G98841


Basic Information

Item Value
gene id G98841
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035907.1
NCBI id CM008310.1
chromosome length 11650534
location 10049478 ~ 10053331 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU133265
taactccttaattacggcaacttttagactctttggcccgtttttctgcgctataactgcgcaccctctccgcttttagactctttggcctgttttttctgcgctagaaatgtgcactctctccgcttttagactctttggctcgtttttttctgcgctgaaactgcgcaccctctccacttttaggctctttggcccgtttctgacacctagcgttcaaactttgaatctcacattataaaaacctgcttaacagcgggccaactttcattctatttctaaaatacctctcGGGCCGctacaaaaaaggaaatggcccgcaaatggcccgcgggccgtaatttggacacccctgcactacAGTATCCGAAGAGAATGGAGAACGAACATCCGGATTACTCCATCACTCACTGACAGCAAAAGCTGGGACAGCTGGAACATACTTACACTTACTGGTGATCCTGTTTGCCATCCTTTATCTATTGTCATTTATATAAAAGCAGGATTAGCTTATGTGCTGCTGTGTTCACATTCTGAGTCATTTTCCAACCTCAGAGGATTCAGTGACATTTGTCGGACGAAAACACATGTAGGGTGAAGAATATCATTTGAATTttaatgggggaaaaaataagagatcacttcagtttctgaatcggtttctctgattttgctatttataggtttatgtttgagtaaaatgaacattgttgttttattctataaactacagacaacatttctctcaaattccaataaaaatattgtcatttacagcatttattcacagaaaatgagaaacggctgaaataacaaaaaaagatgcagagctttcagacctcaaataatgcaaagaaaacaagttcatactcataaagtttaagagttaagaaatcaatatttggtggaacaaccctggtttttaatcacagttttcatgcatcttggcatcatgttctcctccaccagtcttacacactgcttttggataactttatgtctgcTCTCCTggttttccagaggttttcaatgcgcaatttggtaaaatcaaagaaactcatcatttttaagtggtctcttatatctatctatatatcttatatcttatagAACTCTATATGCATAGTCTATGCTGAGTGCTGTTTAAGCATACATACTCAACTTTACTCAGATATGCTCATAACTATCTAAGTGGAGCTATTCCATGATCTCACAGTGCCAGTGGGTCAAAGTGGTCgatatactgttatactgttggAAAACATTACGCATTGAATTTGAGAATAGAGAAAGACAATGTTGGATTCTGGTCAAATACCAGTTGCGGTTGGTTGTTGTTTAgcagtaaattaataaatcctCTTTTTATAAGTCactctactagagacagatgcCTGAATATGGTTGGCATGTGTGAATAATTAGTCTGTTACTGTTTGTCAaatatgtctctttctcttatatatgcataattaataaacaaactaTCCACTGCTGTTTATCTCTGGAAAGTTGTAAATAGTGTTCTTGCagcaaataatagaaaataccAAGTCGTTTATTCAGTTTAGTGCAATTTAAAGATCAGACGCTACAATGTTTTGTCTGTTCAGTGCTTCCACATCAGTTGATATGCAGGATCAGGTGTTTTGTTGCCTTAAAAGGGCCCATATAGATCACTGAGACCACCACAactgagaccacttcagtttctgaaacagtttctctgattttgctatttataggtttatgtttaagtaaaatgaacattgttgttttattctataaactacagacaacatttctcccaaatttctaataaaaaattgtcatttggagcatttatttgcagaaaatgagaaatggttaaaaagagctttcagacctcaaataatgcaaagaaaacaagttcatattcataaagttttaagagttcagaaagaattcaaaaatcaatatttgttggaataactctggttttagtcacagtttttatgcatattggcatcatgttcacctccaccagtcttacacactgcttttggataactttatgctgctttactcctggtgcaaaaattcaagcagttcagtttggtggtctgatggcttgtgatcatccatcttcctcttgattatattccagaggttttcaatttggtaaaatcaaagaaactcatactttttaagtggtctttattttttcccagagctgtatatatatatatatatatatatatatatacacacacatcacatgaACGCTATGACTAATCCAAGCATCTCTGTGATTGGTCAGCGACACTTGTAGCACACGATTAAACATTCCGTGATTGGTTAGATGGCACATTTGCGACCTTAAGCCTTCTGTAGATCAGTATTTTAAAGGCTAATGTTGCCATAGAAGCAGAACAAACAATACGTATTGTTCTACTCTCTTCAGGACCCACCTCTACTGCACACATTCCTGTTTTCCCTGCATCTGAGtcataatataaaattattatccATTGTTTAATCCCATTAAAACACACTGAGCTGAGTAAACACAAAGCTGTGGGAAGGATATAGACTTATTACATGTTATACAGCGGATCTCGGTCACTATTAAAGCCTGTTTGCATTGAAACTGTTACTTGCGCTGAATAATTCCAGTGCTGGACGGCTTTCCTGGGTTTCAGCCTGAAAACTGCATGTAGAATTGTTAAATTTGGGATCAGCTTGAGGTTATACTGAGGGCCAAAAGTGTATTCATCTGTACTGTatcttataaataataaaatgctggattaaaaccatgaaactGAA
>TU133267
taactccttaattacggcaacttttagactctttggcccgtttttctgcgctataactgcgcaccctctccgcttttagactctttggcctgttttttctgcgctagaaatgtgcactctctccgcttttagactctttggctcgtttttttctgcgctgaaactgcgcaccctctccacttttaggctctttggcccgtttctgacacctagcgttcaaactttgaatctcacattataaaaacctgcttaacagcgggccaactttcattctatttctaaaatacctctcGGGCCGctacaaaaaaggaaatggcccgcaaatggcccgcgggccgtaatttggacacccctgcactacAGTATCCGAAGAGAATGGAGAACGAACATCCGGATTACTCCATCACTCACTGACAGCAAAAGCTGGGACAGCTGGAACATACTTACACTTACTGGTGATCCTGTTTGCCATCCTTTATCTATTGTCATTTATATAAAAGCAGGATTAGCTTATGTGCTGCTGTGTTCACATTCTGAGTCATTTTCCAACCTCAGAGGATTCAGTGACATTTGTCGGACGAAAACACATGTAGGGTGAAGAATATCATTTGAATTttaatgggggaaaaaataagagatcacttcagtttctgaatcggtttctctgattttgctatttataggtttatgtttgagtaaaatgaacattgttgttttattctataaactacagacaacatttctctcaaattccaataaaaatattgtcatttacagcatttattcacagaaaatgagaaacggctgaaataacaaaaaaagatgcagagctttcagacctcaaataatgcaaagaaaacaagttcatactcataaagtttaagagttaagaaatcaatatttggtggaacaaccctggtttttaatcacagttttcatgcatcttggcatcatgttctcctccaccagtcttacacagtgcttttggataactttatgtctgcTCTCCTggttttccagaggttttcaatgcgcaatttggtaaaatcaaagaaactcatcatttttaagtggtctcttatatctatctatatatcttatatcttatagAACTCTATATGCATAGTCTATGCTGAGTGCTGTTTAAGCATACATACTCAACTTTACTCAGATATGCTCATAACTATCTAAGTGGAGCTATTCCATGATCTCACAGTGCCAGTGGGTCAAAGTGGTCgatatactgttatactgttggAAAACATTACGCATTGAATTTGAGAATAGAGAAAGATAATGTTGGATTCTGGTCAAATACCAGTTGCGGTTGGTTGTTGTTTAgcagtaaattaataaatcctCTTTTTATAAGTCactctactagagacagatgcCTGAATATGGTTGGCATGTGTGAATAATTAGTCTGTTACTGTTTGTCAaatatgtctctttctcttatatatgcataattaataaacaaactaTCCACTGCTGTTTATCTCTGGAAAGTTGTAAATAGTGTTCTTGCagcaaataatagaaaatacaaAGTCGTTTATTCAGTTTAGTGCAATTTAAAGATCAGACGCTACAATGTTTTGTCTGTTCAGTGCTTCCACATCAGTTGATATGCAGGATCAGGTGTTTTGTTGCCTTAAAAGGGCCCATATAGATCACTGAGACCACCACAactgagaccacttcagtttctgaaacagtttctctgattttgctatttataggtttatgtttgagtaaaatgaacattgttgttttattctataaactacagacaacatttctctcaaattccaataaaaatattgtcatttagagcatttattcactggaataacaaaaaagatgcagagagctttcagacctcaaataatgcaaagaaaacaagttcatattcataaagttttaagagttaagaaatcaatatttgttggaataactctggttttagtcacagtttttatgcatattggcatcatgttcacctccaccagtcttacacactgcttttggataactttatgctgctttactcctggtgcaaaaattcaagcagttcagtttggtggtctgatggcttgtgatcatccatcttcctcttgattatattccagaggttttcaatttggtaaaatcaaagaaactcatactttttaagtggtctttattttttcccagagctgtatatatatatatatatatatatatatatacacacacatcacatgaACGCTATGACTAATCCAAGCATCTCTGTGATTGGTCAGCGACACTTGTAGCACACGATTAAACATTCCGTGATTGGTTAGATGGCACATTTGCGACCTTAAGCCTTCTGTAGATCAGTATTTTAAAGGCTAATGTTGCCATAGAAGCAGAACAAACAATACGTATTGTTCTACTCTCTTCAGGACCCACCTCTACTGCACACATTCCTGTTTTCCCTGCATCTGAGtcataatataaaattattatccATTGTTTAATCCCATTAAAACACACTGAGCTGAGTAAACACAAAGCTGTGGGAAGGATATAGACTTATTACATGTTATACAGCGGATCTCGGTCACTATTAAAGCCTGTTTGCATTGAAACTGTTACTTGCGCTGAATAATTCCAGTGCTGGACGGCTTTCCTGGGTTTCAGCCTGAAAACTGCATGTAGAATTGTTAAATTTGGGATCAGCTTGAGGTTATACTGAGGGCCAAAAGTGTATTCATCTGTACTGTatcttataaataataaaatgctggattaaaaccatgaaactGAA
>TU133275
taactccttaattacggcaacttttagactctttggcccgtttttctgcgctataactgcgcaccctctccgcttttagactctttggcctgttttttctgcgctagaaatgtgcactctctccgcttttagactctttggctcgtttttttctgcgctgaaactgcgcaccctctccacttttaggctctttggcccgtttctgacacctagcgttcaaactttgaatctcacattataaaaacctgcttaacagcgggccaactttcattctatttctaaaatacctctcGGGCCGctacaaaaaaggaaatggcccgcaaatggcccgcgggccgtaatttggacacccctgcactacAGTATCCGAAGAGAATGGAGAACGAACATCCGGATTACTCCATCACTCACTGACAGCAAAAGCTGGGACAGCTGGAACATACTTACACTTACTGGTGATCCTGTTTGCCATCCTTTATCTATTGTCATTTATATAAAAGCAGGATTAGCTTATGTGCTGCTGTGTTCACATTCTGAGTCATTTTCCAACCTCAGAGGATTCAGTGACATTTGTCGGACGAAAACACATGTAGGGTGAAGAATATCATTTGAATTttaatgggggaaaaaataagagatcacttcagtttctgaatcggtttctctgattttgctatttataggtttatgtttgagtaaaatgaacattgttgttttattctataaactacagacaacatttctctcaaattccaataaaaatattgtcatttacagcatttattcacagaaaatgagaaacggctgaaataacaaaaaaagatgcagagctttcagacctcaaataatgcaaagaaaacaagttcatactcataaagtttaagagttaagaaatcaatatttggtggaacaaccctggtttttaatcacagttttcatgcatcttggcatcatgttctcctccaccagtcttacacagtgcttttggataactttatgtctgcTCTCCTggttttccagaggttttcaatgcgcaatttggtaaaatcaaagaaactcatcatttttaagtggtctcttatatctatctatatatcttatatcttatagAACTCTATATGCATAGTCTATGCTGAGTGCTGTTTAAGCATACATACTCAACTTTACTCAGATATGCTCATAACTATCTAAGTGGAGCTATTCCATGATCTCACAGTGCCAGTGGGTCAAAGTGGTCgatatactgttatactgttggAAAACATTACGCATTGAATTTGAGAATAGAGAAAGATAATGTTGGATTCTGGTCAAATACCAGTTGCGGTTGGTTGTTGTTTAgcagtaaattaataaatcctCTTTTTATAAGTCactctactagagacagatgcCTGAATATGGTTGGCATGTGTGAATAATTAGTCTGTTACTGTTTGTCAaatatgtctctttctcttatatatgcataattaataaacaaactaTCCACTGCTGTTTATCTCTGGAAAGTTGTAAATAGTGTTCTTGCagcaaataatagaaaatacaaAGTCGTTTATTCAGTTTAGTGCAATTTAAAGATCAGACGCTACAATGTTTTGTCTGTTCAGTGCTTCCACATCAGTTGATATGCAGGATCAGGTGTTTTGTTGCCTTAAAAGGGCCCATATAGATCACTGAGACCACCACAactgagaccacttcagtttctgaaacagtttctctgattttgctatttataggtttatgtttaagtaaaatgaacattgttgttttattctataaactacagacaacatttctcccaaatttctaataaaaaattgtcatttggagcatttatttgcagaaaatgagaaatggttaaaaagagctttcagacctcaaataatgcaaagaaaacaagttcatattcataaagttttaagagttcagaaagaattcaaaaatcaatatttgttggaataactctggttttagtcacagtttttatgcatattggcatcatgttcacctccaccagtcttacacactgcttttggataactttatgctgctttactcctggtgcaaaaattcaagcagttcagtttggtggtctgatggcttgtgatcatccatcttcctcttgattatattccagaggttttcaatttggtaaaatcaaagaaactcatactttttaagtggtctttattttttcccagagctgtatatatatatatatatatatatatatatacacacacatcacatgaACGCTATGACTAATCCAAGCATCTCTGTGATTGGTCAGCGACACTTGTAGCACACGATTAAACATTCCGTGATTGGTTAGATGGCACATTTGCGACCTTAAGCCTTCTGTAGATCAGTATTTTAAAGGCTAATGTTGCCATAGAAGCAGAACAAACAATACGTATTGTTCTACTCTCTTCAGGACCCACCTCTACTGCACACATTCCTGTTTTCCCTGCATCTGAGtcataatataaaattattatccATTGTTTAATCCCATTAAAACACACTGAGCTGAGTAAACACAAAGCTGTGGGAAGGATATAGACTTATTACATGTTATACAGCGGATCTCGGTCACTATTAAAGCCTGTTTGCATTGAAACTGTTACTTGCGCTGAATAATTCCAGTGCTGGACGGCTTTCCTGGGTTTCAGCCTGAAAACTGCATGTAGAATTGTTAAATTTGGGATCAGCTTGAGGTTATACTGAGGGCCAAAAGTGTATTCATCTGTACTGTatcttataaataataaaatgctggattaaaaccatgaaactGAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU133265 True 2808 lncRNA 0.36 2 10049478 10053331
TU133267 False 2797 lncRNA 0.37 2 10049478 10053331
TU133275 False 2808 lncRNA 0.36 2 10049478 10053331

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
pafah1b3 pafah1b3,LOC108432331,LOC107671211,LOC107755833,LOC108266541 coding upstream 1507 10041913 ~ 10047971 (+)
LOC103040337 NA coding upstream 15210 10027394 ~ 10034268 (+)
LOC103040655 LOC103040655,LOC108266557,LOC108432293 coding upstream 24210 10020638 ~ 10025268 (+)
cxcr3 NA coding upstream 90494 9948259 ~ 9958984 (+)
LOC103041570 NA coding upstream 139101 9864750 ~ 9910377 (+)
cic cic coding downstream 325898 10379229 ~ 10451391 (+)
gsk3a gsk3a,gsk3ab,LOC103362704,LOC107724158,LOC108412552 coding downstream 415844 10469175 ~ 10488569 (+)
rabac1 rabac1,LOC107551691,LOC107582040 coding downstream 718167 10771498 ~ 10778123 (+)
LOC103032145 LOC108438260 coding downstream 1026204 11079535 ~ 11101099 (+)
zfat zfat coding downstream 1058724 11112055 ~ 11127909 (+)
G98829 LOC103025791 non-coding upstream 22127 9968591 ~ 10027351 (+)
G98831 NA non-coding upstream 45614 9947394 ~ 10003864 (+)
G98798 NA non-coding upstream 278280 9770433 ~ 9771198 (+)
G98795 p3h3,LOC107700158,LOC107724912 non-coding upstream 284853 9754221 ~ 9764625 (+)
G98772 NA non-coding upstream 297768 9751178 ~ 9751710 (+)
G98935 NA non-coding downstream 121397 10174728 ~ 10175861 (+)
G98938 NA non-coding downstream 130067 10183398 ~ 10197911 (+)
G98954 znf574,LOC108412555,LOC107717428,LOC107700188,LOC107551698 non-coding downstream 293156 10346487 ~ 10348593 (+)
G98969 NA non-coding downstream 399911 10453242 ~ 10455166 (+)
G98966 erf non-coding downstream 450620 10503951 ~ 10510431 (+)
G98840 NA other upstream 47432 9996204 ~ 10002046 (+)
G98636 NA other upstream 736675 9312406 ~ 9312803 (+)
G97931 NA other upstream 2918669 7127804 ~ 7130809 (+)
G97926 NA other upstream 2979349 7068688 ~ 7070129 (+)
apoc1 NA other upstream 2983449 7062132 ~ 7066029 (+)
G98845 NA other downstream 7102 10060433 ~ 10069002 (+)
G98934 grik5,LOC107551699 other downstream 119222 10172553 ~ 10178459 (+)
G98967 NA other downstream 440460 10493791 ~ 10498518 (+)
LOC103033199 NA other downstream 946594 10999925 ~ 11027424 (+)
abhd16a abhd16a,LOC107717442,LOC107723554,LOC107582042 other downstream 975491 11028822 ~ 11047690 (+)

Expression


Co-expression Network