XLOC_008970


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008970
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 4163578 ~ 4174873 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00019118
TCTTCACCGCTAATAGTGCTAATTAGCTCTATGCTAAGATGAGATTTCTGAATGATGAATGTTTTACTGCCCTGAAATCCAACGATTTATTATTGTCGACAAACACTGTAGTATGTGgataaccaacacaatctcacggcaattcgtaactttttgatttagtggctaattcgtatgaattactgcgatctaattcgtacaatttagtaggatttgcttatcacccaatgacggttggggttaggggtgtggttaagtgccacgcctcctttttaaaaattgtacattttagtacgaccAAACTTGTACGAATTGGCTACTAAAgtgtcaaaacgtaaaatacttacgttttctcttaAGACCAGGCTGGGATAACACACGTTTAGTAAAGGTGTTTAAGGAATAGAACCCCAAAAATCAACACTTCTGTACTGTACTGCTTTGCAGTGTGTtttttgaaatggaaaacagCAGAATGGATATTTGTGTTGAATATCTTGTTTTGAAAAAGTCATGTGCTGGATGGAAGCTTATTTCTGTCACAGAACATAAATATTAAGATTATGATAATTACAACTTTTTTCTTCCATATTCACGTGTCTGAGAATTTCTGCTACCAAAAACGAaaagcctaataaaaatgttacgtttttttaaagaattgtgtTTTATcgtacagtttttatttttatttatttttttgctattgacaattttgtttcattattgtgacattttatgtaaaaaaaattgtgaatttaCGACTCAGTAGTTGTGAGTTTAATTAATAATTGCGAGTAACTGCAAGTAAACTTATTCCGACTTTAAGCATTTCAagtttttctcttgtttttttttcttcttgattgTATGCGATTGTGGGTTTATATTTCCCAATTCCAAATTTCTTCTCAAAATTTCAtcttatttgaaataaatatttcacaattcTAGTAATTACaactcaattttaacaaatttttttgtTAGTTTCTTTCAGCTGTTGCAAGTTTTTATCTCACAATTACAATTTTACATGTTTGAATTAGAAGTAATCAACTCTGAGGTTTCTTTTTAAAAGGATTTTgaattaaatcaatttattttccttttaattGAATCTCAGAATCTTtcgatatttattattttgctttgtgATGGAAATAAGCTTCTATGGtttcatttttgtgtatttttatggtATATTATTCATGTAAATgtttttcttcatgttgtccatCTCTTTGAATCTGTGTCGATTTAGTTTTTTCGAGTTTTAATCTTAAATTACATATGTACATCTGACTGAACGCCGCGTGGCTTCTGGTTTGTATATTTATCAAACACcgtgaatattttttatttgtgacgTTACAGTTAATGGGCAACGACAGGATTTGAGAGGCAGATGTCAGTCTGATGAGGCATTTGGTTTTGGCCTTAATTATTAACTGTAGACTTCTAGAAAGAATATGTACATAAATAGacataaatatatttcaatttaaaagaagaaaaaaatggaaaCTTGAAATGTTTCAAAGCCTTTAAATAGCCAGTAAATGCCATTTAAATGTGTTGTATTCTTGCTTTTTTTCTGATTTCTGTCTCAAACACCAAAATGCCAATCCAGAATTTttcatcttttcttttttgagACGTGAATGAAGTTTTGAATGAGCTTACTGTTTCTGCTGGATAAGAGAAATTTAttgatttcttctttttttttgtcttaaaaaaaaGGAGGAATCTATTAAATTCTGACTATTTCAGACGTTCAAAGAAGtttatatgctgtaaaaaaacatcaatatgaATTAGTGATTTTACAGGTTTTCCAgtttatttatggttatgaatTGCTTTAGAGGAACTCAATCGACTTaagatgttgaaaattcaactcacatttacacaaattTTGATCTTaattgatattttagtagtttgcaacaaaaaaaagtgtaggAAATAATATACACTGCAAAATGGCTGTGACTTCAAgggtttaaaaaattgtaaaaatgctaaATCTATAATCtggttaacagtaagtttccttaatatatacagtaaataaccgtaaattgactttcccagaattccctgcatgaaaCCCTGGCTATCTCAatagttatgtacattagagtttAATGTTAcatatacagtaatttactctagtGTCGTTTGTTACCATAAAATTTTTGGTTTATAAAACTATGAATAAAATACGGtagattactgtaaaaaatatttgacatttatttcatagttacatagtaattttaataaataatgtttgttgcgTGTTTATAAAGTTTATTGCTTTAGTGTTATCTGTTGCCATCAAAACATTggtgtaaaacactgtaaattaatgaaatacggtagtttactgtaagaaaattgtatatttattttacggttacatatacagtaattttcatgaTTAATGTTTATTGCGCTACTTCAGTGACTTTTGACAATCGTTAGTGTATAACATTAGAAATGAGTGAAATACAGTTGTTTACTGTACATTTCTTTTATGGCTACAAATTAATACGGtataaactaattaaatacagtagtttactgtaaaaaaatatttaaataatcttttatgtttacatatacagtcattttgataaataataataattgcgtTACTTTACTGTCATTTGTTACCATCAAATCATTGTTGTATAactctataaattaatgaaatatggtagtttacttaataagtaaattaatttaatatgataGTTTACcgtaataaaatgtacaatttaatttAGGGTTTCTACCACTTTTTGTGTTAAAATTCTGGCAACCaaatatacaattttttaaatgtaatttttagggatttttttacaaatacttgaaatgaagaaaaaaaaagtatttacagTTTATTACCAGATTTTTGTACTCAAATAATACAGGCAAAAttgcttcaaactattaaaaaaagtcaattaaagtcactttttccaagtTTTCAACATCGAGGAACGATTcaggtcctataatgcaattcaaagcaTGAATAATTGAAGCAATCAAAGTGAAGAATCACAAACTACAGAAAACTTATAGATATTTTTTACTCTGTATTATGAATCACTACTTTCAAGAATGTTGTTAAATGTGCCATATACACAGCTTTCCGTTCATCTTAAAGTACAGGACGGTACAGGGTGATATTGTCCCACCTTCTCATCTTCATGAAGACGTTGCCTTATTTAATTTATAGACAGAATTTCTTTAACTGTAGTTTGTTGTCATCTCTTCTGTGTACTGCTGGCATTGATGTTACACTGTCTTTGtggttatttttcttttctttctttttttaaagagacGGCATTCCCTGAAAATACTAGTTGACAGAGGAAAATGCTCTGCCCAGCGTGTAGTGCGACATTCCACCTAGAGAGCTGTCAATGAACATGAAATAAAggatatatattataaaaaaagac

Function

GO:

id name namespace
GO:0022610 biological adhesion biological_process
GO:0007155 cell adhesion biological_process
GO:0044421 obsolete extracellular region part cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00019118 True 3491 lncRNA 0.29 2 4163578 4174873

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008969 ANO7 coding downstream 10996 4128560 ~ 4152582 (-)
XLOC_008968 rnf168 coding downstream 39479 4101254 ~ 4124099 (-)
XLOC_008967 si:dkey-83h2.3 coding downstream 68690 4085623 ~ 4094888 (-)
XLOC_008966 CR626884.2 coding downstream 96420 4062000 ~ 4067158 (-)
XLOC_008965 CR626884.5 coding downstream 110429 4049222 ~ 4053149 (-)
XLOC_008972 atp1b3b coding upstream 178288 4353161 ~ 4415917 (-)
XLOC_008973 CU467614.1 coding upstream 190285 4365158 ~ 4365272 (-)
XLOC_008974 tfdp2 coding upstream 246924 4421797 ~ 4528387 (-)
XLOC_008975 rffl coding upstream 374367 4549240 ~ 4580763 (-)
XLOC_008976 eif4h coding upstream 410393 4585266 ~ 4616928 (-)
XLOC_008957 NA non-coding downstream 402621 3754566 ~ 3760957 (-)
XLOC_008952 NA non-coding downstream 1001119 3160438 ~ 3162459 (-)
XLOC_008951 NA non-coding downstream 1047316 3115337 ~ 3116262 (-)
XLOC_008946 CABZ01086029.1 non-coding downstream 1232557 2918257 ~ 2931021 (-)
XLOC_008942 NA non-coding downstream 1347436 2813516 ~ 2816142 (-)
XLOC_008997 FO704791.1 non-coding upstream 1208189 5383062 ~ 5383180 (-)
XLOC_009008 NA non-coding upstream 1723537 5898410 ~ 5901982 (-)
XLOC_009014 NA non-coding upstream 2793508 6968381 ~ 6976921 (-)
XLOC_009015 CR396585.2 non-coding upstream 2833949 7008822 ~ 7008938 (-)

Expression


Co-expression Network