LOC111195238


Basic Information

Item Value
gene id LOC111195238
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035917.1
NCBI id CM008320.1
chromosome length 21661149
location 16453885 ~ 16462187 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU250582
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>TU250584
GCTTGCCAGTGTACCCCCGAGTGTTTGCAAGCGAAAGCACGCGTGTGTCCGCCGGTTCTACACCTTTTCTCTGCGGGGTACATCGGTGTTGGAAGTGAGGAAACGACGTTCACGGAGAAAACGAGGGACAGACTGAGCAGGAATGTGTAGCAGgtggtaacattagtaaagttaggagaacacagggactttgaggtgatggaggtagcGTTAGCTCTATTACATGAGAATGAGGAGCAATGGCTGATAAAAATAGCAAACGGTGAAGACTGAGAAGTGCTGGATGAGCAGCAGCTGTCTGCCACCCACTTTTGGGTCCCGACCCACCTGTTGAGAATTGCTGTTCTACACAACTCAGATGTCCAGAGGCTTAAGTTTGGAAACCTTTCTGTGTGCAGTGACCCTGAAACCTGTGGACCACGAACACCGAGCCAGTTTGCTTCATGTGGTTTGCTGTGGCATTTGGCTTTTGACTGAACTCTGACGAATGATCATGGTCCAACCTGCAGACTACACAGGAAAACACCACCAGATTTGAGATCATCTCCAGGATGTTTGCTGTTTGCTTGAAAGCAGAACTTGCTGAAGATCATGCTGACAGATAACCCCTTCAGAATTGGTCACAGCATTAggaaattaggaaaaaaaaaacactcatccAGTAGTACACAAATGTGttctctatacacacacacacacaacagaatAGAATCTAAATATACTTTTCTAGCTATCAACCTCTCCCCGACCCTTCCTCAGCTTCAGAGTCAAGGTGAAAATAGATTTTACagctaaaaatagatttttatttatttttttattttttttatcacgcCCCAGTCCCCAGACATTAGATACATAACCCTTCCTTATGATATGAAATTTCAATAAGATCTACAAAATATAGCAATGccctttttaaaaatagctaTGCTTATTTGAATATTCAGAATACATTCAGTGTTCAGTATTCATAGTGCCATGGCTGCGTCACATAGCGCCCCCATCTGTTGTCTTTGTAACCGTACAGGTAGGAATCAATATCTGGTTTGGTACTCGTGATGCCATCTATTGAAGTCATTGTAGAAGAGGACGATGCTGCCGGATGCCATTCCAGTGATTATAC
>TU250585
AGCTGTTGTCAAACCTGTTGGGCAAAAATTAACAggcatatttatttgtttggtcTGCAGGTTTGCTGTGGCATTTGGCTTTTGACTGAACTCTGACGAATGATCATGGTCCAACCTGCAGACTACACAGGAAAACACCACCAGATTTGAGATCATCTCCAGGTACAAaactttattataattcatCACACACTCCACTCTGATTGCCATGAAGTCAAACAACaaagctaaaaaacaaacaaacaaaaaaaaaaaaaaaaactttttttttttttacttccacaCCAGGGGGGCTGTTCCACAAAGCGAGCTAACTCAGTAAATCAGGCTTTTTAAGACGAGTCTGGCTCATTTTGCTCAAATTTCGGTTCCACGAAAAAGGCTAGACATAGGCTTAGCTAAGCTGCAGCGCTTCTATTGGATGAGCCGTGTGATGTCATTGCGGGTGGGAAACAAAATCAAGGAATAAGGTTCTGCCACTGTTcatataatatttgtatatatttaattgagtATTGCACTGTATTGGAAATGTGTCTGCACACTGCAATTTATTGGTTCAATCTTAAATTCAGgccagtttaaaataaaatagtgtttttaatcGCAGTTCATTTCCACAAAGATATATTTGCATAAACTCCATAATCACATTTATGATGCCCAGGTACTTTTAAATGCAGTTacttttaagtatatttgtaatCAAAGAATTCTTTATACAAATGATATCCATTCACATATGTAATCATATTtgttcaatataaataaaataaatgtttggttaaatgaATGATGCAAAAAGTTAAATTGCATGCAGGTGATataaatttgcaaaaaatgtaagTTAGGCTATAAAAAGAGCAGCCAACATTGAAGGCTGTAGGCAGTGATTGACCACGGCATGCCTATTTGAAGACGATCCAGTAGATGAGGGAGCGTGTGTAGtgcgcagagctttcagatgtTTTCAAATGTCTGGCtcaaatgaatgggaacaggtTGAGTCTGTTCGTCGTTAGTGGAACAGAACTAGCTGGAAGTGACTTGTGTGGCTAACTCAAGCGAGGCTTCGCTTCGTGGAACAGTCCCCAGGCCTGACTCTCTCCATAGTGGAAATCTCCATCATGCATCGTATGTAGGCAGggtgcacattttattgttttcaacAGGGTTTACAGCAGCTGGCCACAAGAGGGCAGCAATGGGTTTCACTTTAATCTCTGTCCACTGTATGAGTGTGGTTGATTACACCATGATTGTGTCCCAATTGTGTACTAAACACTAATATTATAAGGTATACACTAATACAGATTTAACAGGTTATTACACTAAATATTCATGTACTAACCTGTTGGGTAAAATACATCACTGACATTTCTGCTGTAGTGCCGTTCATTTATGATGttcttcagtattttttttatattgtttcgTATGCGAGTAACTACTCCTTTTctgttttgcattttattgtGGGATAATGGTGTCAATCTTAACCACACTCAAAATCCACCTGGTTCTGATTATGTAACCTGggtatttaagtaaatttccCTATTAGGACTTATCTATACTACATACTCAAAAACTAGTaagtattagtaattagtacacAATTGGGATGTGCCCATGTTTTCCTAAACTGAGAGGAAcagacatcatttttatttaaactcataACAGAGGTCAACCGGAGTTTAATACAAGGATTAAACATTTATGGTAATaggtttttatattattacaatTAGGCTGTAAAACAGTTAATGAGGTTAATTTTCCAGTTGAGCAATTTGTGGTAGTTtgttacttgatttttttttttttttaagttcttatGGTCATAAATTCTGACATGCTGAAAGTCATGCCATAGCAGTATATAAACCAATCATCAAGGTGGGGGCGTCCCCAAGTAATCCCTGAGTTAaactgtgaggtgttatcctgtGAGTGAGGTGAAAcactggtcagcatgctcatgaCAAGGATAGGATATTCTATTTCCAAAGTTCAACAGTGTCAAGTGTGTACCAGGAATCTGTCAGAGAAAGCTTTACTATTcacagtgaacagtgcagtgggcgggaaGGATCCTGACAGGCTGTGTCTGTTTAGAATTGTCCATATAAATAGACAAGCCATTCTGGCTAAAACAATTCCCTCATTCAATGCAGGACATCCTACACACATCCTGTAAGCCAGTGCagtggtgtttttttctgcttccaTGGGACATAGCAAAAGGCAAAGTATAGGTTAACCCAGACTTCAGCACTTCAAGGCATTTCTAAGAATTACTTATGTATTCTAAAATGTAGTACTTGTTCACTGTGAGTTATTTGGCTTTCTGTGACATTACTGTATATGGTAATCAATCATATATCACAGATACAGAGGacagagattaaaataaaaccttCTCAAACCAGAGCACTTCTTTTAATGAATTGGACACATCTTTCCACTGCCTGTGAGGTTCAAAACTAACTTCTTGTCATAACCCCATGTATTGCAGAGACATTAAGTGAATCATTATGTTAGTATTCATTCACCTTTCTGGACGGTTGAGGTCATTTGCACAACATAACATTCCTCGTAACTAATAAGATACATCAGAACAGGCCTTGGTGTTGGGTAGAGACAGAtttgaagtttaaaacaacaaaagataaaagcaaaaacaacaaattatgataataataatattttagtaaatCATTCGGTCCTCTGACCCATACAATGATCTTACTTTCTCTAGATCATTTAAACCCACATCActgatttcttttttaactATGTAAAGATTTCAGCCcttaattaaacacacacacacataaatataggTTTAAATTGACGGCATTAATGATTATCAGCTAATCAGTTTCTCCAGGCTCTGCTTAATGATGTATTATTTCATAGCAGTTGTTGTGAACCATAATGAGACTTAGTTTTACAgtgctttattaatatttaactaTAATTATATGACGGTACAGTGAAGAGTtaagcctgtcacaataattacatttatcaTGCAGTATATAATTCAATTACTGCAAAACATTGGAGTTTATCAGCGATCGGGTCAATGTGTTGATGAACTTGTGTAGTCAGATAACTTAAACTCAGGAGTTTTCAGGAGTCTAATAACAACTGAGAAAACTCTGGTTGAATACACAACAGTGTGCAGAGCCTGGAGACGGTAATTACTGCATatgcagttcacacacacattcagctcTCTTGACAAACAGATGCTAATGTATGGTGGGTGTGTGTGCGGTTAGGCAGCTATGATGAAGGGGTTTATGTGTAGCCATGTctattaaacaatttttttcaattcctgttgtttttttcctccccAGGATGTTTGCTGTTTGCTTGAAAGCAGAACTTGCTGAAGATCATGCTGACAGATAACCCCTTCAGAATTGGTCACAGCATTAggaaattaggaaaaaaaaaacactcatccAGTAGTACACAAATGTGttctctatacacacacacacacaacagaatAGAATCTAAATATACTTTTCTAGCTATCAACCTCTCCCCGACCCTTCCTCAGCTTCAGAGTCAAGGTGAAAATAGATTTTACagctaaaaatagatttttatttatttttttattttttttatcacgcCCCAGTCCCCAGACATTAGATACATAACCCTTCCTTATGATATGAAATTTCAATAAGATCTACAAAATATAGCAATGccctttttaaaaatagctaTGCTTATTTGAATATTCAGAATACATTCAGTGTTCAGTATTCATAGTGCCATGGCTGCGTCACATAGCGCCCCCATCTGTTGTCTTTGTAACCGTACAGGTAGGAATCAATATCTGGTTTGGTACTCGTGATGCCATCTATTGAAGTCATTGTAGAAGAGGACGATGCTGCCGGATGCCATTCCAGTGATTATAC
>XR_002651561.1
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU250582 True 4382 lncRNA 0.38 3 16453885 16461805
TU250584 False 1126 lncRNA 0.43 4 16453885 16461805
TU250585 False 3950 lncRNA 0.37 2 16453885 16457878
XR_002651561.1 False 1033 lncRNA 0.47 4 16454360 16462187

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
mab21l2 mab21l2 coding downstream 97876 16351574 ~ 16356009 (-)
rps3a rps3a,LOC107695588 coding downstream 269073 16180070 ~ 16184812 (-)
fam160a1 fam160a1 coding downstream 312615 16119674 ~ 16141270 (-)
dctpp1 dctpp1 coding downstream 357565 16095030 ~ 16096320 (-)
gpr75 gpr75,LOC107602942,LOC107683917,LOC107654975,LOC107553188,LOC107705414,LOC107739897 coding downstream 686105 15763186 ~ 15767780 (-)
trnaw-cca_46 NA coding upstream 114636 16576823 ~ 16576895 (-)
trnar-ucg_6 NA coding upstream 114738 16576925 ~ 16576997 (-)
trnar-ccg_7 NA coding upstream 114841 16577028 ~ 16577100 (-)
trnar-ucu_5 NA coding upstream 114943 16577130 ~ 16577202 (-)
trnar-ucu_6 NA coding upstream 115045 16577232 ~ 16577303 (-)
G184902 gatb non-coding downstream 355393 16097011 ~ 16098492 (-)
LOC111195239 NA non-coding downstream 360609 15992016 ~ 16093276 (-)
G184898 NA non-coding downstream 439359 16014017 ~ 16014526 (-)
LOC111195237 NA non-coding downstream 487472 15941098 ~ 15966413 (-)
G184881 NA non-coding downstream 507427 15891780 ~ 15946458 (-)
G184939 NA non-coding upstream 491 16462678 ~ 16468266 (-)
G184944 NA non-coding upstream 32360 16494547 ~ 16541739 (-)
G184945 NA non-coding upstream 32543 16494730 ~ 16511182 (-)
G184946 NA non-coding upstream 36172 16498359 ~ 16501566 (-)
G184957 NA non-coding upstream 91812 16553999 ~ 16554312 (-)
smim14 smim14 other downstream 781931 15666111 ~ 15671954 (-)
smim18 smim18 other downstream 1072677 15376658 ~ 15381208 (-)
LOC103043525 tapt1,LOC108434341,LOC107702406,LOC107750443,LOC107671913,LOC105908524 other downstream 1113305 15309509 ~ 15340580 (-)
trnas-gcu_6 NA other downstream 2362295 14091509 ~ 14091590 (-)
trnas-gcu_5 NA other downstream 2364098 14089706 ~ 14089787 (-)
lrat lrat other upstream 435991 16898178 ~ 16901684 (-)
LOC103032582 NA other upstream 767898 17230085 ~ 17241027 (-)
G185295 NA other upstream 790080 17252267 ~ 17254633 (-)
G185311 emc4 other upstream 833314 17295501 ~ 17300782 (-)
nutm1 NA other upstream 851183 17313370 ~ 17328889 (-)

Expression


Co-expression Network