G61249 (mvb12b,LOC104934585,LOC105922272,LOC103362447)


Basic Information

Item Value
gene id G61249
gene name mvb12b,LOC104934585,LOC105922272,LOC103362447
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 11493626 ~ 11521381 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU76641
GCCATATATCGATGACGCTTCCTGCAAGTTTCCGCGGTAAAAACGCGACCAGGCCGGACTACGAGCACCAGAACTCCAGCTTATATGCCATATCAGcaatgGATGGTGTGCCTTTCATGATCTCTGAAAAATTTGCATGTGCAGCAAACGATATGCAGCAAGTTGATTTAATGGGCATTACGATCAAATCCCTGGCAGACATCGAGAAAGAATATGAGTACAGCTTCCGTACGGAGCACAGTGCTGCAGCTCGTCTGCCTCCCAGCCCCACTCGAAGTCAGCTGAGCCCAGAgtcatgaagagagagagagatcgggagggagagagagattgcatTCCCTGAGCAACAGTGAAGTTAAAGAGACTCATACTACTGAGGAGATCCCGGCTGGAGCAGGGGTACTGGAATCAcacacctcctctctctccctcaacCCCATCTTTGCACAATGTTGTTTCACCActaaaaacagaagacaaaattGGAGCATACACATCAGTTCTCTACagtattgctttgttttatacgtgaagataaacaaaatgaaaaacttaaGTTAGAAATACTGTTCAGTTTTCAGCCTGGTtaagttttttatatataaatatatataccattaAATCAGACCTTGAaagaccacataaaaaaaagtgcCACCACTTAAGTACTGATTCACCTTTCTGGTACAATTAGAGAAACTGAACTCTtcaaaaggttttatttgtttgtttttcttccttacaaaaacagtttttcagaTAAATTGCCAAAGCACTGCAAACTGACCGAACTTTAAGCCAGCTCCCCCCAAGGAGCATCTGGATTTGTCTTTTTAAGTCCTGGCTGCTTTCTGAGAGAAAGGTTGTCATCCCAacccttttattattattattattattattgttatttaaaagaaaaaagaaaacttcaaCACCTCATAAGAGAGGTAGAAGGGGAGAGATGTTTATTAGCAAATCATTCACATATTTCAGATGCAGCCTGTTCTTGCTGGATTCCCGGACTGATCGTCTGCTCCCTGCGTGATTCACAGTGTGCACGGCCTTTTGTTTTGCTAACCTCTTTTCCACCCAATCTGCTCTCGGCTGCTCCATCACAGGGAGCCGTTCCATCCGCCCGACTGTGACACGAACCCTGCCTGGAGTCATTGGTGCTGAAGAAGCAGTGAGTCAGGACACTGCCATGCACAGCGAGCTGCTTCACTTCGCCATCTTCTCCCAGCACTGTTCGAGCACATGGGGCCAAGTCTCATCTGGGGCCCTATACCGTCAATCACCAAACAGAAGAGACTGGCCTGGTtcggagaaagaaaaaaaacaaaagaaacaaaaaatagtcCTATATTTCAGCATCTTAGAATATTAAGGTTAAAGTGGAAAATTGGTGAAATGTGGTACTTGTGTCCTCTTCCTAGAGTTTGTCATACATACAGATTCTGCTTCCCTGTAGAGTTTTATCTTCTCAGTAGAACTCCAtgctttcatctttcatttttgAATGGTTTACTGTCTGTGTGAGAATTGAAAATGGGGGGAGGGAAGTTTCAAACTTAAGCCCCGCAAGACTTAAAATAACTTACTTAAAATGTCATATGCTTAAGAGAAATGATTTGTAAATAGTTAATGGTTCAGGAATGCTTTTCAGCAAGAGGtttgttcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttagagagcACGCTGTGGTTCTGCAGTTCAAATTTCCAGTGATTTTTACTTTCTTCCCATCCTTTCCTCTCTCTATCCTCTTTTACTTGACCTATTATCTCGGGCAATTCAACGTAAATCTGGCTGTTTTTCCACTTGCTATGAGAACAGAGAAACATTTGAATATTGTCATGGAGTGAGTGGCTCGTCGAGTAGCTTGTCTGAGAGACAGCTCGAGATAGCAGCCTGATGTAATGGACCATTACTGAAATGGATTCTCATCTTGGCTCACGACCTGTATGAGGAATTTGGATAGTAAGTTTTAGGTCTATTTTAATTATCTGCCCAGCCACTGACTTGATTGACCTCATCTTTAAAGTGTGTTTTAACCCCAAGGGTGTACTTTGCCCTTGCAGACTAAATTGCTGCCTTACTTGCATGACTAAATTCGATACTAATACGATGCAAAGAAGTTCACGAAACTGTATAATAGCGAGACTCAACAGAACATGAAAGTAGACGTCTGCGCAGTCAGTGCAGTCTCAAGTCATCACGCACGGTCAGTACATTATGAGCCACTATTtcctattttattgttttgtctcAAGGGCTAAAGTCCCAGGTAGCCGAACTCCttgtcatttaaatgtgtatatgtagtaGGAGCActactaaattatatatataacgttttctttttctgttccttCTTTTTTCAAAAACTTTGTGCAAACGACAGAGTGGTTGCTGAATATCATTATAtgaagtgtattttaatttataattataagtGTTTTGGCACAGTAGCATTATCACAGCtcgtaattgttttttttttttattatctctACATTTTGGAAAGGTTCAGCATCTGTCATGTTTCTTCTTAATGTATGAATTAGTATTACTTCTGCTCATGGAGAGTTACAGAGTCAAGAGGTTTGAATTCCACCTGATGTTTGAGTTGATCAGTTATTGATTACATTGCTAAATGACACATCTTTAGCTATTGATCTCCCTGTACCTTATTTAATGCAttagctctccaggaccaggggtgAGTATCACcatgaaatgtaaattacaaaaaggATTTCCAGTTCCTAGACATTTTATGCAGTTATGACACACCTCAGATGCTGAATAATACGTATATGTCAATTATTAATTGAAAGATGATAgtattagttttttgtttaattatgaatTTGTCTTCAGTTCTTATTTCTGCTGCTTTTGCAAACTTGTTTGTTAGTTCCAGTATTAAAGTAAGGAGGGTTTATTTAAGCTGTAAGAATTACTGTACACTCATATTTGACATAACTTTATATTGTGATTGATCATAACCTCATATAGATCTATATTGGGTTGTTAAAATGCACTGAATCGCTTTGCCTCCTCATGTTTTCAttggcagattttttttgtttgttattgttgtaaggCTAGGAAGGAGTGACTGATTTAAATTTTAGTTTTggctttctttaatttaaaaaaagaaaaatctataagAACATGGTTTGGTATTTAAAATTCCAAATTGGAAAATAGGTTTGTTGTTCaagttttttaattgtagtgtAAGAACAAAATCATTGCCACCTCCTTTCCCCTGAAATTATGATCAAAAAAAGGATAACTATTTTATAATCGGAAGCATAGTAAGCGAACTGAAGTTTTCCCTTCTCCTAAAAAGACGGAACCCTGCCTTCATCTCTCATCCCGTTTACTGAGCACAGTTGCATCTGCCCTTCTGGGCCCGGTccttcaatattattttagtcTTTCTTACTCTATGGACACTGCCATTGTTGCCCAGGTTACCTCAGCCAATTCAATATGCTGCATAtggaatattaaattaatattctttttttttttattttaatttttttctggacAGAGACCCAAGTCCTCCATAATGCACTGGGATTAAGTTTTTAGCAACATGCAGTGCCACACGGCTGCCCTTGTCCCTCTGCTGGTCCTCAGTCCCGGCCCAGAAGAGCTCTGTTCTTTTGACAGTATTTGTGGTGATGCCTCAGCCTAGTTCACCTGTTGAGCGTCGCCCACCTGAGGAAAACATTTATCTTCCTGTTCTTCAGCAACTGTACCTCTCGACCTTTTGGGAGCTTAGATTTTTTCAAGAATTCGCCtcacttttatttcagtcttACTCGCGGTTTtgttataaaaacacagaatactAGAACATGGAGAAATAATCTAGAGATGCActtgcatatgtatatatatatattctttttaagTGATTCACTCATCCAGACCTTTATAacaaattttgttttcatttaaaaccataGCACTAATACATATTTCGATGTATGGAAGACCAAACAATTTCCAGACTAGTCTTACGTTTAAAACAAGCATTTGGCTCCAGTCTGCACCATGTTGAGGAGAAAGACCTTGTGTGTTTCCCCACGGCACAGGCGTTAAAGAAACCTAAGTGGTGGTTTAGCTAATGATGGTGTTCGGTTGGTTAATCTTATTTTAACAGTGTTTGAAAGTTTAATGTAGGTGTTTTTTGAAACAGAGGTTAAGAAGAATCAATGTTTCGATACACTAGACACTAAATCTGCTGGGAAATGACATCAGTGGTGCATTCTCGAGATGAATACAAGTATAAAATATACCAAGATAAATATTAGTCCACGAGTCAATGAGTAACCCAGTGCCCCTGAGCTGCCCCTTCAACTCAACTTGAAAGAGATACGTCTAGTCAAGTCTAATAGGACCCCTGTGTTTTGATTATCTCCCATACAACTCTGTTAAGGCCTTAGATCAAATCTATTAACGTTTGAGTCATTTGCTTCTAGGCTCCCaggttaattatttatgtttgtttgattgtttgttaggttatttgttattgttgttgtttaatggGGTTTTCTGGTTCATTTCATTCCTCTCTGCCTGGAATGAGCCTTTCCATTCAGGCCATGATTGTGGTGTGTAAATAACTGAGACGAAAGAAGGTATAGTAAACTCATGTTGTGAACtaatgtcattttcattgttatatGAAAACTGTGAAAGATACTGTCCATTGGTAGGTAATGTCAGTGTTTAAAACTGCATGCATTGTAATATGTACTAGATTGTCAAATCATGTGGAGACTTATTCCTGCCCCATAATCCATTGTGTAGccattcttgttgtttttttgattgttttttaaagatccgttttttgtttgttttttaaacgaaacctttttttttgttataagtTGGTGGTAAATCATTAATGTCACACT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Function

symbol description
mvb12b Enables lipid binding activity. Involved in regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway; viral budding; and virus maturation. Located in several cellular components, including cytosol; endosome; and nucleus. Part of ESCRT I complex.

NR:

description
PREDICTED: multivesicular body subunit 12B

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU76641 True 6756 lncRNA 0.37 4 11493626 11521381

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00020142 pbx3b,LOC107669256,LOC107550583,LOC107555108 coding upstream 288134 11203849 ~ 11205492 (+)
AMCG00020137 gapvd1 coding upstream 430338 11027661 ~ 11063288 (+)
AMCG00020138 NA coding upstream 485358 11004933 ~ 11008268 (+)
AMCG00020126 LOC107597661 coding upstream 722111 10756020 ~ 10771515 (+)
AMCG00020130 NA coding upstream 796618 10696538 ~ 10697008 (+)
AMCG00020146 NA coding downstream 32822 11554203 ~ 11554448 (+)
AMCG00020148 lmx1b,LOC108236478 coding downstream 96124 11617505 ~ 11627135 (+)
AMCG00020147 NA coding downstream 152329 11673710 ~ 11699838 (+)
AMCG00020149 NA coding downstream 192166 11713547 ~ 11715100 (+)
AMCG00020150 ralgps1,LOC108412534,LOC107723240 coding downstream 247536 11768917 ~ 11811842 (+)
G61205 NA non-coding upstream 481881 11008416 ~ 11011745 (+)
G61153 LOC103469607,LOC104930867,LOC103356464 non-coding upstream 709728 10781766 ~ 10783898 (+)
G61095 NA non-coding upstream 986413 10506399 ~ 10507213 (+)
G61064 LOC103376870 non-coding upstream 1147235 10277466 ~ 10346391 (+)
G60888 NA non-coding upstream 2070067 9423337 ~ 9423559 (+)
G61329 NA non-coding downstream 480319 12001700 ~ 12003127 (+)
G61331 NA non-coding downstream 487411 12008792 ~ 12009100 (+)
G61332 NA non-coding downstream 490280 12011661 ~ 12011876 (+)
G61333 NA non-coding downstream 490579 12011960 ~ 12012407 (+)
G61335 NA non-coding downstream 494317 12015698 ~ 12016151 (+)
AMCG00020143 pbx3,LOC107669256,LOC108434408 other upstream 193594 11274024 ~ 11300032 (+)
AMCG00020134 rabl6 other upstream 524028 10945592 ~ 10969598 (+)
AMCG00020129 tmem8c,LOC107720238,LOC107587553,LOC107699700,LOC107567143 other upstream 738251 10738502 ~ 10755375 (+)
AMCG00020122 urm1 other upstream 994120 10480534 ~ 10499506 (+)
AMCG00020105 rpl28,rl28 other upstream 1705574 9784117 ~ 9788052 (+)
AMCG00020171 rpl12 other downstream 887581 12408962 ~ 12414951 (+)
AMCG00020177 NA other downstream 998383 12519764 ~ 12542261 (+)
G61491 NA other downstream 1094411 12615792 ~ 12619817 (+)
G61675 NA other downstream 1828296 13349677 ~ 13350712 (+)
AMCG00020245 LOC107746475,LOC107567702,LOC107595988 other downstream 2265633 13787014 ~ 13792944 (+)

Expression


Co-expression Network