G185890 (LOC108443824)


Basic Information

Item Value
gene id G185890
gene name LOC108443824
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035917.1
NCBI id CM008320.1
chromosome length 21661149
location 19948082 ~ 19951796 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU251913
AGAGTTATGCACTATAGGACACTATAGGACAAGTGAACAGCTGATATATTCAATATACTCTTATATTTACACACAGTGGGAAAAAGAGATTATAAGGATTATAATTTTAACATGAAagatgcaacaaaacaaaaaggggGAAAGTGGTTCATTATCAATGCTGCATTTACTGAAGAGACTACTGatgctcatatatatatatatcaccaaAGTGTTCTTATTTGAACGATGTGCTGTTTTTAGTGAAAATACAGCATTTTGTGTTGCTGGACAGAATCATAATCACTAAAATTTGCATTatcatatacatttatttctgtacAGTTTTGGCATTGATTGATGTCCTAAAAGCTTTTACACACCGATCAGCATtttccctcctgccccgcccctaaacccatacatcacccagagcCCCTCACAATTTACCCCTCCCTAAGAtcggagtcagctaaaatcaggggggtTAGTTACCCTTTAATAATTACGACAGATTCGGTGTATAcagataattttattattaatataaagtattttgccattttttatttaatgttcagtGTGTAACGGCCTTAAGAGTACATCATTAGAAAATTGGGACGTCCTGATTCAGTCCAATCaggtttttaattgtttatattaATTCTGATTCACCTTTAATCCTTTGTTTTTCTCGTTTTGTTAAACTAAACATGTTAGAAGCAACTATTAGGCTTTAATTTCAGACATTTACTATGAACAACATGCtaccaaaactaaaaatacacacccttaatgttaaattgttttactttgatttttattgaacattttcccaataaaaatatttttttgtctcctgtaaaattggcagatttaactatttttttattggacaataTATTGGCCCAGTTTTTTGtccaattattttttattggatgATTGATCCAGTTTTTGTCCAATTTTTGTCTAGCTATTTTTTATTGGCCGATATATTGACCCAGTTTTTTGTCCGATATTTggccaaatatttttattggacgATATATTTACCCAGTTTTTTGtccatcaatttttttattggactATATAGTGGcccattttttttgtcaaattttgtccaaatatttgtttttggatgatatattgacccagaaataattgcgtttaacagtaatattatcattttatgaCTTTGTTACGTTCTTCCCATACCATAGTCCACTCTGTGTGTGTAGATACCTTTATTTATGCACTAGACATTGTGACACTGGCTAATGTCTATgtattgtacgataaattgtacaataaaactttaattacattttttttttttaatttaattatctgTAACAGGTCTTCATCTTAACTACcctatgtttttatatttccaTTTGGAAACACTTAGATCAtcctatatacagtattactgtGATCAGACTGGATCAGGACGTCCCTGTTACAAAACAAACTCAAATTCAACAGAGTAAAATTTTGACGATTTTGACATTTAGACGAGCCGTTAGAGAGAATTTCAGACACTTTTTACACCAAAGTTTTCTATGCAGTCTTGAATTGTCTTGAAGCTAAACAGCTGAGAATATGACGACATAACcagcttttttttcataatccatcatatttatactgtttttttaatatttaattcacCAGACATGTGCAATTATAGAACTGGAAATTATAGGAAATGATAGAAGAGCTCAGTctgtaaaattatgttttaaattattatttttggttaaattatgtctgttatgtgtatgttttaatattaaattgacattaaatcagtttttttggtTCCCATTGGCTTTGTTTGGAATATTGGAAGTAGCTCACATTCcttttaaattttcttttaaataaaaattgtaaaattttaCACAAGCGGGAGATAATCGTGctgttctttaaacaaaaaaaacatttggagatataaatgtgtaatcgtataaatgttctttatattaaatgtaagtgaatattttctgtttctgttaaaTCGGTGACTGTATGTCTCTGCAGgactaaataaatatgtatcattatgtacagtatttgtccagttttattattttttaacaatttcttACACTAATCAGCCATAACTTTAAAACCTCCTTTATAACTGataaaagaatatataaaagaaaaataaagccctatttggatgggattagtttctcagcgggttctggggtaattttctcttttatggagggtttttatcctctgtgattttattcccgtccagaacgatcatgtaaatgtttttctcagacgtcctctgagataaAAAATTACAGACTGAACTATCTACTGTTTTCTTCTGAACTCTTtttcgtggtcctccggtaattttagtcccgtccggacgcacatctctgagtttcgtctcctcacgtttcacaaaatagctatttgtccactgctgtgtaccgtaattacactttgggcatgcGTTCCACGGAGATCcttgttaaaaacacaacagcgagtggaaatggaggagctactgaacgctgtgatgtcatgtgaccaagaaaaaagcctaaaaactcactgatcctcctgttttttcaattgcagtccagatgcaggagtagaagtgtgaaatattttttacagacgtctctgagaaaataatcccgtctggatagggcaTTAGAcacaaaatatcaacattatagtttttatttccagataTTTACATCTGGACCTGATACAGAAGATTCaacaccttctgtctgaacccacctatttttcttgtgagcaaaagtagaCAAATAAGCTCTTCGTTTAAAGTGTGCATCTGGAAAATATCTGTATGAAAAGCTAACAAGCTCTATCCCTttccctaacctacccctccagcctaacaaaaaTTGGGACGCCCCTACCCCTCGGCGTGAGGGTACAGCCAAGGGGTGAAAAGGGATTGCGCCTTAGGGTGGAGGATTCCCCCCCTTCCCCTTCTAACTCTGTTCCAAAGGGATGGATTACACTCAAAAAGTAGGGGTAGGAGTAAGTGGTAGAGCccaggggtgaaatgggattgggcccaagCGTCCAATTGACCAATCTGACCAAACCACCGCTTCAACCCCTTAAACTGATGGGTATCTGTAGGGCACATGCCGCCAGGTCAGCGTACGGCCTTGGCATCATCCCCAGCTTGTCCCAGCAGTTTTCCCGAGGATCATAGCGATGAACGTACGGAGTATCTCGCGCAGAATCAGCAGAAGAACCGCCCAGAACGTACAGCTGCCCGTCCACACAGGTGGCCGCCGGGGACAGGTGAGGGCGTGGCAGTAGAGGGAGGGGTGTCCAGGTATTTCTTAGCAGATCGTACGCCTCGCACTGCAGCTGATCTCCAAACCCCATCCACATGGGCTGCAGACCCCCGGCCACCACCAGCTGGTTTCCTACAGCCAGCATCACGTGACCGGCGCGGCCAGAGCCCCGAGACATGGGAGCGAGAGTTGAGCAGCCATAGACGGGGTCGTAGTGCCAGAGTGCAGGAAGACAGCGAAGATGAGAGTCACAACCACCGGATACAAAGATCTCTCCATCCAGTACAGCGGCGGCATGACCACAGGTGGGTGTGTCTAATGCATGAG
>TU251914
AGAGTTATGCACTATAGGACACTATAGGACAAGTGAACAGCTGATATATTCAATATACTCTTATATTTACACACAGTGGGAAAAAGAGATTATAAGGATTATAATTTTAACATGAAagatgcaacaaaacaaaaaggggGAAAGTGGTTCATTATCAATGCTGCATTTACTGAAGAGACTACTGatgctcatatatatatatatcaccaaAGTGTTCTTATTTGAACGATGTGCTGTTTTTAGTGAAAATACAGCATTTTGTGTTGCTGGACAGAATCATAATCACTAAAATTTGCATTatcatatacatttatttctgtacAGTTTTGGCATTGATTGATGTCCTAAAAGCTTTTACACACCGATCAGCATtttccctcctgccccgcccctaaacccatacatcacccagagcCCCTCACAATTTACCCCTCCCTAAGAtcggagtcagctaaaatcaggggggtTAGTTACCCTTTAATAATTACGACAGATTCGGTGTATAcagataattttattattaatataaagtattttgccattttttatttaatgttcagtGTGTAACGGCCTTAAGAGTACATCATTAGAAAATTGGGACGTCCTGATTCAGTCCAATCaggtttttaattgtttatattaATTCTGATTCACCTTTAATCCTTTGTTTTTCTCGTTTTGTTAAACTAAACATGTTAGAAGCAACTATTAGGCTTTAATTTCAGACATTTACTATGAACAACATGCtaccaaaactaaaaatacacacccttaatgttaaattgttttactttgatttttattgaacattttcccaataaaaatatttttttgtctcctgtaaaattggcagatttaactatttttttattggacaataTATTGGCCCAGTTTTTTGtccaattattttttattggatgATTGATCCAGTTTTTGTCCAATTTTTGTCTAGCTATTTTTTATTGGCCGATATATTGACCCAGTTTTTTGTCCGATATTTggccaaatatttttattggacgATATATTTACCCAGTTTTTTGtccatcaatttttttattggactATATAGTGGcccattttttttgtcaaattttgtccaaatatttgtttttggatgatatattgacccagaaataattgcgtttaacagtaatattatcattttatgaCTTTGTTACGTTCTTCCCATACCATAGTCCACTCTGTGTGTGTAGATACCTTTATTTATGCACTAGACATTGTGACACTGGCTAATGTCTATgtattgtacgataaattgtacaataaaactttaattacattttttttttttaatttaattatctgTAACAGGTCTTCATCTTAACTACcctatgtttttatatttccaTTTGGAAACACTTAGATCAtcctatatacagtattactgtGATCAGACTGGATCAGGACGTCCCTGTTACAAAACAAACTCAAATTCAACAGAGTAAAATTTTGACGATTTTGACATTTAGACGAGCCGTTAGAGAGAATTTCAGACACTTTTTACACCAAAGTTTTCTATGCAGTCTTGAATTGTCTTGAAGCTAAACAGCTGAGAATATGACGACATAACcagcttttttttcataatccatcatatttatactgtttttttaatatttaattcacCAGACATGTGCAATTATAGAACTGGAAATTATAGGAAATGATAGAAGAGCTCAGTctgtaaaattatgttttaaattattatttttggttaaattatgtctgttatgtgtatgttttaatattaaattgacattaaatcagtttttttggtTCCCATTGGCTTTGTTTGGAATATTGGAAGTAGCTCACATTCcttttaaattttcttttaaataaaaattgtaaaattttaCACAAGCGGGAGATAATCGTGctgttctttaaacaaaaaaaacatttggagatataaatgtgtaatcgtataaatgttctttatattaaatgtaagtgaatattttctgtttctgttaaaTCGGTGACTGTATGTCTCTGCAGgactaaataaatatgtatcattatgta

Function

NR:

description
PREDICTED: kelch-like protein 33

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU251913 True 3620 TUCP 0.38 2 19948082 19951796
TU251914 False 2052 lncRNA 0.30 2 19949650 19951796

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103034392 LOC108443823 coding downstream 7431 19922343 ~ 19940651 (-)
LOC103035966 NA coding downstream 573251 19371061 ~ 19374831 (-)
adgrb3 adgrb3,LOC107665593,LOC107736840,LOC107664175 coding downstream 675210 18950515 ~ 19272872 (-)
col19a1 col19a1,LOC107747287 coding downstream 1203480 18577054 ~ 18744602 (-)
LOC103045151 col19a1 coding downstream 1376373 18534127 ~ 18571709 (-)
LOC103042714 eml5,eml6,LOC106608004 coding upstream 1326 19953122 ~ 20020037 (-)
LOC103033421 sptbn1,LOC108414519,LOC108260989,LOC105890945 coding upstream 70623 20022419 ~ 20108015 (-)
slc30a6 slc30a6,znt6 coding upstream 229117 20180913 ~ 20214951 (-)
LOC103041484 LOC108443830 coding upstream 292512 20244308 ~ 20269233 (-)
LOC107197720 NA coding upstream 320432 20272228 ~ 20281572 (-)
G185687 NA non-coding downstream 33912 19913912 ~ 19914170 (-)
G185671 NA non-coding downstream 176535 19771323 ~ 19771547 (-)
G185654 NA non-coding downstream 379886 19566162 ~ 19568196 (-)
G185635 NA non-coding downstream 535096 19404985 ~ 19412986 (-)
G185629 NA non-coding downstream 591519 19356307 ~ 19356563 (-)
G185892 NA non-coding upstream 18113 19969909 ~ 19996253 (-)
G185934 NA non-coding upstream 401094 20352890 ~ 20378945 (-)
G185967 NA non-coding upstream 702809 20654605 ~ 20656786 (-)
G185974 NA non-coding upstream 747856 20699652 ~ 20701062 (-)
G185985 NA non-coding upstream 786894 20738690 ~ 20739699 (-)
apela NA other downstream 1850391 18023122 ~ 18097691 (-)
kiaa0368 kiaa0368,LOC107702367,LOC107551559,LOC107656759 other downstream 1897713 18018722 ~ 18050369 (-)
G185321 NA other downstream 2616128 17330018 ~ 17331954 (-)
nutm1 NA other downstream 2619193 17313370 ~ 17328889 (-)
G185311 emc4 other downstream 2647300 17295501 ~ 17300782 (-)
LOC111195252 LOC108260666,LOC108412153 other upstream 165630 20117426 ~ 20127092 (-)
G185943 NA other upstream 619393 20571189 ~ 20627262 (-)
LOC103028253 ndrg2,LOC108437864,LOC107574080,LOC107657174,LOC106577998 other upstream 688542 20640338 ~ 20678614 (-)
G185990 NA other upstream 796368 20748164 ~ 20752273 (-)
LOC103038058 slit1 other upstream 812332 20764128 ~ 20916624 (-)

Expression


Co-expression Network