G184853


Basic Information

Item Value
gene id G184853
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035917.1
NCBI id CM008320.1
chromosome length 21661149
location 15660667 ~ 15664885 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU250486
ataaaaacacattattatattattaaatctaaaagtaaaagaaaacattactttttatgtaattataaacctaatgataaaaaaattataatgtgttttggAGAATCGATACAggattgcaaaacaaaatatcacaatacgatcaatatcaatattttttataccctttttttttattttgaataaattaCATCTAAAACAGACacctataatataattttttttttattttgaataaattaCATCTAAAACTTTCTAATATTCTTAACAAACTCTTTTAATAGGAAGAgtttatgatttaatataatttgcaatatattgcaatactgtaagcaaagcAATATTTTGCGATTGTTTAAatctaaaagtaaaagaaaacattactttttatgtaattataaacctaatgataaaaaaattataatgtgttttggAGAATCGATACAggattgcaaaacaaaatatcacaatacgatcaatatcaatattttttataccctttttttttattttgaataaattaCATCTAAAACTTTCTAATATTCTTAACAAACTCTTTTAATAGGAAGAgtttatgatttaatataatttgcaatatattgcaatactgtaagcaaagcAATATTTTGCGAttgtttaaatcaatattttaaggAACTGTCAtggtataaaaacacattattatattattaaatctaaaagtaaaagaaaacattactttttatgtaattataaacctaatgataaaaaaattataatgtgttttggAGAATCGATACAggattgcaaaacaaaatatcacaatacgatcaatatcaatattttttataccctttttttttattttgaataaattaCATCTAAAACTTTCTAATATTCTTAACAAACTCTTTTAATAGGAAGAgtttatgatttaatataatttgcaatatattgcaatactataTTTTGGGGAACGGTTATGGTATAAAAAACACtactaaaaaacttttttttttcactccttATGTTTGTTTagaacaaattacatttaaaactctTTAATGTTCTCATCATACTCCTCTAACATTCTCTAATACTGCAGGGgatctgtgttttcttttattattataacattcaCTTCCTCTTATAATGGCTGTGAATATTCTGTAAATGGGAGAAGTTGTTTAGTAAATGTTGGTTGAGATATTCGATGattaattctatatatataaaataaaaaaacaggaaatgaaTGACCTACAGTGATTTTCCCCTGGTAGTGGTGATAATATGTCTAGACCTGCGCTGCATTTCTTTGTCATAAGTGTGGTCAGAAGACTTTTCTTCTGTGCAGGGTGGAGACCTGTAGTGCACTCTGCCAAAGCTTTGTCATACCAGCAGCTGCTGAGGTCATTGATGAGGTCAGAGTGTGGGCTGTTTAAAAGCAGTTGGATTTCTTCAGAATGATGAAGGTAACTGTAGTTGAgcaatacagtaccagtcaaaagtttggacacacctgaaattcagtagtttttaaaaaatatattggaggtaaatactaatattttaaGTATTCTAATATTaagttaaaagtgttaaacaaaccaaaatatatcttgcttagatgacagttttgcacatcttgtctagattttctcagtcagctttgagttagagtcacctggaatggcattcagttaacagctgtgctgaacttgccttgcttcttaatgtgtttgagagcatcagttgtaaagttgtgaagaggtagagctaCAGGTATACattgaatagctctatttgagtaatgttctaatccatattatggcaagaacttctcaagtaagtaaagaaaaaaaaatactttaagttaTGTAGGGCAGTCAatcaaaaaaattttttaagaACCATCAAAAAAACgctatgataaaactggcactcatcaggacggcccaggaaaggaagagcaagagttacctctgtagcacaggataagatcatcagagttaccagcctcaagtTAAACCACAAGTTTaaagctccccagataagagcaccatAATGCTTCACATagtattttcttgttttttttttaacacttttaacaaaattactacatgagtctggatgacttcagtattcatttaaaatgaaggaaaaaaataaaaacattgaaaaggaaggtgtgtccaaacttatgactggtactgtatatacactcacccaaaaggaagataaatgttaccaggaacaataaatgataaaaatttagactgatatgggcaatatgtttataattatttattgagctacacatacagaagtagtgtatAACGCAACATGCCAAGAGTtatagaggttcctaatggtgtcctgctaTAATCCTTCCCATACAAATGGGATATTGGTATATTAGTATGGAATTGAATATTCtcacagtttctgcagattttgTTGTAGGGGTGGCGTGTTGGTGGCACATCCAATATCATCCCACAGATTTTTAATAAGGGATAGGTTGACTTTTACATCTTAACGTTCAAGATACAGATGCcatgtgtacattttttttataatttattattattattgttcctggtaaacTTTATCTTCTGTTTGAACAGCATCACATTTCCACACTTCCTTCTaggtgcctttttttttttttttgatgatgtgtgtgtttaaagagtGATTCAGACTAGGTGGGTTCAGTACACATAATTAGACCTTGACAACTGTGTAGGACGCTTGCTGTCatggttatggttatggttaGTGTCTTTCAGTGTGTTAATAGGTTTCAAATTCCCAGATCAACTGCTTATGAGCATTAAAGGGTCCATATATCTCATATATCTCTAAACATACATTTCATAAGTGTCAAAATATACATatcatgcattttattttatacatacatTAAGCTACATAAATTGTGATAAAGAGTGTTTACATGCACATTCATAATTAGTTTACGGCAGTTTTAGCTTTCCAGATCTCTTCAGTTctgattctgttttttgtttaacgATGCATGAATAAGCAGATTAATATTTTGCTGTTCTAAAATCTTCATGTTCGCAGTAGCTCATGTATCAGCGCCATTAGCAGCATCATGGTTGCTCAGGTAACCAGAAAAGGCTATTGTTGCCAGAAAAAGGTCCTGGGACCTACCACATCAGTATTTTTGAATAAATGTACTGAATGTGGCTTGGAAGGAATGCTAACAGAAGAGTATTGTTGCCATTTATCATAATATTTTGCCATCTCCCCACTCAGGAACATTGTtgctttcaatttaatataaaaaaatatacagaatttGATAAAGAGAGCTAGATTTTAGCTCAGAACTGGGATTTCTCTAAACTCTTAGCTAGAGAATTCTTGGATTTCTCAGTCTGTGCAAAGCAAAAATCTCAATATTGCTTAGAGTTTTCCCATTATCTGATTTCCCAGGTTCAAAAACACATTGATCAGCTTGCTGACAAACTCAAATGTTCTGTAGTAATCAGATTAGAAAGTGAATGTAAATGCGTGACATGGAAAAATGCTAATGTATCTTTCCATTTATTCTAAAGCATTGTGACTCTTCCTCACTAAAGTTATACTCACTGAGTGTTTCAGCCCAGACAGCTTTTTAATGGGGCacaatttgataaaaaattatatattggaTGGCTCTGATACAAAAAACCCACACAAATAGGAGCACATGTGGAACACAGAAAATGGATAAACGCATGAAACTAGGAAGAATGTACTCGTATAAGAACATTGAATTACAAAATATACTACCAAAATATGGATGTTTGCTACTTAGGACACCATTTTTCATTGATTATGTAGCTCTAGTAGTACATATTATTAGGATATGAGGGTCTAATAGATAGTCTGAACTATAGAGACTAGCATACAAATGAGTTTGGGAGGAATTTATACATACTTGCATATCTTAGTGTGTGATTGTAGCAAAGTTATTGTTtgatattgattgatttttcaGCGTTTTGTCTTTGTGTAAATGCATATTAGGACATAAAGACTGTCAGTGCTAAttgatattttgtttattaatgtgtttgtgtgtttggaaTAAGTAATAATGTGCCTTTCAGGTCATGTAAGTCTATGTAATGCTTCTTGGGGCACAGTCTACTGTGTACAGACACTGTTTTAACGAGTGCTCTTACAGAAAGGGCTTTAACTATGCACTTTTGgttactgcaaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU250486 True 4219 lncRNA 0.31 1 15660667 15664885

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ugdh ugdh,LOC107757604 coding downstream 1101 15645138 ~ 15659566 (-)
rpl9 rpl9,LOC107671920,LOC107700291,LOC107709470 coding downstream 23575 15632254 ~ 15637092 (-)
rfc1 rfc1,LOC102787736 coding downstream 30662 15616094 ~ 15630005 (-)
LOC103043828 LOC108437730 coding downstream 99835 15428393 ~ 15560832 (-)
LOC103041363 qdpr,dhpr,qdprb1,LOC108437732,LOC107750446,LOC107702409,LOC107562607 coding downstream 288230 15367109 ~ 15372437 (-)
pds5a pds5a,LOC107757607 coding upstream 19931 15684816 ~ 15707540 (-)
gpr75 gpr75,LOC107602942,LOC107683917,LOC107654975,LOC107553188,LOC107705414,LOC107739897 coding upstream 98301 15763186 ~ 15767780 (-)
dctpp1 dctpp1 coding upstream 430145 16095030 ~ 16096320 (-)
fam160a1 fam160a1 coding upstream 454789 16119674 ~ 16141270 (-)
rps3a rps3a,LOC107695588 coding upstream 515185 16180070 ~ 16184812 (-)
G184836 NA non-coding downstream 95784 15564622 ~ 15564883 (-)
LOC111195235 NA non-coding downstream 241460 15412667 ~ 15419207 (-)
G184816 gtf2e2,LOC107671915,LOC107548363 non-coding downstream 273566 15384714 ~ 15387101 (-)
G184818 NA non-coding downstream 281461 15372772 ~ 15379206 (-)
LOC103043324 NA non-coding downstream 607797 15047747 ~ 15052870 (-)
G184854 NA non-coding upstream 293 15665178 ~ 15665714 (-)
G184863 NA non-coding upstream 56422 15721307 ~ 15722297 (-)
G184865 NA non-coding upstream 61479 15726364 ~ 15726622 (-)
G184868 NA non-coding upstream 67496 15732381 ~ 15732755 (-)
G184869 NA non-coding upstream 67914 15732799 ~ 15733086 (-)
smim18 smim18 other downstream 279459 15376658 ~ 15381208 (-)
LOC103043525 tapt1,LOC108434341,LOC107702406,LOC107750443,LOC107671913,LOC105908524 other downstream 320087 15309509 ~ 15340580 (-)
LOC103032041 NA other downstream 1544211 14063644 ~ 14116456 (-)
smim14 smim14 other upstream 1226 15666111 ~ 15671954 (-)
lrat lrat other upstream 1233293 16898178 ~ 16901684 (-)
LOC103032582 NA other upstream 1565200 17230085 ~ 17241027 (-)
G185295 NA other upstream 1587382 17252267 ~ 17254633 (-)
G185311 emc4 other upstream 1630616 17295501 ~ 17300782 (-)

Expression


Co-expression Network