XLOC_008933


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008933
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 2618279 ~ 2625928 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00019113
aaatacacaaatgcagcatATAAACCGTTTCAGTGTCTGCCTCGAGGAAAGTTCAGGAGTTGTTTTGCAAACCTTGTTACCTTACCCTTTTCCAAAGGCTCTCACGTCATGGGAATACAAGAATTTGTTATGAAACCATGGTAAAGACACAAAGGATCCTCCACATTTCAACCGCAGCGCGTCTCTCCACCCACAGCTGGAATGCTGTACCGCTGGCTGCCTGCTCTGCTCTGGGAAATGCTTCGCTCGGTGCTCCTGAATAGACATGGATATAAAAATCGAGTTTGTTAGCTTTGGACTGGCGAGCGCCGGCTGGTTTTGCACCATTCTCACAAGATTTCTACCCATGTGGAACGTAAGCGGGATGGTGGAAAACACCACAACAACACTTCCATTGTATTGGGACGGCGTCTGGCTAAACTGGCAATACCACACGACAGGAAGAATCCATTGTGTCTTCTATCAGACCCTGCTCTCTCTAACAGAGCATTTTTTCCAGTGGAAAATCCTCCTGCTCACATCTATAGCCATGGGATTTATTGCTGTGGCGGTTTACCCTATAGGCTGGATACGCTATCCTAAGTACATACGGATTAAAGCTGCGTCGGGACCATGGTTTATTGCTAGTGCGCTTCCGTTACTGATTGTGATCTCCTGGACTACGCATTTAACCGAATTGAAGAGCGATGACTTGTCATTAACTAGTGAATTAGGAGCAGCGATCTTCACTGGCTGGATCGGTATGGTGTTTCTTGTTGTGGGTGGAGGAGTGCTGAGTTTTATCTGCTGTAAAGCAGTACGAAAGCAACAGGAGGATGGAAGACAACCACAAACTTCAGAACCAGGAGTTCAGGATCCACTTAACACCACACAGAGTTCTGCGATTATGCACAGCCCTTGAATCGGATAGTTTAATGTGACCACTTAACTCACTGTTTGATTATATTGAAtacacaagctggattcactTGTCGAAATTTAGCACACTACAAAATTTAATGGAATACTTGTGTACTTTAAAAAtaactagtgaaatattatgtactgtcatcatggcaaagtaaaCAAGTGAATTGGGAACAGCCATCTTCACTGGCTGGATCAGTTTGGTTTTACATGTTGTGGGTGGAGGAGAGCTGAGTTTTATCTGCTGTATAGCACTAAGGAAGCAATAGGAGGATGGAAGACAACTGCAAACTTCAGAACCAGGAGTTCAGGATCCCCTTAACAGAGTACTGTGTTTATGCAAAATCCATGGATGGGACCACTAAATTTACTGCTTGATTAGATTAtttacacgagctggattcaccGGTCCAATGTGCTAGAAATGTAGTGCGCTACACGCTTGAATTTAACACTTGTGTATTGCAAAAATAAccggtaaaatattatgtacggtcagtcatcatggcaaagataacgcATCAAATGGGAGCAGCGATCTTCACTAGCTGGATCGGTATGGTGTTTCTTGTTGTGGGTGGAGGAGTGCTGAGTTTTATCTGCTGTGAAGCAGTAAGAAAGCAACAGGAGGATGGAAGACAACCACAAACTTCAGAACCAGGAGTTCAGGATCCACTTTACATCACACAGAGTTCTGCGTTTATGCAAAGCTCCTGAACTGGATAGTTTAATGTGACCACTTAACTCACTGTTTGATTATATTGAatacacgagctggattcactggtcaatTGTGCTAGAAATTAAGCACACTACACCCTTGAACTAAATACTTGTGTATTgcaaaaataactagtaaaatactatttactgtcatcatggtaaagataacgAGAAAATTGGGAACATCAATCTTCAATGGATGGATCAGTATGGTTTTACATGTTGTAGGTGGAGGAGTGCCGAGTTTTACCTGGTGTAAAGTGGTAAGAAAGCAACAGGAGGCTTGAAGACAAATGCAAACTTCAGAACCAGGAGCTCAGGTTCCACTTTACACCGTACAGAGTACTGCGTTTATGCAAAATCCATGAATGGGACCAGTAAATTTACAGTTTAATTATATtgattacacgagctggattcaccAGTCCAATGTACTAGAAATGTAGTGCGCTACACGCTTAAATTGAATACTTGTGTATTgcaaaaataactagtaaaatattatgtacagtcagttattatggcaaagataaggCATCAAATGGGAGCATCGATCTTCCCTAGCTGGATCAGTATAGTGTTTCTTGTTGTGGGTGGAGGAATGCTGAGTTTTTTCTGCTGTGAAGTGATAAGAAAGCAACTGGAGGATGGAAGACAACCACAAACTTCAGAACCAGGAGTTCAGGATCCACTCATACAGAGTGCTGCATTTATGCAAAGTCCTCGTACCGGATAATTTATTGTGACCACTAAACTCAGTTTGATTATATtgattacacgagctggattcactggtcaaaTGTGCTAGAAATTAAGCACACTACACCCTTGAACTAAATACTTGTGTATTGCAAAATGAactagtaaaatactatttactgtcatcatggtaaagataacgAGAAAATTGGGAACATCAATCTTCAATGGATGGATCAGTATGGTTTTACATGTTGTAGGTGGAGGAGTGCCGAGTTTTACCTGGTGTAAAGTGGTAAGAAAGCAACAGGAGGCTTGAAGACAAATGCAAACTTCAGAACCAGGAGCTCAGGGTCCACTTAACACCGTACAGAGTACTGCGTTTATGCAAAATCCATGAATGGGACCAGTAAATTTACTGTTTGATTAGATtgattacacgagctggattcaccAGTCCAATGTGCTAGAAATGTGGTGCGCTACACGCTTAAATTGAATACTTgtgtattgcaaaaataaaatattatgtacagtcagTTATTATGGCAGAGATAAGGCATCAAATGGGAGCATCGATCTTCCCTAGCTGGATCAGTATAGTGTTTCTTGTTGTGGGTGGAGGAATGCTGAGTATTTTCTCCTGTGAAGTGATAAGAAAGCAACTGGAGGATGGAAGACAACCACAAACTTCTGAACCAGGAGTTCAGGATCCACTCATACAGAGTGCTGCATTTATGCAAAGTCCTCGTACCGGATAATTTATTGTGACCACTAAACTCACTGTTTGATTATATtgattacacgagctggattcactggtcaaaTGTGCTAGAAATTTAGCAAACTACACCCTTGAACTGAATACTTGtgctcagcaaaaaaaaaaacctagtgaaatattatgtactgcagtcatcaaggcaaagataaagcATGGTTTTGTTTGTTGTGGGTGGAGGAAGGCTGAGTATTTTCTGCTGTAAAGCTGTAAGAAAGCAACAGAAGGATGGAAGACAAAGCAAACCTTAGAACCAGGAGATCATACAGAGCTCTAGGTTTATGCAAAGCCCTCGtaccagatgactttatttaCTGACTGATTTGGTCAACTGTCTGCTAACTGCTAGGTGGAAAGTGTGTTATGTTGCTttcattgataaaaaaatattttaattatttctaatTGAAATTATTTCAACATTTCTATAGATTTATGTTCAAATGGGAAATCCCACTTACAGTAAAGGTTCAACATTTTCTTGTCATTAGGCCAAAACTGCATTTAAGGGCAGGCTTTATCTTTGACACATGAGTAGTGTATACAGTATAATGTACATTTCTTACAACAGACAGTTTATTGTTGCACATGTTCTATGTACTGTAAAAATTGTGAAATCGTTTAttttcaagtgctgtttaatagaataagaagattttcacagtatttcctattatatttttttcttctggagatagtcttaattcttttagtttggctggaataaggCAGTTCTTCCTAAGTTCAATAGCCGATTATTAGacgattgtctacagaaccatacaatgttatacaatgacttgcctaattaaaataacttgcctattaTTGCATTTTACACTGAAACTACAAAAATCATacttgtcaacattgggatgtgaaaataagggataacaCTCTCCCTCTTtccagaaaaaaaaggaaaaaaaaaaaaaaagaaattccccaaattactaaattttattattattgttaataaacacTCGAAACGggtcattaaaatgtttttaatattataaacaataacATACAGTAGAAAAAtctgcaaataaattagcaaacagtttagcaTGTTTGAATTAATAGCTAAtataaagaaattgaatcaagttatcaaatctcattaaccttttcttcactgtataacttacacattcagATTAAAGAGCAGCGAATAAATCtcttttagatttttcatttgattacattaaataaaagacgtgtcactttaaaaatgcacagacaTATAATGAAGGCCTTcaattgctttcctaactgtttatgcttaTTTAAGACAAAATTGGTTGAGATTTAAAGAAAACCCACCAAAATTGACATCTCtagatgttgttattattattattatcattattatcattattatcattattatcattattattattattatttattacatgtctgtttaacacgcacccaaaacccagagtgtccactttcgctctgcttcaaattgtgtgtacagaatccgtgtgggaaacagcgtctatgtATCCCTATGGAGCGcatctgacagtcacgcaccgctacatgAACTGACTATATTGAGGATGGGGGGGCAATGGCGCCTGTAATAGAAAGGAAGGGAATCttgatgtttttatatttatttcaaagcgTTGTCATGCCcaattaaaataaaagcacagaacagattcacatttaagagcaaggggcgtcccctggtggtttggctGTATGGGTTGTGTATcctcttgttaagtgtgacgtcacgcgaagcggcttctgggtccaagtgctttattcaactgaatggggagactcatgaaatggtaataataaacgtttacaaagcgatttaaggctttcgaaaatcacaatcacatgtccatgcctaatatccgatggc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>TCONS_00017647
ATGGATATAAAAATCGAGTTTGTTAGCTTTGGACTGGCGAGCGCCGGCTGGTTTTGCACCATTCTCACAAGATTTCTACCCATGTGGAACGTAAGCGGGATGGTGGAAAACACCACAACAACACTTCCATTGTATTGGGACGGCGTCTGGCTAAACTGGCAATACCACACGACAGGAAGAATCCATTGTGTCTTCTATCAGACCCTGCTCTCTCTAACAGAGCATTTTTTCCAGTGGAAAATCCTCCTGCTCACATCTATAGCCATGGGATTTATTGCTGTGGCGGTTTACCCTATAGGCTGGATACGCTATCCTAAGTACATACGGATTAAAGCTGCGTCGGGACCATGGTTTATTGCTAGTGCGCTTCCGTTACTGATTGTGATCTCCTGGACTACGCATTTAACCGAATTGAAGAGCGATGACTTGTCATTAACTAGTGAATTAGGAGCAGCGATCTTCACTGGCTGGATCGGTATGGTGTTTCTTGTTGTGGGTGGAGGAGTGCTGAGTTTTATCTGCTGTAAAGCAGTACGAAAGCAACAGGAGGATGGAAGACAACCACAAACTTCAGAACCAGGAGTTCAGGATCCACTTAACACCACACAGAGTTCTGCGATTATGCACAGCCCTTGA

Function

GO:

id name namespace
GO:0044281 small molecule metabolic process biological_process
GO:0006208 pyrimidine nucleobase catabolic process biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000088739

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00019113 False 7650 lncRNA 0.38 1 2618279 2625928
TCONS_00017647 True 636 unprocessed_pseudogene 0.46 1 2625028 2625663

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008932 NA coding downstream 7109 2598804 ~ 2611170 (-)
XLOC_008931 dnajc30b coding downstream 22154 2589949 ~ 2596125 (-)
XLOC_008930 srprb coding downstream 98639 2510761 ~ 2519640 (-)
XLOC_008929 neu4 coding downstream 120711 2490204 ~ 2497568 (-)
XLOC_008928 NA coding downstream 289995 2323666 ~ 2328284 (-)
XLOC_008934 cldnj coding upstream 5493 2631421 ~ 2632891 (-)
XLOC_008935 cldne coding upstream 12956 2638884 ~ 2640966 (-)
XLOC_008936 cldnf coding upstream 24859 2650787 ~ 2652640 (-)
XLOC_008937 cldna coding upstream 29638 2655566 ~ 2657508 (-)
XLOC_008938 si:ch211-235m3.5 coding upstream 74718 2700646 ~ 2726662 (-)
XLOC_008927 AL954387.2 non-coding downstream 352196 2265969 ~ 2266083 (-)
XLOC_008910 LO017713.1 non-coding downstream 1296373 1321790 ~ 1321906 (-)
XLOC_008908 NA non-coding downstream 1475210 1140445 ~ 1143069 (-)
XLOC_008940 CABZ01086049.1 non-coding upstream 110455 2736383 ~ 2736498 (-)
XLOC_008942 NA non-coding upstream 187588 2813516 ~ 2816142 (-)
XLOC_008946 CABZ01086029.1 non-coding upstream 292329 2918257 ~ 2931021 (-)
XLOC_008951 NA non-coding upstream 489409 3115337 ~ 3116262 (-)
XLOC_008952 NA non-coding upstream 534510 3160438 ~ 3162459 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000091_00390010_00390965 NA coding CI01000091 null 389933 ~ 391062 (+)