G72552


Basic Information

Item Value
gene id G72552
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000012
NCBI id null
chromosome length 13770000
location 6197021 ~ 6205504 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU82752
TTGAATTGACATTTAAAGAGGATATATTATGCCTTTTTACATTTTCAACTTTCTTCATTGTGTAATGTTGCTGTTTGGTAATGAAAAAGGTCCACTCCAAAGGGAGTTATTCTTTATATCAGTAAGCACTGTTTCTGAACTCCCTTAAACACCTTGATTGTCACAACATCCCTTATTTAAATAATTCCTGCCCAAGGCATACACAAAATAAAGGGGGCGAGGCCTGGTTGTGTTGTCACCATGTCCACAAGATTGTTTTTTTCCACCCCAGATTTCTGAAACACGCTCAAAGTGGTTGACCAATCACAACACACTGATTCAGCTGACCAATCAGAGCATTTTCATAAGGAGGGGCTTCATAGAGACAGGAACTAAACAGAGCATTCCAAACTATGAAGAGAGGTGCTGTAACGAAGTAAATATGTGAAAAATAAGGTGTTTTTTTTAACATTCAAGCCTGAAAACCTTTTCTAGTAGACCCCAAAAACAAAATCAAGACTTTGTAAAAGGGCATAATAGGTCATCTTTAAAAGTCAGGTGAGACCTACTGTAGTAGGTTATATATATTATATAGTAGGTATATATATATATACATGGGTTGGACAATGACACTGAAACACCTGGTTTAAGACCACAATAATTCATTATATGGCCTCCTTTTGTGGCATCAATTCATCTTGGGAATGACAGATCCAAGTCCTTCCTAGTGGCCATAGGGATTTTGAGCCATTCCTCTTCCAGAACAGTTGCCAGGTCACTATGTGATGCTGGTGGAGGAAAACGTTTTCTGACTTGCTCCTCTAAAATATCCCAAAGTGGCTCAAAATTATTTAGCTCTGTTGACTGTGCAGGCCATGGAAGATGTTCACCTTCACTTCATGTTCATCAAACCATTCTGTCACAAGTGTTGCTGTGTGTATTAGAGCATTATCATGCTGATACACGGCACCCTCTTCACGGTACAATGTTTGAACCATTAGGTGCATGTGGTCCTCCAGAATAGTTTGGTAATCCTTGGCAGTGACGCGCTCATCAAGCACAGTAGGGAATGTCATGATATTGCATCCCAAACCATCATTGATAAATACATGTTTCACATTGTCCACAACCCAAGATTTGCACTCTTGGCACCACTGAAACCAACATTTGGCGTTGGCACGAGTGACCAAAGGTTTGGCTATAGCAGCCCGACCATAAATATTGAATCTGTGGAGCTCCCGACGAACAGTTTTGGTGGAAATAGGAGATTTTAGGTGCGCATTATATTTTAACAAATTTCTCTGACTCTGAACGAAGTCTGGAAGTCACATTCAGGGATTTTCAGAGATACCAAATATTTGGAGGTTTCACCATGACAACTCCCTCTCTTTGGTCTTTAAAAATGACTAACATTGATTGAATGATCAAATTTAGCACTCTTATGGAATGGAAATATAATATTTTGTAATTACCATTGAAATCTGACTAATTTTCAAATTGTCATAAATCAACAGCTCAGGAAATTATGGAGTTTCAAATTAGAAAATGATTTCTGTTACGAAACAGGACATTGATTTTATACGTCCACTGTAAAAGACACCAGGACTTACAAAATGTAAATCAGGCATTTTGTGAGACACAGCAAGTGAATAGGGAAAGAAATTATATATCAATATTCTTATGAAAATGCTGCCAATTATTACTCCTATTATTACACTTTTTTCATTACGTTGCCCCAAAAATCCATAGTTTTTGCCTATACATGTCTTATATATGCAAATGAATCATAATATAATTGGTTCCTAATGCCCTGAGGGCAGCTCATGTATGGCAGTGGGTGAGAAACAGATTGTTTAGAGTAGTAAAGGTGGACTCTTTGGACTGAAGAGAAGTAGTGACATGATGGTGTAATAAAGTAAAATCTGTGGGTGTGTGTGTGTATGTGATTGTGAGAGAACGATATGAACGAGTGGGTGGTTGTGCTCTGTGCTGGTGGGCTCAGGGTGAGAGGGTCAGCTCTCCATGAGGTCCGCTCTTAGCAAACACACTCCTCCACAAACAGGACTCTTGGCCAATCCTGTCTCCGCTTGACTGCGATCTGTTTCCAGTCTATATGAGCATTTCCCTACACACCTATCGGCTAATTCTAATTTAAGAGCTGAGAGATGCATTCATCCTGCAAGAGTTTACATGTTGTCAGTACCCGGTATGATAGCAATAATCTGCAGAAAGTTTAACAACGGCTGCCGTGTGCTGTTCGTTGAGACCGTAGGGTGTCCTATTTATCATTTTAGGTTTCAGATGGGTGCTCGCGAGCACCCACTTTGTGGTCGATGTTACCCTCGATGCACACTTTTGTCGAGCCCACACTGAAGCAGCTGCCGTAGCAGACTTCTTCCCGACAGTCAAAGCTGCTTCACGCCACGAAAGTGTGGACTCGTAGGAAGACCGCAAGTGTTTAGGGTGCCATTTGGGACAGGGCCTTTCTGATTTTTTTCTGATTAGAGAGCATTTAAGCATTAATAGTACTTTTAAAAAATCGGTGGCACTGCTGGTTACCCAGCAATCTTTGAGGCCCCGTCCACACGGAGACACGTTTCTGTGTATACGCACAAATTTTGTATCGGATAGGCGTTTCGTCCACACGGATCCAGCGTTTTCGGAAGGTGAAACCGCTATTTTTTGAAACCGGGTCCTAGAGTGGATAAATCTGAAAACGCCGCATTTGCCAATCCGTATATTTTGTGAAGCGATGATGTCATCACCCCACGTGACGACCCTAGTCAGTCACTGCTAACAGCACAAAACAGCAACAACAACAATAATAGCGTACTAAATGCTTGTGTTTGTGCTGCAGTAGCTACAACGCCTAAAGCTTTACTAAAGTTTGTATACAGCGCGCAAGGTTTATGCGCATGCTCCAAGTCTTATTCTTTGTTTTTAGTGTATCTCTATTGCAGAATTAGCGCCACATACTGATCTGGCATGTATACTACATCGTTTTGAGTCGTTTCAGTGGTTTCGTGTGTACGCAGATATTTCTTGAGAAAAAAAGATTGGATAGGGTAAGCTCTGGATTCGTGTGGACGTAGCCTGAGATTGGCTCAACTCCAAAGTCAGTTTGAGATGACTTCTCACTAGAACTGTAAAAGTATATAAAATGGTTTTAGGGAGACATTGATAGTTGGTTGTAGGGTTACATTTCACTGTAATATCATGTTGTGTATGTGTGTTACCATTGTTGAGCTGTATCCTTACACTACAAAAAATGTTTTGCTTGTTTGTGCCATATTGTATATAAGCCTTTCTGATTGGTTTAACAAGTGGTATTTGATGTTAAAATGTATGTAAAATGATAAATATCACTTTGATTTGAAATAATGACTTAAAATCATAGCCACGCAATATCAGATATAGTGCAACATAAATTTAAAAAATTACTAAAGTCCACCTTTTTTGATTCTTTCTTCTTTTCCAATTTAAACTATTTGTGATGACCATAATTATTCACTGATTATGTCTGGATGGTCTCTTGTTGTGCATTATTTAGTATTTACATGAAAATAAAGGTATTCCATCATGACTATCAAAAGTAACAGGCTAATTTAACTTACCTGTAAGATAATAATTCCTTGTAGGTATAATTATCAAATGAAAATGTCATCCTTATCTCCTAATTGCCACTCTCAAAACAGTGGAAACACGACATGCACATGATTAAGGTCCAGATAAATGGTATCATGGGAGTGCCAGTTTCAAACATAATGCTGAAAAAGGGAAAAAATGCATTATGTTAATGCTGTATTTGTTCTGAATTCTTTTTTTCTGTCATCATGTAAATCAAATCAAAGGTTTAATGTCACCTTGCAACTGTGTTTACAGTGATAAAGAGGTGGCCGTGCGTTTCGCTCTCTCTATACAGAATCCAAATAAGAGTTACAGACGTCCCTTAATCTTACATCACCCTGCACCTGATGGTACAAGGTTAAGAGAGGAGGAAAAGGCTATAGTCAAATATGTATTGTAGCGTCATAGCCTAAATACAAAGTTCTGTCATGAAACTCTAGATGGCGCATGTTGATAGGTCCTTATCTGCTTGCAATCACATCATTCTCTAGGGCACAGCTGATTGGTTCCTGCTGTATCAGTAGCCAGTTAGCTCGCTGCTCAACCTTCAAATACTTGGTTAGTATTTGCTGTAGCAGTTGCAGCCCGCTTTCAGAAAACCTCCACCTTCCTTAACTCCACCTGTATAGATCTGCTACAAGTAATTAATGTATCCTAAATTGTATAGCAGCATGTCTTACTTGCTCACAGCAGTGTGTCATGTATGTATAGGCAGTAGCAAGTCACGCAGCAATAACCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCACAGCAGATCTATTCCGCCAAGACCAAACATATCAACACTGTCATATCCATTACCATGCCAAACACTCAGAGAGTTGTCATGACAGAACTGTAAATAGATCTTATTGGCTGCTCATGTTGTAGTGCATTAAGGGTACTTGTTTTCTCTCTCACCCTCTTGCAGGAGTGTAGTAGTGTTGTTATTGTTAACTAAATTATTATTTTATTTTTTTTTTTGCTTGTTTAAAGTAAAATATAAATTAAATATTTAACATAAAGCTAAAATAAAAAATATAAATATTAAATGAAAACAATCTGTTCTGTTTTCATTAAGATATTACACTGCTTTTGCATTATGGGTTAAATCAAATCACTCTGAAATATTCGACTATGAAAGTAAATGGGTTGTGAATGTAGTTTCCTTGACTCTGAGGTACAGCGAACACAGAAAGAGAGAACTACTCATATGTTCACTTTTCTAGTAACTGATTTTTGTTCTCCTGTTTTGTCCTTCTACAGTAGTTCTCACCTACTTAAGTTTTTCTTTTTTATTTAAATATTGTTTTATTTATAAATAAATATGGGTGGTCTTCTGGAAGTGAGAAACCATTTAATTTAGATATTTCTGCTGCTGCCCTGGACCAGATGGCAGAATC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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU82752 True 8484 lncRNA 0.40 1 6197021 6205504

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000012_06182472_06192196 NA coding upstream 4408 6181007 ~ 6192613 (+)
CI01000012_06156417_06175135 NA coding upstream 21500 6154847 ~ 6175521 (+)
CI01000012_05946986_05984551 SLX4IP coding upstream 211062 5946986 ~ 5985959 (+)
CI01000012_05923216_05928055 SRD5A2B coding upstream 267835 5922385 ~ 5929186 (+)
CI01000012_05909453_05916000 MEMO1 coding upstream 280847 5909453 ~ 5916174 (+)
CI01000012_06208439_06217101 BTBD3B, BTBD3 coding downstream 2935 6208439 ~ 6217914 (+)
CI01000012_06334114_06368535 SPTLC3 coding downstream 127845 6333349 ~ 6369091 (+)
CI01000012_06380300_06388370 ISM1 coding downstream 174796 6380300 ~ 6388991 (+)
CI01000012_06441231_06476986 KIF16BB coding downstream 235688 6441192 ~ 6477104 (+)
CI01000012_06620470_06637571 NA coding downstream 414556 6620060 ~ 6637689 (+)
G72551 NA non-coding upstream 1165 6195630 ~ 6195856 (+)
G72548 NA non-coding upstream 11186 6185547 ~ 6185835 (+)
G72516 NA non-coding upstream 50481 6146197 ~ 6146540 (+)
G72499 NA non-coding upstream 139596 6057224 ~ 6057425 (+)
G72484 NA non-coding upstream 169110 6027694 ~ 6027911 (+)
G72568 NA non-coding downstream 45489 6250993 ~ 6251313 (+)
G72572 NA non-coding downstream 48439 6253943 ~ 6254154 (+)
G72730 NA non-coding downstream 190893 6396397 ~ 6396703 (+)
G72731 NA non-coding downstream 191240 6396744 ~ 6397010 (+)
G72713 NA non-coding downstream 191982 6397486 ~ 6398640 (+)
G71623 NA other upstream 380416 5813517 ~ 5816605 (+)
G71548 NA other upstream 635588 5550493 ~ 5561433 (+)
G71221 NA other upstream 656565 5538525 ~ 5540456 (+)
G71218 NA other upstream 658637 5535852 ~ 5538384 (+)
CI01000012_07806089_07811902 BEND3 other downstream 1600599 7805248 ~ 7811902 (+)
G73578 NA other downstream 2161302 8366806 ~ 8367627 (+)
CI01000012_10223957_10235955 NA other downstream 4016451 10223697 ~ 10236276 (+)
G75533 NA other downstream 4939313 11144817 ~ 11145739 (+)
G76385 NA other downstream 6425251 12630755 ~ 12675666 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G2247728 NA non-coding NC_050571.1 CM025858.1 7188300 ~ 7191869 (+)
eurasian perch (Perca fluviatilis) G136876 NA non-coding NC_053124.1 CM020921.1 27221885 ~ 27225407 (+)
bowfin (Amia calva) G70846 NA non-coding CM030128.1 CM030128.1 17132063 ~ 17173062 (+)