AMCG00018635


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00018635
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030135.1
NCBI id CM030135.1
chromosome length 28454832
location 16256197 ~ 16278801 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00018635
ATGGGACTTATTTTGGCTGCCAATAGAGATGAGTTGTACAACAGGCCATCGAAGCTCGTGGATTTCTGGGGAAGCGGCAATGAGGTGCTCAGTGGGCTAGACTTGGAGgaagggaaggaaggagggTCATGGCTTGGGATCAGTAAAAGGGGGAGACTGGCAGCTCTGACAAATTACATGGATGCCAGGCAAAACCCTGATGCCCAGGGCCGAGggtTCTTGGTATCAAACTTCTTGACTGATAGCCTGGACAGCTATTCCTATCTGAAGAAAGTGTCTTCTCAAGGGCATCTGTACAATGGCTTTAATTTGCTAGCTGCGGAGTTCAAGGCAAAAGAAGACACAGTTTGTTACTATGGAAACAAAGGAAACCCTGAACCCATCTTTTTAAAaccagGGATTTATGGGCTCAGTAACTCCCTCCTGGAGACACCATGGAGGAAGCTGCAGCACGGGAAACGCCTTTTTACTGATGTTATCAACCAGAACCTCCCCTCGGACAGCCTGGTCCAGGAGCTGCTGCACATCCTCAACAACGAAGAACTGCAAACCCCAGACCCAGCAATGGAGAGTCAGGGGGAGGGATACAGCCAGTCCATGCTCCTCGCTTTGGCTGCGGTTTGCGTGCGGACACCAGGTTACGGCACAAGGACCAATACCGTTATCCTCATCGATAGAGACGGGAACGTCAGTTTTACAGAACGCACCATGCTCAACTCGGACATCAACCAATGGAAAACgagttgttttaatttcaagctCCTGGAGTAAGGACAGCTGCAGGGGATGGTGGAGTGTTTGAAGAATATATACTTAGTGCCTTTCTGGGCAGTAATACACAGCGCTCAGACATGTGCAGACTTGCATATATCTGTTAACATCTTTGTGTTTAATCCAGTTACCTACCAGTATATTAagggtgtttgtttattatttcttttgatttataagATTTGAAATGTAGATTAAGGGGGATGCTGTAGCACAGGAACGTTTTTACCATATTCCGTGCATTCCAGTCTGTTCAGTTTAGCCAAACATGTAGCTGAACGTTGTGCTGAGCACCAGTAATACTAGCAGTGAGTGTCTGTCTTCTCTGAGCTTTAGACCAGTAAGCATAGAGCTACTTCATTAATTAAGACAGACATGTCAGGGTCCCAGGCTCTTGGTAACGTCATGTTATGTCTTGTCAAAGCTCAAgaagtgaaaacaacaacaacaacctagGTAATATTTAGCAATCAATGTATGTTTCCATAAAGGaagcagaagagaaaaaaatggttCAGTCAGGCCTGTGAAACGGGTGTAGGCCTCTCTGTTTTATGATCCCCTTGTTTGTTTATCCTTCAGCTCTTCAGGAGACAAGTGGTCTGTTTGTGTAGCATTCATATCGTTCCCGAAATCATGGACCTTTCTTAATGGggcactgcatttgtttttcatcttacCCCTCTGACAGAAGGTTAGACCgagcaaaaataaatcctaGAGCTCAGTATCTCTCTCATGGTTCAGAGTGAGTCAGTGTCACTAAGGAGGCGAGCCGCCACTGGTGCCCAGGGCATCGGAATGtggcaaagagagagagaaagtgttttattgttattattatttatgattttggATGGTCTGAGCTTCCCCTGTGAAGATCTGAATACACACTtgtttaactttattaaaactgaaatgttgtCTTCACTCTCCAGAGCCAAGGCATATAGTATAGGAGATGAGTGTGTGATTGCCTTGGCGCAGGGCCTGAGggtttgatttataatttataccTGGAGTCTGCAGTACCCTGCTTCCATGTGTGCTGAGGGACAGGCTGTTCAGTAGTAATTACCTGCCTCTTTCATTTCCCTTTTTCTCATAAAGCCAGCTCAGACACCTGGGCCAGCTCTCGGCTCTCACCGGGACACTTTTTCCATATATTCCATATCCCAAAAACTACACTTAAGGGGGTGCTGATGAAGTGTGAGCCTCAGTCATGACTCCTATAGTCCAGGCAGCAGCACAGTGAGGAAGCTTTGGGGGGCCATTCTTGTGCCACTAGCCAGGGTGGGCTCTTGGGCCTGTGCTTTGTCAGGAGCCCAGTCCTCTGCGGTGctcttgttttcatgttttacattggtttaatttgaactCGGCCCTGGTCATTGAAATTATAATTGTCATTCATGTCATTCTAGTCAACCTCCAACCTCAAGTCAAGCAGcagtattaaatatttcatgCTCAATGTTCAACCTTGCCCACTGGCAGCGGTTATTATTTTCAGGTGTCACCGCCGCTAGAATAATTAATCATTGTGGATGTTCTGTGTCAATTTTTAACTCCCCAAATGCAGAAGTTAATTACAAGACTCCCCTCAGCCGTTTAGATATGCATCTCTAGTATCAAgagtctcttttctttttcttttctccccccaGTGTAACAAAAACATCCCTGTGTGGCTGAAGCCAGCATTTTATATTGCCTGGGCTGAGATTACCAGAGGACTCCCCGAGTCCCGCTTAACTGCCTCAGAGATGCAGATAACGTTGTCACTGTGGTCTGGTACCTTCCTCCCATATCCCAGTAATTAATGTGATGTGCTATTTGTAGATTACTCATCTGTCACCTGAAGTGGAACTCAAACTATATATTGCCTCATTAATACCAGGCatcagtttataaataaataaattacatcgTATTAACCTGTACTAGCTTAACTTTGCTCACCTCACCCACTAaccacaaaattaatgtttttaatatgcttttgatttatatctttaaattaatggcAGTGCCCTGAAATTACATTAGCAGTAATTGCTCCTCTGAAGCTCAATGTAAATCACACCGCAGTTTTGTGAATACTGAGAGAGCTGAACAGAATAGCAGAGCTATTCATATCTGGACCCATTCAGACCTTGCATTACAAGCCACGTTATTACAGGGGGGAAAAGTCTAACGTCACTCTGTGTAAGTTCTCTTTTAAGTAACACATATTTGTGATTCagcattgataaatataaatagccTATAATATATATTCGGGTCATTACAGACTTTGCTTGATCATTTGTATGGAGGCACTGTAAATAACAGCATTTGTTCTTGATATTTGTACTCAGAGTAAGGTGGTGGAGACTTCCCTGTACCCCACTTAGAAGACTTATGTTTTTCTCTGATGATTTAAGCTTCAAGTATCCACGTAGCTCACAGATATAATgcaagtttttttccccccatgttTGGCCATTAGGGAACAGTGATATTTTAATCAGGCTTCTTTTgcgtttcttaaaaaaaagctttgtactTGACTCTTTCTAGTTAGCATTTGctaatgagaaactgaaacaAGTCATTTTCCATTagcaaaataaacagtacagaTGAGGTGTTTATTAGTAACAAAGGCTTTTGCAGCCAGCCTTCCATGCATTGGTAATTtgcactgaaactgaaaatgtactgGTCTTGCACATGAGGTGGCATCACATACCAAGGATCAGCGTTTCAGGTTGAAATAAAACCAGTACAGTTTCTATTGAGTTCCTGTCTGTGCATGCTACCTATTCTCTGTTATTCTTTTCACCTGTCAGCATGCAATTTCAGGTTTTGTTGCACACCATGGGCAGCCGTGGGTTGCGTCTGCTTGCAAACGTGGCAACTTTAAAGATTGGTTTAAAAACCTGTATTGAAGTGCAACGGCTTGGAACCAAATTGGGTGCTAATTAAGTAATAAGGACACCAACAGAGGTTAAAAGATAATGTTCCCCCTTATATGGAGTCTGAACCCATGCAGTGATAACATCACAGGGGGTGCTGGAGAGTGAATGCTTGAAGATTGCCATATTCTCCATGAgtcagcatgtgtgtgtttactatGACTTTGTTATATTTAAGCCATATTTCTTCTGTATGAACTCTTAAGGACTTTAACTCAGCGTATGGTATTAAACTTTAGAATACTGGATAACTCCCACAGCTAACACTGtaatgagtgagagagagactgagacagTGGGGTGGTATGAGTCTGTCTTATGGTTATGCAGGGTACTGTTTAAGCAAGTTCCTTTTGCTGCTTCAACCTAAACTTAATGCACtgaattaacttatttattcagtttgGTTAGAACAAATGTCATGCTCCATGTTgcttagatttgtatttattatttaaaaatggcttcatatttaaatctgaaaaaacaaacaaaaaaaaaaacatgggaaaTAAGTATTAGACATCTTCCAGGTGTCtacttcttttctttctgagaGTTAGAATCATATTCTATTTACACTTATTAATGCTTATATAGGAATGGTTTAAGAGATGAGTATATTTTGTTAGAGGATTTGAGGTTGTGGGAGTGTGGGTGATAGCAGGGGAGCTTGTGTGCAAAATGTAGAAGGAAGATGTTAAAAGTTTTAGGGCCGAAACAATTAGCCATTAGTTGATATTGTAGAGTATTATGATACTTCCCCCTAGTGCTAGTATGGTgtaatgtttctctttttctttttgctcacAATGTGAACTCCCTTGTGCTTGATTTGAAATTATTACTTGTATTAAAACCCCTGTTCCTAAATTGCTCCAAGTGCATTTAAGACTTTGGACAAGATTTTGAtatttttcaggatttttttttatagctccAGGCTCAGTAAAAGTGATATCACAAAACACTTGGTGTAACTTCTTTTCTCTGTCCTTTttgatgaaaaatgtattgaaaatgtctATTTGTAATGAAAGCCCTAAGTTTAAACAGtagatgtacattttgtttttggtgagGCCTGTAGGAGTGATTTGCTTGAGGCAATTCAGATAAATTGCTTAACAAATTCTCTTTGAATGTGGGATGTAATgataaatgtttgttattatatttaggCATATTTTGTGATACTCAGcatctaattaaaataactgaggATAACCAAAACTTAaagaaaatcattattttagatATTCCTAAACA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00018635 True 5307 mRNA 0.40 8 16256197 16278801

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00018630 tbx1,LOC102781442 coding upstream 231099 16012287 ~ 16025098 (+)
AMCG00018625 NA coding upstream 465300 15785893 ~ 15790897 (+)
AMCG00018623 NA coding upstream 478894 15772309 ~ 15777303 (+)
AMCG00018624 NA coding upstream 564456 15682455 ~ 15691741 (+)
AMCG00018620 NA coding upstream 586528 15668815 ~ 15669669 (+)
AMCG00018637 NA coding downstream 2032 16280833 ~ 16286663 (+)
AMCG00018638 ranbp1,LOC106580467,LOC107684983 coding downstream 17237 16296038 ~ 16298711 (+)
AMCG00018636 pgam5,LOC107089933 coding downstream 95095 16373896 ~ 16378701 (+)
AMCG00018641 NA coding downstream 140238 16419039 ~ 16434303 (+)
AMCG00018648 NA coding downstream 792553 17071354 ~ 17090022 (+)
G117660 NA non-coding upstream 134752 16083353 ~ 16121445 (+)
G117573 NA non-coding upstream 557332 15695426 ~ 15698865 (+)
G117574 NA non-coding upstream 560944 15693213 ~ 15695253 (+)
G117557 NA non-coding upstream 628478 15627339 ~ 15627719 (+)
G117521 NA non-coding upstream 726856 15492246 ~ 15529341 (+)
G117768 NA non-coding downstream 470068 16748869 ~ 16749971 (+)
G117783 NA non-coding downstream 730097 17008898 ~ 17009246 (+)
G117801 NA non-coding downstream 874981 17153782 ~ 17155824 (+)
G117804 NA non-coding downstream 881961 17160762 ~ 17161040 (+)
G117805 NA non-coding downstream 882713 17161514 ~ 17161723 (+)
AMCG00018602 LOC102789415 other upstream 1274492 14954564 ~ 14981705 (+)
G117383 NA other upstream 1468064 14786623 ~ 14788133 (+)
G117379 rplp0,LOC107701857,LOC107654305,LOC107591459 other upstream 1479087 14774115 ~ 14777110 (+)
AMCG00018567 NA other upstream 1843918 14408958 ~ 14412279 (+)
G117178 NA other upstream 1908456 14345090 ~ 14347741 (+)
G117786 LOC101064881,LOC103134930,LOC106938822,LOC106933658,LOC103469853,LOC105937727 other downstream 789411 17068212 ~ 17069670 (+)
AMCG00018681 NA other downstream 1702339 17981140 ~ 17983017 (+)
AMCG00018702 NA other downstream 2440405 18719206 ~ 18721343 (+)
AMCG00018712 NA other downstream 2548796 18827597 ~ 18840095 (+)
AMCG00018717 trpv4,LOC106585668 other downstream 2615534 18894335 ~ 18908956 (+)

Expression


Co-expression Network