AMCG00001337 (sumo1)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00001337
gene name sumo1
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030137.1
NCBI id CM030137.1
chromosome length 27060302
location 25735555 ~ 25749501 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00001337
TTGCAGCTTTGAAGTGGCCAATTGaacctgcaggactgtggctctccgTCTCCAGGACCAGAAGTGACCATTATATATAATAGATGTACCTCTTTTATacccaattaaaaacattgttctTATTCTCCCAGGTTTTATCTGCAGACTGCAACAGAACAGACAGGTCTCAAGTGTCTGCAGGGTTGTTTTGCACTTCTGAGGTCCTCGAGGGCCACAGTGCGCTCCGTTTTCTCTCCAGCTGAGTTCTTAATTACCCATTTCATCTCATTATTGGTGTAATTAGGCTCATTGGAAAAATATGACTCCGTTCATAATGTGCTGCTGATTCAGACAGACATTTGAAACTGCTGTAGGGGCACAGATATAGCATTCCATATATACTTCATGGTCTTATGTGCAGTCTTCAGAGTGGTGTCGCATGGTGGATTGCAAATCTCCTGGTTGAGTCGACCCACTCAGGCATGTTGGCTCTGTACCAGGCCGTTGGTGAGAAATGGACCGCAGTCATGACCTGGAAGTGCCCCCGAGAGCTGCATGCTATAGTTTGTAACCTGGACAGAATCCTCCTAGGATACACCACCACACCCTCCATTCCctcctgttttgtattttaatatgagtTGATAAAACTCTCAATTCATTAACTATTCCACATCCTCTGAGGGCAGATGCTCATCATTTACATTAGTGTTCATTCAGAGATGCCCTGTTGTGAGGGAAGAGGCTTAACAACAGAGTTCGCTTGACCAAAATATGAAGCTAATGAAAACAGGTCACTAATTTGATTGGAAGAAATTATTGTGGCACAGCAGCACGCATTGCATAACTTGCATGTTACCTTTCTCAACTAGATTTCGGCAGCAGACTTGCTTTCAGAGAACatgcagatttaattattttccagataaatcagtatttatttgaattctgaaacaacttttcctttttctttcaggAACTGTCAAAAGCTGAGTCACAAAGAATGAGTAGAAAGAACCAGTGATTTCAATTGTTGgcgaaaatatacatttaaagcgATAACAGTTTGCTTACATACATTACTGAATTCATAAATTGTAAGATGTTAGTTGggaatactgtactgtatatgtagaTTAAATAGTGGTAGGAAAGTAGATCAAATTCCTGTTGTAAATTGCCTTAACATGTTCCAAAGATTAGTTAACTGCAGTTGAAAAGATGAACATTTGTAAATCTGgtacaaataaaatggagaGTTTTTACAGTGTCTCTTGCAACATTGCATGTAAATAGGAAATAGTAAAGCCAGGGGCTGTTAACAAGCTTGGGAATTGGGAGCAGACAGTATAGTGTCTGAGATTTCAAACTACCACTCCGGTCAGTCCTGCTCGCTTCCTTCTGTTCTATGCCTTTTGAAAATCAATCGGATTCAGCCAGTGGACAAAATACGTGCAGCATTTCCTGGATAAAACGGGAGCCATAAAAACAACTCCAACTGGTATACAGAAACCCTTTCCTAGTGGCCTGAGCATGGCTGTATCGTAGCGGAAGAATCTGTCCTGTCGTATCAGGTGGTGATAGAGGAGGCAAGGACAGGATGCAAATGACTGGGTGTGATGTGTTTTGAGTGTGCGGTTTgccagtattttgtattttttgtcacttgtttttgttacttCCCCAACACTTGCATTGCAAATAGGGATTTTCATAGATCTTTCCTGCagtagtgttttctttttcttttcccctgcTGGTTTGATTGATATACAGAACTATCCCTTAGGTAGGAGCTTCTGCCTACTGAGCTTGATAACAGGGTATATGGACATGGAGCAAATGAAAAGGGATTGacttattaatttacttattatttattcatttacccATACTGTACATTCAGGGTCTAGTAATATGCATCACCCTGCAATGAGCACAAACTCTGTGTAGTCCTGTGAATTGGTGAACATGCTCTTTGTCCAAGAATCATACCTTTAGGCCTAACTAGATGTTCGAGCCTCTGAATACAGCTAGTCTCTTTCATGCACTTACCCTAGAGGACAAGTAATTCAGCTGAATGGCCTCAATAAAGGAGAGTGTGTATTTGCAAGTTCTGCTGATCTTTCAAGAAAACCCAAAGCCTGTTTAAAGACCATCCAAGCACAGGGAACACTTGGCACATACTTCTCACTTGCGGACTTCAGAGTATGTGTTGGGCATTGCAGTCTACCCTTGTCTTAACAAGTTGCACTAACCCTTTTTCTCTATGAAGGATAAGTACTGCGGTTGCAGAACTGCCAACGAAGCTGCCGTTCAGTAAAGGTGAAGCTGGCACGAGAATAAAGTTAAACAGACTGGGACCTTCCGCTCAGTCCCCAATATATTGTGGTGTCCAAGGGCTCCATACATTTCAgggctttgttgttttgtactATCTGCAGTGATGGTCTTGCCTCTTTTaaagcactgtgtaatcttcAGTGTGGTGGGAATAGAGGTGCAAAAATGGCCATAAAAGACTAGTGGAAGTGGTGGGCTGCAGGTGccagtgttttttctgtgtaGGCATAGTGTCTATGGAAATGCTAAATCCTTTTTTACATGGGTAGAAAGTCTAGCCTCTGCCCTGTTTCTCATTCCATCCATCTGTTCTGAAAATAGTGACAGGTTTCTCTGATTCAGGCTATACTTTGGTTGCAGTTGCAGCGTTTCTCTCATCCAAAGCCGACATTTCTGAATTTAGTTGTAAGGATGAGGTGTCTGTCTCCAGAGGCTGACGAGGCATTTAGTTTGGTTCGGCCTGTACAAGTCTAACATTCAGATCATGTTCAAGTCAGGACTGGAATGTCTTTTGATCTGTTCAGCGGGTTTTGCCTCTGAACGTGTTCTCGGAAGCTGGGTGCTGGGAGTGACGGAGTCCCGCTGTGTGTGGCTTTAAAATCAAGGCATACGAGTTCTTCTGAAGGCATTTGGGGTGAGTTTATCCCTTTACACTAGAGGAATTACACAGAGGAATTTTGGAGCATAACTACAGTTGTAAAGGGGATTGAAGGTACTAATTCATGAACTCTGCATTCTCTTTGAGTGCAGATGATCGCTCAGGGTGGGTGCAGTTGCTTGCCCTGGGGCCCACAAATTGAGTAGCCCTGGCGTAgcgtttctgtgtctgtttctatgtctctctgtgtgtgtatatgtaaacaATCGTGTACatagacatacacacagattttttgttttctttgaataaTTTCtcaaatacatgtatatcaGTGCTAAGCTAAGCACATTGTATGTACCGAGAGAGAATGCATTCAGTAAGCTTTTTGTACGCTTTAGCCTAATTCAATAATGTTATGTAAGATTTACGCAGAAGCTGCATTCAATTGAGTGTTGAAATTCTTTTTATTCTAAACATTAGGAAAGCTAAAGCAATGAAGTGTCTGATTTGAATCCATTGACAAGTACCTTTGTGTGTCACCTGCAGGAGACCAAGCCTTCAAGTCAGGATTCGGGAGATAAGAAAGATGGAGAATACATCAAACTCAAGGTCATTGGCCAGGACAACAGTGAAATTCACTTCAAAGTGAAGATGACAACGCATCTAAAGAAGTTAAAGGAATCCTACTGTGTCAGACAGCTGGGCATGGAAGACGAGGATGTTATTGAAGTTTATCAGGAACAGACCGGAGGACTTTGGAATAATTAGACTTTCTATCTTTTTTgcttctattttgtttttgtttttttaattattatttttttgtgttcttgttaGTAAAATGGCCGATACCATGAAACTTAGATGATACTCACCAGGGCTCCCAGTAGCTATGAGACGGGCTGGACAGTGCGTTTTCGATCTGCCTCCTGCGGCTCTTCTCTCTGGACAGTACAGTGGTCGGAGAGATAGTGGGGGTGGAGATGGCTGCATGTCGTGATTGATGAAGGGGAAAGTGCGTTTAAGGACACGTATTTTTTACAGGCCCTTCAGTGTTTTCAAAAACTACAAGGTGTCGGGTGTGTTGCTAAGCACTTCTTTTACGATGCCTATTGCAGTTGAGCTTTGTGAGGCATTCCCCCATCTTTCACTCTCCTTAGAGCTTCTATTAATGCCTGGTTTTCCAGTTGTTGTAAAGAGCTAGCACTGTTGAAAGCCGTATCAGTGTAGGTTAGTAAACTTCTCTTCACACTGTGCATACTTTGACACATCACCCTGACTGAAATTCAGTTCCtaaagcatttttaatgttcccCTTTTAAACAGCACAATTCCAGGTATTCGACAACTTTAATTTAGGTGTggaattcattcattcattcattcatttattcattcattcagttttaCCTGTAGGTCTCATAACTTTTGTGAATACTATAGTATACATAATTGAAAGTGTGTTGGTATCTGAATATGGCAATTGTTGACTCATTTAGAAAACCCATAGGCTAGCATTGAGAAGACCAGAAAAGACAGTTTATTAAAACTCATCGCAGGAAATAGAAGTTTGCCAAGATGTTGCTAAAGTACTAGTTTGCTGTACTTGAAGAGCTGGCTTCCATAGTAACAGTGCAGATCTCAATTAGAGGCTTTTGTGCAATTTAAAAGggagcttttttttattttaaatttgtaaaaaaccaaaccaaatctTTATAATCACATATGTAAACATCCTGTTAAAATAGAATACCAAGAATCTGAAAGctttaacaaataaaacctaaaattaAGGTACATTTTATCCAATAgtgtaattacttattttttcctttggAAGATGTAGGTTATTTGAGTCAGGTTTGGTCAGTTCTTGAATTTTTTAAAGTCCAAACTTCTCTGTCTGCTCACGGAAAACCAGGCAAGCAGCGGTTAATGTTGCTGCATTGTTAGGCTTTGCGTAGCTAGATAGCAGTGCAACAGGTGTACGAGTAATAAATAATCGGACCGTCATGCAAGCAAAAGCTCACCCCGGTCCTGAGAAAACAGTGTTTTAACTGTTCAGTACCTGCTC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>TU163974
CCTGATTGCAATGAGGTCAGCgtctctgtgtttttgtgggGGTTTGTAGAAAAGCGGAGACAGCAGgaatacacaataatacaccATCGAAATCCCTGTTTTATCCGCTGCCAGGCCCACAGTATCGACCATGTCTGATACGGAGACCAAGCCTTCAAGTCAGGATTCGGGAGATAAGAAAGATGGAGAATACATCAAACTCAAGGTCATTGGCCAGGACAACAGTGAAATTCACTTCAAAGTGAAGATGACAACGCATCTAAAGAAGTTAAAGGAATCCTACTGTGTCAGACAGGGAGTCCCTATGAATTCTCTTAGGTTTCTCTTTGAAGGACAGAGAATTGCGGACAACCAAACTCCAAAAGAGCTGGGCATGGAAGACGAGGATGTTATTGAAGTTTATCAGGAACAGACCGGAGGACTTTGGAATAATTAGACTTTCTATCTTTTTTgcttctattttgtttttgtttttttaattattatttttttgtgttcttgttaGTAAAATGGCCGATACCATGAAACTTAGATGATACTCACCAGGGCTCCCAGTAGCTATGAGACGGGCTGGACAGTGCGTTTTCGATCTGCCTCCTGCGGCTCTTCTCTCTGGACAGTACAGTGGTCGGAGAGATAGTGGGGGTGGAGATGGCTGCATGTCGTGATTGATGAAGGGGAAAGTGCGTTTAAGGACACGTATTTTTTACAGGCCCTTCAGTGTTTTCAAAAACTACAAGGTGTCGGGTGTGTTGCTAAGCACTTCTTTTACGATGCCTATTGCAGTTGAGCTTTGTGAGGCATTCCCCCATCTTTCACTCTCCTTAGAGCTTCTATTAATGCCTGGTTTTCCAGTTGTTGTAAAGAGCTAGCACTGTTGAAAGCCGTATCAGTGTAGGTTAGTAAACTTCTCTTCACACTGTGCATACTTTGACACATCACCCTGACTGAAATTCAGTTCCtaaagcatttttaatgttcccCTTTTAAACAGCACAATTCCAGGTATTCGACAACTTTAATTTAGGTGTggaattcattcattcattcattcatttattcattcattcagttttaCCTGTAGGTCTCATAACTTTTGTGAATACTATAGTATACATAATTGAAAGTGTGTTGGTATCTGAATATGGCAATTGTTGACTCATTTAGAAAACCCATAGGCTAGCATTGAGAAGACCAGAAAAGACAGTTTATTAAAACTCATCGCAGGAAATAGAAGTTTGCCAAGATGTTGCTAAAGTACTAGTTTGCTGTACTTGAAGAGCTGGCTTCCATAGTAACAGTGCAGATCTCAATTAGAGGCTTTTGTGCAATTTAAAAGggagcttttttttattttaaatttgtaaaaaaccaaaccaaatctTTATAATCACATATGTAAACATCCTGTTAAAATAGAATACCAAGAATCTGAAAGctttaacaaataaaacctaaaattaAGGTACATTTTATCCAATAgtgtaattacttattttttcctttggAAGATGTAGGTTATTTGAGTCAGGTTTGGTCAGTTCTTGAATTTTTTAAAGTCCAAACTTCTCTGTCTGCTCACGGAAAACCAGGCAAGCAGCGGTTAATGTTGCTGCATTGTTAGGCTTTGCGTAGCTAGATAGCAGTGCAACAGGTGTACGAGTAATAAATAATCGGACCGTCATGCAAGCAAAAGCTCACCCCGGTCCTGAGAAAACAGTGTTTTAACTGTTCAGTACCTGCTCAGAATGAAAGATTTCAAGAACTGCAGCAGCACTGCTATTGATGTATTTTAGAGAAGCCCGTTTTCGATTGTGAAATTTGTAGAATTCAGAGAGAATCGTGTCTGTTGTATTGAAGAAGAccagtgttgcagtgtgtgtttgttgagtGTAGTGTAGTTTCTTTAACTCACGAAGGTAGTTTGCTCATGTGGCCCAAAAACGCCTTGAAAATGTGCTCACAGGAAAAACTGATTTTGAGCCACAGATTTAGGGTCTGGTCCATGCTGGATGTTCTGAGTAATTGGGTGCCTCGGTATAAGGACATCTGCAGACAGTCTCATCCATTGCTTTGTATATAAACTGCAGCAAAACTGTCATGAATCACTCATTGTGCCCATAGATAGTTTCATAGTAGCACCTTGATGGATGCTAGTGGTGTGAAGACCTTAGTCACCTGTAGGCAAGGAGCCCTATTTTTTGAGCCCATGAGGACCATGGATTTGGTCTTTCTGCACAGAGGAGGCTGTAGACTGTTGCCAAAGCATCCATTTCATGGGAATGATAAAAAACTGGATTTAATGGAATATATCTCCCCATAAATTGTTTAGAGTTTTTCATAGAAACAAGTCTGTTTCAGTTAACTGCATTATTAGTTTAAAGGAATCTGCTGTAAGACTGGATTGTTGCTAATGAATTAAAAAGGTAATTGAGATCAGTTAACATGGATTTGGGGGCTACCCACACAAAAAATACCCCTTTTCTTAGAGTGTTCAGTGTTTCAAATTCATAATAGCTTTATTTCACAAGGTAATGTTAAGCTGTTTCTGGACAGCTGGGGTGGCATTGCAGGTGGGTGCCACGTGAGGCCAGGGCCCATCTGCTCCTTACAAGCGTCACCCACCGGACTTAGCGCAGTGATTTGTGGGCGTTGTTTGCTTCCAATGTGAAATGTAGAGCAATCAGATTTGCGGGGGTGTTTGAACCCACATTAGGAGGCAGGTTCTCCTTTATGGACTGATCGCTTTAGAGAATACAGAGGGGTGATGCGGAGTGCAAATTCAGCCAAGTCCCACGTGTGAAATGTGAATAACACCGGATGTGGTTCCTGAGTAGTGTTTGCTTTCTCGACTATAATGCACAACAGCACAGGAATGCTCTCCTGAGTACGTGATGCTGATAACAGTTTGCTTTCATTTCCAGTACTAGGAAATCTGGGGGTCACCTCTAAAGTGCTTTTCGAGCAGCATCAGGTCGGCCtactttatgtatttctttgtcCCATTGTCACATCACTGAACTTGATGGAGCGCAGCGTAGGTCCTGGAAAGCAGCTGACTCTACATGTGAGTGCATTTTTATCCCCCCAAGTCATTAAACACGGGGTTGTCTGGATTCCTTCGAAGCTTGTAGGATCAGATTGTTGGAGCCGGTCCAATTTTGCTAGATTTTTGAATAGAGTGAACCTAAAACATAGTCCTATTAAATGCATGTAGTGCTTAACTAACACATCTAGATGCCCACTGTCATGGTTCAAGAGCACTGAGGCCACTGGTAGCCATCAGGGAAGTGGCATGAGCCCACGTTGTTCTGCAATGTCCGTTCGTACTGGCCCACATCTGCCTGTCATCAACGTCTCTTGAGATTTGCAAAGCATTTTGTCATTTGAAGATCTGAATATTGCTTTATCTGTGCACTGCAATTAAGAACAGGACACTTTTTCTccaaaatgaatgcatacagCTCAGAGCAGCCCCAAGACTACAGTGCTCTGGTTTCAGCAAGTTGGAATGAAAGCACACAGACGTCATTGTTAAAATTTCAACCAGGCTCTCCCTGCATCTCAAAGGCTTTTAAATGGTATTTGACGAAAGACGTTTGTATAGACAATAAGCAAGTCATTGTACAGCAGTTGTTTAGTAGAATTAGACAGCCATGGCTCTAAAGATGCAGAATGTACTGAAAGTGAAATCTAAATGATTGATTaccaatttataatttaattgaaaatgtgattGGACAACTTgtgtattctatatatatatatatatatatataaatacacattacattgtttttgtaatttcatttaGCCTGGCACATAACCCTGACAGTATGTTTCACAATAGAAGAGATCTTGCACAATTTTAAATAGCTGTcccttttattatatattttaatactcgTATTTGCTCTTATTATTTTTGACTTGTTGCCCAATCTCTGTGTTGTGCaagctgtgttttatgttgCCAAAgctaattgaaaatgttttttttgtttttgttaagctATGGGAGCtcctgttttgtattaattattgcaGATCTTAAATTTCAACCTTGAGCAATCAATCACTTTGGATGGTTTCAGCCTGTAAgatccccccctttttttttctttttttttttttaaataaaatcggTTACAAAAGACCTTTCATAATCTCTCTAGTTATTTTTGGTTAATTTTGATGTTGAAATGTTAAGGAGAAATACCAAGACTATTAATGGTTCACTTCGGGTGCATCGTTACATGGGTTTAATACTATATCAGTTTAGATCTGGATTTAACTGATTGGTCGGTCCTAATGAAGGGGAATTGACAGAGTGTAgtctgatcttttttttttttttttttttttttccaagacggatttttatttataaatcgGTAATCAAAACATGCTCATTTTAGGAGATGCCATGTTATTGGACAGAGTGGtgtttgaaaaagaaagcaagcatgtatggaatttatttaatt

Function

symbol description
sumo1 Predicted to enable protein tag and ubiquitin-like protein ligase binding activity. Acts upstream of or within chordate embryonic development and definitive hemopoiesis. Predicted to be located in nuclear stress granule. Predicted to be active in nucleus. Predicted to colocalize with PML body. Is expressed in brain; cranial neural crest cell; digestive system; eye; and pectoral fin bud. Human ortholog(s) of this gene implicated in orofacial cleft 10. Orthologous to human SUMO1 (small ubiquitin like modifier 1).

GO: NA

KEGG:

id description
K12160 SUMO, SMT3; small ubiquitin-related modifier

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00001337 True 7621 mRNA 0.40 3 25739124 25749380
TU163974 False 4487 lncRNA 0.39 5 25735555 25749501

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00001338 NA coding upstream 9876 25718904 ~ 25725679 (+)
AMCG00001333 NA coding upstream 61788 25663865 ~ 25673767 (+)
AMCG00001335 NA coding upstream 99216 25630047 ~ 25636339 (+)
AMCG00001334 NA coding upstream 154179 25552444 ~ 25581376 (+)
AMCG00001332 NA coding upstream 370259 25363893 ~ 25365296 (+)
AMCG00001348 als2,LOC106574246 coding downstream 272480 26021981 ~ 26069510 (+)
AMCG00001350 NA coding downstream 326069 26075570 ~ 26097013 (+)
AMCG00001349 NA coding downstream 350777 26100278 ~ 26117478 (+)
AMCG00001351 NA coding downstream 373342 26122843 ~ 26140826 (+)
AMCG00001352 NA coding downstream 438388 26187889 ~ 26189870 (+)
G130839 nol5,nop58,LOC106575044,LOC106594422 non-coding upstream 5718 25727853 ~ 25729837 (+)
G130817 NA non-coding upstream 60073 25675217 ~ 25675482 (+)
G130792 NA non-coding upstream 101979 25633234 ~ 25633576 (+)
G130789 NA non-coding upstream 152949 25582342 ~ 25582606 (+)
G130773 NA non-coding upstream 284697 25450516 ~ 25450858 (+)
G130884 NA non-coding downstream 311647 26061148 ~ 26062693 (+)
G130948 NA non-coding downstream 547206 26296707 ~ 26335290 (+)
G131017 NA non-coding downstream 1021379 26770880 ~ 26771161 (+)
G131021 NA non-coding downstream 1043770 26793271 ~ 26793553 (+)
G131072 NA non-coding downstream 1229274 26978775 ~ 26980289 (+)
AMCG00001331 NA other upstream 285245 25423687 ~ 25450310 (+)
AMCG00001315 NA other upstream 1129083 24584179 ~ 24606472 (+)
G130616 si:ch211-114n24.6,LOC107581306,LOC108436424,LOC101061790,LOC103034569 other upstream 1281170 24433793 ~ 24454385 (+)
AMCG00001312 tuba4a,tuba8l4,tba1a,si:ch211-114n24.6,LOC108251627,LOC107714908 other upstream 1289322 24424565 ~ 24446233 (+)
AMCG00001292 ndufs1,LOC107555450,LOC107748553 other upstream 2050434 23565151 ~ 23685121 (+)
AMCG00001361 NA other downstream 1107098 26856599 ~ 26880797 (+)
AMCG00001365 NA other downstream 1154862 26904363 ~ 26954597 (+)

Expression


Co-expression Network