AMCG00021249


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00021249
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030130.1
NCBI id CM030130.1
chromosome length 39556810
location 12093477 ~ 12100854 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00021249
ttttttttcttctcctgaaCGGCTCCATATCTGCCAAACCATCCGGTACAGTTATTAAGCGTGCAAATTGTAAGCGCCATTTAGACCTCCGGCCACTTGGTGGTGTCTATCAGCAGGATAACCTGGAGCATGTTCTCCAGACAGGAACGGTTTCTCGTCGACGGCAGGTCTGGGTGGGGGAGGCTGGGCGATCTGTCCCGGTTCGGTCTCATTAAGATCTGCAGCGATATTTATTGCTATTGGGGGATTGTTTACAGTACACGCAGGGCATCCCCTTACCCGGGGTGGGATGGCGGAATATAGCCAGGCGGGTATCTTGACGGCATTGCTGCTGTTCACGGTAGTGACTGTGCGGGATATCTATATGGGAAAGAACCTggctcagcagcagcagcaggccgCTGATAGCCTGGGCGTAGGGTCGGGCGGCCTGCGGGACATGGACACTCACAAGCCGGCCAAGCAGAAGATGTACACCGGCCCAGTGCTGAAGTTTCAATTCTGTAGGGTGTTCGAGGAGTATTCACGGTCTATTGGCCAGTTGTACCCGGACATCCAAATAGAAGGCGAGAACTACCCTGCCAAGCCTATATACAGATATATTGCATCTTTCATTTCCTACTTTAAACTTCTTGCAATTGCGCTGGTTGTGAGTGGGTATAATCCCTTTCCTGTACTTGGAATGGACACTCCAAGAATATGGACATGGAGTCAAGAGAATaagATTTTTTCCTGTCTCATGACATTTTTCTTCAGCAACATGTTAGAGACCCAGTGCTTATCTACGGGTGCTTTTGAAATCACACTGAATGGTAAGCAGCCGGAGCAGGTTTCCCAGATCTGTGGGATTGTCCTGTGGTTTAATGAAGGCCTGCGCTGCAAACAGCTTGCTGTGAGTACAGGCTGGATGTCCCCGCCACAGTGCACACTGCTGCAGCTCTAGGAAACGCTCCACCTGCGGAAATCAAAACCATACATAAAGGCAATCATCTCGCTGGACTGCTATTacagcatttccaaaaagaaaaagaaaatgataatttgattaattctcCTTGGACAGCCTCTTCAGTGAAAGTTAACATAATCCATTTTGCAGAGCATGATTTTCTATTTGTCATATACATGTGGGCCAAGGTGTATGTGCTTCATTTTAATCATCTTAATTTTGTTATTCTTGGGAGAGGATCTGCAAGttgttaaaggaaaaaaaaagttctagCTGAATGTTAAAATTTGCTTGAATAGGTGAAATTTATGTTAGTTAAGTTAAAGTATGACTCAGGTGTTTATTAAGTTTTACCTTTTGCGGTAAAAGGTagtgtttatttcagttctATGTTCTTTCATATATTGCTGTTCTGAAATCTATTCAACTAGCAAAACAGAAATTCTCATCTCCTTGATGAATACCTCACATCAGAATAACTTTTAGAAGGGGGATGTGTAAAACcactatttaattaaactgttggAATTCCAAAATGTtcctgaaatgtatgtttataaatTGCCTGTAATGAATCTGAGCTATGTTGCAATTAATTGAAACACTCCCAGGAGCTCAAAATGTCAGACACTTGAAaggcatattttaatttgtaaaattttCTGATCCTGGAGGCCTGCAATGTCCTTAGGTTTTCATCCATCTGAACTGTGTAAGTGTATTCACATATATGTTGGCTAAATTCAACCAATATTATTCTTACCTTATTTTTAAGCTGCTAATCATTCAAAAAGCTATAAAACCTCCTGTATTGctgccctccaggaccagagttgtGCACTCCTGATCTAAGTCAATAAAGTACATTAGTTGAAAGTGTTCATGTTGTTAACTTTGTTGCATTATTTCATCTGTTAGTGCTACatgaatcaaatcaaaactttgtccCTGCCATCTCTGCTGAAGAAGAGACATACAGTCTGTCCCACAGCTGCTTACCCATGGTAGAAAAGTCcactgttaaatgttaaaaatgagaACTCTTAACTGGGTTATACACAGCCCAAGAGgtttttaaaccattaatttgcattttaaatttaaactggtAATCTGAACAAGTGTAATGAgttaaatgtcttaaaaatgtgcacatttattttgcGGTCTTTAAGCAAGcattgtgacacacacacacacacactccagttCTGTATCCCACCATATTACTCTTAATTTACATACTTTATACATTATCCATTAAATAAACCCTCTTGGATTCCCTTTGAAAAACTGTCAAGTTATCAGATGGGACTATtctataaattacttttttccctagGCAGAGATGCTGGAGCCTGGTGCCTCTAATTAATGATGTGCGCTGTCACAACTTTTTGAAACTGCAAAGGGTTTGAAGATTATTTCTACATGCATTCAGAGAATAGAATTTCAAGAACCCATTAGCCAGGCATAACAAAGATGCACAtcactgtaaactgtaatttaagTCAAGCTTCATAACTAGAGCTTTATCCAGGGTATGTTCTTTCTATTAATTGGTAGATGCTTGTcaattttcataataaaaaagtcTCAAATTATcagactttttttaaagatgaggGGAATCCAACCCTATGTTTTTTCTCCTTATTAAGAAATTTGATCTGGTTTAAAAGCTTCAAGCAATGCTTGTCTGTATTATACTAATCCCAATTGTTAAAAACTTATTTGAACAGAGCTTAAATTGCATGTACTATATTAGTAATTTTTTTCTTACAACAGAAAACCaaaattctgtattttgttaatgtctCTGTGATACAagtaatgcaataatgaactaTGAATACTAACACAAAGGCATGTAATCCTAAATCCCTTGTAACCTCAATTTCCAATTTGATTTCATATAGGAAATGTAGTTTAGTTGATGTGGGGTGTGAATGTGGGGCAGGGCATTAATGGTATGAAACTGATCCAGTCTCTCTCACTATCCGTTTAACTTATGAAATGaccattaatgaaaaacaccCCAGAGTGATTTgctgattttgtgttttattcttttaatttttgttgttgctgttattaataAATTCCCCCTAGTGAACATTGACAGTTGTTACATGTGGTTTTCATATGATAATACAGAATAAACATGGTGGAGAAGGGGTGATTGTAAACTTGGATGAATGTCCCTCAAATTGAGTAATGTAATGAACAATTTCAATTTGGGAACATgaataaattattcataatatttcaataca
>TU105737
TTTCTCGTCGACGGCAGGTCTGGGTGGGGGAGGCTGGGCGATCTGTCCCGGTTCGGTCTCATTAAGATCTGCAGCGATATTTATTGCTATTGGGGGATTGTTTACAGTACACGCAGGGCATCCCCTTACCCGGGGTGGGATGGCGGAATATAGCCAGGCGGGTATCTTGACGGCATTGCTGCTGTTCACGGTAGTGACTGTGCGGGATATCTATATGGGAAAGAACCTggctcagcagcagcagcaggccgCTGATAGCCTGGGCGTAGGGTCGGGCGGCCTGCGGGACATGGACACTCACAAGCCGGCCAAGCAGAAGATGTACACCGGCCCAGTGCTGAAGTTTCAATTCTGCATATCCTGAGGGTACAGTAGGGTGTTCGAGGAGTATTCACGGTCTATTGGCCAGTTGTACCCGGACATCCAAATAGAAGGCGAGAACTACCCTGCCAAGCCTATATACAGATATATTGCATCTTTCATTTCCTACTTTAAACTTCTTGCAATTGCGCTGGTTGTGAGTGGGTATAATCCCTTTCCTGTACTTGGAATGGACACTCCAAGAATATGGACATGGAGTCAAGAGAATaagATTTTTTCCTGTCTCATGACATTTTTCTTCAGCAACATGTTAGAGACCCAGTGCTTATCTACGGGTGCTTTTGAAATCACACTGAATGATGTACCCATCTGGTCGAAGCTGCAGTCGGGATATGTGCCTAACATCCAAGAGCTTTTTCAAATCCTGGATAATCACCTGAAGATGAATCAAGTAGACAAGATCTCCTTTCCAACTCCATAACATTGGTTTTCAAACAGACAGATTAGCAGCCGGAGCAGGTTTCCCAGATCTGTGGGATTGTCCTGTGGTTTAATGAAGGCCTGCGCTGCAAACAGCTTGCTGTGAGTACAGGCTGGATGTCCCCGCCACAGTGCACACTGCTGCAGCTCTAGGAAACGCTCCACCTGCGGAAATCAAAACCATACATAAAGGCAATCATCTCGCTGGACTGCTATTacagcatttccaaaaagaaaaagaaaatgataatttgattaattctcCTTGGACAGCCTCTTCAGTGAAAGTTAACATAATCCATTTTGCAGAGCATGATTTTCTATTTGTCATATACATGTGGGCCAAGGTGTATGTGCTTCATTTTAATCATCTTAATTTTGTTATTCTTGGGAGAGGATCTGCAAGttgttaaaggaaaaaaaaagttctagCTGAATGTTAAAATTTGCTTGAATAGGTGAAATTTATGTTAGTTAAGTTAAAGTATGACTCAGGTGTTTATTAAGTTTTACCTTTTGCGGTAAAAGGTagtgtttatttcagttctATGTTCTTTCATATATTGCTGTTCTGAAATCTATTCAACTAGCAAAACAGAAATTCTCATCTCCTTGATGAATACCTCACATCAGAATAACTTTTAGAAGGGGGATGTGTAAAACcactatttaattaaactgttggAATTCCAAAATGTtcctgaaatgtatgtttataaatTGCCTGTAATGAATCTGAGCTATGTTGCAATTAATTGAAACACTCCCAGGAGCTCAAAATGTCAGACACTTGAAaggcatattttaatttgtaaaattttCTGATCCTGGAGGCCTGCAATGTCCTTAGGTTTTCATCCATCTGAACTGTGTAAGTGTATTCACATATATGTTGGCTAAATTCAACCAATATTATTCTTACCTTATTTTTAAGCTGCTAATCATTCAAAAAGCTATAAAACCTCCTGTATTGctgccctccaggaccagagttgtGCACTCCTGATCTAAGTCAATAAAGTACATTAGTTGAAAGTGTTCATGTTGTTAACTTTGTTGCATTATTTCATCTGTTAGTGCTACatgaatcaaatcaaaactttgtccCTGCCATCTCTGCTGAAGAAGAGACATACAGTCTGTCCCACAGCTGCTTACCCATGGTAGAAAAGTCcactgttaaatgttaaaaatgagaACTCTTAACTGGGTTATACACAGCCCAAGAGgtttttaaaccattaatttgcattttaaatttaaactggtAATCTGAACAAGTGTAATGAgttaaatgtcttaaaaatgtgcacatttattttgcGGTCTTTAAGCAAGcattgtgacacacacacacacacactccagttCTGTATCCCACCATATTACTCTTAATTTACATACTTTATACATTATCCATTAAATAAACCCTCTTGGATTCCCTTTGAAAAACTGTCAAGTTATCAGATGGGACTATtctataaattacttttttccctagGCAGAGATGCTGGAGCCTGGTGCCTCTAATTAATGATGTGCGCTGTCACAACTTTTTGAAACTGCAAAGGGTTTGAAGATTATTTCTACATGCATTCAGAGAATAGAATTTCAAGAACCCATTAGCCAGGCATAACAAAGATGCACAtcactgtaaactgtaatttaagTCAAGCTTCATAACTAGAGCTTTATCCAGGGTATGTTCTTTCTATTAATTGGTAGATGCTTGTcaattttcataataaaaaagtcTCAAATTATcagactttttttaaagatgaggGGAATCCAACCCTATGTTTTTTCTCCTTATTAAGAAATTTGATCTGGTTTAAAAGCTTCAAGCAATGCTTGTCTGTATTATACTAATCCCAATTGTTAAAAACTTATTTGAACAGAGCTTAAATTGCATGTACTATATTAGTAATTTTTTTCTTACAACAGAAAACCaaaattctgtattttgttaatgtctCTGTGATACAagtaatgcaataatgaactaTGAATACTAACACAAAGGCATGTAATCCTAAATCCCTTGTAACCTCAATTTCCAATTTGATTTCATATAGGAAATGTAGTTTAGTTGATGTGGGGTGTGAATGTGGGGCAGGGCATTAATGGTATGAAACTGATCCAGTCTCTCTCACTATCCGTTTAACTTATGAAATGaccattaatgaaaaacaccCCAGAGTGATTTgctgattttgtgttttattcttttaatttttgttgttgctgttattaataAATTCCCCCTAGTGAACATTGACAGTTGTTACATGTGGTTTTCATATGATAATACAGAATAAACATGGTGGAGAAGGGGTGATTGTAAACTTGGATGAATGTCCCTCAAATTGAGTAATGTAATGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00021249 True 3225 mRNA 0.38 5 12093477 12100854
TU105737 False 3186 lncRNA 0.38 6 12093527 12100704

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00021251 enox2 coding downstream 161680 11884997 ~ 11931797 (-)
AMCG00021250 NA coding downstream 221966 11847323 ~ 11871511 (-)
AMCG00021246 med12,LOC106611503 coding downstream 250059 11807293 ~ 11843418 (-)
AMCG00021243 slitrk2,LOC106611993,LOC106604961,LOC107688026 coding downstream 1106975 10983956 ~ 10986502 (-)
AMCG00021242 fmr1,LOC106604959 coding downstream 1363864 10720148 ~ 10729613 (-)
AMCG00021253 rab33a,LOC106611995,LOC107733314,LOC107666192,LOC107730569 coding upstream 21366 12122220 ~ 12126845 (-)
AMCG00021252 NA coding upstream 26229 12127083 ~ 12130937 (-)
AMCG00021257 NA coding upstream 106484 12207338 ~ 12224308 (-)
AMCG00021260 diaph2 coding upstream 809713 12910567 ~ 12916125 (-)
AMCG00021258 diaph2,LOC107724831 coding upstream 943607 13044461 ~ 13090655 (-)
G84692 NA non-coding downstream 389465 11703779 ~ 11704012 (-)
G84682 NA non-coding downstream 648329 11444831 ~ 11445148 (-)
G84667 NA non-coding downstream 942039 11150986 ~ 11151438 (-)
G84651 NA non-coding downstream 1250456 10842732 ~ 10843021 (-)
G84614 NA non-coding downstream 1616018 10474417 ~ 10477459 (-)
G84760 NA non-coding upstream 292 12101146 ~ 12101365 (-)
G84778 NA non-coding upstream 30448 12131302 ~ 12133157 (-)
G84780 aifm1 non-coding upstream 41106 12141960 ~ 12143363 (-)
G84785 NA non-coding upstream 97923 12198777 ~ 12202827 (-)
G84812 pcdh19 non-coding upstream 399386 12500240 ~ 12503502 (-)
AMCG00021153 NA other downstream 4970986 7115420 ~ 7122491 (-)
G83864 NA other downstream 5546900 6544492 ~ 6546577 (-)
G83761 NA other downstream 7342242 4703255 ~ 4751235 (-)
AMCG00021090 NA other downstream 9374558 2677585 ~ 2718919 (-)
G83428 NA other downstream 9634098 2457001 ~ 2459379 (-)
G84814 NA other upstream 426239 12527093 ~ 12527694 (-)
AMCG00021259 diaph2 other upstream 619010 12719864 ~ 12801586 (-)
G84952 NA other upstream 1526481 13627335 ~ 13627747 (-)
G85037 LOC100846954 other upstream 1769085 13869939 ~ 13917868 (-)
AMCG00021302 NA other upstream 1847453 13948307 ~ 13951044 (-)

Expression


Co-expression Network