AMCG00014350


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00014350
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030128.1
NCBI id CM030128.1
chromosome length 42883965
location 10352845 ~ 10380421 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00014350
ccacttCCAGCCCCCCGCCGcctccaggagagagagtggCCGAGGCTCTGACTTCAGACAGGCGGGGAGGCGCTGAGGGGCTTCCAGAGGCACCGTCCCCATCACATCAGACACTCAGTCCGCTGCGGTTACAGTCAAGGGCAGCATCCCCACATCATAGGATGCTGATTCCTACAAACAAAGCCGAAACTTAACCAGAAACAGAGTAAACGGCACTGCGCGGCACAGTGAAGCTGCTCAACTGAAAGTGTGTTAAGTTGACTGGAGCACGGTGCCAATATTAAACTGGGCAAACAACTTTATTCGGGgttgaaaataaaagtgatcTAAACAAGTGATCGTGATAACGTGTAGGCAGTGAAGTTGAGGGCAGATTAGGTCCGACACTCACGATGGATTTACGCAAGGTGGATAATGCATCTGCCGCTGTTCTGGAATGCATCAGGTTCCAGAGCAACATGTCCAACTACAGCAACTTCACCCTGGAGGGGAGCAATGTCACCTGTGGAAACAGCTCCTCCGTCCCGAAACAGGTACCGCAGCGGCCAAAAGATTTGGACTACTCTGTGAGAATTCTGCTCTACTCAGTGATTTTCCTGCTCAGCGTCTTTGGCAACATGCtgataataattgtattgattgtgaACAAGCGTATGCGGACAGTTACCAACTCCTTCCTGCTGTCCTTGGCAGTCAGTGACCTGATGGTGGCCCTGTTCTGCATGCCTTTCACCCTCATTCCTAACCTATTGGAAGACTTCATCTTCGGAGCGGCGATGTGCAAAATAGCTTCCTACTTCATGGGAATCTCTGTCAGTGTTTCCACATTTAGCCTGGTGGCCATAGCAATAGAGCGGTACAGTGCCATCTGTAACCCTCTCAAATCCAGGGCTTGGCAGACCCGCTCTCACGCCTACCGTGTAATCGCGgccacttggatcctttccctCATTATCATGATCCCATATGCAGCCTTCAGCATCCTTAAGGAGTACCCCAAGGCAGACAAATCCATCGCACACACCTGTCGCCTCCTATGGCCCAAAGATGAGGTGCAGCAGACTTGGTACATCTTGTTGCTGtttattctcttttttattCCTGGGATTGTCATGATTATCGCCTATGGACTAATCTCCAGGGAACTCTACCGTGGAATACAGTTTGAACTTGaccagaaaaagaaagcaagcgGCCTCAAGAATGGTCTAAATGGCCTAGGAAGTGCATCTGGAAGTTGTGATGAAGGGGACGGCTGCTATATCCAGGTGACAAAACGTCCCAATGCAATGGAGATGTCCACTCTGACACCATGTGGAGGAGCAAAGCTGGATCGCCCACGTAGCAACACCTCGGAGGCCAAGCTAATGGCAAAGAAGCGTGTAATCCGCATGCTGATCGTAATCGTGGCCATGTTCTTCATCTGCTGGATGCCTCTCTACTCTGTCAACACCTGGAAGGCCTTTGACAGTGTATCTGCCAGTAAGGCACTGTCAGGAGCCCCCATCTCTTTCATTCACCTGTTGACGTACACCTCATCATGCATCAACCCCATTATCTACTGCTTCATGAACAAGCGTTTCCGCAAAGCCTTTCTGGCCACTTTCGCTTGCTGCTGGAAGCCCTGCCGCCGTCTCCGTGAGACCGAGGATGACATCGTAGCCACTGGAGCATCACTGTCCAAATTCAGCTACACCACTGTCAGCACACTGGGACCCTCCTaatctgaaagagagagagagtgtagcTTGTCACGCCAAGATGGAGCCAATCCGTATGCCAATCCTATTTATTGGAtttgtcttgtcttgttttGATATCATCCTTAAcatgttgttttggtttgtttgtttatgtgtgtgtatttgtttgtgatttCGGCGTATGGTTTTGTGACTTGTTTTGTGGATTGGCATAAGGAAACATGGCTTGTCTGTCAGAATTTGAATTTTAGTAGAACATCTGTACTTTAACGTTCCTTTTAATAGACAAAGTTCACTTATAGCGGTAGTATCTGTCTTCATATCTGGTACTGGCAGAATAAGTACAATTTCAGATTCAAGGGAAAAGTGAAGGAGAGGGAATTTGAACATTCCAGACTAATAAAAAGATTGTTATCATTACTGATAGGCTAAAGTTACAGCTAGTTTAGTGTTAGTGTTACAATTTTAGCTTTGATGCCTGAAGGTGGTGGAGCTAATTCCTGTTTGCAGGAAATACCCATATTATATGTAATCACTGGCAGTGAATGAATTTACATAAGTTTTAGTTGTGTACAGTTCtctattttgattgttttttctttctttcttctcatGTCATCCTCTCTCAAACAGATGCTGCCAGTGCAACACATGCTgtcattttgttgtatttctttagTTCTGGCTACAAATGGTACAAATTAATTGTGTTCTCAATGTTACCCTTCATGCTTGATTTTCATTACATCCCTGAATGTCATTCTTGGACAAATTTAGCTAAATTTATGTATGGTATGCTAAACCTCAGGTATACAATGCTATCTGTATGAAGTACCAGACTTAGAGATTCTTTAGCGTTTCTCTAGATTTGCTGTTGCTTGATAGAATTGCAATCCAGAGTCACAGAAAGGGGCCATTCCttcatcatttataaatatctgtgtttaaaatgtgtttaaaaatagaacACAATTACTTCCATTGTTTCAACTATTGTTTGGCATGACACCATAtgttaaatggaaatattacCTATTATAACATACTATACTGACATCCATATCCATATAAACAAAGCAAGAACATGTACAATAAATTGCCTTAACTTGTAAAACTCAAAGAGCATTCCAATGATAACCAAAGGCTGCAGATGTAGGCCAGTGTTTGACGAGTACTCCTCAGATCTATATCTCAGAGATAAAGGATCATCAGGACATGTTTTGAGTTTTATGGTGTAAAACAAGATCCACTGCCCCCTCTTTGTTCAGTATTGTGTACAGtttgtctgaaaatgttttcattagttttcattttattcttttCGTTTTTTGTTCTCCATTAATTTGCAGGTATTGAAATACAACATTatgatatatgaatataaatgtatgacGAATAACTACACTGAATTGTAACCAATCACAAAACAAGCTTTTCAGAAAATCTCTTAATGGCAGATTATTTACAGTAGGGTGCAAAGAAGAACTGGAGAATCTAGTATTGACCTGATAAATGCACAGTCCTGTTACTGTACAGCTACAGCCTGACTTGTGCAGAGTATCTGCTTGTAACACTGGGTTGAAATGTAATGCAAGTGGTTGGTGTTAATTTatagaaccaaggataactctCAGTGAAGCATTAgcacattgtgtgtgttatttaagGAAAGCCACATATCTGAGACCTTGTTGATTGAGGCAATGGCTGTGACGAATTGCTTTGGCTAGAGAGCGAAACAGATTGAATAACTTGGCAacttattttgatttgtttccacAGGTGTTAAAAGTATCtggtcagaaaaaaaacagcagaaaagcTTTGCACTAAACTATAAAttcttattgtattatttattatgtttcagtattttatagtttatgaaatagattaaaaaaaaaaaaaacatgtttatacttCTTCagtgctgaaataaataaaataccagaCATATCCTCTTTTGGGGAGATCAGGTTTCACTTCCTTTACCTTGACCTTCACCTTTCTATTATAGAAAAAATGCAATGGAAGGGATAATAAAGTATATTGGTCTACAGGCTTATTCATTCCAGACATGTTGTTGAGGATGGTCCTAGATTTCAAATGAATATGTTGACCAACAGTCATCAAGAGATGAAAAGATTAAGGATAAATAGATTAATGCACTAATGCACGTCATCCTGTGGCACACCTGTGCTCTCATAATCCCACCCTTAGGTGCCAGTTTAGCTATGTTTAAAAAGGCTTTTAATTAATGTAGCAGCAGTTGTTATGGCATGGATAAGCTGTTGCTGACAAATGAGTAACAGGTAAAAGGCACAATAAAGGCACATGCTcaaccaaaaaaggaaaaattgaaCAGAAAGCTTAGTGTACCGATTTCTGCAGTGTATAAGGAAATGTTGCAAGAAGATATTACTTTGAAAAGGATGCAAAAAGTCTGCAATTGATTTACCAATGGTACTaagttaatgttttgttttttactttacaaaagTGCCTTGTTCACCACGTcactacaaaataataattaaaaagcggTAAGTCAAGAATTTCAATAACACCAATGATTTAAATGAGGtaaagttttaatatatttttcccatctatctctAGTCTATTGGTCTCATGTGCAGACTGTCTGGGGCAAAACTCCAGAACAATACTGAACAGATATTACTTTTCCCCTCTTGACACTTaccatgtttatgtatttatgtatttatttcaacttaAGGGACACTTATGTCAAGTATAGAAGTGGTTCTCCAACATGAATGTGATATTTCTTGCATTGCTCTTTAACAAAGTATTTTGATTTCACTGTTCACAAAGTAACATATCAATCATATTTATTGAACGAAATATATGTTGCACATTCCATTGTTCCCAGTTGTCattggatatttaaaataagctgcattatacatttttctcctGTGAAGATTATTTGTTTGTACTTTACTGAAATAAATTGTTAAAGCCGGAGGCTCTTTATAAATTACACTGAATGAagggatatatttatatatggatGAAGAGCACACAACCTAGAACAGTCACCTCACTATGTACTGAGGTGCACTCATTcttgtgtattattttctgtaatggaTGTTTTTCACTTAATATTAGCCTAATCCTGTGCCTATTTTGATCATTGTCTTTAATGTGCTTGGCAGCAGTGGCATAactagagagagaaagggggtgaAGCAATTGCCCCTATGTAAAAAGCTTTTGCACCCTTCCAACAACCACAAATAGACCCTAATTTCTGCAACATCACTGCTA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Function

GO:

id name namespace
GO:0007186 G protein-coupled receptor signaling pathway biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0015054 gastrin receptor activity molecular_function

KEGG:

id description
K04194 CCKAR; cholecystokinin A receptor

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00014350 True 7597 mRNA 0.37 5 10352845 10380421

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00014351 LOC107688773,LOC102224404,LOC106959393,LOC103459619,LOC108266990,LOC107099852 coding upstream 34843 10308422 ~ 10318002 (+)
AMCG00014352 NA coding upstream 110584 10229000 ~ 10242261 (+)
AMCG00014344 NA coding upstream 190680 10156465 ~ 10162165 (+)
AMCG00014342 nck2b coding upstream 207143 10125154 ~ 10145702 (+)
AMCG00014343 NA coding upstream 281244 10015503 ~ 10071601 (+)
AMCG00014357 NA coding downstream 284972 10665393 ~ 10671738 (+)
AMCG00014356 NA coding downstream 340663 10721084 ~ 10754147 (+)
AMCG00014355 NA coding downstream 386215 10766636 ~ 10801310 (+)
AMCG00014362 NA coding downstream 681174 11061595 ~ 11086602 (+)
AMCG00014363 LOC106582132 coding downstream 717146 11097567 ~ 11105850 (+)
G69457 NA non-coding upstream 128810 10223671 ~ 10224035 (+)
G69431 NA non-coding upstream 297112 10055377 ~ 10055733 (+)
G69428 NA non-coding upstream 298134 10054491 ~ 10054711 (+)
G69400 NA non-coding upstream 324494 9974424 ~ 10028351 (+)
G69384 NA non-coding upstream 442797 9901450 ~ 9910048 (+)
G69499 NA non-coding downstream 112726 10493147 ~ 10493396 (+)
G69540 NA non-coding downstream 456783 10837204 ~ 10838230 (+)
G69556 NA non-coding downstream 578905 10959326 ~ 10961929 (+)
G69610 NA non-coding downstream 840649 11221070 ~ 11221274 (+)
G69681 NA non-coding downstream 1260662 11641083 ~ 11641452 (+)
AMCG00014345 NA other upstream 200932 10147979 ~ 10151913 (+)
G69406 tgfbrap1,LOC102780916 other upstream 344197 10003058 ~ 10008648 (+)
AMCG00014272 tbc1d23 other upstream 2870285 7464503 ~ 7482560 (+)
G68848 NA other upstream 2936251 7413640 ~ 7416594 (+)
G68830 NA other upstream 3003378 7346195 ~ 7349467 (+)
AMCG00014407 LOC107725344 other downstream 2865888 13246309 ~ 13251732 (+)
AMCG00014423 pou2f1b,LOC107748141 other downstream 3274817 13655238 ~ 13689188 (+)
AMCG00014456 NA other downstream 3809143 14189564 ~ 14205014 (+)
AMCG00014461 NA other downstream 3922026 14302447 ~ 14356868 (+)
AMCG00014470 NA other downstream 4841493 15221914 ~ 15242333 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_037608 CCKBR coding NC_007120.7 CM002893.2 5776359 ~ 5805229 (-)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000037_02755842_02769590 NA coding CI01000037 null 2755842 ~ 2771166 (+)