G38091 (LOC107699781,LOC107552636,LOC107587661,LOC107672574)


Basic Information

Item Value
gene id G38091
gene name LOC107699781,LOC107552636,LOC107587661,LOC107672574
gene type non-coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056703.1
NCBI id CM032072.1
chromosome length 32833783
location 20170974 ~ 20552306 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU56205
GAGAAGTGTAAAATAAAGACTGGCTTTATTGATATGAATCACATCGCAAGTACAACACGGATGCAAGCGTAACAGTTTTAGATGATGCCATCTATTTCTTCTAACAGCTGACACATGGATCTGTCTTGAAACACAGTCAAAGAATAATAccttgtaaatacatttttttcacattgtcttttgataccttttttttttttgctgacaagttatatctatacatatatactctTGATGTCTTTTTCTTACAATCCATCCTACTATTTAAAAGTCACTTTAgtaacacaaatgtaaaaaatgaacacaaaagttacagcaaaaaaatgaaacatggcaAGAAGAATAGCAAACCCATCACTAATCTAATCTCTTTTTCACATACAAGGTTCATATTACTgcgagaaaaaaataaatacaatcatgtGAATCGTAGTGCTAAAAATGTTCATGCAGATCTTTGCGAAAATCAGAAACTACATAGAGTCACAACAACACACTGCAGTTCTTTAACAGAGTGCCTCCAACAGTCAGTGCCTTCGGTTCTTTAGTTGATGTTAAATAGTTTGGATTGCTCGATACAAAGGACATAACTGGGTAACTAATGATATCATTCTTGCGTCACACTTCTTTGCCCTCTGCTATGTAACTAAATCATGTTTGTAATAGCTGTACTAAGTACTAGgaacacagtaaaaaatattttaattaatcagtgtttttgttttgcagttaaaatgattaaatttacCTAAAATAACAGCTTAATTTACTTGAAGcaaaattttgtttgttttatctatctatctatctatctatctatctatctatatatatatatatatattacagttttgcttctcaaaagtaaatattttttgttttaaaggggACATTAGATGCCCATTTTCCACAAGTTGGTATTACTCTTAGGGTCTCCATGAAATGTCTGTTACATACTTTGGTCAAAAAGTCCTCAAAGGTTGTGTAAAACAACACTCTTTACTTTGTCAGAAACAGCTCTGTTCATGATAAAGAGCTACTGCTCTCCCACCTCTTCCGGTCTCttctgttttttctgtattcGGTGGCGCGTTACCATCAACACCAAAACTATTGACTGTTTAGGTTGTtctgggatttaaaaaaatggatgaaaatTCTCTTACACTGCTAAGAcacatttatatgcaaacaccatgtaaaagtgatttttgcatCCAACGTCTCCTTTAAGAAcgtttcaatatttttactggactatgagacaaaaatactaattaacacatttttttgcagtgaaaattcAAACACAATTATCTAAGGAAagcttacaaaagaaaaaagacctTTTGGCAGCTGTTCGTTATGTTGCCATTAACTATtacttttgatacattttatgtcttcttttattaaacaataatcaGGCATTACCcctttttttcagtaataaacTCCATCAGTGCTACTGTATATAACAAAGGGATGGAGATTGTCACTTTAGAGTTCCTCAGAGCGAATAACGTGGAACAAGGTGACGTTATACAGCACCTGGTGTCCATTGTTCCACGCGTATAGAGCTCTGTCCCTAGGGTTATAATCCAGCATGGAGATATGGGAATACTTGTTCTGTAATGGGATGTCGATATACTCATAAGTAGAGGAGTTGGTATGGAAAGCATAGTAGACCTTCGTCCCTCCTGAGTATCCGTTGGTAACATAAAGCGTCCCACAGATCATGAAGGCTTCACCTGCGCTCCTCTTTGGGTGGTTGGTGGTGTAGCTCTTGATGACCTGCAGGGTCAGTGGGTTGATCTTGCTGATGACAATGTTCCCTGCATTTTGATTGGTGGCATATACCGCCCAAAGTCCACCTTCGTCCACCATTAGGTCAATGTCGGAGTGGCCACCCCAAGAATAGTGGTAACGGTTGTTGTAGCCGGCGTAATCCAGCTGACCGGACTTGCTGATGGTGGCTGTCTTGAAGTCGAATTTGATGATGGTGTTACTTTGGAACTTATTGAAGTAGATGGAGCCATTGTAGACCACCTGCCCTGTTCCCGACCAGGTGAGGAAGCGGTGTGAGGTGAAGTTGTCTGAATACATGAAGTCGGCCATTGACTTGTATTCCCG
>TU56207
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>TU56208
GAGAAGTGTAAAATAAAGACTGGCTTTATTGATATGAATCACATCGCAAGTACAACACGGATGCAAGCGTAACAGTTTTAGATGATGCCATCTATTTCTTCTAACAGCTGACACATGGATCTGTCTTGAAACACAGTCAAAGAATAATAccttgtaaatacatttttttcacattgtcttttgataccttttttttttttgctgacaagttatatctatacatatatactctTGATGTCTTTTTCTTACAATCCATCCTACTATTTAAAAGTCACTTTAgtaacacaaatgtaaaaaatgaacacaaaagttacagcaaaaaaatgaaacatggcaAGAAGAATAGCAAACCCATCACTAATCTAATCTCTTTTTCACATACAAGGTTCATATTACTgcgagaaaaaaataaatacaatcatgtGAATCGTAGTGCTAAAAATGTTCATGCAGATCTTTGCGAAAATCAGAAACTACATAGAGTCACAACAACACACTGCAGTTCTTTAACAGAGTGCCTCCAACAGTCAGTGCCTTCGGTTCTTTAGTTGATGTTAAATAGTTTGGATTGCTCGATACAAAGGACATAACTGGGTAACTAATGATATCATTCTTGCGTCACACTTCTTTGCCCTCTGCTATGTAACTAAATCATGTTTGTAATAGCTGTACTAAGTACTAGgaacacagtaaaaaatattttaattaatcagtgtttttgttttgcagttaaaatgattaaatttacCTAAAATAACAGCTTAATTTACTTGAAGcaaaattttgtttgttttatctatctatctatctatctatctatctatctatatatatatatatatattacagttttgcttctcaaaagtaaatagttttttgttttaaaggggACATTAGATGCCCATTTTCCACAAGTTGGTATTACTCTTAGGGTCTCCATGAAATGTCTGTTACATACTTTGGTCAAAAAAGTCCTCAAAGGTTGTGTAAAACAACACTCTTTACTTTGTCAGAAACAGCTCTGTTCATGATAAAGAGCTACTGCTCTCCCACCTCTTCCGgtctcttctgtttttttctgtattcgGTGGCGCGTTACCATCAACACCAAAACTATTGACTGTTTAGGTTGTtctgggatttaaaaaaatggatgaaaatTCTCTTACACTGCTAAGAcacttttacatggtgtttgcatataaatgtgTCTTAGCAGTGTAAGAGAattttcatccatttttttaaatcccagaACAACCTAAACAGTCAATAGTTTTTGGTGTTGATGGTAACGCGCATACgaatacagaaaaaacagaaGAGACCGGAAGAGGTGGGAGAGCAGTAGCTCTTTATCATGAACAGAGCTGTTTCTGACAAAGTAAAGAGTGTTGTTTTACACAACCTTTGAGGACTTTTTTGACCAAAGTATGTAACAGACATTTCATGGAGACCCTAAGAGTAATACCAACTTGTGGAAAATGGGCATCTAATGtccctttaaaacaaaaaaactatttacttttgagaagcaaaactgtaatatatatatatatatatagatagatagatagatagatagatagatagataaaacaaacaaaattttgCTTCAAGTAAATTAAGCTGTTATTTTAGgtaaatttaatcattttaactgcaaaacaaaaacactgattaattaaaatattttttactgtgttcCTAGTACTTAGTACAGCTATTACAAACATGATTTAGTTACATAGCAGAGGGCAAAGAAGTGTGACGCAAGAATGATATCATTAGTTACCCAGTTATGTCCTTTGTATCGAGAGCAATCCAAACTATTTAACATCAACTAAAGAACCGAAGGCACTGACTGTTGGAGGCACTCTGTTAAAGAACTGCAGTGTGTTGTTGTGACTCTATGTAGTTCTTTAACAGAGTGCCTCCAACAGTCAGTGCCTTCGGTTCTTTAGTTGATGTTAAATAGTTTGGATTGCTCTCGATACAAAGGACATAACTGGGTAACTAATGATATCATTCTTGCGTCACACTTCTTTGCCCTCTGCTATGTAACTAAATCATGTTTGTAATAGCTGTACTAAGTACTAGgaacacagtaaaaatattttaattaatcagtgtttttgttttgcagttaaaatgattaaatttacCTAAAATAACAGCTTAATTTACTTGAAGcaaaattttgtttgttttatctatctatctatctatctatctatctatctatatatatatatatatatatattacagttttgcttctcaaaagtaaatagtttttgttttaaaggggACATTAGATGCCCATTTTCCACAAGTTGGTATTACTCTTAGGGTCTCCATGAAATGTCTGTTACATACTTTGGTCAAAAAGTCCTCAAAGGTTGTGTAAAACAACACTCTTTACTTTGTCAGAAACAGCTCTGTTCATGATAAAGAGCTACTGCTCTCCCACCTCTTCCGgtctcttctgtttttttctgtattcgGTGGCGCGTTACCATCAACACCAAAACTATTGACTGTTTAGGTTGTtctgggatttaaaaaaatggatgaaaatTCTCTTACACTGCTAAGAcacatttatatgcaaacaccatgtaaaagtgatttttgcatCCAACGTCTCCTTTAAGAAcgtttcaatatttttactggactatgagacaaaaatactaattaacacatttttttgcagtgaaaattcAAACACAATTATCTAAGGAAagcttacaaaagaaaaaagacctTTTGGCAGCTGTTCGTTATGTTGCCATTAACTATtacttttgatacattttatgtcttcttttattaaacaataatcaGGCATTACCcctttttttcagtaataaacTCCATCAGTGCTACTGTATATAACAAAGGGATGGAGATTGTCACTTTAGAGTTCCTCAGAGCGAATAACGTGGAACAAGGTGACGTTATACAGCACCTGGTGTCCATTGTTCCACGCGTATAGAGCTCTGTCCCTAGGGTTATAATCCAGCATGGAGATATGGGAATACTTGTTCTGTAATGGGATGTCGATATACTCATAAGTAGAGGAGTTGGTATGGAAAGCATAGTAGACCTTCGTCCCTCCTGAGTATCCGTTGGTAACATAAAGCGTCCCACAGATCATGAAGGCTTCACCTGCGCTCCTCTTTGGGTGGTTGGTGGTGTAGCTCTTGATGACCTGCAGGGTCAGTGGGTTGATCTTGCTGATGACAATGTTCCCTGCATTTTGATTGGTGGCATATACCGCCCAAAGTCCACCTTCGTCCACCATTAGGTCAATGTCGGAGTGGCCACCCCAAGAATAGTGGTAACGGTTGTTGTAGCCGGCGTAATCCAGCTGACCGGACTTGCTGATGGTGGCTGTCTTGAAGTCGAATTTGATGATGGTGTTACTTTGGAACTTATTGAAGTAGATGGAGCCATTGTAGACCACCTGCCCTGTTCCCGACCAGGTGAGGAAGCGGTGTGAGGTGAAGTTGTCTGAATACATGAAGTCGGCCATTGACTTGTATTCCCG

Function

NR:

description
PREDICTED: noelin isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU56205 False 2133 lncRNA 0.37 3 20170974 20552306
TU56207 False 2265 lncRNA 0.36 3 20170974 20552306
TU56208 True 3555 lncRNA 0.35 3 20170974 20552306

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
zbtb26 si:ch211-236k19.4,LOC107552622,LOC107740829,LOC107699705,LOC107672535,LOC107731026,LOC107587659 coding upstream 43587 20125104 ~ 20127387 (+)
krt1-c5 krt1-c5,LOC107740828,LOC107699777,LOC107552621,LOC107672537,LOC107731028 coding upstream 46642 20117169 ~ 20124332 (+)
lhx6b si:ch211-236k19.2,LOC107731013,LOC107672524,LOC107580313 coding upstream 55136 20112320 ~ 20115838 (+)
LOC122345861 LOC107552612,LOC107576533,LOC107731014 coding upstream 75708 20079712 ~ 20095266 (+)
inpp5e LOC107720240,LOC107552629,LOC107699774,LOC107672555,LOC107731045,LOC107587653 coding upstream 99760 20063700 ~ 20071214 (+)
LOC122345824 LOC107740804,LOC107665032 coding downstream 112627 20664933 ~ 20677943 (+)
LOC122345098 gpsm1a,LOC107587727,LOC107595532,LOC107672581 coding downstream 181316 20733622 ~ 20739157 (+)
LOC122345842 gpsm1a,LOC107587727,LOC107595532,LOC107672581 coding downstream 222093 20774399 ~ 20783388 (+)
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LOC122344887 cmlc1,LOC107095684,LOC103473836,LOC105934481,LOC102226792,LOC103150158,LOC103390188 coding downstream 239898 20792204 ~ 20792978 (+)
G37958 LOC107745529,LOC107672542,LOC107720246,LOC107552607 non-coding upstream 296830 19873242 ~ 19874144 (+)
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G37734 NA non-coding upstream 882646 19288016 ~ 19288328 (+)
LOC122345855 NA non-coding downstream 25078 20577384 ~ 20577995 (+)
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G38132 NA non-coding downstream 146041 20698347 ~ 20699025 (+)
G38118 ak5l,LOC107731024,LOC107740835,LOC107672580,LOC107665022,LOC107595531,LOC108423692 non-coding downstream 192252 20744558 ~ 20746880 (+)
G38199 NA non-coding downstream 386527 20938833 ~ 20943113 (+)
lix1 lix1,LOC107552634,LOC107699708,LOC107587723,LOC107672536 other upstream 19288 20143283 ~ 20151686 (+)
col27a1b col27a1b,col27a1,LOC107699687,LOC107720196,LOC107552608,LOC107731038,LOC107720245,LOC107672548,LOC107587699 other upstream 135594 19967577 ~ 20035380 (+)
nrarpb nrarpb,nrarpa,nrarp,LOC108255347,LOC107595556 other upstream 460904 19707288 ~ 19710070 (+)
msh3 msh3,LOC107720281 other upstream 1156874 18962322 ~ 19014100 (+)
G37626 LOC107720210 other upstream 1230079 18938813 ~ 18940895 (+)
G38094 olfm1a,LOC107672574,LOC107587661,LOC107552636 other downstream 6521 20558827 ~ 20562352 (+)
pappab pappab,LOC107665047,LOC107587665,LOC107667798,LOC107595518,LOC107731007,LOC107740823 other downstream 263115 20815421 ~ 20888271 (+)
cntrl cntrl,LOC107740813,LOC107665016,LOC107688625,LOC107731033,LOC107587713 other downstream 494634 21046940 ~ 21069517 (+)
tecta tecta,LOC107665015,LOC107688634,LOC106603728 other downstream 532642 21084948 ~ 21120840 (+)
LOC122345215 specc1,LOC107712164,LOC107665038,LOC107731042,LOC107688619,LOC107587672 other downstream 628138 21180444 ~ 21260715 (+)

Expression


Co-expression Network