snx19a (snx19a,LOC107597619,LOC107681657)


Basic Information

Item Value
gene id snx19a
gene name snx19a,LOC107597619,LOC107681657
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056703.1
NCBI id CM032072.1
chromosome length 32833783
location 8289720 ~ 8305446 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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tTGCAGAAATGGAATGCATAGCTTAATTCAGTCTACATTTAAATCTtaaaactacatatatatacaatatagtAGGcgatacttttttaataaacttacaatattgttattataggCCTATACGATACAGTTAAAATTTACCATATATCACCTATAGAAAATAGAGAAGAGCATGGTGATGGGACTTGCGGGTCAGAGAGGGCTATTGTTATTGAACTTCACAGCGGCTGCAGTAGAGGGCGCTGTTCAGTCGGTTTTTAACAAATCAAATCTAGTCTATTGTGGACAGTTAGATGATAATCTGATTAGAGTCAAGTAGATTAGACAGGCAGCAAACGTCGATAGCAACGACATGCGACGCAAACAGCGTTAAAATGATTGTATTGGCATACTTACCGTCTCGTAGACAGCTTTTGGGCACATCTACTTGACGATTTGTGCAGTGAAGAAGATTGTCTCGGTCACGGATATTTTAATGATCATCAGAAACTGTGACCTCTCGTTTGCTCAGTGCCTCACTGAAAAAGTaagttcaaaacatttttgctttctATTGGTGGGTATATCTGACCTGGATATGATAACACTGTAGTTCGTGTTTAAATATTAGgctatttaaatattctgaatTGTTATAGCCTATTTTACGGATTACGATCTGCCACGTGAGATATGCAATAAACAGAGCTATGCAACAAAATATAGACGTTTACCTGAAAAACCAGATCGCCTTTGTGTTTAgataacattttgtattttataacatattttacatattctcatgttacattttatttaattattataattaatttattccacAGTCAATCATTTTCCAAATTAAGATCTCAGATGAGACAAAATGCCACGTGCAGCCAATTCAAATCCATGGAGTTTCTCTGATTTACTGGGGCAGAGGAGTATTCTTGGAGTTGTAGTTTTGATTGCATGGTTAGTTCTGTTCCATCTTCTGGTGAATGTGTGGCTGTTGTGCATCTTCACCAGTTTGTTGGTCGTACTGGGTGGATGGCTGGGATCTCGTGTGGCTTTGGATGCCAACAGCCTCCTTCATTTGGAGCACTTTCTGCCGCTGCGTCAGTCCCCTGAAGTTCACACGACATCAGAGAGTGAACAAAGACTGGACTGGGAGATTCAGAGTGCCGTTGATAAGGCTGTGCGGGACTTTGTGTCATCATGGTACTGCAGTTCTGTGTCTAAAGGAGGGGATGAGTTTGAATGGGAGGTGATGGATGCCATGCTGGAAGCAGCAGCTGAACTGAAGAGGAGGGCGATGCAGGTGGACCGGAGAGCGCTGGCCCAGAGGGTTCTAGAGCTCTGCGGATGCCATCTACAGAGCTTTAGCCAAGCCAAGGAGCTCCAACGCACAATGCAAGAAGAGTCTGATCAAATGTTTTCAAACCCACAAAAACTATGGAGATTGTATAGTAATGCTGATTTCCCTCATCCTGCCCTGACTGGCCCAGCTAACCAGCTCTGCTACACCAGAGCACTGGTGGATCTCCTCATGCACGTGCTTATTCCCAAATCTCACTTGGAAACAAGAACAGGCCGGTACATGGTGGGAGAGCTCATCACCTGCAATGTCGTCCTGCCCCTCGTGGCAAGAATATCCAATCCAGATTGGTTAAACCAGACCATTGTGGATGTGTTCACCCAATCCACTGACAAAGAAGCACCAAGCCCACAGCAAACACCTcctgaagatgaagaagaatCTGTTGGCAGCTTCTGGGATTGTGACTCCCCTGTTACTTTCAACTGTCCCGAAACCTCCAGCATGCAGACAGCTTGGTCTGAATCCACAGCCCCCCTTCATGAATCATCTGAAACAAGTTTCCAGAGTCAGTGGTCCTCTGATGAAAATGTACCAGGGGCGAGAAGTTCCAGCATTCTTTTTCCAGAAAAAATTACCCAAAGTGCAGCCGAACTGCTCAGATCTCCTTACCGCACCAGCCGCCTCTATAGACACACTGACTACGACCTGGATTCACCCTCTTCAGATGAGAGAAAGCTATCTAGTGAGTCTTTAAAACGAACAGACACAGATGATGAGAACTTCTGCGACTGCATGTCACCTTCAGACTTTTGTGGCCTGGTTTGTCTGGAGGAAGACACGTTGGGCCTTTTGGGCAAGTGTTTTAGGCAAAACGTGATCATTTCAGAGCCTCCATCACCAGAGAGTACATTGGATGAGTGTCCAGTCCAACCCCTGTCTTACACATCAAACTCCATACCCAGAAGCCTTGGTCTGGACTCGTTAGTCTTCGATAACTTGGGAAATCTAGAGGGACCGGTAACTATTCAGAACTTGCAAATCACTGGGACAAGCACAGCCAAAGAGCAAAGAAGCAACAGCATTCATCCTTATACTCTTTACACTATAAAGtatGAAACTGTTGGAGAATCAGAAGGTTCAAAGTCTGATCAGCCTGCTGTTTATCATATGGTGAACCGGCGTTACAGTGAGTTCCTCAATCTGCAGACCCGTTTGGAGGAAAGGCCGGATCTCAGGAAGGTGATCAAAAATGTCAAAGGTCCAAAGAAACTCTTCCCAGACCTCCCATTCAGCAACCTAGACACAGACAAAGTGGAAGCCAGGAGAAGCCAACTGGAATCATTCCTCAGGAAACTGTGCACAATCCCAGAGGCAGCTAACAGTGAGGAGGTGCATGCATTTCTCGCCCTCAACACTGATGCCACAGCAGCTTTTCAGAAGAAGCCATCAAGTTCACGAATAGACAAGATGGTTGAGAATATAGTGGACACTCTGAAGACTGCATTTCCACGCTCAGAACCCCAGAGCCCCACAGAAGAAGGAGACCCACAAAGAAAaccCCGTCTGAGATTCTCCAGTAAAATAGCTCCTACTCTTAACGTTCCAAGCCTGCAACCTAATGTGACATACTCTTTCAGTGAACGCTGCTCAGTTCTTCGAGGTTTCTCCATGTCGGATCTGGAAGGGTTTGTGGAGGAACAGGAGAAGCAGGTCGACGAGGGTGTCAAGAGTCATTATGCAGGAGGAAGACACATGAGAGAGCAGGGATCTGTcgaaaaaagaggaagagggGCAGACACTGCTCTGGCAGATATCGCTCTGAATATCTTGTGCTTGCTGATGAAGCACCAGTGGAGCTGGCTGTGTACAGAAAACATCCAGAAAACCATCAGACTGCTCTTTGGCACTTTTATTGAAAGGATGCAGTGTGGCCCGGGGGTGAGCTTCCAGCGGTGCCTCGGTCAGAGAGGAGCCcagaacagagagagaagacGAGACTCCAATGCCTGCGCTGCCTCATGCAGCTGTTCCCAGAGTTAGTTACAGACATCCTTGGCTCTGAGAAATGCAGGCTGGTGTGGGAGCATGTGCTGGAATCTCTACAGGACCCCAGTATTAACAGGCACTtggtttacagtatttttgaccTGCTGTTGGAGTTCCTTGTTCCAGA

Function

symbol description
snx19a Predicted to enable phosphatidylinositol binding activity. Acts upstream of or within glial cell development and retina development in camera-type eye. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human SNX19 (sorting nexin 19).

NR:

description
PREDICTED: sorting nexin-19-like

GO:

id name namespace
GO:0035091 phosphatidylinositol binding molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_043240239.1 False 4835 mRNA 0.42 11 8289720 8305446
XM_043240240.1 True 8347 mRNA 0.40 9 8289720 8303523
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XR_006251032.1 False 3470 transcript 0.45 11 8289720 8304151

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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atf5a atf5a,LOC107717872,LOC107722784,LOC107587340,LOC107597628,LOC107677421,LOC108429764 coding upstream 19073 8264465 ~ 8270647 (+)
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LOC122345867 LOC108260105,LOC107656935,LOC107597601,LOC107386469,LOC106516344,LOC107717877,LOC108429707 coding upstream 86336 8202705 ~ 8203384 (+)
adamts8a adamts8a,LOC107681254,LOC107717867,LOC107587335,LOC107722779,LOC107677441,LOC107598150 coding downstream 82441 8387887 ~ 8400492 (+)
zbtb44 zbtb44,LOC107717865,LOC107597664,LOC107587334,LOC107722796 coding downstream 95534 8400980 ~ 8414078 (+)
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cfap77 cfap77,LOC107677414,LOC107598460,LOC107587433,LOC107741446,LOC107681220 coding downstream 269565 8575011 ~ 8589177 (+)
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G34075 LOC107664520,LOC107748505,LOC107597375,LOC107712354,LOC107664410 non-coding upstream 508796 7717973 ~ 7780924 (+)
G34358 NA non-coding downstream 123037 8428483 ~ 8431274 (+)
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G34398 NA non-coding downstream 166989 8472435 ~ 8473345 (+)
spns3 spns3,LOC107597443,LOC107712368,LOC107664514,LOC107677447,LOC107722774,LOC107587440 other upstream 279121 8001578 ~ 8010599 (+)
p2rx1 p2rx1,LOC107598068,LOC107712377,LOC107664512,LOC107587372 other upstream 491752 7754074 ~ 7797968 (+)
dpm2 dpm2,LOC107664400,LOC107712384,LOC107681851,LOC107598396,LOC107587395 other upstream 615084 7672827 ~ 7674636 (+)
tmem119b LOC107681861,LOC107597286,LOC107587378,LOC107735096 other upstream 692200 7592963 ~ 7597520 (+)
svopb LOC107723362,LOC107681854,LOC107598053 other upstream 722457 7558940 ~ 7567263 (+)
man1b1b man1b1b,man1b1,LOC107709694,LOC107681241,LOC107560236,LOC107757969,LOC107690671,LOC107587425 other downstream 558756 8864202 ~ 8871518 (+)
si:ch211-102c2.4 NA other downstream 1490935 9796381 ~ 9799358 (+)
fam219ab fam219ab,LOC107744421,LOC107595023,LOC107673386,LOC107752501,LOC107672754,LOC107592322,LOC107673387,LOC107595025,LOC107744422,LOC107592323 other downstream 1758771 10064217 ~ 10139733 (+)
osbp2b si:ch211-106a19.1,LOC107687692,LOC107744438,LOC107726355,LOC107672777,LOC107592367 other downstream 2412085 10717531 ~ 10736059 (+)
senp3a senp3a,LOC107744451,LOC107687680,LOC107599939,LOC107672741,LOC107592295,LOC107726393 other downstream 2621377 10926823 ~ 10933753 (+)

Expression


Co-expression Network