LOC107197015


Basic Information

Item Value
gene id LOC107197015
gene name NA
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035913.1
NCBI id CM008316.1
chromosome length 28317440
location 13230102 ~ 13236737 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU205300
CAGAGTCCCGGGACCCAGCAGATACCCTGATCACAAGCCCTCTAATTATCCATTCTCAACCTGagaaacATTAACACATCTACAGCCATGAGACTCAGTGTGCTCTTCTTCCTCGTGTTCCTGGGGTTCCTCTCCATCACTTTGGCACAAGGTTCCTATGAGGACTGCTGTCTGCGCTATGTTAGCAGCATAAGCTCACACAGGATGAAAAATGTGGTCAGCTACAGACATCAGGTGCTGGATGGGAGCTGCAACATCCGTGCAGTTGTGTTCAAGATGAGGAAAGGCAGAGTCTTCTGTGCGAACCCCAAAGTTAAATGGGTGAAGAAACTGATGGATAGAGTTGACAAGCTGTCGAAGTAGGGTCAGAGAACGTGAGACAACAGAGGGTTCAGAAGACTAATGTTCGGATCTACAGTTTGAACCTGAGAGGATGCCAGCACCCTCTGATGTTTCTGTCCTGAGGTCTTGCTGTCTCGCTGTGGTTCCACCTGCTGTCTCAGACTCAGCTTTGGCGTACTGGCTACCCAGCATGCATTGCTGCCAGATGTTAGCGGACTTTATTTTGTAGCTCTTCCTGCATTTTGTCCAAACTATAAGCTGCTAATATCACCACTCTTTCCCATGTTTCCTACACAACACTACTGTCCACTTCCTGCGGCCCAGTGGGCAGCGCCCGGATCTGGGTGCACATGTGAGAGTACGGAGGGCTGCATGTGTAAGCTATTAAGAGATAAAGAATGTCTGTAATCGTTCACGCTTTTATGGCCAGGAGCTTCGCGGTAGCTGATAACGCTATAGTCCAATCGTGGGTGGAACAGTTTTGCAATCAGatcaaatattgtttttcacCTGTTTCCTTATGAGATTAGCTGTAACGAGAGTGCGTCTTTCACTGGGAGTAACCTTTGAACTTGTaagtattgtgtatattgttctCTCTGCTTTGACGTTTGCCTCGCACAAGTTAATTGTCGtaattattgttataataatgCTGAATGGTTCGCATAATTCTATATAACTTtaaattgttattgtttttttgaggTACACTGATAAATGTACAGTTGATACAAAATATTTTGCAAAAATGCCAAAGAAGACCCATTTTGGTCCCAACAAAAATCTTCAGTTGGTACataatccaaaaaaatattcataaatcGCATAATTGTTCTCAGCAATGCTCTTTAATGATGGATCCATGATGGTCTTtttcaattgaaaaaaacaaactcaaATAAGCATTAGTGTAATATgtcataatatttaaaaaaaaatgcataaatggGAGTTAAGAAGAAATGTCgtcttaaaaacactttttttgtaaaagagataaatgtaaatgtgattaacttttaaagctttaaaggcTTTGCTCAATTTATGTTTTCAGCAGTCGAACTTTTGTAAATGtcattttattcactttttataGCAACAATAAGCctgtaaatgtttaactattgcACATCTGAGTCACATGGAATTTGTCAAGGGAGTTTCCTTTCTCATTTCAATTACTACTTTTCAGATGAACTATTTTTGTATTGCTTGtcaatatttgtgtttatactTCACTAATAAAAGATGGTGAGTTTCCTCTTACAGTGAAGAATTTTCAATAAAT
>TU205301
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>XM_022678985.1
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Function

GO:

id name namespace
GO:0050896 response to stimulus biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU205300 False 1636 lncRNA 0.39 5 13230140 13236737
TU205301 False 1562 lncRNA 0.40 6 13230140 13236737
XM_022678985.1 True 1662 mRNA 0.40 5 13230102 13236725

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103033765 LOC108439882,LOC108280735,LOC107552688,LOC107750941,LOC107696794,LOC107754590 coding upstream 48355 13176658 ~ 13181747 (+)
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LOC107197877 LOC108442433,LOC108280639,LOC106596660,LOC106569828,LOC107750908 coding upstream 354374 12848418 ~ 12875728 (+)
LOC103039850 celf5,LOC108444550,LOC108280171,LOC107750904,LOC107667861,LOC107696073,LOC107729965 coding upstream 707808 12295483 ~ 12522294 (+)
LOC111194542 LOC108439873 coding downstream 21398 13258135 ~ 13265901 (+)
LOC103039137 LOC108439880,LOC108280256,LOC107552681 coding downstream 31051 13267788 ~ 13270876 (+)
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G151565 NA non-coding downstream 146501 13383238 ~ 13383487 (+)
LOC103033441 abhd8a,LOC108439870,LOC107696148,LOC107754588,LOC107687901,LOC107596234,LOC108280232,LOC103352801 other upstream 98649 13101394 ~ 13131453 (+)
LOC103033117 LOC108439884,LOC100333521,LOC107696163,LOC107750940 other upstream 120498 13103115 ~ 13109604 (+)
LOC103035375 LOC108427208,LOC108280686,LOC100331938,LOC107713688,LOC107600193,LOC107558294,LOC107729982 other upstream 1626061 11587909 ~ 11604041 (+)
LOC103037021 LOC103037021 other upstream 1668558 11552539 ~ 11561544 (+)
LOC111194536 NA other upstream 1690265 11531569 ~ 11539837 (+)
LOC103039742 LOC108439864,LOC108280459 other downstream 60857 13297594 ~ 13335076 (+)
G151621 NA other downstream 363872 13600609 ~ 13633602 (+)
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LOC103044755 LOC108443098 other downstream 683688 13920425 ~ 13943509 (+)

Expression


Co-expression Network