XLOC_008932


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008932
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 2598804 ~ 2611170 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00017646
tggcatcaAAAATCAGGACAGTCCTGCAATTGATTATTGATGTGTTTCTGATGCCAATGTTAGCTGTCGTTTTGACATCAGAGCAGTTTCACCAGTTGACTGAatctatttacaatatttatggCTTTTTTAACGTATTTTTTACGTCAATTTTGACATCAAGAAACCATCTGGGAAGGACAAGCTCACGGTTGACTTTTCCATCCTAGATTTGTTGCCGCTTGTTGACTGACCTGATCAATATTTCAAGCTCCCATGCAGGAGCATCGGTTACCACCTAATCTTTTGCAGATCTTCATCTCAGTCCGATGACAACCTAATTGCCTGACTGTCTGCTCAGAAGAAAGAACATTCACCAAGATATTTCACATAGACAAGAGATGCGTCTATATTGTCTCGCTTTAAGCTCTCTCTCAGCTCTGTGTGTATTGTTGCAGCTCAGCAAGGAAACTCGACACTCGTCTGTGATTAATAAAACATCACCCCGAGGGCCGAAAGGCACAACTACCCGAATGCTTTCAGCTGTATAAGCGTTGAAAGGCGACATAATCTCCCAGGGACAAGATTTGGGCTGAGATTGAAAGAGGTCTAGTATAAGTTGAACTCTTCATGCTGCACTCAGATCAGCGGCGGATGGGAATACGGAGAGCATGGAGAGCGGACAGAGCTTGACGCGGGTGATCTCAGAAATGCAGAATGAAATCAGAAAGctggagaatgaaaacaaagagcTCCGTGGGCAGCTGGACCGGCCGGATTCCTGCGCATTATCAGCTTCGCCGCAGGAGAGCTTGTTTCACGCTAACCTGAGACGCAATGTGTCTGCGCCGGATCTTGAAGGACAGTACAAAGAAAACATTATCATGACTGTGCGGAGATACTCCATATCGGCAAACTCCATTAATGGCTCTCGGAAGAATGAGATTTTACACAAGCCAAGGAGATACGAGGAAACTGTAAACAATAAATGGGCAAAATTACATGATGGTTCTCCAGGGCGTCCTACTAGTGCCTATGCTAAACCAGACATGGAGAAATTAACCAACAGACATTCCCTTCAGGAGTACGTCAACAAaaacagAGTCAAAGTCAAGACGGTCACTTTCCTGTTGCCGGTAGATGATATTTATACCAATCGCCCTGCCCTGGCCGAGCAGCTGCCTGAAAGGAGCACCTGTGAACTCAAAACAATTGATGAAACCGACTCGTGAGGTGCTGGAAAACCACAACCAAATGGATGTTCGGGAAGCTCACATTGAAGCGAAAACTATGCCACACTCATTAAAGACATTTTGTCCGAGTCCTGTGGAGAATTAATACCTACACCTGACCTCAGCACTTCGACTCCTGTTACAGATTTGGTTTCTGAAATTCATCCAGCTGAAGAAACACAAGTCACCTCATAGTGTCGTCCGATGGCCTGTCAATCACGCTATGGTGTTTGGATCAGGTGTCGGTACAAACGGTGGAGACATTCATGGAGACATTCACTTCCCGCCCACTACAATGCACGTTCTACCAGTTCACAGAATCTCCTATTGTTTTATTAAGAGTTAGATTGCCTTATTTTAACAGTTTCTTTATGAacatttaaaggtgcaataggagatcttggaaaatgctaacatTAGCCTGATAGCACTGAGAGCTATAAGTCCCTGCTGATCCTATAATcttaaatgtgcatgaaaatcttcaatttaaaatgtattttcctacaagaaagagaagaaaaagagGCCAAAAGAAGGTGTACACATTATTATTTTGCTTAGATCAGGGAAAATCTGCAGTCCAGAGGCtgcagttgaaaacatcttttcCCCAAATGATTTATGCGGTCACATTTAAAGATGTTAAAGTCGGCATGAAATCAgaatttactcttttttttcatatttatatagtgCTTGTTATGAATGATCTATCAGGCAATTTGAGCTAattggggtggggctatcagtcctttaagcaatcagtaatttggggcggggctatctgtcatttagtGTGGGTCTATTAACCCCTTTAGGGCGTAACTATTAGTTGTTTGGAGCGGGGCTATCTATCCTTTAgagcagggattcccaaacttttttattccgggactCAACaccaagtaattcaatctcaagacccaccataatattttaatatggaaaaatgggtaaaaaaaaaaatgtatccattcaaagcagtcaaaaatatatggtgtgtggctttttggattttgcgatttgatatgcaTAAAATGAGGCTCGAactagtgtttaaaataaaacacgcaggacggagcaaaaaaagCTCTATTAAAAGCAAGTAATTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTAAGGTgtggctatcagtaatttggggaagggctatctgtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttggggcgaGCTATCTGTCATTTGGGGTGTgattatcagtcatttggggcagggctatctgtcatttagcGTGTGACTATCAGTAATTTGGGGTGGGGCTGTCCTTCCTTTAGGATGTGGCTATAGGTCATTTGGGGCAGGGCTATCATTAATTTAGGGCataactatcagtcatttagggtgtgacTATCAgccctttagggtggggctatcggtCTTTTATGGCatgactatcagtcatttggtgTGGGGCTATCTGTTTTTATGTCATGACAATTAGTCATTTGGGTGCGGGTCTATCCTTCCTTTAGGATGTGACTATCGGtcatttggggcggggctatcattAATTTAGGGCATGACTATCAGTCATTCAGGGCGTGACTTTCagccatttagggtggggctattagtcttttagggcggTTAGGACACGTCTATCAGTTCTTATGAATGATCTATCAGGCAATTTGAGCTAattggggtggggctatcagtcctttaagcaatcagtaatttggggcggggctatctgtcatttagtGTGGGTCTATTGACCCCTTTAGGGCGTAACTATTAGTTGTTTGGAGCGGGGCTATCTATCCTTTAgaccagggattcccaaacttttttattccgggacccacctaggtAATTCAACaccaagtaattcaatctcaagacccaccataatattttaatatggaaaaatgggtaaaaaaaaaatgtatccattcaaagcagtcaaaaatatatggtgtgtggctttttggattttgcgatttgatatgcaTAAAATGAGGCTCGAactagtgtttaaaataaaacacgcaggacggagcaaaaaacTGTCAACTGACGGGCTATCTGTCATTTGGGGCGAGCTATCTGTCTTTTAAGGTgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggtgggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggtgggctatcagtcatttagggtgtgacTATCAGTAATTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTGGGGCGAGCTATCTGTCATTTGGGGTGTGACTATCAGTAATTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTGGGGCGCGCTATCTGTCATTTGGGGTGTGATTATCAGTAGTTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTGGGGTGAGCTATCTGTCATTTGGGGTGTGACTATCAGTAATTTGGGGCAGGGCTATCTGTCATTTGGGGCGAGCTATCTGTCATTTGGGGTGTGACTATCAGTAAtttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggtgggctatctgtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggtgggctatcagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatctgtcatttaaggtgtggctatcagtaatttagggtgggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttaaggtgtggctatcagtaatttggagtgggctattagtcatttagggtgtgactatcagtaatttggggcagggctatcagtcatttggggcagggctatcagtcatttggggcagGGCTATCTGTCATTTGGGGTGTgattatcagtcatttggggtgggGCTGTCCTTCCTTTAGGATGTGGCTATAGGTCACTTGGGGCAGGGCTATCATTAATTTAGGGCataactatcagtcatttagggtgtgacTATCAgccctttagggtggggctatcggtCTTTTATGGCatgactatcagtcatttggtgTGGGGCTATCTGTTTTTATGTCATGACAATTAGTCATTTGGGTGCGGGTCTATCCTTCCTTTAGGATGTGACTATCGGtcatttggggcggggctatcattAATTTAGGGCATGACTATCAGTCATTCAGGGCGT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00017646 True 6560 lncRNA 0.42 3 2598804 2611170

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008931 dnajc30b coding downstream 2679 2589949 ~ 2596125 (-)
XLOC_008930 srprb coding downstream 79164 2510761 ~ 2519640 (-)
XLOC_008929 neu4 coding downstream 101236 2490204 ~ 2497568 (-)
XLOC_008928 NA coding downstream 270520 2323666 ~ 2328284 (-)
XLOC_008927 AL954387.2 coding downstream 332721 2265969 ~ 2266083 (-)
XLOC_008933 NA coding upstream 7109 2618279 ~ 2625928 (-)
XLOC_008934 cldnj coding upstream 20251 2631421 ~ 2632891 (-)
XLOC_008935 cldne coding upstream 27714 2638884 ~ 2640966 (-)
XLOC_008936 cldnf coding upstream 39617 2650787 ~ 2652640 (-)
XLOC_008937 cldna coding upstream 44396 2655566 ~ 2657508 (-)
XLOC_008910 LO017713.1 non-coding downstream 1276898 1321790 ~ 1321906 (-)
XLOC_008908 NA non-coding downstream 1455735 1140445 ~ 1143069 (-)
XLOC_008903 NA non-coding downstream 1590445 1007600 ~ 1008359 (-)
XLOC_008940 CABZ01086049.1 non-coding upstream 125213 2736383 ~ 2736498 (-)
XLOC_008942 NA non-coding upstream 202346 2813516 ~ 2816142 (-)
XLOC_008946 CABZ01086029.1 non-coding upstream 307087 2918257 ~ 2931021 (-)
XLOC_008951 NA non-coding upstream 504167 3115337 ~ 3116262 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000091_00400737_00412559 NA coding CI01000091 null 400440 ~ 412559 (-)