abca2 (abca2,LOC107730718)


Basic Information

Item Value
gene id abca2
gene name abca2,LOC107730718
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056703.1
NCBI id CM032072.1
chromosome length 32833783
location 10469676 ~ 10524790 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043239810.1
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Function

symbol description
abca2 Predicted to enable ATP binding activity and ATPase-coupled transmembrane transporter activity. Predicted to act upstream of or within transmembrane transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human ABCA2 (ATP binding cassette subfamily A member 2).

NR:

description
ATP-binding cassette sub-family A member 2 isoform X2

GO:

id name namespace
GO:0005524 ATP binding molecular_function
GO:0016887 ATPase activity molecular_function

KEGG:

id description
K05642 ABCA2; ATP-binding cassette, subfamily A (ABC1), member 2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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G35197 NA non-coding downstream 288667 10813457 ~ 10816301 (+)
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G35229 NA non-coding downstream 420266 10945056 ~ 11019192 (+)
G35267 NA non-coding downstream 662464 11187254 ~ 11187694 (+)
fam219ab fam219ab,LOC107744421,LOC107595023,LOC107673386,LOC107752501,LOC107672754,LOC107592322,LOC107673387,LOC107595025,LOC107744422,LOC107592323 other upstream 329943 10064217 ~ 10139733 (+)
si:ch211-102c2.4 NA other upstream 670318 9796381 ~ 9799358 (+)
man1b1b man1b1b,man1b1,LOC107709694,LOC107681241,LOC107560236,LOC107757969,LOC107690671,LOC107587425 other upstream 1598158 8864202 ~ 8871518 (+)
snx19a snx19a,LOC107597619,LOC107681657 other upstream 2164230 8289720 ~ 8305446 (+)
spns3 spns3,LOC107597443,LOC107712368,LOC107664514,LOC107677447,LOC107722774,LOC107587440 other upstream 2459077 8001578 ~ 8010599 (+)
osbp2b si:ch211-106a19.1,LOC107687692,LOC107744438,LOC107726355,LOC107672777,LOC107592367 other downstream 192741 10717531 ~ 10736059 (+)
senp3a senp3a,LOC107744451,LOC107687680,LOC107599939,LOC107672741,LOC107592295,LOC107726393 other downstream 402033 10926823 ~ 10933753 (+)
map7d2a LOC107687666,LOC107592282,LOC107599951,LOC107754729,LOC107726367,LOC107672739 other downstream 521689 11046479 ~ 11064446 (+)
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gria3a gria3a,LOC107597231,LOC107672342,LOC107732609,LOC107680378,LOC107733225,LOC107592272 other downstream 741852 11266642 ~ 11303431 (+)

Expression


Co-expression Network