00001220 NA coding upstream 1272266 19190051 ~ 19192097 (+)
AMCG00001230 NA coding downstream 106707 20603075 ~ 20608903 (+)
AMCG00001234 NA coding downstream 191122 20687490 ~ 20699600 (+)
AMCG00001237 ahr1b,LOC107600975,LOC107586968,LOC107751479,LOC107687868,LOC107653601 coding downstream 211919 20708287 ~ 20714482 (+)
AMCG00001235 NA coding downstream 253434 20749802 ~ 20778646 (+)
AMCG00001240 NA coding downstream 346750 20843118 ~ 20844227 (+)
G129719 NA non-coding upstream 158506 20305643 ~ 20305857 (+)
G129708 LOC107575789 non-coding upstream 369296 19995027 ~ 20095067 (+)
G129696 NA non-coding upstream 682501 19781647 ~ 19781862 (+)
G129695 NA non-coding upstream 682756 19781250 ~ 19781607 (+)
G129689 NA non-coding upstream 810854 19637602 ~ 19653509 (+)
G129756 NA non-coding downstream 100063 20596431 ~ 20596752 (+)
G129904 NA non-coding downstream 744969 21241337 ~ 21241568 (+)
G129961 NA non-coding downstream 912566 21408934 ~ 21409691 (+)
G129972 LOC106582529,LOC105005782 non-coding downstream 959651 21456019 ~ 21456860 (+)
G129984 NA non-coding downstream 1045095 21541463 ~ 21541672 (+)
AMCG00001223 s100b,LOC106574292 other upstream 972019 19478260 ~ 19492344 (+)
G129594 bzw1a,LOC108414345,LOC105905677,LOC103358003 other upstream 1322218 19043304 ~ 19142145 (+)
AMCG00001203 NA other upstream 1574639 18888284 ~ 18889724 (+)
G129442 NA other upstream 1906189 18555151 ~ 18558174 (+)
G129453 NA other upstream 1916448 18545893 ~ 18547915 (+)
AMCG00001236 LOC105905668,LOC108414761 other downstream 114904 20611272 ~ 20676857 (+)
AMCG00001241 NA other downstream 410003 20906371 ~ 20925240 (+)
G129843 LOC107575789 other downstream 445704 20942072 ~ 20942397 (+)
G129877 NA other downstream 580767 21077135 ~ 21078870 (+)
G129913 NA other downstream 775016 21271384 ~ 21276879 (+)

Expression


Co-expression Network