G127766 (iqsec3b,LOC107564909,LOC107705799,LOC107735425,LOC107662846,LOC108413205)


Basic Information

Item Value
gene id G127766
gene name iqsec3b,LOC107564909,LOC107705799,LOC107735425,LOC107662846,LOC108413205
gene type non-coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056716.1
NCBI id CM032085.1
chromosome length 26409628
location 20202748 ~ 20215231 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU188679
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>TU188681
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ccatattttactcatccCACCAAGCCAtccatatgactttcttctttcagatttttctcAAAATCGCAAGCTAATCTCCCACAATTTGGAGCTAGGAATTACCtgaactgtaatatttttattgcattata

Function

symbol description
iqsec3b Predicted to be involved in actin cytoskeleton organization. Predicted to act upstream of or within regulation of ARF protein signal transduction. Predicted to be located in cytoplasm. Orthologous to human IQSEC3 (IQ motif and Sec7 domain ArfGEF 3).

NR:

description
PREDICTED: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 3-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU188679 True 8622 lncRNA 0.38 2 20202748 20211417
TU188681 False 5131 lncRNA 0.39 2 20202748 20215231

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ptprq ptprq,LOC107705767,LOC107662847,LOC107564908,LOC107564907,LOC108413201,LOC107683214 coding upstream 4933 20160121 ~ 20197815 (+)
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b4galnt3b LOC107705801,LOC107686572,LOC107564911,LOC107735491,LOC107662894 coding downstream 44538 20259769 ~ 20278496 (+)
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G127663 NA non-coding upstream 211112 19985741 ~ 19991636 (+)
G127637 golim4,LOC107662907 non-coding upstream 277946 19781765 ~ 19924802 (+)
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G127860 NA non-coding downstream 346852 20562083 ~ 20572310 (+)
zfhx3a si:ch73-386h18.1,LOC107705798,LOC107686574,LOC107564894,LOC107735402,LOC107662901,LOC107600168 other upstream 109147 20067678 ~ 20093601 (+)
wdr59 wdr59,LOC107686576,LOC107662905 other upstream 187042 20003004 ~ 20015706 (+)
LOC122323181 LOC107600247,LOC107735268,LOC107660675 other upstream 914192 19269611 ~ 19288556 (+)
G127500 NA other upstream 1361213 18730690 ~ 18841535 (+)
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glipr1b glipr1b,LOC107733273,LOC107560107,LOC107662866,LOC107601008,LOC107736196 other downstream 330761 20545992 ~ 20549357 (+)
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LOC122363143 LOC107722468,LOC107587027,LOC107670369,LOC107684651,LOC107738409,LOC107559800,LOC107705337,LOC107658950,LOC107584024,LOC107656390,LOC107718551,LOC107590534 other downstream 2185713 22400944 ~ 22411957 (+)

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